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南明的第二个皇帝是永历皇帝，永历皇帝朱由榔是明神宗朱翊钧的孙子，桂王朱常瀛的儿子。清军入关后，他逃到广西，居住在梧州一带。顺治三年（1646年）正月，在丁楚魁、吕大器、陈子壮等人的拥护下，称帝于广东肇庆，年号为永历。永历皇帝在位十五年，是南明政权中在位时间最长的皇帝。后来被清军追杀，一路逃到缅甸，最后在昆明被吴三桂杀害，享年四十岁，死后不知道葬在哪里，或者根本没有墓葬也说不定。
永历称帝的时候，他的弟弟唐王朱聿也在广东称帝，建号绍武。本是同根生，相煎何太急，尤其是在大敌当前的时候，兄弟更不应该自相残杀。但永历政权和绍武政权水火不容，为了争夺正统地位大打出手。兄弟俩打得正火热的时候，清军来了，先灭掉绍武政权，绍武政权仅仅存在四十多天。
接着，永历皇帝逃到广西，过着颠沛流离的生活。这两个皇帝，一个当了四十多天就被人灭了，一个朝不保夕像落水狗一样被人追着到处跑，头上还顶着皇帝的帽子。这样的皇帝做得有什么意思，损人不利己，损害天下百姓，自己也没过上好日子。
逃亡的路上，永历皇帝终于认清了清军的狼子面目，制定了联合农民军协同抗清的决策。现在许多企业家认为衡量一个CEO好坏的标准是看他的战略，从这个意义上来说，永历确实做得还可以，他的基本战略是对的。
永历先是和李自成大顺军的余部合作。在李自成死后，大顺军分为两支，一支由郝摇旗和刘体纯率领，一支由李过和高一功率领。这两支军队先后进入湖南，跟湖广总督何腾蛟等人联合抗清。顺治四年（1647年），原本反明的名将郝摇旗保护永历帝来到柳州，然后主动出击桂林的清军。郝摇旗是李自成手下的一员猛将，无论大小战役都是冲在最前面，李自成牺牲后，郝摇旗改名为郝永忠，也就是表示永远忠于闯王李自成。这年年底，郝摇旗在桂林西北的全州大败清军。接着，我们熟悉的事情又发生了，郝摇旗受到明朝将领的排挤，退回到湖北，扼守荆楚一带。郝摇旗上半辈子跟着李自成反明，下半辈子独自撑起大旗反清，直到康熙二年（1663年）的时候，他还在和清军打仗，后来在四川巫山战败被俘后被杀。
总的说来，大顺军余部和明军联合抗清收到很好的效果，在湖南省取得一系列的胜利，基本收复了整个湖南。湖南的胜利鼓舞了其他的省份，广东、四川等地的抗清斗争风起云涌。一些降清的将领先后反正，重新回到明政权的怀抱。决策的胜利胜过千军万马。
短短时间内，永历政权控制范围扩大到云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省。这是南明时期出现的第一次抗清斗争高潮。
本来永历帝有望成为乱世中力挽狂澜者，可惜由于管理上的不善，短暂的繁荣成为昙花。
好局面才刚刚开始，内部就斗开了花，各种政治势力互相攻击，农民军受到排挤，清军借着这个机会得以调整喘息，卷土重来。顺治六年（1649年）到顺治七年（1650年）间，清军反扑，著名抗清将领何腾蛟和瞿式耜先后在湘潭和桂林战役中牺牲，清军又重新占领湖南、广西，许多收复不久的失地也先后丢掉。
在这期间，李自成的侄子李过病故，李过的儿子李来亨联合其他农民军将领，宣布脱离南明的政权，自主抗清。失去农民军的支持，政权内部又斗得死去活来，南明的军事力量越来越衰弱，士气越来越低迷。对永历来说，道路越来越难走了。
这时候，张献忠大西政权的余部孙可望、李定国等人已经占领了整个云南。孙可望、李定国提出愿意和南明联合，永历只好接受他们的建议。不过，这次不是农民军投靠南明，而是永历投靠农民军。从此，永历就跟着孙可望和李定国了。
顺治九年（1652年），李定国率军八万出广西，打桂林，再次攻入湖南、广东。在攻打桂林的战役中，李定国打败了孔有德，导致孔有德全家自杀，就女儿孔四贞跑了出来。这是李定国第一个漂亮仗，接着李定国又击杀了清军统帅敬谨亲王尼堪。一出手就解决了两王，李定国果然是身手不凡，当时天下大震。与此同时，大西军的另一名大将李文秀带兵出击四川，收复了川南。诗人张煌言在福建一带抗清，抗清运动再次出现高潮。
本来形势又是一片大好，可惜老问题又来了，李定国出够了风头，孙可望不爽了，两人产生矛盾。如果只是吵吵嘴，哪怕动手打一场，也没问题啊！关键是这个孙可望心眼太小，居然想做掉李定国。李定国不想跟孙可望一般见识，暂避到广东，希望和郑成功会师，收复广州，可惜郑成功不怎么守时，结果李定国自己跟清军打起来了，损失惨重。随后，李定国撤到贵州，接走被孙可望劫持的永历皇帝。顺治十三年（1656年），李定国带着永历皇帝回到云南。第二年，孙可望带军攻打李定国，又一起同室操戈的案例。孙可望仗着人多势众，想一举击溃李定国，没想到他人心不齐，许多将领倒向李定国阵营，结果李定国大败孙可望。
顺治十五年（1658年），孙可望投降清军，贵州、广西落入清军囊中。第二年，清军派遣三路大军攻打永历皇帝。因为不想连累李定国，永历逃亡缅甸。缅甸人将他软禁在草房里，过着牛马一样的生活。李定国曾几次想迎回永历，但都遭到缅甸方面的拒绝。
康熙元年（1662年），吴三桂进军缅甸，要求缅甸国王交出永历皇帝。这个缅甸国王也是刚刚弑兄上位，统治尚不稳固，不想多惹麻烦，只好答应吴三桂的要求。缅甸国王派出三千人将永历皇帝的住地团团围住，并谎称要和永历立盟誓，根据缅甸的规矩，立盟誓的话大家得饮咒水，谁食言就要受到诅咒。缅甸国王通过这种方式将永历的随从引诱出来，出来一个杀一个，杀掉四十二个人以后。永历知道自身难保，问缅甸国王为什么要这样。
缅甸国王说：“吴三桂来要人，我没办法。”
永历一听，悲愤地给吴三桂写了一封信，控诉他背叛明朝，投靠清朝，忘恩负义，丧尽天良。骂完一顿解气后，永历又低下头颅，说自己现在的处境非常可怜，性命取决于你，如果你能给我一条活路的话，我什么都可以给你。吴三桂没理他，确实吴三桂也没有必要理他，叛贼的骂名是背定了，干脆一背到底，何必为这个人葬送自己的大好前途。
缅甸国王将永历及其二十五个眷属一并交给吴三桂，吴三桂没有把他押到北京，而是押回昆明。吴三桂这么做是为了防止押往北京途中被反清复明的人士劫走。吴三桂向清廷申请将永历等人在昆明就地正法。永历帝等人在昆明篦子坡被绞死，从此，篦子坡改名为迫死坡。
第四个政权是鲁王朱以海为首的政权。清军入关后，朱以海被拥立为监国。虽然没有称帝，但也监国了九年。朱以海刚当上监国，就和所谓的正统地位的福建隆武帝朱聿键的政权相互倾轧，争斗不已。顺治九年（1652年），清军攻破南明鲁王政权。不久，原明朝刑部员外郎钱肃乐在宁波起兵反清，并派遣张煌言去台州迎接鲁王。钱肃乐被清军打败后，朱以海前往厦门，投靠郑成功。郑成功是隆武帝的支持者，之前就对朱以海非常不满，心想大敌当前，你还和隆武帝自相残杀，破坏了大局。不过，朱以海好歹是明朝宗室，郑成功对他也是以礼相待。康熙元年（1662年），朱以海打算渡海重返南澳诸岛发展力量，引起了郑成功的不满，郑成功派人将他沉杀在海中。关于朱以海之死有不同的说法，也有人认为他是病死的。
南明第五个政权是定武帝朱本铉，朱本铉到底是不是明朝宗室后代一直是个谜，因为他是被李自成的部将郝摇旗拥立为皇帝的，所以很多人怀疑他可能并不是明朝宗室之后。朱本铉在位十八年，郝摇旗死后第二年他也死了，死因不明，葬处也不明。
南明第六个政权是唐王朱聿键的隆武政权。顺治二年（1645年），朱聿键建元隆武，他所建立的这个政权被后人称为隆武政权。朱聿键本是大明的唐王，明朝灭亡后，在郑芝龙等人的迎接下，来到福州，就任监国，不久就称帝，把福州作为临时首都，称为天兴府。隆武大封文武百官，郑芝龙享受的待遇最好，因为郑芝龙的拥立之功最大，封为平国公。
说来，郑芝龙这个人以前只是一个海盗，后来被崇祯招安，封为五虎游击将军。郑芝龙后来在金门大败荷兰人，升为福建总兵。自此，郑芝龙拥兵自重，学习毛文龙，垄断海上贸易，成为一个富可敌国的大军阀兼大商人。用郑芝龙自己的话说，我的一切都是大海给的，没有大海就没有我的今天。
确实，隆武政权主要依靠郑芝龙，郑芝龙的经济来源主要依靠海，没有海，隆武政权的根基是不稳的，虽然本来也不是很稳。
郑芝龙的儿子郑成功是个民族英雄，但郑芝龙更多的是一个商人。在当时的亚洲范围内，郑芝龙打造了一个海上王国，至少就海军力量来说，当时亚洲没有可以和郑芝龙匹敌的。清朝很重视郑芝龙，派遣资深降将洪承畴去诱降郑芝龙。郑芝龙虽然没有被诱降，但是心态发生了变化，跟清军对抗的时候也不再那么拼命了，很奇怪的一件事，投降又不投降，抵抗又不拼命。到底在想啥？
郑芝龙开始拥兵自重，保存实力，还将福建水军全部撤到晋江的安平，并撤回分水关施琅的部队。郑芝龙为什么这么做？不了解当时错综复杂的真实情况，我们可能不会明白。但我们可以确信，精明的郑芝龙这样做一定有他的原因。商人做统帅有时候还真不行，郑芝龙不知为何，居然只给在前线打仗的黄道周发一个月的军饷，他没钱吗？肯定不是。吝啬吗？有可能，但是可能性不是很大。更大的可能性还是派系斗争，最终让自己这派的势力占上风。黄道周最终因为粮草不济战败被俘，不屈而死。
活在郑芝龙这样一个后台的控制下，隆武皇帝肯定是不会很舒服的。因此，他决定回到江西御驾亲征，哪怕轰轰烈烈战死也行啊，像崇祯一样落下个殉国的美名。但郑芝龙坚决反对他这样做，郑芝龙倒不是担心隆武皇帝的安全，他是怕失去这笔巨大的政治财富。从曹操开始，每一个聪明的政治家都懂得“挟天子以自重”的道理。为了阻止隆武皇帝离开，郑芝龙不惜数万军民跪在道上，请求皇上为国家社稷考虑，不要离开。
可惜，隆武皇帝铁了心要离开，看来没少受郑芝龙的气。隆武来到福建南平，清军打过来之后，他又逃到汀州，不幸被俘虏。不过，隆武帝倒也不失为一个汉子，被俘之后坚决不投降，绝食而死。
隆武死了没多久，郑芝龙在十一月正式降清。