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要重点解决普惠性补贴多、价格保护多，生产性投入少、基础设施投入少、生态补偿少的“两多三少”，政策支持力度歧轻歧重的问题。鉴于农业支出存量调整难度大，建议在中央财政支农资金增量上进行政策间的均衡和调整。按照“三优先”的原则解决“两多三少”问题，即资金增量优先用于农业基础设施建设，以及相关农业生产条件的改善，并逐步提高支出比重，特别是要集中用于重要农产品产区的田间水利工程和科技研发，优先支持农产品主产区、产粮大县、种养大户等，优先用于生态脆弱区生态补偿和移民安置。要稳步推进农产品价格改革，发挥市场配置资源的决定性作用。保险政策是现行政策体系中的短板，可借鉴美国棉花保险制度的经验，由补产品转为补收入，实现“黄箱”转“绿箱”。
加强农业支持保护政策的顶层设计，把握新政策出台时机和原有政策的转型时机。按照新的发展理念，按照绿色环保、可持续的要求，制定生产扶持政策。基于我国国情，在生产目标和生态目标冲突时，力争生产与生态等重。对现有政策要进行梳理，加强相关性研究，均衡各类补贴标准，避免在政策执行中的趋利行为。完善渔业柴油补贴与渔民转产产业政策，要因地、因人施策，该补则补，该减则减，不可“一刀切”。要保持政策的稳定性和连贯性，防止在政策整合中降低农业的支持保护力度。
细化稳定增加农业财政投入的相关法律条款，与预算法相关条款保持一致，减少调整农业财政投入的随意性。强化保障农业投入增长的法律责任，在《农业法》第十二章中增加违反《农业法》第38条第1款关于农业财政投入增幅规定的法律责任。
依据《农业法》关于农业财政投入的相关条款，明确国家农业财政投入的范围、方式、主体、受益对象，规定各级政府的权利与义务，细化违法责任及处罚办法。
中央和地方各级人大机构的涉农部门依法履行监督职责，探索采取上级人大机构审定下级人民政府的方式，严格审议每年各级政府财政预决算报告中关于农业财政投入增幅情况，对违法情况严肃追责。建立财政支农资金严格监管机制，按照中央和国务院有关财政支农资金管理规定，细化专人管理、专账核算、专款专用，对中央下达的支农项目资金实行省市县三级财政报账制管理，定期组织财务、审计等部门对支农资金使用情况进行全面审计检查，及时纠正发现的问题，以确保支农资金安全有效运行。
根据国内粮食等重要农产品供需、农业生产成本以及国际市场变化，适时适度调整支农资金规模总量、使用方向和支持区域，提高支农资金使用的精准度和针对性。加快“黄箱”转“绿箱”，将粮食直补、良种补贴、农资综合补贴“三补合一”资金纳入“绿箱”范畴，腾出非特定产品“黄箱”支持空间；转换“黄箱”政策支持领域，将部分特定农产品的支持资金转用于农机购置补贴、燃油补贴、施用有机肥补贴等非特定农产品支持领域。在未全面实行“三补合一”阶段，要结合化肥、农药“双零”行动，合理确定农业生产资料综合补贴规模和增长幅度，根据生产成本调整补贴规模。
建立中央财政和企业资金的融合载体，中央财政以投资补助、担保补贴、贷款贴息、基金注资等方式，吸引社会资本投向重点农业领域。允许社会资本参与农业项目运营和收益分享，对与农民建立紧密利益联结机制的工商企业，给予适当支持。在重要农产品产区，合理划定政府与企业的投资比例，注重提高中央财政的份额。在一般非重点产区，也要发挥政府资金的撬动功能，起到“四两拨千斤”的引导作用。鼓励进入种养领域的工商资本，根据企业发展需要发行企业债券。
继续推进粮食直补、良种补贴、农资综合补贴合并为“农业支持保护补贴”的试点，即“三补合一”，认真总结经验，逐步扩大覆盖范围。“农业支持保护补贴”主要与农户承包地面积挂钩，并逐步按照确权颁证后的实际耕地面积发放。同时，结合地籍调查和土地等级划分结果，分等级给予耕地保护补贴。
鼓励以省为单位划定适度规模生产经营者享受补贴的面积标准，除了黑龙江、内蒙古东四盟和新疆之外，重点补贴100～200亩规模种植户，粮食种植面积占比达到60%以上，超出上下限部分均不予补贴。尝试粮食规模生产经营者与地方农业部门签订种粮合同，农业部门会同村干部实测粮食种植面积，并张榜公布。对虚假申报面积套取国家补贴金额较大者，按诈骗罪论处，并永久取消享受补贴资格。
要注重提高补贴效率，实现大中小和适宜的农业机械补贴均衡，鼓励不同地区提高农业机械化水平。制定农机装备能耗等级标准，实行能耗等级标签制度，优先补贴“国三标准”低排放、低能耗农机装备。将丘陵山区半自动化的户用小型农机设备纳入补贴目录，加快推进丘陵山区农业机械化。重点补贴农机大户和农民专业合作社，减少利用率低的户用中小型农机具补贴。根据农业机械的更新淘汰年限，在农机购置补贴中设置更新专项，鼓励农民适时更换淘汰老旧机具。
探索建立小麦、稻谷最低收购价与国内外市场价格联动机制，最低收购价要随着市场价格波动适当上下浮动，不能只升不降，引导农民根据市场供求变化适当调整粮食生产。当国内小麦和稻谷价格大大超过国际市场价格，配额关税保护失灵之时，随着粮食规模生产经营者逐渐成为粮食生产主体，按面积补贴的操作成本大幅度下降，可探索实行目标价格政策，按差价补贴粮食规模生产经营者。
随着目标价格政策的逐步完善和规模生产经营者的占比提高，可将玉米临时收储政策改为目标价格政策，按照差价补贴规模生产经营者。以主产县为单位，对其中的主产乡镇乃至主产行政村的所有种植户按照承包面积给予差价补贴
。同时，设立大豆种植计划试点，参加计划的农户享受玉米补贴及差价，鼓励农户种植大豆。
建立棉花、大豆目标价格与国内外市场价格的联动机制，合理确定目标价格与市场价格的差距，目标价格随着市场价格上下适当浮动。借鉴美国事先公布目标价格补贴预算的做法，先期公布每吨或每亩补贴的上限，既防止财政预算大幅度波动，又让农户分担一定的市场价格风险，有利于农户调整种植结构，减轻农产品生产过剩的压力。国家只对目标价格与市场价格差价的固定比例（如85%）予以补贴，增强目标价格与市场机制的适应性，促进农户按市场需求生产。
农业保险属于“绿箱”政策，国家应调整政策支出结构，增加农业保险经费。通过税收优惠、农业再保险、紧急贷款、保费补贴等方式，对保险公司开展农业保险所需经营费用予以补贴，对参保农民实行保费补贴，为受灾对象发放援助资金。同时，有重点、分品种地提高农作物尤其是主要粮食品种的保险保费补贴标准。
对因重大自然灾害形成的大额赔付，由粮食风险基金给予一定比例的补偿，逐步形成农业巨灾风险转移分担机制。提高农业保险赔付额，降低理赔标准，将因灾导致农产品品质下降纳入理赔范围。在自然灾害保险的基础上，探索价格保险和收入保险。
尽快建立重大灾害农业保险制度，对于局部地区因不利天气或其他环境灾害造成农业生产连续受灾或产量损失超过正常年份某一比例时，可对受灾农产品按投保级别给予补贴；对于大范围的重大灾害，国家可考虑根据受灾损失情况通过保险理赔形式对投保农户予以全额性补偿。
针对不同类型不同规模的农户设立不同险种，开展相关服务；也可以新型农业经营主体为主要服务对象，开展产值保险、目标价格保险、天气指数保险等服务，发展农业基础设施、森林等保险，满足农户多层次多方面的农业风险管理需求。
完善支农资金分配和财政转移支付机制，转移支付增量与粮食产量挂钩。完善县级基本财力保障机制，扩大保障范围，提高保障水平，逐步使粮食主产区财力达到全国或全省平均水平。加强粮食主产区在农业、农村和民生领域的基础设施建设，取消产粮大县农村基础设施项目县级配套资金，不断提高粮食主产区提供基本公共服务能力。
按照国家财政收入的增长，同步增加粮食风险基金，提高粮食风险基金中用于粮食主产区经济补偿的比例。对主产区执行国家政策性收储产生的超量库存，减免粮食风险基金借款，逐步核销财务挂账，将节余的利息费用统筹用于扶持主产区发展粮食生产。
加大支持力度，进一步完善粮食统计制度，规范粮食省际调运量统计，实行产粮大省奖励资金与粮食调运量挂钩、产粮大县奖励资金与粮食商品量挂钩的联动办法。完善奖励资金使用制度，除发展粮食生产外，由地方政府统筹用于“三农”基础设施建设和农村教育、医疗、养老等社会保障建设，改变主产区财政拮据的局面。
尽快推进粮食主产区各项补贴核算面积与第二次全国土地调查耕地面积数据相衔接，按实际耕地面积和粮食播种面积计算补贴额，特别是黑龙江等粮食大省要尽快妥善处理实际耕地面积与在册耕地面积不相符问题。
探索建立全面反映市场供求、资源稀缺程度、体现生态价值和代际补偿的资源有偿使用制度，加快形成生态损害者赔偿、受益者付费、保护者得到合理补偿的运行机制。探索建立地区间生态保护补偿机制和市场化补偿模式。加大重点生态功能区转移支付力度，完善转移支付制度，归并和规范现有生态保护补偿渠道，逐步提高其基本公共服务水平。完善生态保护修复资金使用机制，整合中央财政资金，推进山水林田湖生态修复。
在耕地质量严重下降、草原超载过牧、河湖渔业资源严重衰退的地区实行休养生息，大幅减少开发利用强度，有条件的地区可按照一定的周期进行休耕、休牧、休渔，鼓励耕地地力下降的地区种植绿肥，对严重退化草地进行补播改良，全面落实草原生态保护补助奖励机制，加大渔业增殖放流力度。利用政策性收储粮食库存对休养生息的农民进行实物补偿，在促进农业资源恢复的同时消化粮食高库存。对重金属污染区、地下水漏斗区退减灌溉面积，调整种植结构，减少高耗水作物种植面积，或改种高富集树种，给予一定补偿。继续实施休渔制度，降低近海捕捞强度。
强化粮棉油糖等重要农产品进口冲击监测，积极收集并积累进口农产品对我国相关农业产业及农民就业和收入影响的数据、案例等相关证据，为采取相应保护措施提供充足依据。加强特殊保障措施及反补贴、反倾销措施的触发条件及应对办法研究，重点探索建立基于进口量和价格触发的特殊保障机制。借助大国地位，联合具有共同贸易政策诉求的新兴工业化国家，形成基本统一的政策立场，通过WTO多边谈判机制，建立基于农业资源禀赋的公平贸易规则，争取享受类似欧盟和日韩等农业资源短缺型国家与地区的边境保护措施。