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李自成攻入北京后，崇祯上吊自杀。然而，李自成并不是当真命天子的料，他当上皇帝后，农民军迅速腐化，对城内的百姓烧杀抢掠，北京城失控。更要命的是，李自成集团的二把手刘宗敏将吴三桂的爱妾陈圆圆据为己有。远在山海关的吴三桂得知这个消息，对李自成恨得咬牙切齿，这才与多尔衮勾结，引清军入关灭“闯贼”。
山海关一战，李自成被清军和吴三桂打得一败涂地，再次沦为流寇。多尔衮入关后，趁机将中原的政权据为己有。吴三桂骑虎难下，只好委曲求全活在清廷的羽翼之下，并协助清军消灭国内的反清势力。
一代枭雄李自成最后在湖北的九宫山战死，李自成虽然被灭掉了，但是还有很多反清势力。譬如，逃亡到南方的南明政权，还有张献忠的大西政权等。南明政权虽然是由朱家子孙领导，但实际上已经腐朽不堪，这些人根本没有志向光复大明，不过想仗着朱家子孙的头衔过几天醉生梦死的生活。
在南明政权中也出现过像史可法这样的英雄，可惜无力回天。清军在消灭敌对势力的过程中，手段残忍，动辄屠城，“扬州十日”“嘉定三屠”就是其中最恐怖的大屠杀。
自从张献忠死后，大西政权出现了李定国这样的英雄，李定国有很出色的军事才能，但受到领导孙可望的排挤，导致军队最后发生分裂。大西军也没能逃脱灭亡的命运。
国内的反对势力肃清得差不多时，多尔衮开始着手收拾政权内部的反对派，他逼死豪格，打击亲顺治的大臣，将朝政大权全部集中在自己手中。孝庄和顺治母子犹如大海中的一叶孤舟，如果不小心惹怒多尔衮，随时都会翻船。
孝庄是一个很有政治智慧的女人，她陪伴多尔衮犹如陪伴一头猛虎，除了随时察言观色，还一直将多尔衮的头衔提到皇父摄政王的地步，这才避免多尔衮弑君自立的野心发作。
从顺治和孝庄的矛盾来看，孝庄与多尔衮的关系深深地刺伤了顺治幼小的心灵，最后董鄂妃早逝，顺治不久也患上天花，与董鄂妃做了一对短命鸳鸯，比翼双双飞往天堂。
顺治的一生是一个悲剧，由于长期生活在多尔衮的阴影之下，他变得身心扭曲，一直没能找到身心的平衡，最后出家未成，短命而逝。生在帝王家对他来说也许是一种不幸。