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孙思邈两部巨著，内容包罗万象，几乎涵盖医学全部门类。至于他早期首先主修哪个门类，除书中透露曾与狂犬病打过交道外，余则看不出来。待到“立身”之后，则可探出孙思邈行医轨迹，因他在书中有记，称在这一阶段曾“二遭热痢，一遭冷痢”。
痢疾为肠胃感染急症，临床表现是严重腹泻，一般因食物引起，彼此能相互传染。孙思邈立身之年感染此疾，可见其生活甚无规律，卫生条件更不算好。查寻病根，还离不了幼遭风冷，体质不佳。因之“立身之年”未立，各种压力倍增，致使健康继续受损，不能得到有效恢复。可见孙思邈先天不足，不异常人。
孙思邈第一次患上痢疾，还不知它的厉害，早起虽觉腹部隐痛，却还坚持出门，因已约好几个病人，生怕误了出诊。他来不及生火，端起昨晚剩下的稀粥就喝。
早春天气，乍暖还寒。树上冰凌尚未融化，经太阳一晒，“沙沙沙”往下掉。孙思邈胃里揣着冷食，路上经凉风一吹，到达出诊之所，肚里已开始闹了。出诊处为村边一座棚屋，四壁漏风。孙思邈再被凉风继续灌着，接诊不过三人，忽觉胃肠一阵蠕动，便感觉不能自控。
“对不起，我得方便一下。”孙思邈说时，捂着肚子赶紧跑。
孙思邈回转身子，还想挺着，继续出诊。结果第二次未至茅坑，裤子早弄脏了。
惭愧，一个医生，竟出此窘相。他只得暂缓出诊，着手自我调理。
孙思邈第一次遇上这个病症，又恰好发生在自己身上。故他不仅找不到现成药方，未存下有价值的病案，还不便向别人咨询，觉得失了面子。年轻人的自尊心支配着他，只能自加压力。
他打开一册册医书，翻检相关药方，不知该用哪个方子才好。因误了治疗佳期，肚子越闹越频。最后竟不敢出门，只能在家待着，结果是“日夜百余行，乃至移床就厕”。
孙思邈这回遭罪了，你想那日夜百余行是何滋味？而在此前他体质虽弱，精神却好，把很多潜在疾病给掩盖了，现为阶段性爆发，故如同翻江倒海。他被痢疾折磨得九死一生，瘦得皮包骨头，上坡过坎都没了力气。孙思邈这才识得，没有健康就没有事业，甚至一切无从谈起。
“想办法，自己治。这跟头同样不能白栽。”孙思邈想起治狂犬病栽跟头的情形，自信定能战胜病魔。
与治狂犬病不同的是，那回是给别人治病，而这回却是给自己处方。孙思邈由于抹不下面子，只能私下将难题解决。他这就得拿自己做实验，看究竟哪些方子效果好，于自己对症。
孙思邈这一查阅，大为惊异。原来那治痢方术五花八门，有的载于书上，有的流行民间，让人无所适从。孙思邈拿定主意：“我且‘以身试法’，倒看哪些药方见效。”
孙思邈重视每一回的经验教训，从不白交学费。他潜下心来，遍访乡邻，对每个方子皆自我验证。这样倒好，有一条不用担心，即意外事故不会发生在别人身上，皆由自己全部承担。虽说可能遭罪，他却无所顾忌。
因属验证，孙思邈所服之药常相互抵消，导致症状时好时坏。以致才好了一段时间，不久又犯。热痢刚控制住了，居然又患上冷痢。严重阶段，孙思邈一日如厕近二百行，腹内空空如也，两腿软如麦秸。病相如此险恶，连自己都怀疑能否再起。但他咬紧牙关，继续坚持，决心以一己之身，验证诸多偏方。他就这样反复折腾自己，险些把肠胃搞坏。也不知费时多久，直至诸方被完全掌握。
孙思邈大获全胜。
掌握了这门绝活，大有用武之地。原来那个时代，饮食卫生条件有限，痢疾为最常见疾病之一，无论城镇乡村，多少人深受其害。孙思邈初次接诊这类患者时，所见症状五花八门。有热毒下黄汁者，有热毒下黑血者，有五内绞痛者，有赤如烂血、滞如鱼脑者，有热毒纯血痢、日夜百行者等等。同行们谈起此疾，仍称“此痼症，难治愈”。
孙思邈现在面对这些，却显得胸有成竹。
一日来一中年患者，颧骨尖突，两颊深陷，用镐头都难挖下一点肉来。手拄双拐，才进屋即便瘫倒。孙思邈确诊对方为痢疾患者，忙半跪在患者跟前，耐心地问：“你患病多久啦？”
“三、三、三……”患者伸出三个手指，声音低弱到吐字不清。
“三年？”
“三、三、十、十……”
“啊，三十年？您可真受苦了。”孙思邈听了，大为吃惊，立即联想到自己经历的痛苦，决心替患者解除病痛。他给患者端过一张矮几，让他坐下，安慰他不用急躁，再细问起因和治疗情况。知患者求医无数，皆不能治愈时，孙思邈即问对方忌口情况，然后把握十足地道：“不要紧，能治好。但你得听我劝告，尤其要管住嘴巴。”
患者将信将疑，接过孙思邈开的方子，拄着双拐而去。
孙思邈用药果然高明，切中患者病症。该患者连着服药两月，中间更换处方三次。这位被痢疾折磨三十余年的汉子，到底让孙思邈给拿走双拐，能自由行走了。
针对该患者久治不愈的个体特点，孙思邈用的是“四续丸”方，再视病情加减。此方载于《千金要方·脾脏·冷痢第八》，为：“治三十年注痢，骨立痿黄，肠滑不瘥方。一名蜡煎丸。”他严格要求患者，治疗过程中务必忌口，生、冷、肥腻等食物决不能食。而患者此前偏管不住嘴，病情稍微见好便大吃起来，导致反复无常。
此为孙思邈治愈痢疾病例之一。在同一卷中，孙思邈还记有“椒艾丸”一方。其治愈对象，为“三十年下痢”患者，“所食之物皆不消化，或青或黄，四肢沉重，起即眩倒，骨肉消尽，两足逆冷，腹中热，苦筋转，起止须扶”，可见病情之重。该方后面还有注明，可治“阴冷无子”。可知孙思邈以此方不仅接诊过男士，亦治愈过女性患者。
他后来对治疗痢疾愈加专攻，所荐“陟厘丸”方为又一例证。药丸成分是：
水中陟厘五两 汉中木防己六两 紫石英三两 厚朴一两 陇西当归四两 黄连二两 三岁醇苦酒五升 上好豉三升据孙思邈验证，此方可“治百病下痢，及伤寒身热，头痛目赤，四肢烦疼不解，协热下痢；或医已吐下者，腹内虚烦，欲得冷饮，饮不能消，腹中急痛，温食则吐，乍热乍冷，状如温疟；或小便不利，气满呕逆，下痢不止”者。他因担心患者不能自制，还经常亲手将药丸做好，送到患者手中。并针对不同病情，告以不同用量。
那日又来一患者，自诉平时身体极健，壮实肥胖，寒夜睡觉无需被褥，暑天歇息即喜欢露宿。他食肉拣肥，嫌精肉碜牙。没想到突患痢疾，一日如厕百行。孙思邈乃告患者，此疾为疳湿痢，皆因不良生活习惯而起。患者连连称是。
孙思邈便问：“你能否做到少食肥腻？”
“只是管不住自己。”
“那就书一正楷小幅，悬挂警示自己。”孙思邈笑道。
“愿纳先生真言，只求一幅墨宝，自己写的往往不算。”
孙思邈见对方说得认真，当即挥毫：“凡疳湿痢之病，皆由暑月多食肥浓油腻，取冷眠睡之得也。《礼》云：君子盛暑之月，薄滋味，无食肥浓煮饼。此时不利人也，养生者宜深戒之。不尔，多患疳湿耳。”
那患者接过，谢恩而去，回到家里，果将该条幅悬于墙头，以警示自己。自此该患者吸取教训，于饮食起居方面严格要求，养成良好的生活习惯，终与疳湿痢彻底诀别。
孙思邈经过大量临床，最后惊讶地发现：原来痢疾并非那等难治，只需刻意对症，较之其他顽疾，痊愈率竟然居高。用他后来写在《千金要方·脾脏·热痢第七》篇中话说，“乃知此疾天下易治”。在这由“难”而“易”的后面，凝聚着孙思邈多少心血。
那为何会有痢疾难治之说？孙思邈亲验乃知，此既有医家之责，也有患者之误。医家须力戒浮皮潦草，浅尝辄止；患者即有：“中性之徒，率情骄倨，良药苦口，不能克己早饵，朝遇暮过，望其自瘥；疾热日增，胃气渐弱，心力俱微，食饮与药皆不能进。既不时愈，便称痢病难治，斯皆自误也”。
孙思邈还将痢疾分类：“大凡痢有四种，谓冷、热、疳、蛊。冷则白；热则赤；疳则赤白相杂，无复节度，多睡眼涩；蛊则纯痢瘀血。”他亦论及痢疾的一般治疗原则：“热则多益黄连，去其干姜；冷则加以热药；疳则以药吹灌下部；蛊毒则以蛊法治之。”
孙思邈分析某些人服药不瘥的原因：“凡服止痢药者，初服皆剧，愚人不解，即止其药不服，此特不可。但使药与病源的相对主，虽剧但服，不过三服渐渐自知，惟非其主对者本勿服也。”
如何防止复发？还需追根索源。孙思邈再经探究，乃有如下结论：“凡痢病，通忌生冷醋滑、猪鸡鱼油、乳酪酥干、脯酱粉咸。所食诸食，皆须大熟烂为佳，亦不得伤饱。此将息之大经也。若将息失所，圣人不救也。”
孙思邈通过对痢疾的治疗，深感饮食与疾病关系极大。不仅痢疾患者如此，其他患者也关乎饮食。此即孙思邈“食治”理念的萌芽。
孙思邈的探究并未到此为止。他之所想，是让其他同行并一般患者都能掌握要诀，对付顽症。为此孙思邈又从“古今痢方千万首”中筛选出部分方子，以喻他人。这些方子皆经亲验，特具疗效。在写作《千金要方·脾脏·热痢第七》篇时，孙思邈列方二十六首，灸法十首；在《冷痢第八》篇中列论一首，方三十二首；在《疳湿痢第九》篇中列论二首，方十首；在《小儿痢第十》篇列方三十七首，予以推荐。孙思邈就此成为治疗痢疾的专家。