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民间信仰作为中国百姓日常生活中不可缺少的重要元素，对于入华的传教士来说是无法回避的，而且，出于对宗教事务的执着与敏感，他们对中国的民间信仰格外关注。
耶稣会在中国开教的先驱沙勿略尽管未曾进入中国，但他对中国的神灵信仰却十分关注，在乘船前往广州的途中他对船上供奉的海神妈祖产生了浓厚的兴趣，给予了细致的描述。
这是在一只海里航行的商船上，……在船舱的左侧……这是上座……的神龛里，供着一个妈祖婆的像，因为她是水手及海贼的保护者。在她的两旁，一边有一个侍卫，全都给他跪着：一个叫“千里眼”；一个叫“顺风耳”。第一个侍卫，是一副靛蓝色的面孔，两个眼睛都闪闪有光，有一个很宽大的嘴，从里面长出一些很长的牙来，他的身量又非常高大；第二个侍卫，有一幅冬瓜相似的面目，长得一个通红的血盆嘴，从里面探出一条条如同宝剑一样的长牙，他的头发是红色的，在头顶上，还生了两个抵角。
利玛窦在入华之初，也即刻对中国庞杂的民间神灵偶像留下了深刻的印象。
这个国家供奉的神祇偶像数目之多让人难以置信，不仅在寺庙里尽是这些东西（有些寺庙里甚至供奉数几千座偶像），而且在私人住宅里也大量存在。他们家里都有一个专门置放偶像的神龛。在广场上、街道上、山里、船上、公共场所到都处能见到这些令人生厌的东西，很少有人真正相信关于这些神祇偶像的传闻，他们只是认为，只要好好供奉它们，至少表面上不会给自己带来危害。
从沙勿略及利玛窦对神灵偶像的细致描述中，我们可以看出，他们对中国的民间神祇异常关注（如前文中，沙勿略对妈祖身边的两个护卫外形的细节描述，非特别关注不可能如此细致深刻），因为这是他们必须扫荡的异端信仰，而最令人不安的是，这些神灵偶像种类繁多，在民众的生活中无处不在（中国神灵偶像的“势力范围”不仅仅限于寺庙等专业的宗教场域，而是广泛渗入广大的公共场所乃至私家宅院）。因此，他们不仅仅只是满足于对中国神灵偶像表层上的“好奇”与厌恶，他们也试图通过进一步的接触并深入了解有关中国民众信仰的详细资料，以便在此基础上形成对中国民众信仰心理的本质性认识。
尽管中国民间社会中林林总总的神灵偶像曾使早期入华的传教士一度感到震惊甚至惶恐，但在对民间神灵崇拜现象考察的基础上，他们普遍认为中国民众对已有的宗教和神灵并无多大的热情可言，放弃旧的宗教与接受新的信仰丝毫不费周折，因此，福音在中国必将有广阔的前景。如明末入华开教的先驱之一罗明坚就曾指出中国人对已有宗教的淡漠和不恭，“按说中国人民并不怎样喜悦他们原先所信奉的宗教，他们有时把和尚看作骗子；对他们加以毒打，如同打自己的小孩子一样。他们还常常打击他们的偶像和假神，毫不留情地投它们到海里，以为惩罚他们。所以没有中国人，不肯崇奉天主教”。
熟知中国礼仪风俗的利玛窦的观点也与罗明坚相同，“中国人可是敬礼偶像，但是在他们得不到所要求的恩惠时，便对它们大加毒打，不久又因着恐惧魔鬼的报复，而重新虔诚尊敬；他们对于神的敬畏心实在太薄弱，所以对于僧侣也就不太重视”
。并由此得出定论，“但是可以十分肯定，这个民族并没有多少人对偶像崇拜这种做作的、可恶的虚构有什么信仰。他们在这上面之所以相信，唯一的根据便是他们在外表上崇奉偶像即使无益，至少也不会有害”。
由此可见，在早期来华传教士的眼中，尽管民间神祇林林总总于民众的日常生活中无处不在，但人们对神灵偶像的崇拜并不真诚，信仰并不牢固，并由此而对中华归主的宏伟目标持乐观的态度。
除对中国民间神祇格外关注之外，入华传教士对民众世俗生活中的占卜、风水、择吉等现象也非常关注。如利玛窦在对中国社会考察的基础上，列出了中国社会的迷信和陋习，将占卜、风水、解梦、通灵、纳吉等统统纳入迷信的范畴。
最普遍的迷信是他们在做任何事之前都要看一看日期、时辰是吉是凶。为此，官方每年都要印两种日历，是由皇家的星象官编订的（因此更助长了这一迷信），称为《皇历》。……除《皇历》外，还有其他一些更复杂的书，有一些人专门为别人选择吉日，……许多人为了开业、出行或别的什么事，要等上好几天，只是为了等到人们所说的那个吉日才去做。……他们认为这样，事情就可以顺利，这是多么愚昧啊！他们还同样认真地想通过他们的生辰八字知道自己一生的命运和成败，因此大家都把生辰八字精确地记录下来，以备算命之用。有很多先生专门教授这种技艺，还有一些以算命为生的人声称自己能根据星相或人的其他迹象，知道一个人未来的命运。还有一些人，不问生辰八字，自称只根据面相和掌纹便能知道人的命运。也有一些人根据当事者做的梦来卜测这些事；有的人根据当事者说的一句话来算命；有的人根据当事者坐过的地方预测他询问的事情。对这些大家都深信不疑。……还有很多人利用鬼魂和亡灵预测未来，很多人都不知道这是魔鬼在作祟，而不是天主的意愿，所以都因此而上当受骗。……还有一种事对我们来说是相当新鲜的，即选址营造房舍、宫殿或埋葬死人，据说这是根据地下诸龙的头、尾、爪的位置而确定的，还说这不仅能决定家庭的吉凶，还可以决定整个城市、省份，乃至整个国家的祸福。……在街头巷尾、买卖铺户和居民住宅中，到处都是这些星命家、风水先生、占卜师、相面先生和各种骗子的身影，他们终日在这些地方叫嚷着能预知吉凶，……所有这些人仅靠此技谋生，养活一大家子人，还有许多人以此发财致富。因为大家都欢迎他们，无论长幼，不分贵贱，也不管是无知的还是受过教育的，乃至皇帝和大小官吏，都会用到他们。……一言以蔽之，无论是在家庭、城市、各省乃至国家遭遇到不幸时，他们总会归咎于命运，或是认为家里、城里、省里、皇宫里某物的位置出了问题。他们就是不把这些视为由于某些人或某些部门的为所欲为或办事无方而受到了上天的惩罚。
从文本表述来看，一方面，利玛窦对各种迷信行为的世俗性有了较为清晰的认知，已经认识到这些迷信活动已经是中国民众（上至皇帝，下至百姓，无一例外）生活中不可缺少的一部分——“他们在做任何事之前都要看一看日期、时辰是吉是凶”，“在街头巷尾、买卖铺户和居民住宅中，到处都是这些星命家、风水先生、占卜师、相面先生和各种骗子的身影”；另一方面，利玛窦也意识到了中国民众对这些迷信活动的坚信乃至痴迷——“无论长幼，不分贵贱，也不管是无知的还是受过教育的，乃至皇帝和大小官吏，都会用到他们”。
利玛窦等早期传教士来华后，通过实地考察，发现基督教、犹太教和伊斯兰教在中国早已存在，只是社会影响较小，在中国社会的宗教谱系中是儒、释、道三足鼎立。利玛窦曾指出——
中国人根本不把这三种宗教（基督教、伊斯兰教、犹太教）当回事，在书里既不讨论，也不提及这些宗教。他们说在世界上只有三种不同的宗教，即儒、释迦家和老子，后者的信徒被称为“道士”。中国和使用汉字的邻邦，如日本、高丽、琉球和交趾支那，都是这三种宗教的天下。
利玛窦对于儒家关注最多，但对儒家并不反感，认为儒家学说与天主教教义并不违背，“儒家并非一个固定的宗教，只是一种独立的学派，是为良好地治理国家而开创的。这样，他们既可以属于这种学派，同时也可以信奉天主，因为这在原则上并没有违背天主教的教义，而天主教的信仰对于他们在书中所企望的那种和平安宁的社会非但无害，反而大有裨益”。
相对于对儒家的友好，利玛窦对佛教和道教则完全是一种敌视的态度，他指出，“佛教和道教这两种宗教都炮制出自己三位一体的说法，由此可以清楚地看到，谎言的创造者一手制造了这些宗教，而他的嚣张气焰还未被打消，竟妄图与造物主相提并论”。
同时，利玛窦还对中国民间社会教派繁杂的现象予以抨击，“但拥有这些异教的魔鬼仍不满足，又把每种宗教分化成许许多多的门派。这样，虽然，只有三种宗教的名称，而实际上在全国却要有三百多个宗教派别，每天都有新派别滋生，形势更加严峻，世风每况愈下，所有的新教主都在倡导着更加放纵的生活方式”。不仅如此，利玛窦还对中国政府及民众对待宗教的开放政策及态度表示不满，对所谓“三教归一”进行了批判，认为这直接导致了中国人信仰上的混乱以及大部分中国人的无信仰，“有些人明确表示自己没有信仰，还有些人则被虚假的信仰所欺骗，而大多数人则陷入了无神论的深渊”。
之后的多明我会传教士闵明我也注意到了这个问题，他在书信中指出，“中国教派中，有一个便于识别的教派。其建立者出生在福建的King Hoa，名叫林（Ling），此教建立有136年。它的庙宇叫作‘三个立法者庙’（此处是指由明代哲学家林兆恩创立的三一教）。这个教派把中国三个主要教派即儒、佛、道合而为一，三教的来源相同，尽管表达方式有多种。一些有学识的中国人同意这一点。……我在中国时，京城有个基督徒写了本书，其意是要把上面谈到的三教与我们的圣教结合起来，他说，各教的目的是相同的”
。
总体来看，早期来华传教士对于中国社会的宗教信仰状况已有了基本的认知，对于天主教在华的处境也感受到了一定的压力，但他们对“中华归主”却并不悲观甚至持乐观的态度，中国人自称同意他们的看法，他们欢迎传教士们的讲话，而似乎对于他们自己的神、他们的佛教和道教巫士们仅仅表现出了鄙夷；……中国人已准备好崇拜真正的上帝的形象并放弃他们的偶像。
其实不然，此时的入华传教士只是看到了中国人宗教心理的一个侧面，仅仅从人们对神祇态度侮慢的表层现象而做出推论是很不严谨的，他们没有意识到林林总总的民间神祇和宫观寺庙在中国人的日常生活中占有极为重要的位置，已经融入人们日常生活的方方面面，影响乃至支配着人们的思维和行为方式，成为中国传统文化中不可割舍的一个重要组成部分。也许明末布道的成功在某种程度上支持了传教士的乐观态度——罗明坚、利玛窦初到肇庆时，当地的官员、文人、百姓乃至佛道僧侣都到悬挂着玛利亚圣像的祭坛前跪拜，姿势非常虔诚，头额几乎触地，这一度让神父们欣喜万分。其实，中国人的这种虔诚并不一定具有宗教的神圣意义，只不过是一种礼节性的行为，当然，也可以表述为中国民众以宽容的心态接纳了天主教，因为中国传统文化兼收并蓄的开放性特点，使民众在对待神灵崇拜问题上形成了“喜新不厌旧”的传统。因此，在中国民众的心目中，明末入华的天主教只不过是给人们带来了一尊新的神祇，使人们在应对困境寻求心理慰藉时多了一种选择而已，即使把新来的上帝凌驾于旧有的神灵之上，他们也会心安理得地接受。然而，要想使中国民众因接受上帝而放弃其原有的所有神祇则是一件非常困难的事，因为那意味着他们要放弃自己已经习惯的生活方式，要自绝于其原生态的社会群体。