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孙思邈自述年轻经历时，曾有一语：“余早慕方技”，道出自己早年兴致所在。接着又道：“长崇医道”。
透过这短短九字，可看出孙思邈从医经历中一个重大转变。
“方技”范围很广，包括丹术、符咒等。孙思邈对符咒的研究且作别论，这里只说炼丹之术。两部《千金方》里，均有许多与炼丹相关的记载，一是炼丹术方，一是解丹石中毒之方。
炼丹乃道家传统业术，为养生重要手段。孙思邈既然为医，自然绕不开。在他之前，不少道家为修炼丹术，做了许多探索。有一书名《黄帝九鼎神丹真诀》，托“玄女告黄帝”之名，将此术说得淋漓尽致。然而关于外丹具体炼法则五花八门，玄而又玄。流行炼丹之法不下三十余种，如岷山丹法、务成子丹法、羡门子丹法、取优丹法、赤松子丹法、石先生丹法、康风子丹法、崔文子丹法、刘元丹法、乐子长丹法、李文丹法、尹子丹法、太乙招魂丹法、采女丹法、稷丘子丹法、墨子丹法、张子和丹法、玉柱丹法、肘后丹法、李公丹法、刘生丹法、王君丹法、陈生丹法、韩终丹法等等，各具其妙。
东晋葛洪，乃道家炼丹派代表人物之一，在其著作《抱朴子·内篇》中，对此亦有详述。葛洪道：“夫金丹之为物，烧之愈久，变化愈妙。黄金入火，百炼不消，埋之，毕天不朽。服此二物，炼人身体，故能令人不老不死。此盖假求于外物以自坚固，有如脂之养火而不可灭，铜青涂脚，入水不腐，此是借铜之劲，以扞其肉也。”
抱朴子又道：“小丹之下者，犹自远胜草木之上者也。凡草木烧之即烬，而丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂，其去凡草木亦远矣。故能令人长生，神仙独见此理矣。”
孙思邈早岁习读经史，粗知道家之说。后在楼观台修身期间，对炼丹养生之说一度迷恋，觉得学问特深。
孙思邈拿定炼丹决心，与听了一位尊者的布道有关。那日，孙思邈重访楼观台，欲与道友交流游走天下的见闻，同时学些新的医疗术方。
交谈间，忽闻门外有喧嚷之声。孙思邈奇怪，幸临者何人？须知来者虽众，却都怀崇敬之心，踏进楼观台山门，尽皆屏声静气，以示对圣祖的恭敬。
孙思邈乃立于一旁，静候贵人步入内殿。
来者果然不凡，穿一身橘色道袍，蹬一双紫色软靴，戴一顶皂色布帽，摇一柄羽毛团扇。在他后面，众星拱月般跟随着众多信徒，阵容如出巡大员。孙思邈悄声问身旁道友，尊者是何身份。道友附耳答曰：“此嵩山黄道长是也。”
孙思邈“呵”了一声。这嵩山黄道长他早有所闻，为当今道家派系中最负盛名者，尤其精于丹术。孙思邈得见，甚觉有缘，本想立即礼貌地上前问好，又担心有攀附之嫌，乃收住脚步，只恭敬行礼。
黄道长的到来，果然在楼观台引起轰动，道友们争着向他示好，每日用最好的食物款待，还为他举办一场规模宏大的仪式，请他登台布道。黄道长也不谦让，用橘黄色袍袖抹了抹厚唇，以谷雨新茶漱了漱喉咙，开始大声宣讲。
孙思邈怀着崇敬之心坐着恭听，所述全是炼丹之法。黄道长先述金丹妙处：金玉留存九窍，则死人为之不朽。盐卤沾于肌髓，则脯蜡为之不烂。况此宜身益命之物，纳之于己，何怪其令人长生乎？又称，五谷犹能活人，人得之则生，绝之则死，又况乎上品之神药，其益人岂不万倍于五谷耶？
这使孙思邈将信将疑：仙丹竟有这等功效？昔时秦始皇、汉武帝皆盼长生不老，一个欲入海求仙，一个尚服丹增寿，结果两人皆不得寿长。较之生活在民间的八百岁彭祖，都只算作夭亡了。以帝王生活条件，谁可攀比？
孙思邈待黄道长布道既毕，众徒皆散，才主动上前施礼，道：“敢问道长，人间果能炼出仙丹？”
“当然，这还用得着怀疑？”黄道长边走边说。
“敢问道长，炼丹原料如何准备？”孙思邈还不甚明白。
“上品之丹，须用铅、砂、铜、云母、汞、水银等。”
“若没有咋办？”
嵩山道长不屑于继续同他说话，已转过墙角，看不见了。孙思邈追不上道长，只好自己琢磨。
孙思邈攀上秦岭最高处的太白山，择一巴掌大小平地，照嵩山道长所授办法，果真开始炼丹。他造一陶炉，将所备材料反复洗净后放进炉内，盖得严丝合缝，再照程序操作。为使炉火始终符合要求，他在旁边搭一茅棚，日餐夜卧都在其间。规定的日子到了，才恭谨地将丹丸取出，以做药用。
孙思邈苦熬若干日子，总算炼出一些东西。为探得个中奥秘，每炼出一种丹丸，先由自己亲尝，以辨其味，并究其效。这些东西吃进肚里，相互冲突，常使他恶心呕吐，不思五谷。这又苦了他了，几年下来，不仅体重减轻了许多，肠胃还损坏得厉害。他咬着牙关，不顾疼痛，只将感受记下，而不轻言放弃。
关于孙思邈在太白山隐居之事，《新唐书·孙思邈传》里只是说，周宣帝时，孙思邈因王室多故，乃“隐居太白山”。至于他在太白山具体干啥，没有下文。现今太白山深处，有多处石窟和洼地，皆与孙思邈名字紧联在一起。有称“药王洞”者，有称“炼丹窟”者，还有“捣药臼”“晒药坪”等。这事到了某些道学著作家手里，则被渲染得神乎其神。如“序篇”中提及的《酉阳杂俎》，将孙思邈在太白山活动演绎得神秘莫测。只一条可以肯定，孙思邈与太白山结缘颇深，就像与楼观台结缘一样。
孙思邈为弄懂炼丹术原理，费时不少。所炼之丹，亦尝过不少。孙思邈坦言：“余年三十八九，尝（常）服五六两乳。”
这里，“两”是量词，“乳”泛指仙丹石药。
孙思邈服食丹丸，为的是更透彻地理解丹丸。经这番亲验，果有所获，“自是以来深深体悉”。
他最后得出结论：丹石药丸并非万能，更非长生不老之药。
请看他的说法：一方面，孙思邈认为石药可服，“人年三十以上可服石药，若素肥充，亦勿妄服；四十以上，必须服之；五十以上，三年可服一剂；六十以上，二年可服一剂；七十以上，一年可服一剂”。且强调乳石质量务必保证，“其乳石必须土地清白光润，罗纹鸟翮一切皆成，乃可入服……紫石、白石极须外内映彻，光净皎然，非此亦不可服”。
另一方面，孙思邈郑重指出，若服乳石不当，必有严重祸害。“其非土地者，慎勿服之，多皆杀人，甚于鸩毒。”通过实证，特别指出古方传“寒石五石更生散方”之毒，道：“余自有识性以来，亲见朝野仕人遭者不一。所以宁食野葛，不服五石。明其大大猛毒，不可不慎也。”
野葛为公认剧毒物品，孙思邈将五石与野葛相比，足见此期的他，对丹石之害已有清醒认识。此等背离道家主流观念而动的认识，实在难能可贵。
孙思邈又一别于时俗之处，即炼丹目的在于应用，不仅用于士族人等，而且用于普通人家。故孙思邈从用料到炼出成品，皆与一般丹术家不同。
那日他在市上见一商贩，系着兽皮，赤着上身，手持一个托盘，自称盘中丹丸为仙乐长生丹，服食一合，即得百岁，服食五合，三年成仙。见围观者不少，那人还故弄玄虚，宣称货少，欲购从速，且每人只可购得一丸。于是众皆一拥而上，争相抢购。
孙思邈看不过去，乃提醒乡亲们小心受骗。且说明世上绝无成仙之丹，否则皇上能不服用？听这一说，争购者立即住手。贩卖仙丹者不干了，抓住孙思邈手臂，非要他赔偿损失不可。孙思邈严肃地道：“命重千金。你这样做，不怕遭报应吗？我倒真有丹丸，可以疗疾。你若有活人之心，可送与你。”说时，从背篓中取出一密闭竹筒，内盛若干石药，以手掂之，分量沉重，交与对方。
售假仙丹者其实是知假贩假。听孙思邈这一解释，便知那礼物分量。接过之后，倍觉惭愧，忙向孙思邈施礼，且问价钱多少。
“无价之宝。”孙思邈笑道。
“那，方子多少钱？”
“更无法论价了。”
“你说个价，或者我出得起。”售假药者说时，动手欲解衣袋。
孙思邈哈哈一笑：“我可将配方和操作方法都告诉你，只希望你别再以假药坑人。”即将炼制方法一一详述。
“佩服佩服，救世菩萨。”制售假药者听了，对孙思邈深深鞠躬，当即将未脱手的仙丹扔出老远。
孙思邈所赠药丸，名为“饵云母水方”，可疗多病。此药膏状，而非颗粒，于健身极为有益。据孙思邈称：此方亦曾“吾自验之”，效力不用怀疑。所以他不仅愿意将制炼方法告知他人，亦愿使之流广。他在写作《千金要方》时，还将该方记入《养性》卷“服食法第六”。
孙思邈所记“饵云母方”制作过程如下：
上白云母二十斤，薄擘，以露水八斗作汤，分半洮洗云母，如此再过。又取二斗作汤，纳芒硝十斤，以云母木器中渍之，二十日出。绢袋盛，悬屋上，勿使见风日，令燥，以水渍，鹿皮为囊，揉挺之从旦至中，乃以细绢下筛滓，复揉挺，令得好粉五斗，余者弃之……服十日，小便当变黄，此先疗劳气风疹也。二十腹中寒癖消；三十日龋齿除，更新生；四十日不畏风寒；五十日诸病皆愈，颜色日少。
孙思邈炼制丹丸，极讲究成分搭配，为此多有反复。他先以云母与他物搭配，不成；再改用芒硝。药成之后，又多次品尝，并将感受及时记录，以便授予他人。只要有办法维持成本，他就慷慨赠与，不收取分文。
随着年纪增长，孙思邈对炼丹术兴趣有所转移，不再专注方技，而以研究医道为主。对于石药，则重在治疗服食后遗症。所荐之法，大多亲验。
一日孙思邈接待一名石药中毒患者。照面之后，孙思邈问：“是否大小便不通？”
“正是。”
“有时小便带血？”
“没错。”
“排尿时隐隐作痛？”
“全给先生说对了。您说咋治法？花去的钱币用箩筐装，吃过的汤药可成池塘，只不得愈。”
孙思邈笑道：“今来一简单法子，不用服药，省去你一筐钱币。”
“可别开玩笑。真有奇效，送您钱币半筐。”
“是吗？可说准了。”
“绝不食言。”
“我先示范，回家你再照做。”说时，孙思邈让患者躺在榻上。
孙思邈治法的确简单。先取一小袋沙土，在患者鼓胀腹部左右推移，直推得患者感觉凉浸浸的，再换一小袋热炒黄豆，如熨衣一般在患者腹部来回揉搓，使患者有灼痛感觉。过后，再以沙袋推移。如此反复，直至患者连放几个臭屁，即感觉轻松不少。
患者大觉奇怪：“这是何种疗法？”
“放屁疗法。”孙思邈先是一笑，先着解释：“你这是服石过甚，热气存于腹内，致使大便干燥、小便受阻，排尿带血。这一冷一热熨法，使腹部收缩加剧，那毒气便化作臭屁放出来了。”
“奇术奇术，怎不见别人使用？”
“我这是自己琢磨的法子，书上不载，故别人不会。”
患者连连称奇，忙问半筐钱币往哪儿放。孙思邈哈哈大笑，忙道：“留着给自己用吧，你已花费不少。如果钱多，就周济一些给穷苦人家。”
此为写入《千金要方》的解五石毒疗法之一。
孙思邈由迷恋炼丹转向钻研解石药毒疗法，时在三十八九岁以后。这一转向，从两部《千金方》可以看出。在第一部著作中，孙思邈将“解五石毒”列入“解毒并杂治”卷中，分量显轻。写作《千金翼方》时，则专辟《飞炼》一卷，列出多方，并对服食石药的诸多后遗症患者提出忠告。可见孙思邈的关注重心，皆随患者需要而变化。