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据说扬州城破之时，史可法准备自刎而死，被部将阻止。史可法便命养子史德威砍死自己，史德威痛哭流涕，实在下不了手。最后，史可法在参将张友福的推拥下，出了小东门，途中遇到清兵，史可法大呼：“史可法在这里。”
看来，史可法为国殉难的念头非常坚定。尽管多铎一再放下身价招降他，但史可法不为所动。史可法就这样英勇就义了。
之后，史可法的养子史德威牢记养父的遗言，寻找史可法的遗体。可惜当时天气非常炎热，尸体腐烂得已经难以辨别，史德威实在无法从满城的尸体中找出养父，只好在梅花岭为史可法修了一个衣冠冢。
这之后，清军连续十日血洗扬州，人们将这段血腥的历史称为“扬州十日”，当时不分老幼，一律屠杀。五天后，清军开进南京城，弘光帝带着文武百官跪道迎降。
攻占南京后，清军悍然发布了剃发令，清军之前的政策并不是这样的，只是要求明军将士要剃发，现在不管是谁都必须剃发。这个命令发出后，各个地方的人民纷纷反抗，其中江阴和嘉定两个地方的人民反抗得最为激烈。
顺治二年（1645年）六月二十日，清廷委任明朝进士方亨出任江阴知县，方亨到任之后，立即执行剃发令。当地父老乡亲认为方亨是前明进士，应该会念及旧情，就联名给方亨上书，希望方亨不要绝情，能够给父老乡亲留发。哪知道方亨辣手无情（说实话，我们也不能怪他，他不执行命令，掉脑袋的就是他自己了），不为所动，如果不剃发，他就强制执行命令。
许多人骂方亨：“你是明朝进士，头戴乌纱帽，身穿官服，却做清朝知县。你知不知耻，怕不怕羞？”
方亨也很愤怒：“别废话，这是命令，必须执行。”
当地不少的文人在祠堂里发誓：“头可断，发绝对不可以剃。”
很快这种思想在民众中传开，事态越来越紧急，民变一触即发。方亨一见这情景，躲在衙门里不敢出来。他一边敷衍民众，说有事好好商量，不要走极端，一边秘密派人去常州，请太守发兵，说江阴这里已经发生了民变。江阴百姓在城门口抓住了使者，质问以后，明白了方亨的阴谋。
愤怒的群众击杀了城内的清军，从衙门里揪出方亨。民众推举典史陈明遇为首领，拿起兵器武装反清。民众造反的消息传到清廷，清廷立刻发兵征剿。许多商人和富农拿出家里的财产充作军饷，起义的农民杀死方亨后，占领江阴城，公开举起反清大旗。
刘良佐奉命前来招降江阴军民，诱惑说：“只要你们投降，什么条件都好谈，反正大家都是大清的子民，有什么不好商量的。我保证只要你们投降，不会杀你们的。”
城里的百姓义正词严地拒绝了：“剃发这种事，自古未有，即使有百万大军临城，我们也绝不投降的。”
七月初一，清军开始攻城，陈明遇是一介文官，将城中防守的任务交给有经验的官员阎应元。到了八月中秋，江阴城还没有被攻破。阎应元还给军民们发赏月钱，危难当头，大家一边赏月一边抗战，颇有古希腊人的风范。据说当时，江阴城有人作《五更转曲》，听后，就连城外的清兵都流泪：
宜兴人一把枪，
无锡人团团一股香。
靖江人连忙跪在沙滩上，
常州人献了女儿又献娘，
江阴人打仗八十余日，宁死不投降！
八月二十一日，江阴城破，阎应元慷慨就义，临刑前赋诗一首：“八十日带发效忠，表太祖十七朝人物。十万人同心死义，留大明三百里河山。”
城破之时，阎应元带领一千多人上马和清军巷战，杀死许多敌人，身上中了三箭。他想夺门而出，没有成功，便跳到了太湖中，可惜湖水太浅，被清军俘获。当他被押到刘良佐面前时，刘良佐失声痛哭。阎应元问他：“你哭什么？要杀要剐快点吧！”刘良佐什么话也没说，转身离开。当天晚上，阎应元被杀害，陈明遇战死。
江阴城破之后，又是一场大屠杀，剃了头发的不杀，和尚不杀，其他都要杀头。当然，这一战清军也付出了很大的代价，死者接近七万，当然，其中很多是投降的汉人。
江阴人民的保卫战虽然以失败告终，但是极大地鼓舞了反清斗争。其中，最有名的是嘉定人民，结果是历史上著名的“嘉定三屠”。
清军进入南京后，原来明朝的嘉定县令弃城逃跑，清廷派周荃单骑到嘉定来招抚嘉定人民，这时候，嘉定人民还没有反抗，而是对他举行了盛大的欢迎仪式。
一个月后，新任的县令张维熙到嘉定就任。本来嘉定人民对清廷没那么反感的，忽然没过多久，传出了剃发令。一时间，城内人心惶惶，剃发比砍头还恐怖，这说明了习惯在人心中的地位。
随着剃发令越来越严，老百姓在街头奔走呼告，如丧考妣：“有没有大明的官兵来保护我们啊，身体发肤受之父母，现在有人要给我们剃头，这比死还难受。只要有人敢起义，我们一定追随。”
后来，突然有人放话说，以前明朝的总兵吴淞即将带领军队进城解救百姓之困。病急乱投医，危难之时见了稻草就抓，老百姓一听吴淞将军即将到来，闻风而起，开始火烧清军船只，打击清军。
嘉定人民的起义具有很大的自发性，是对古老习俗的一种坚守，对外来习俗的一种反抗，加上这种外来习俗是强制性的，所以反抗必然也是极端的。大家也意识到这种缺少组织的反抗会是什么后果，便推举进士黄淳耀和前明官员侯峒曾为首领。
在这两个人的主持下，嘉定百姓据城而守，人人拿起武器。嘉定百姓没有杀掉县令张维熙，只是把他赶出城，在城上挂着白旗，上面写着“嘉定恢剿义师”，并挨家挨户抽丁。城内秩序井然，昼夜有人巡逻——要是早这样的话，明朝也不会亡国，只有危难之时人们才懂得团结。
六月二十四日，李成栋派遣弟弟李成林率领几十名骑兵，企图杀出一条道路，向外界求救。然而，李成林在出城之时被乡勇包围，李成林被杀死，尸体丢弃在路边。得知李成林的死讯，李成栋日夜对着副将哭泣——可见，这人并没有泯灭人正常的感情。
七月一日，嘉定已经聚集了十万乡兵。可惜这些乡兵没有作战经验，和李成栋交战之时被打败。败退之时惨不忍睹，尸横遍野。更糟糕的是，当时河水暴涨，乡兵无路可退，只好跳进大水里，那个场面绝对太过血腥。李成栋指挥清军肆意屠杀，以泄弟弟被杀之恨。除此之外，李成栋还在城中挑选美貌女子，恣意淫乐。
李成栋率领清军攻进城后，接连屠杀了三天。清兵在杀人之前，先让百姓拿出珍宝和银子，骗他们说拿出银子就不杀人，结果不管有没有银子，一概被杀。
清军的屠杀远远不止这些，“扬州十日”“嘉定屠城”只是其中著名的案例。清军入关后到底屠杀了多少人没有确切的数目，不过我们仍然可以根据一些资料进行推算。
首先，我们可以根据《清世祖实录》的记载：所有州县，如果能剃头投降，开城欢迎的话就让你们过好日子；如果抗拒的话，大军一到，玉石俱焚，所过皆屠。顺治六年（1649年），清朝在四川发布的文告中说：“民贼相混，玉石难分；或屠全城，或屠男而留女。”
总之，在清军的官方资料里，充斥着“屠城”“杀无赦”这样的字眼。事实上，在清军入关之前，就对辽东汉人实行了大屠杀。入关之后，屠杀的规模更加庞大。山西总督佟养亮曾经给顺治上疏：“大同、朔州、浑源三城，已经王师屠戮，人民不存。”
荷兰使臣约翰·纽霍夫记载清朝杀戮：“鞑靼全军入城后，全城顿时是一片凄惨景象，每个士兵开始破坏、抢走一切可以到手的东西；妇女、小孩、老人的哭声震天……各处街道所听到的全是拷打、杀戮和反叛的声音；全城到处是哀号、屠杀、劫掠；凡有足够财力的，都不惜代价用钱换命，以逃脱这些惨无人道的屠夫之手。”
根据官方的记载：直隶一望极目，田地荒凉；河南满目榛荒，人丁稀少；湖广弥望千里，绝无人烟……
我们再看看地方县志的记载。
昆山大屠杀：被屠杀的十分之四，自杀的十分之二，被俘的十分之二，逃走的十分之一，藏匿起来侥幸逃脱的十分之一。时人形容说，杀戮一空，逃出城门被杀被踩死的不计其数。躲在山上寺庙里的妇女小孩，因为一个婴儿啼哭，顿时被搜出来，杀得血流成河，血从山上落下来仿佛瀑布。
南雄大屠杀：家家户户只有燕子的声音，没有人声，尸体堆积如山，有的婴儿侥幸没被杀，还在娘的怀里找奶吃……
潮州大屠杀：留下骸骨十几万，和尚们把尸体收集起来，在西湖山上焚毁。同安县被屠杀五万人，梵天寺的和尚将尸体收集起来焚化，建了一个无祠亭，墓碑上刻着“万善同归所”。
常熟大屠杀：无论是大街小巷，还是桥畔河堤，或者是残垣断壁，到处都是尸体，不下五千人，被俘虏的男女更是不计其数。
除此之外，清军还疯狂掠夺人口，将这些人当奴隶驱使，这项政策在皇太极时已经消停了，多尔衮掌权后又开始了。