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对腐败成因的深层次剖析，再结合现实生活中大量发生的腐败个案实证资料，使我们愈加坚定了如下思路：我国当前的腐败现象之所以屡禁不止，甚至愈演愈烈，某些地方、某些单位、某些领域之所以腐败分子成窝成串，或者“前赴后继”，最关键的是制度上的问题。如果制度上的问题不解决，不建立健全一套有效的监督制约机制，而片面强调为政者的个人修养和道德自律，或片面强调严刑峻法的威慑力，将不可能实现我们反腐败的期望值。因此，强化制度建设，进行制度创新，是我国今后一个时期反腐败的根本出路。
在这个问题上，借用邓小平同志的一句话是十分合适的：“制度是决定因素。制度好可以使坏人无法任意横行，制度不好，可以使好人无法充分做好事，甚至会走向反面。”
制度建设内容非常丰富，大至整个国家的客观制度建设，小至一个单位、部门的具体制度建设。这里，我们仅从宏观角度谈三点意见。
首先，县以下（含县级）要实行真正的普选与直选，克服走过场现象。凡是具有宪法规定的选举权的公民均应享有投票的权利。候选人应由一定数量的选民团体推举，经过选举委员会公开讨论确定候选人资格。候选人必须直接或在电视等新闻媒体中与选民见面，介绍自己的情况，阐述自己的政治主张，接受选民的提问；投票采用不记名方式，计票监票应公开进行，接受选民监督。其次，对于还没有实行普选与直选的地市以上人民代表的选举，也要加快改革，朝普选与直选的方向发展，以增加选举工作的民主含量。最后，要纠正现在实践中政府和各行政部门负责人兼任人民代表的做法。人民代表大会与政府的关系实质上是一种委托授权关系，如果政府负责人兼任人民代表，则他既是委托者，又是受托者，这种角色重合是违背委托的本来意义的，也不利于人民代表大会对政府监督职能的实现。
首先，应实行代表的专职化，使代表真正以参政议政为主，不再将人民代表作为一种业余兼职；其次，应减少代表名额，使代表们能有效地开展讨论问题，全国人大的代表总额最好限制在1000名以下；最后，要改革会期制度，一年一度的定期会议宜改为一季度一次，此外，还可针对各种需要讨论的问题举行不定期会议，并且不限制会期。
立法是人民代表大会特别是全国人民代表大会头等重要的工作。为提高立法质量，必须开放立法资源，加快立法程序改革，推进立法的民主化。要改变部门起草法律的现状，充分发挥专家、社会组织乃至广大公民在法律草案形成过程中的作用；要建立立法程序中的辩论制度，让各种代表不同阶层群众利益的意见都能在立法过程中得到反映，从而使法律成为名副其实的“民意”产品。
除立法工作外，对重大事务的决策也是人民代表大会的一项重要工作。目前，我国权力机关在社会事务方面的决策权主要限于国民经济和社会发展计划、国家预算及其执行情况的审查与批准，至于其他大量的社会事务决策权，则统统交给行政机关自身。这就造成了事实上行政权过于扩张和集中的现象，既不利于消除腐败，也不利于保证决策的民主性、科学性和严肃性。现实生活中此类例子可谓不胜枚举，如基建工程发包中腐败丛生、项目投资前不经可行性论证、机构改革减了又增，等等。因此，必须充分发挥权力机关在重大事务中的决策作用，有效地制约行政权。凡涉及一个地方的经济结构调整、机关编制的增加、投资项目的上马、重点基建工程的开工和招标投标以及其他重大社会事务，都应由同级权力机关全体代表或其下属的专业委员会的代表进行协商讨论、辩论、举行听证，在充分论证其可行性的基础上进行决策，并对其执行情况进行检查监督，以此达到节约资源、提高效率、减少腐败的目的。
根据宪法规定，各级人民代表大会有权对行政机关、司法机关的工作实行监督。监督的方式主要是对后两者的工作报告进行审查和批准，决定其人事任免。应当说，这种制度安排对于实现权力制约有一定的作用，但是还很不充分。一是监督的手段比较单一；二是监督权的行使缺乏程序保障，因而造成实际上的监督软弱无力，与权力机关的地位很不相称。为强化人民代表大会对行政和司法机关的监督制约，建议确立以下制度。
第一，政府的施政方针和重大事项的立项必须预先提交同级权力机关审查批准，然后才能交付执行。权力机关有权对执行情况实施检查监督。如执行未达预期目的，应追究行政首长或部门负责人的责任。
第二，赋予人大代表对有违法失职行为的政府官员和司法官员以弹劾的权力，如弹劾成立，应罢免被弹劾者的职务。
第三，在全国人大和地方各级人大设廉政监督委员会，分别配备若干廉政监察专员，其职责是受理公民和社会组织对国家公职人员违法失职行为的申诉和控告，对发现的公职人员违法失职嫌疑展开调查，并根据调查结果或提出弹劾，或提交司法机关或者其他有关部门处理。
要消除经济领域内的寻租现象，抑制腐败的滋生，为市场经济主体提供公平的竞争环境，必须切实转变政府职能，减少政府对资源要素和经济活动的直接控制和干预。具体说来，要进行以下几方面的改革。
（1）开放利率，向市场利率并轨。贷款时一律平等，不搞所有制上的“唯成分论”，企业贷款实行资产抵押，促进商业银行之间的公平竞争。对农业、交通运输、能源等基础产业贷款，实行政府财政补贴。
（2）降低关税税率，取消非关税壁垒和外贸专营，取消对外资经营商业、贸易、金融、保险、交通运输、邮电通信、房地产、旅游等行业的限制，提高国内第三产业的竞争力。
（3）严格限制垄断，保证各类企业和各地方自由、公平竞争。对那些独家经营的产业或行业公司，至少应分解为两家以上的公司，使之相互竞争。取消各种优惠政策和税收减免，包括各种特区、开发区、计划单列市和计划单列公司等各种违反公平竞争的做法。培育全国统一的大市场，取缔各种以市场封闭为内容的地方保护主义和部门保护主义。
（4）变市场准入制度中的行政主导型为法制规范型，取消审批制，实行登记制。
（5）严禁党政机关经商，实行以税养政，提高官员的薪俸水平，取消官员的各种暗补。
我国虽已于1993年由国务院发布了《国家公务员暂行条例》，但由于这还只是一个行政法规，加上其规定的内容和程序都比较粗略，致使在实际操作中存在严重的走过场现象，实施效果并不理想。因此，有必要在此基础上尽快出台一部正式的《国家公务员法》，对《国家公务员暂行条例》的内容予以进一步充实和完善，建立起真正的公务员考试录用制度、回避制度和职位轮换制度等现代公务员管理制度。
我国已制定了《行政处罚法》，但这仅仅是对行政处罚这一种行政行为作出规范。除行政处罚外，大量的行政行为还无法可依。众所周知，法院、检察院从事诉讼和其他职权活动都必须遵守严格的法定程序，而政府部门每日从事的大量行政行为却没有明确的程序依据，这是不正常的。因此，必须尽快出台《行政程序法》，对各种行政行为的实施程序如决策程序、执行程序、检查验收程序等作出明文规定，从程序上防止行政权的随意滥用。
现有的《关于党政机关县（处）级以上领导干部收入申报的规定》只是一个党纪政纪性文件，而且将申报范围仅限于收入而未包括其全部财产，致使难以对公职人员起到真正的监督作用，实际执行效果也很不理想。应在此基础上出台正式的《国家公职人员财产申报法》，对不如实申报的要予以处罚，申报的财产明显超过合法收入，差额巨大，本人又不能说明其合法来源的，要以刑法中的“巨额财产来源不明罪”论处。
如前所述，新闻媒体对于揭露和抑制腐败有着巨大的作用，许多腐败分子“不怕内部通报，就怕公开见报；不怕上法院，就怕上电视”。为发挥新闻媒体的这种作用，鼓励新闻记者去挖掘和追踪那些有可能暗藏腐败分子的事件，应制定《新闻法》，对新闻媒体的监督权和报道自由权予以充分保障。
此外，还要制定《监督法》《举报法》《编制法》《从政道德法》等。