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北周建德四年（575），孙思邈三十四岁。这年周主宇文邕发动东征，锋芒直指北齐。虽说战争由朝廷发动，百姓却跟着受罪，孙思邈即为受罪者之一。他被意外抓丁，险些死于沙场。所幸的是，他却于九死一生中长了若干学问，在军营中初步学会了外伤治疗。
周主眉浓如墨，额角高耸，处事果敢。他对宇文护可不客气，处死宇文护之日，即将其族中在京所有男子全都斩首，以绝祸根。宇文护之子宇文训为蒲州刺史，周主即遣人乘驿马前往缉获，就地赐死。宇文护另一亲属出使突厥未还，周主亦派人持玺书于途中杀之。至此，宇文护一族所有男性皆灭，女性被没为官奴。其平日所宠信的僚属，亦大都被削职免官，或被处以刑罚。
剪除宇文护之后，周主便想着如何统一北方。打仗离不开人，兵源却成了问题。百姓不愿作战，大多设法逃避。有的昼伏夜出，有的逃进深山，竟使得平畴一片荒芜，沃野无人耕作。于是周主一面下令乡吏强行征兵，一面命军队随时抓丁，大凡五十岁以下者，见谁抓谁。青年孙思邈猝不及防，于采药途中仓促被抓。
孙思邈被强征入伍后，伍长担心他逃跑，将其用麻绳反手绑缚。麻绳入肉三分，直勒得他双手发紫，血液几乎凝固。他还不幸扭伤脚踝，行走稍迟，被伍长劈头一鞭下来，顿时血流不止，视力也受了影响。
孙思邈在兵营见识大长，许多景况闻所未闻。得出的结论是，人世间最苦者莫过于士卒。时近冬日，众士兵皆宿于半裸之所，帐篷又破又窄，众人挤作一团取暖，有时翻身尚且费力。所食粟米皆有霉味，且煮得半生不熟，咽之直想呕吐。煮的菜连根带叶，不见半点油星。诸多士兵因为缺食，或面黄腿肿，或腹部隆胀，或眼睑溃烂，或饿昏倒地。
士兵们却被皮鞭驱赶着日夜操阵，稍有不慎，轻则遭受鞭笞，重则被当众枭首。待上战场，士兵们一手持矛，一手持盾，拖着瘦弱之躯，冒着如雨之矢，呐喊着拼命冲杀。稍有迟缓，不待敌兵斩杀，早被督战长官砍掉脑袋。两军混战中，双方倒地的士兵漫山遍野，交错横卧，血水汇融，或凝固成片，或流动成河。那伤残未死者因无人救治，则在死尸堆中边哭边爬，直至流尽最后一滴血，咽下最后一口气。
孙思邈经过一处战场，那儿数月前发生过大战。但见遍地皆是死尸，因溃烂程度不同，或几近完尸，或尚存残肢。群群苍鹰翔于上空，乌云般飞涌，啄食尸肉。野狗与苍鹰争食怪叫之声，闻之令人毛发倒竖。
孙思邈先得接受军事技能训练，此为吃苦头之始。因武器短缺，他只领得一杆枣木长矛，盾牌却是铜材，拿在手中沉甸甸的，身上那件笨重铠甲，从一个死者身上扒下，死者则不知姓氏。孙思邈身形单瘦，铠甲穿在身上空空荡荡。他已数日不见粒米，只以葵菜糠饼充饥，双脚似有千斤之重。训练才刚开始，对方一枪刺来，孙思邈举盾遮挡，那盾牌“哐啷”一声，掉在地上。
“啪！”孙思邈身上立即挨了一鞭。官长还算慈悲，头一鞭只抽打背部，没让他眼睛失明。孙思邈拾起盾牌，继续练习拼刺。这回他决计主动，未待对方动手，举起枣木长矛便刺。对方却轻巧躲过，使孙思邈失重仆倒。官长这回可不客气，“嗖”！朝他头部就是一鞭，叱道：“你这熊包也能作战？早给劈了。”
“遵命。多谢伍长。”孙思邈拾起枣木长矛，继续拼刺。
这回，他倒是将对方刺趴了，出于爱怜，忙去拉扯，试图将对手扶起。结果他又挨了伍长一鞭。
“还用你扶？他自己起不来就死定了。”
“遵命。多谢伍长。”孙思邈已是满脸血水。
他心里好一阵悲苦，没准儿将死在战场。如此想着，不禁涌出泪水。但他不敢哭出声音，趁长官不注意，忙用手背将脸上的血水和泪水抹去。那日孙思邈见一受训新兵，不幸摔倒受伤，哼出声来，被官长一刀劈下，完好的胳膊立时只剩了一只。生命，于军中一文不值。
孙思邈受训三日，就算是老兵了。在他之后，又有数人被捆绑而至，看其年岁，皆在弱冠，其中一人不及矛长。孙思邈领得一杆铁戟，握在手中冷冰冰的，直叫他欲哭不能，只好迎着冷冽寒风，面对家乡默默祈祷，但求父母天上有灵，保佑娃儿平安回家。
何日才得回到故里？唯有战争早早结束。战争何日才得结束？谁也回答不上来。孙思邈听那资历更深的士兵窃议：若得早归，唯求在混乱战场上侥幸脱逃。孙思邈暗想，此话虽然在理，却与“忠君”的大义有违。他一时不知何去何从。
意外遭遇这一场兵祸，使孙思邈对士卒处境深表同情，不由想着如何帮助这些不幸之人。孙思邈自生出这一念头，便把自己的痛苦似乎忘了。战场上多以拳脚及刀箭决定胜负，故外伤者甚众，包括跌伤、刺伤、箭伤、打伤、摔伤、烧伤等，由此导致折胳膊断腿，以及不同程度的烧伤，故在治疗上以金创折疡和烧伤为主。而孙思邈此前行医民间，很少接触这类病人。
古之诸侯将帅，为取得战争胜利，已注意到关心士卒健康。战国末期的《六韬》，托名著者姜尚，在卷中提及：军中应有“方士二人，立百药。以治金疮，以痊万病”。文中方士，似为早期军中医官。
《史记·司马穰苴传》载：齐景公之将军司马穰苴，对士卒颇为关心，每到驻地，必“问疾医药”。此举令士卒十分感动，于是“兵病者皆求行，争奋出为之赴战”。将军既然“问疾医药”，自有专人负责落实。可见亦有医者随行军中。
古时掌管军中医药之事者，一般是些什么人？《墨子·迎敌祠篇》中提供了部分答案：“举巫医，卜有所，长具药，宫养之，及有方技者，若工第之。”可见最早的军医由巫医和方士担任。
孙思邈所处的年代，国家一分为三，战争残酷频繁，各方都伤亡惨重，故军中医药难以为继。别说战斗结束后伤员无人救治，就是平时训练导致的伤残者也无法得到疗救。伤残者们或满身污血，或发出腥臭，或四肢被折断，或脑袋被打破。还有的肠子露在外面，自己用手提着。至于哭泣哀号，更是见怪不怪。
孙思邈目睹这些，心里备受折磨，见伤兵在死亡线上垂死挣扎，如同看到自己的至亲在受苦受难。于是孙思邈暗下决心，在可能条件下替他们减轻或解除痛苦。
这可不是想干就能干得好的。孙思邈第一次见到浑身血污的伤者，不由得恶心想吐，别说吃不下饭，连喝水都感觉困难。何况他不精于此道，尚需从头学起。好在他带了一卷医书，内载外伤治疗方法。孙思邈便照那书上所说，试着给外伤患者做治疗。
“你有多大本事？那么多人，治得了吗？”伍长粗暴地道。
“试试看吧，能救一个是一个。”孙思邈恳切地道。
“你想逃避训练打仗？”
“……”孙思邈大觉委屈。
然而不久，伍长本人不幸自高处跌伤，出血不止。他既知孙思邈懂得医术，忍不住向他求助。想着此前对孙思邈的粗暴态度，显得十分尴尬。
孙思邈不计前嫌，即刻开始救治。他让伍长坐着，自己跪于地上，先仔细用药草熬水给伍长清净伤口，洗去瘀血，再敷上咀嚼过的生骨药，最后以若干层破布包裹固定。半月过去，伍长伤情见好。
“你这家伙，还真有两下子。你想怎样？”伍长主动征求孙思邈的意见。
“谢谢伍长，我亦无太多本事，人尽其能罢了。”
“好，只要不训练，你就帮弟兄们治病。”
“多谢伍长。但如需外出采点儿药什么的呢？”
“怎么？你小子想要逃跑？”
“对天发誓，伍长。我若有逃跑念头，必遭五雷轰顶。”
“看来你也不像个偷奸耍滑者，我就相信你。实话对你说，你若是逃了，我就会倒大霉。懂得么？”
“我懂，我懂。我再次发誓……”后面的话，被伍长主动制止。
于是孙思邈获得便利，可抽空去营外采药，再通过走访当地乡亲，获得不少疗救外伤的土方土法。
此为孙思邈接触军中外伤患者之始。
通过与外伤患者频频接触，孙思邈情感发生了巨大转变。对甚是难看的患者，不再觉得恶心，而是急患者之所急，痛患者之所痛，一旦接手，即全身心投入救助。他且将自己的体会记入书本，希望与同行共勉，因之《千金要方·序例·大医精诚第二》中有论：“其有患疮痍下痢，臭秽不可瞻视，人所恶见者，但发惭愧、凄冷、忧恤之意，不得起一念蒂芥之心，是吾之志也。”
孙思邈离开营地采药，多有逃跑机会。但他恪守誓言，从不生此异念。然而孙思邈毕竟不愿久在军营，于是日夜盼望早上战场。据有经验的老兵透露，如若逃跑，作战时最宜。因战场一片混乱，官长们只顾自己安危，顾不了其他，士卒便有逃身机会。
孙思邈于是日夜盼望打仗。
其时正逢北齐内乱，新主高湛凶狠残暴。他在尽诛忠良后，于洛阳附近兴兵迎战周师。孙思邈恰赶上这一场恶仗。
孙思邈得知，洛阳乃一风景优美的古城，故心仪已久。他原想驻洛阳之日，当饱览洛水风景，与洛神并肩神游，共品风花雪月，怎料想初至洛阳，竟是这等惨状。
这时孙思邈在军中已有数月，每日劳顿，营养奇缺，瘦得风吹便倒。企盼的战斗终于来了，来得那样突然，他与军士们正挤在帐篷里睡觉，忽听那战鼓擂得震天动地，猛催军士紧急出击。
月光昏暗，狂风骤至。孙思邈拿起长矛铜盾，随众军士奔向旷野。却听得四周杀声震天，还燃起熊熊火光，原来是齐军趁夜色偷袭周营。周营遭此突袭，平日整编的队伍皆散，分不清谁敌谁我。马蹄嘚嘚，刀光闪闪，喊杀声响成一片。孙思邈急慌中不辨东西，只朝人少的空隙处跑。那人群却时散时聚，总也冲不出去。刀戟激烈的碰击声中，军士们一排排倒下。
孙思邈早已不知饥渴疲劳，如混在疯狗群中一般拼命喊叫，举着长矛乱舞乱刺，也不管是敌是我。正激战时，忽有一匹烈马迎面冲来，马背上的敌兵举着长矛。孙思邈本能地将铜盾举起，挡住敌兵的长矛，才要跑开，却被脚下的死尸绊倒。孙思邈哀叫一声，倒地后忙用盾牌护住脑袋，同时想用手中长矛突刺对方战马。然而敌兵马快，不待他动手，那战马早飞奔而来，马蹄踩中孙思邈的铜盾，长矛戳进孙思邈腹部。孙思邈来不及再嚷，便不省人事。双方的烈马刮起阵阵恶风，从他身前身后呼啸而去。
周、齐两军在洛阳沃野浴血混战之时，齐主高湛在邺都却做着温柔之梦。原来齐显祖高洪暴死后，尚有皇后李氏留在宫中。李皇后婉丽清秀，光辉射日，令继齐显祖之位的高湛垂涎已久。今高湛既为帝王，便视李皇后为囊中之物。殊料李皇后却有矜持之心，对高湛誓不顺从。
高湛大怒，令贵人将李皇后拽至内庭，环指李皇后若干亲生子女：“汝若不从，朕先杀你全家。”言毕，一刀将李皇后幼子右腿砍断，直疼得那幼儿于血泊中滚来滚去。李皇后骇得浑身筛糠一般，抱住幼儿连连跪地求饶。高湛把李皇后折腾够了，才想起洛阳一带正在对阵，关中秦地尚有万千美女。乃传旨军中，着即猛袭周营，有误军机者立斩。
时齐军据有洛阳，粮丰兵盛，周师仓促出关，人生地疏。齐主却不通军事，只强令突进。周师则疏于防范，故遭突袭。一场混战下来，双方各有重大伤亡，只杀得洛水数日变红，旷野遍布尸山。最后结果是，洛阳一战，周师大败。齐主下令：将对方遗留战场的伤兵一律斩杀。孙思邈等人眼看没命，一场暴雨突如其来，使残杀周军伤兵的计划不能执行，于是孙思邈侥幸捡得性命。
当孙思邈恢复知觉时，雨水正打得铜盾“乒乓”直响。他伸手摸头，摸得满手血污，再看四周，全是姿势各异的尸体，着装则有周、齐之分。孙思邈让雨水一浇，头脑清爽不少，又试着抽动两腿，还行。啊，我还没死呢！他于是慢慢地回忆发生之事，明白自己身陷齐地，距关中尚有数百里之遥。
又一阵急雨狂风袭来，令孙思邈有了饥饿寒冷的感觉。他明白必须离开此地，否则还是死路一条。
孙思邈挣扎着试图站起，两腿却使不上劲，受伤的左腿被雨水浇淋，疼得不行。再摸摸隐隐作痛的腹部，才知这儿也被捅了一刀，庆幸未伤及心脏，鲜血不知何时凝结，此时已成血痂。头部被马蹄踹了一脚，全赖铜盾遮挡。在此动乱岁月，孙思邈越是庆幸捡得性命，心里越是平静，力气也增了许多。他侧着身子，以手撑地，两腿交替使劲，先是在泥地里一寸一寸爬行，后速度加快，最后摇晃着站起，扔掉盾牌，将长矛当作拐杖，一步步开始行走。
孙思邈绕过大路，只走小道，一路歪歪扭扭，来到一座寺院前。孙思邈举目四望，没有他处可去，看来只得求助出家人了。
孙思邈浑身是泥，血斑满脸，把开门的小和尚吓了一大跳。孙思邈忙伏地磕头，只求讨一口热水暖暖身子。
“你这样子怎能行走啊？且住些日子吧。”
“阿弥陀佛。那，我做点儿什么呢？”孙思邈听住持这一说，感激不已。
“你就和我们一道念经诵佛吧。”
“阿弥陀佛。有缘，有缘。”孙思邈再次拜谢。
此乃孙思邈首次与佛教徒接触，所获印象甚好，觉得他们确有善心，值得引以为师。孙思邈非常珍视这一缘分，乃于养病之际用心研究佛学。他一方面跟随寺院佛友做各种法事，一方面研究佛家养生理疗之道。经过一段日子的集中研读，孙思邈对佛学由不知到粗知，为以后深入研究打下了良好基础，最终成为“道、儒、释”皆通的俊才。
且说孙思邈在寺院住了数旬，基本恢复行走，乃对寺院住持千恩万谢，告辞而去。由于战争不断，来寺院的施主甚少，故出家人只能自己种地以维持生计。孙思邈不愿给别人添太多麻烦，才急于离开。
这一番军营生活，让孙思邈思之便觉后怕。为防止再被抓壮丁，他从此出行皆道士装扮，头戴藏青色布帽，身穿藏青色道袍，背一个布缝包袱，内里装着药材。战争期间，因军中医者奇缺，故一般游医也不敢腰挂葫芦了，以防冷不丁被抓。
孙思邈从立志学医之日开始，皆过着颠沛流离的生活。国家正当动乱，以长江天险为界，三方南北对峙，相互间厮杀不休。孙思邈和所有百姓一样，都盼着战争结束，国家统一。而在这一天到来之前，孙思邈却不愿长期隐入深山，只顾闷头修炼。他便冒着再次被抓的危险，继续四方行医，不断增长才干。他知一个人无法选择出生年代，只能适应所生年代，愤世嫉俗没有用，徒然浪费光阴。故孙思邈虽逢乱世，却从未气馁，也不怠惰，总给自己找些事做。
这是孙思邈第一次出函谷关东行。虽毫无自由，却也有收获，对函谷关以东的风土人情有了初步印象。他暗下决心，若有机会，一定再去魏晋、齐鲁、燕赵等广阔地区深入走访，采药求方，为患者更多效力。