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◇曾国藩奔父丧 ◇兵部尚书衔署理两江总督 ◇官军大败 ◇曾国藩的作战计划 ◇遗嘱二千余言 ◇收复安庆 ◇征讨全权归于曾国藩 ◇威望益重愈损
湖北平定之后，曾国藩率水陆各军东下，有骎骎乎直捣金陵之势。然而，咸丰七年丁巳（1857年）二月，曾国藩接到父亲去世的讣告，与弟曾国荃和曾国华一起奔丧，暂时无法从军。
后来，曾国藩又奉命督办军务，廓清江西，进而收复安庆。这时官军到处败衄，太平军势力炽烈至极，清廷才任命曾国藩为兵部尚书衔署理两江总督，不久又任命他为钦差大臣，督办军务。时咸丰十年庚申（1860年）四月。从此之后，事权牵制的弊端渐渐减少，曾国藩的意见更加能够实行。
在此之前，官军连败。咸丰六年丙辰（1856年）五月，江南大营被太平军击溃，钦差大臣向荣撤到丹阳后去世。咸丰八年戊午（1858年）十月，安徽省的三河镇战役，湘军名将李续宾及曾国华以下将士六千人战死。咸丰十年庚申（1860年）闰三月，江南大营钦差大臣和春败溃于金陵，帮办军务提督张国梁战死。同年四月，江苏省财富之源的苏州府及常州府被太平军攻陷。这都关系到胜败之大机，也是清廷不得已而委任曾国藩的原因。
虽然当时大江南北形胜都在太平军掌握之中，官军几乎无计可施，但曾国藩以一身毅然担负军国重任，从容不迫，徐徐制订作战计划，呈上《统筹全局疏》。其中写道：
自古平江南之贼，必踞上游之势，建瓴而下，乃能成功。……是安庆一军，目前关系淮南之全局，将来即为克复金陵之张本。……但求立脚之坚定，无论逆氛之增长。
又写道：
臣奉恩命权制两江，必须带兵过江，驻扎南岸，以固吴会之人心，而壮徽、宁之声援。无论兵之多寡，将之强弱，臣职应南渡，不敢稍缓。现定于十日内拔营渡江，驻扎徽州、池州两府境内。拟于江之南岸，分兵三路：第一路由池州进规芜湖，与杨载福、彭玉麟之水师就近联络；第二路由祁门至旌、太，进图溧阳，与张芾、周天受等军就近联络；第三路分防广信、玉山，以至衢州，与张玉良、王有龄等军就近联络。目下安庆之围不可骤撤。
这份奏疏为清廷所嘉纳。曾国藩便举荐彭玉麟任水师总办（淮扬、宁国、太湖三支水师），举荐左宗棠任帮办军务，又令鲍超、蒋益澧、张运兰、李元度等诸将作为应援，自己率军抵达祁门。
徽州与宁国再次被太平军攻陷。太平军环攻祁门，发起猛轰，势不可当。当时曾国藩视死如归，自写遗嘱二千余言寄回家中，将佩刀悬于帐内，从容自若，一步也不肯退。何璟记载道：
逮咸丰十年初，膺江督，进驻祁门。正值苏、常新陷，浙省再沦，皖南、皖北十室九空，人烟稀少，军粮则半菽难求，转运则一夫难雇。自金陵以至徽州，八百余里，无处无贼，无日无战。徽州之方陷也，休、祁大震，江楚皆惊，或劝移营江西省城以保饷源，或劝移营江干州县以通粮路，而仍不出江督辖境。曾国藩曰：“吾初次进兵，遇险即退，后事何可言！吾去此一步无死所也。”群贼既至，昼夜环攻，飞炮雨集。曾国藩手书遗嘱，帐悬佩刀，犹复从容布置，不改常度，死守兼旬。
李鸿章又记载道：
当此之时，贼势如飘风疾雨，蹂躏大江南北，几无完土，苏、皖二省糜烂尤甚。曾国藩于无可筹措之时，多方布置，奏荐左宗棠襄办军务，募勇湖南，征鲍超于皖北，调蒋益澧于广西，定计不撤安徽之围，自帅所部万人驰入祁门，南接皖防，而徽宁复陷，诸路悍贼麇集祁门，左右叠进环攻，几有应接不暇之势。曾国藩示以镇静，激励诸军昼夜苦战，相持数月之久，群贼望风授馘，丧胆宵遁，自是军威大振，而时局遂有转机矣。
由此可知，曾国藩这段时间的苦心经营非同寻常。
曾国藩挡在太平军的要冲上，不屈不挠，左宗棠、鲍超、彭玉麟诸将善战，屡屡破敌。咸丰十一年辛酉（1861年）八月，曾国荃攻陷安庆城，曾国藩以功授太子少保，曾国荃升任布政使。
曾国荃（1824—1890），曾国藩的九弟，湘军主要将领之一，因善于挖壕围城有“曾铁桶”之称。咸丰二年（1852）取优贡生；咸丰六年（1856），攻打太平军有功，赏“伟勇巴图鲁”名号和一品顶戴。同治三年（1864），曾以破城“功”加太子少保，封一等伯爵。同治间，与郭嵩焘等修纂《湖南通志》。
不久，曾国藩又统辖江苏、安徽、江西三省并督办浙江全省军务，四省巡抚提镇以下并归其节制。征讨全权这才归于曾国藩掌中。时在咸丰十一年辛酉（1861年）十月十八日，日本文久元年。
曾国藩有了节制四省的全权，因自己的位置及责任重大，再三上疏固辞，朝廷不许。所上最后一疏中写道：
所以不愿节制四省，再三渎陈者，实因大乱未平，用兵至十余省之多。诸道出师，将帅联翩。臣一人权位太重，恐开斯世争权竞势之风，兼防他日外重内轻之渐。机括甚微，关系甚大。
在此之前，京官及督抚中不少人忌恨曾国藩。而随着湘军到处接连制胜，曾国藩的威望更重，其反对者或死或被革职，势力渐减。所以朝廷举全权委任给曾国藩。曾国藩看得十分明白，自己身处满人之间，必须自抑自谦，有关军务之事，与湖广总督、钦差大臣官文商量决定。自己的功劳都推让给官文，责任都揽在自己身上，务求披沥赤心，结其欢心。所以猜疑虽深，清廷也无法非议他的行为。这就是曾国藩得以妥善完成任务的原因。曾国藩有修养，有雅量，有德性，才能办到，是其他一味气豪胆壮的政治家所学不会的。而他又不单是对满人才是如此。何璟写道：
曾国藩与诸弟共在军中，任事则督之争先，论功则率之居后。盖深见乎功名之际，终始之难常，以位高于众，权重于人，怀大名不祥之惧，故遇非常之知遇，弥切尔位之请。
李鸿章写道：
曾国藩秉性谦退，受宠若惊。从戎之始，即奏明丁忧期内虽稍立功绩，无论何项褒荣，概不敢受。迨服阙之后，战功益著，宠命迭加，其弟曾国荃累以战功晋秩，亦必具疏恳辞，至于再四。其深衷尤欲远避权势，隐防外重内轻之渐，故于节制四省、节制三省之命，辞之尤力，非矫饰也。临事则惧大功之难成，终事则惧盛名之难副，故位望愈重，而益存欿然不足之思。
因此，曾国藩得以免遭清廷的掣肘，督率全军，终奏戡定之功。