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清军入关之后，遭难的是全天下的百姓，但在这期间，最纠结的还是知识分子。他们深受儒家文化的浸染，面临着一场关系名誉和生死的抉择。
根据儒家的传统思想，忠臣不事二主，为人臣者要舍生取义。苟活还是殉国成为摆在明朝遗民面前最迫切的选择，明朝灭亡之后，大批知识分子自杀殉国，从容赴死。根据史料记载，有大批的遗民虽然没有选择死，但是也没有选择在清朝的眼皮底下过日子，而是选择了远涉重洋，到台湾地区、南洋或者日本去。据学者统计，明朝遗民的数目不下万人。
有遗民，有殉国者，就有贰臣。贰臣当然不是一个褒义词，贰臣是那些背叛明朝投降清朝的人，在当时，贰臣是非常受鄙视的。
清政府也非常不地道，对于那些投降的贰臣，他们对其贬低，极尽嘲笑，搞得这些贰臣非常难堪。相比遗民，贰臣虽然衣食不愁，依旧过着富贵生活，但是人格就要低贱得多。
清初最有名的遗民当数顾炎武，顾炎武是苏州昆山人。明朝灭亡后，他开始了漂泊生活。身负奇学，名满天下。弘光政权建立后，顾炎武担任兵部司务，企图一展抱负，完成反清复明的大业。可惜，弘光是个扶不起的阿斗，政权又为马士英、阮大钺等人把持。不久，弘光政权就被清军灭掉。顾炎武于是投笔从戎，在苏州参加了反清斗争。失败后，回到老家。
没过多久，剃发令又来了，顾炎武的一些好友又参加了反剃发斗争，但顾炎武因为老母有病，只好在家照顾。顺治二年（1645年）七月，昆山被清军攻陷，顾炎武的两个弟弟被杀害，老母虽然侥幸活了下来，但落了个终身残疾。
七月十四日，顾炎武的母亲绝食而死，临终给他留了遗训：“勿为异国臣子。”
从此，顾炎武蓄发明志，表示与清朝统治者对抗到底。为了表示自己的决心，顾炎武写下诗句：“我愿平东海，身沉心不改。”此后五年，顾炎武辗转于太湖沿岸，和各地反清复明的志士秘密往来。
顺治七年（1650年），顾炎武以前的一个仇家叶方恒告发了顾炎武。为了免遭迫害，顾炎武剃去头发，装扮成商人，继续在江南江北一带和反清复明的人士交往。顺治十二年（1655年），叶方恒和顾炎武家里的仆人陆恩勾结，以组织反清武装的罪名告发顾炎武。顾炎武得知这个消息，悄悄地潜回昆山，秘密处死陆恩。但顾炎武也因此被抓进监牢里，后来在友人的帮助下才得以逃出狱。叶方恒派遣刺客在南京太平门外刺伤了顾炎武，并洗劫了顾炎武的老宅。
至此，顾炎武决定离开故土，远走中原。
顺治十四年（1657年），顾炎武变卖家产，开始了游学生涯，足迹遍布山东、江苏、浙江、河南、陕西、山西等地。正所谓读万卷书，行万里路，顾炎武以其精湛的学术造诣名闻天下。在游历名山大川的同时，顾炎武也不忘关注时局的发展，一直密切地关注反清复明斗争。顺治十六年（1659年），顾炎武到了山海关，怀想当年山海关一战，对清军入主中原一事悲愤不已，吟诵了一首《山海关》：
长城古堞俯沧瀛，百二河山拥上京。银海仙槎来汉使，玉关秋草戍秦兵。星临尾部双龙合，月照平沙万马明。闻道辽阳飞羽急，书生急欲请长缨。
这首诗，怀想明朝边事，对吴三桂引清军入关一事深恶痛绝。这一年夏秋之交，郑成功、张煌言率军挺进长江，一路战果辉煌，直逼南京。顾炎武听到这个消息，非常振奋，也跟着南下，希望能够有一番作为。可惜，还没走到扬州，就传来郑成功失败的消息，顾炎武只好怅然而归。顺治十八年（1661年），郑成功退到台湾地区，永历政权宣告瓦解。顾炎武满腔热血瞬时成空，一时心灰意懒，准备一辈子隐居，做一个学者。
顾炎武选择做一个遗民就意味着选择生活的艰难，因为封建社会士大夫基本不从事生产，换句话说，经济来源成了问题。
除了经济问题之外，顾炎武面临的最大的危险是政治迫害。在康熙二年（1663年），发生了一桩震惊朝野的文字狱——庄氏史狱，金庸的《鹿鼎记》就以这桩文字狱开始。事件的经过是庄氏编了一本明史，书中有许多“犯禁”的地方，特别是纪年都是用明朝皇帝的年号。庄廷鑨曾经邀请顾炎武也来编写这本书，不过顾炎武委婉地拒绝了，因此逃脱了这场文字狱。这场文字狱牵连非常广泛，遇难的人达到七十多人，其中有不少是顾炎武的好友。
康熙五年（1666年），顾炎武又遇到了一次灾难。山东莱州人姜元衡告发黄培收藏“逆诗”，并且指控顾炎武与黄培过从甚密，曾经到黄培家中搜罗《忠节录》。听到这个消息，顾炎武非常震撼，那时他已经感受到清政府可怕的力量。为了澄清事实，顾炎武从北京到济南自首。结果，被关进了大牢。在牢里度过了十个月，顾炎武才在友人的救助下出狱。
尽管生活如此窘迫，生命和财产没有保障，顾炎武仍然没有动摇自己的立场，坚持要做明朝遗民，拒绝清政府的征聘。
清廷修《明史》时曾经重金礼聘顾炎武，但顾炎武誓死不从，在回信中，他郑重声明：“人人可出，而炎武必不可出。七十老翁何所求，正欠一死，若必相逼，则一身殉之。”
直到康熙二十一年（1682年），顾炎武才病逝。
清初有名的遗民还有屈大均，屈大均是广东番禺人，广州沦陷后，屈大均的父亲命令他：“一定要洁身自好，不要在清廷当官。”屈大均谨遵父亲的教诲，为了保持对明朝的忠诚，他选择在家务农。
清军剃发令来了之后，屈大均和老师陈邦彦一起参加反清斗争，立志反清复明。斗争失败后，屈大均的老师陈邦彦殉国，屈大均无路可走，选择了出家。出家之后，屈大均没有戴僧帽，而是戴明朝士人常戴的青纱头巾。屈大均虽然皈依了佛门，但实际心理上还不是一个僧人，始终牵挂着明朝故国。
复国无望之后，屈大均在晚年以文字遣怀，书写了大量的作品。由于屈大均的立场是反清复明的，所以毫无疑问他的书在当时是禁书。屈大均六十七岁时死去，死后，清廷掘出他的尸体屠戮，并将他的两个孙子斩首。生前无难，死后遭灾，一生也算是可悲。
钱谦益和吴梅村都是被列入《贰臣传》的，钱谦益前面我们提到，他为了保命投降清朝。投降清朝后，他的人生仍然充满了坎坷和危险，在清廷的政治生涯中，钱谦益几次被牵连入狱。几次政治迫害的经历让钱谦益对清廷感到失望，返回常熟后，他暗中与反清复明的势力联络。
康熙三年（1664年），钱谦益病逝，他的一生充满坎坷，背负了贰臣的罪名，最后又反叛清朝，以明朝遗民自居，可以说非常尴尬，又非常无奈。
吴梅村也是一个明朝遗民，他刚开始的时候立场非常坚定，坚决不与清廷合作。后来，禁不住顺治的再三征聘和家人的怂恿，进入清廷当了几年的官。晚年，他深深为这段经历忏悔。他非常痛苦，他并不想当官，但是又担心拒绝清廷的征聘会给家族带来灾难。选择出仕后，又很不甘心，总之，进退维谷，最后选择隐居度过此生。