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王朝更替无疑是一个动荡的时代，但社会的动荡不安对于宗教的传播来说则未必无所裨益，因为社会动荡会增强人们的不安全感，那种无所凭依的感觉促使一部分人到宗教的虚幻世界中去寻求心灵的慰藉，而一些体制外的势力也多以宗教为旗帜积聚力量，以此与正统的政治权威对抗——至少从中国的历史来看是如此。对于明清易变之际的天主教而言，情况也大抵如此。动荡的社会环境并没有使在华传教事业受到重大损失，而是延续了官方认可的政治生态，获得了持续发展的空间，使明代积累的中西文化交流的成果得以传承并发扬光大，这其中与德国传教士汤若望适时的角色转变是分不开的。
汤若望原名约翰·亚当·沙尔·封·白尔（Johann Adam Schall von Bell），出身于德国笃信天主教的贵族世家，1611年加入耶稣会，1613年进入罗马学院从事神学与数学研究，到东方布道是他一直以来的愿望。1618年4月，汤若望等22名传教士从葡萄牙的里斯本起航，于1619年7月抵达澳门，其时因“南京教难”的后续影响，未能在大陆公开行动，一直到1622年因抗击清军的军事需要汤若望等才得以在北京公开活动。居留北京期间，汤若望在天文学和数学方面的天赋和才华使其获得了很高的声誉
，为日后服务于传教事业打下了初步的基础。汤若望在北京的这段时间内，如果仅从新教徒的数量来看，传教事业的成就不算突出，1624～1627年每年度北京新受洗入教的信徒分别为40人、19人、40人和28人。但考虑到教难的影响，也算是比较顺利的，特别是这些新信徒中相当一部分是官吏和知识分子。1627年，汤若望被派往西安接替金尼阁（法），在西安期间经受了传教实践中的种种曲折与磨炼。后因徐光启的举荐
，汤若望于1630年秋回到北京负责修订历法，他与罗雅谷合作于1634年，完成了137卷的《崇祯历书》，这本在中西文化交流史上具有划时代意义的鸿篇巨制深得崇祯帝的嘉许。其后，随着辽东战事吃紧，汤若望的博学多识又使其在不得已的情况下卷入铸造火炮的军务之中，再次大获成功，使崇祯帝甚感欣慰，同时也给传教事业带来了福音——据教会年报记载，1637～1639年北京各年度施洗人数分别为600人、875人和500人，而且，天主教的福音不仅在民众中获得了认可，而且在皇宫中也播下了种子，不仅皇宫中的一些太监受洗入教，到1642年时宫中入教的妇女也已有50人
。
当然，从宗教传播的角度看，无论是修历还是铸造火炮显然是“不务正业”，尤其是参与防务与宗教的向善宗旨明显相悖，因此，尽管汤若望对于铸造工作恪尽职守，但思想上的斗争也是客观存在的。沙尔（即汤若望）扪心自问，一位福音的使者能否去制造武器？他无法说服自己，只得去求教于教团的负责人（此人应为当时中国华北耶稣会会长卜方济）。这位负责人反复权衡利弊，认为作为中国人的一员，尽管他是天主教的神父，也不应该被禁止用斗争的手段去抵抗无政府主义者、盗匪和国家的敌人，而这些人恰好是破坏这个传统悠久的礼仪之邦的基础。另外，还应保卫尊严和非常合法称职的皇帝，这就是当时不容批评的正确看法。当然，在当时尚无人能发现其中有不协调之处，但在当时的报告里，没有一句非议或怀疑这种做法的词句。所以，尽管沙尔起初力拒此事，但作为皇帝的臣民，他不得不最终屈从皇帝的意旨。
其实，无论是为政府修订历法还是制造武器，对于传教士而言并没有什么本质上的不同，都是一种间接传教方法，因为他们确信“教会向中国皇帝任何一种效力，都会使皇帝对于基督教生感谢的心理”
。事实也正如其所愿，汤若望和罗雅谷的竭诚付出很快有所回报。罗雅谷去世后（1638），皇帝顾念死者对于国家之功勋，敕令户部拨给教会银两千两，令传教士购置田产，俾作衣食之资，此外汤若望还得支领月俸银十二两（此前传教士服务于朝廷，无论是修历还是铸炮，几乎都是无私奉献）。
这样，不仅使汤若望衣食无忧，更为重要的是从此以后教会可以名正言顺地在华购置田产建立教堂——这是利玛窦多年以来的夙愿。不仅如此，崇祯帝还于同年御笔亲书“钦保天学”的牌匾赐予耶稣会，这块御赐牌匾抄录后分发到全国各地教会悬挂，各地地方官员皆赴教堂内叩头礼拜并供民众瞻仰，极大地提升了天主教在中国民众中的声望，有效遏制了各地的反教风潮。受这种形势的鼓舞，当时的传教士一度对奉劝皇帝入教持乐观态度并做出积极努力，虽未能如愿，但凭借皇帝对教会的嘉许与宽容，“基督教这时在中国全国一如在北部一般，已经到了蒸蒸日上，兴盛发展的地步，而到处皆能受到人们的重视与崇高之景仰。……经耶稣会传教士所付与的洗礼次数1634年为2870次、1637年为4000次、1638年为3504次、1639年为5480次、1641年为5640次、1643年为4824次”。
随着明末农民起义军的迅猛崛起，明王朝大厦之将倾已成定势，天主教在华的命运再次变得难以预测。在李自成的军队攻占北京前夕，除汤若望外所有的传教士纷纷离京避难，汤若望因牵挂教堂中图书、仪器和刻板的安全，未听龙华民的劝告独自一人坚守教堂。当然，汤若望做出这种选择首先源于其对中国形势的清醒预判，“他洞察着中国社会发生的急骤变化，预感到一个新旧交替时刻的到来，并不觉得是大难临头”。
后来的事实也证明他的判断是大致正确的，起义军进城后的冲击对象主要是明朝的官员和富人，并没有对教会人士发难，仅仅是在经过允许后拿走一条绒毯，而且于次日即颁发牌示保护教堂和传教士，三日后次帅刘宗敏更是亲自接见了汤若望，态度极其真诚。面对起义军的主动示好，汤若望也采取了适应与合作的态度，以《崇祯历书》为基础迅速为大顺政权编就历书颁发于各省。汤若望的这种适应与合作的态度与行动，为教堂及信徒的安全暂时提供了保障，“自是日起竟无一个搅扰的人敢登汤若望之门，……其宅内玛利亚小教堂，成为数十位妇女的安全避难所”。
1644年4月29日，李自成即位当日被迫撤离京城，撤退之时下令焚城，北京陷入恐怖的动荡之中。此时的汤若望一方面为逃入教堂的信徒提供庇护，为他们提供尽可能的救助；另一方面冒着生命危险保护教堂的安全，尽管教堂房屋半数被毁，但教堂所藏图书、仪器与刻板却幸免于难。
清军入城后，北京的动乱才逐渐平息，但摄政王多尔衮入城次日即勒令原北京内城的汉族居民必须在三日之内搬到外城，内城留给入城的满人居住，耶稣会的南堂也在搬迁之列，这意味着耶稣会将有失去其住所和其他财产的可能性。于是汤若望即刻采取行动，立即写就一个禀帖递交清军将领。禀帖写道——
修正历法臣汤若望，谨奏为恳乞圣明垂鉴远旅孤踪，格外施恩事。
臣自大西洋八万里航海来京，不婚不宦，以昭事上帝阐扬天主圣教为本，劝人忠君孝亲贞廉守法为务。臣自购置天主堂圣母堂共一所，朝夕虔修，祈求普佑，迄今住京二十余年。于崇祯二年间，因旧历舛讹，奉前朝敕旨修正历法，推测日月交食、五星躔度，悉合天行。著有历书表法一百四十余卷，并测天仪器等件，向进内庭，拟欲颁行。幸奉大清圣国，俯念燕民遭贼荼毒，躬行天讨伐罪吊民，万姓焚顶没世难忘。此乃天主上帝宠之四方，隆以君师之任，救天下苍生于水火。
……
伏乞皇上轸念孤忠，特赐柔远之典。倘蒙俯准微臣仍旧居住，使臣得以安意精修祝延圣寿，而保存经典书籍，冀图报于异日。洪德如天，感恩无地矣。臣为此激切冒渎天聪，惟圣明俯宥垂察施行，臣不胜瞻仰惶悚待命之至。为此具本亲赉谨具奏闻。
顺治元年五月十一日具奏
从禀帖的行文来看，言辞极其谦卑恳切。一方面表明自己所信奉的天主教与中国社会的忠孝伦理并不相悖，一方面表达自己为新的王朝效力的意愿，即“冀图报于异日”。这一奏疏获得了摄政王的允准，允许汤若望仍在内城居住并下令不许满人搅扰，耶稣会的教堂和其他财产遂得以保全，天主教在华的传教事业再一次转危为安。
新的王朝初立，修历自然是一件极为重要的政事，新旧历法之争再次成为清初政务争论的焦点。期间，汤若望两次上疏奏陈旧历错讹之非并通过观测实验证明了西洋历法的精准，得到了新的朝廷的认可，于顺治元年十一月（1644年12月）执掌钦天监印信（其间汤若望曾多次请辞，均未获得皇帝允准，当时的天主教在华传教会会长卜方济也多次致函汤若望，要他接受这个官职，以免被人误解为忠于旧朝，汤若望遂接受任命），开了西方传教士在朝廷任职的先例，这也意味着汤若望与清初的统治者之间达成了初步的信任，同时也为天主教在中国传教事业的发展提供了良好的政治环境，使明末以来天主教在华传教事业积累的成果没有因王朝的易变而遭受重大损失，保证了天主教事业在新王朝的延续与拓展。至于汤若望在明清易变过程中对于天主教在华传教事业的重要作用，可以从同时期其他省份的一些传教士的言辞中略知一二。1650年9月27日，潘国光在给耶稣会总会长的信中写道：“所有我们这些在中国传教的人，都享受来自汤若望神父的非凡的关爱。”耶稣会的阳玛诺神父也谈道：“我们简直是有上百个汤若望的，简直是到处都有一个的；因为虽然隔离的路程遥远，然而他仍能很有效力地帮助我们，我们只用说一声，我们和他是同志，是弟兄，那么连一个低声说一句反对我们的话的人都没有了。”