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中国经济面临的最突出的问题是结构性问题。在适度扩大总需求的同时，着力加强供给侧结构性改革，矫正要素配置扭曲，提高全要素生产率，提高供给体系的质量和效率，提高投资有效性，加快培育经济发展新动能，是解决中国经济中长期健康发展的根本之道。农业供给侧结构性改革是整体供给侧结构性改革的重要内容，也是农业自身发展问题倒逼下的客观要求。
“十三五”时期，农业发展正处于重要的转型期，需要应对的挑战也日益增多。农业转型发展面临的挑战主要表现在供给侧结构性矛盾依然突出。
（1）农产品供需结构性失衡。当前，粮食呈现生产量、进口量、库存量“三量齐增”现象。国内粮食供求关系发生阶段性重要变化，部分品种出现结构性过剩。从大宗农产品看，突出的是大豆缺、玉米多。2014年和2015年我国大豆进口分别高达7140万吨和8169万吨，占当年粮食进口的65%以上。与此同时，玉米库存积压较为严重。从品质结构看，普通品质的农产品市场供给充裕，优质高端品牌的农产品较为紧缺。新形势下农业主要矛盾已经由总量不足转变为结构性矛盾，主要表现为阶段性的供过于求和供给不足并存。
（2）农业资源环境约束日益趋紧。农业生态环境恶化趋势还没有得到有效遏制，化肥农药过量施用、畜禽粪污排放、农膜等废弃物残留，造成严重的农业面源污染。资源开发强度过大、弦绷得越来越紧，生态环境严重受损、承载能力越来越接近极限。
“十三五”时期，面对种种制约、困难和挑战，必须坚持用发展新理念破解“三农”新难题，把推进农业供给侧结构性改革，提高农业综合效益和竞争力，作为当前和今后一个时期我国农业政策改革和完善的主要方向。不仅要在保障农产品数量上做文章，更要在改善结构、提高质量效益上下功夫。要加快转变农业资源利用方式，从过度开发粗放经营转到节约集约利用与保护修复并重，推动农业资源永续利用。要提高农业供给体系质量和效率，使农产品供给数量充足、品种和质量契合消费者需要，真正形成结构合理、保障有力的农产品有效供给，走产出高效、产品安全、资源节约、环境友好的农业现代化道路。
农业供给侧结构性改革的重点任务：①调结构，优化农业生产结构、经营结构；②提品质，着力提升农产品质量安全水平；③促融合，推进一二三产业融合发展；④降成本，降低农业生产成本、营销成本；⑤去库存，当前的重点是要消化玉米库存；⑥补短板，大力弥补制约农业发展的薄弱环节。
在推进农业供给侧结构性改革中，要始终把握好以下几个方面：①保障国家粮食安全是农业结构性改革的基本底线。必须把保障粮食安全始终作为头等大事，把产能建设作为根本，实现藏粮于地、藏粮于技。要防止农业生产出现大起大落、粮食等主要农产品供给发生大的起伏，确保口粮绝对安全、谷物基本自给。②推动农业发展绿色化。加大农业面源污染防治力度，推动农药、化肥、农膜减量化使用，扩大退耕还林还草，开展退耕还湿、退养还滩，把超过资源环境承载能力的生产退出来，把过量使用的化学投入品减下来，把农业废弃物资源化利用起来，让透支的资源环境得到休养生息。③树立大农业、大食物观念。面向整个国土资源，全方位、多途径开发食物资源，满足日益多元化的食物消费需求，基本形成与市场需求相适应、与资源禀赋相匹配的现代农业生产结构和区域布局，提高农业综合效益；推动粮经饲统筹、农林牧渔结合、种养加一体、一二三产业融合发展。④创新农业经营体系。坚持家庭经营在农业中的基础性地位，加快培育家庭农场、专业大户、农民合作社等新型农业经营主体，发展多种形式的适度规模经营，大力发展覆盖全程、综合配套、便捷高效的社会化服务，大力培育新型职业农民，造就高素质的新型农业生产经营者队伍，让更少的农民种更多的地。