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近10余年，国家农业支持保护政策体系在促进农业增产农民增收中发挥了积极作用，取得了明显成效。但是，随着农业投入的增加，覆盖范围的扩大，部分政策效力减弱，投入结构不尽合理，个别政策间不协调等问题逐步暴露。特别是随着国民经济发展新常态的到来，中央财政增速趋缓，支农资金增长空间已十分有限。
各项政策的支持力度歧轻歧重，不尽合理。在基础设施投入、价格保护、财政补贴、生态补偿四大政策中，存在“两多三少”现象，即普惠性补贴多、价格保护多，生产性投入少、基础设施投入少、生态补偿少。特别是农业真正受益的基础设施投入不足，科技研发投入不足，生产性投入的针对性、指向性不强，不利于提升农业竞争力，不利于推进农业专业化、规模化生产，不利于农业新型经营主体的发展。
2004年以来是各项支农政策出台的密集期，由于种种原因，一些具体政策出现了不协调，影响了政策效应。
（1）政策目标不一致，如渔业柴油补贴与渔民转产转业政策、农资综合补贴与测土配方施肥专项，这两对政策中的前者均以生产为目标，后者以环境为目标，且支持力度前者大于后者，生产导向大大强于生态导向。
（2）同一区域同一目标设立不同的补贴标准，造成实施主体不尊重客观规律的逆向选择，如种树补贴远高于种草标准，不利于宜林则林、宜草则草，使生态建设资金成效打折。
（3）个别政策摇摆不定，易产生社会矛盾。如远洋渔船更新改造补贴政策，由先建后补改为先补后建，引发了地方群体事件，也易产生道德风险。
2014年中央一般公共预算支出74161亿元，比2010年的48330亿元增长53.4%，其中用于农林水事务的支出达到6474亿元，比2010年3879亿元增长66.9%，虽然增幅高于前者13个百分点，但农林水事务支出占中央一般公共预算支出的比重（8.7%）仅比2010年增加了0.7个百分点。同时，中央财政本级支出的农林水事务支出占比
还略有下降，表明中央本级财政支持农林水的力度有所减弱。
表3 2010—2014年中央公共财政预算支出及农林水支出变动
注：*2010—2014年增长率前列为总增长率，后列为年均增长率
数据来源：财政部网站预算司数据库
2010—2014年，中央财政累计用于农林水的支出为27141亿元，累计用于基础设施建设的中央预算内资金5983亿元，占农林水总支出的22%。但其年度资金规模占全部农林水支出的比例变化较大，2010年比例为28.0%，2014年降为18.6%，下降了9.4个百分点，降幅高达33.6%（表4）。
表4 2010—2014年中央公共财政农林水支出与农业基本建设支出变化
*为中央预算内农业投资，由有关部门提供
**为2010—2014年的比重减少百分点数
资料来源：财政部网站预算司数据库
2010—2014年，中央财政农林水事务支出增长66.9%，年均增长13.7%，中央预算内农业基本建设支出仅增长10.5%，年均增长2.2%，前者比后者快5倍，表明国家用于农业基建支出增长十分缓慢。农业基础设施建设资金，主要偏重于水利工程特别是大型水利设施建设（一般占农业总支出的比重在60%以上），且其中部分项目与农业生产关联度不大，真正用于提高农业综合生产能力的建设投资规模较小且总量不足。
2014年，农民人均纯收入中，粮食直补的比重只有0.2%，比2004年下降0.3个百分点，中央财政对粮食主产区的转移支付对农民增收作用不明显，13个粮食主产区中除江苏、山东外，其余11个省区农民收入都低于全国平均水平。随着农民收入结构的多元化，来自中央财政粮食直补的收入比重会进一步降低，对农民种粮的导向作用基本消失。
截至2014年，中央财政累计发放农资综合补贴6811亿元。然而，受农业生产成本快速上涨、国际农产品价格持续下滑和国际农产品贸易公平竞争的多重压力，我国农业生产陷入价格“天花板”和成本“地板”挤压叠加的不利困境，中央财政农资综合补贴规模难以持续扩大，政策运用空间限制较大，实际补贴效果受到影响。
由于补贴机型、补贴对象偏重于小型农机和农户，导致实际补贴效果不理想。从2004年中央财政开始对农民实施农机购置补贴，到2014年累计发放近1200亿元（见表2），补贴农机具3500万台，平均每台补贴3492元。2014年中央财政用于农机购置补贴资金比2010年增长52.9%，而同期，全国农业机械总动力仅增长15.9%，其中大中型拖拉机及配套农具分别增长45.8%和45.9%，均低于农机购置补贴增长幅度。2014年每增加1万千瓦农机总动力补贴资金已达22万元，比2010年增加5.3万元。
同发达国家相比，我国仅使用了部分“绿箱”政策，包括农业生产资源储备补贴、生产者收入稳定、收入保险、退休补贴、结构调整性投资性补贴等“绿箱”政策均未纳入政府财政支持的范围。在已执行的“绿箱”政策中，粮油储备补贴位居第三位，远高于农业科研、技术推广等项支出。由于目前粮油库存规模较大
，政府用于粮油储备的补贴还将继续增加。据测算，2014年中央本级粮油储备补贴规模比2011年增加了200多亿元，年均增幅高达19.4%，远远快于政府用于农业支持的增长幅度。此外，不挂钩的收入支持、自然灾害救济、地区援助计划下的支付等项目资金明显不足。
由于我国部分“绿箱”政策补贴对象不同，在实际执行中出现明显漏损现象。如一些地方的粮库出现了“转圈粮”现象，套取国家粮食补贴；国家用于支持农业科技的补贴资金，为农业统计监测与信息服务设立的财政补贴，由于基层农业技术推广体系不健全、农村统计体系不完善、服务能力弱，造成资金漏损。使本来就非常稀缺的“绿箱”政策资源不断流失。
目前国内农业“绿箱”政策制定、出台及运行，都要通过各部门充分的协商、沟通，并尽可能首先符合本部门的职能职责要求，加上地方保护主义和各种寻租活动的影响，拖延了政策出台时间，增加了政策运行成本，导致农业支持政策补贴效率不高。根据财政部测算，我国农业支持效率只有14%，低于OECD国家25%的水平。
目前，我国对小麦和稻谷实行最低收购价，对玉米实行临时收储政策。由于2008年以来不断提高价格支持水平，导致上述产品价格明显高于国外，而市场风险又低于其他农产品，直接刺激了谷物类粮食的过度生产，严重浪费了稀缺的耕地和水资源。同时，上述产品价格上升，抬高了加工企业的原料成本，迫使企业用进口农产品替代国内原料，进口量剧增，导致“洋货入市、国货入库”，玉米库存持续上升。
2014年我国开展棉花和大豆目标价格改革试点，但存在政策设计尚不成熟，识别补贴对象难度大，配套技术手段滞后，操作环节比较复杂等问题；特别是2014年棉花目标价格与市场价格联动不足，定价水平过高，与市场价格差距过大，又无封顶机制，政府补贴全部差价，导致补贴水平居高不下。此外，大豆目标价格水平定得偏低，与玉米临时收储价格差距较大，比价关系不够合理，导致玉米产量不断上升，大豆产量低位徘徊甚至下降，对豆农收益保护不足。
我国部分特定产品“黄箱”政策接近WTO规则上限，而非特定产品的“黄箱”政策使用不足，据农业部农业贸易中心测算，近年来我国非特定产品的“黄箱”政策空间使用比例均在20%以下，2013年非特定产品“黄箱”支持为1300多亿元，仅使用了政策空间的18.4%。
目前，通过托市收储的方式增加农民收入，国家每年要支付大量粮食收购费用和露天储粮设施搭建补助费用，还要投资建设大量仓储设施。在市场价格低迷阶段，难以实现顺价销售，库存粮食质量下降，不合格率上升，被迫低价处理，导致储备粮食潜亏变明亏，财政亏损负担越来越重。根据OECD的研究，在托市收储的全部补贴中，农民得到的补贴不足20%。此外，由于国有粮库监管体制机制存在漏洞，导致套取国家仓储补贴资金等严重腐败现象发生，二者相加大大降低了托市收储对农民收入的作用。
目前，我国承诺的农产品平均关税水平（15.2%）只有世界平均值的1/4，粮棉油糖等重要农产品配额外最高关税65%，远低于其他WTO成员上千乃至数千的关税，也远低于美国数百的关税。我国农产品关税形式单一，从价税率达99%以上
。中国农产品基本处于无保护状态。由于国内大宗农产品生产成本上升，与国际市场价格倒挂，农产品进口大幅增加。在成本不断推高国内农产品价格的趋势下，形式单一、水平低的关税及关税配额已无力应对进口农产品冲击。同时，我国尚未充分利用WTO规则赋予的应对进口农产品冲击的手段，尽管某些WTO成员享受高补贴的大豆、棉花等农产品已冲击我国市场，但迄今还没有采取任何反补贴、反倾销或特殊保障措施。在WTO多哈回合农业谈判中，如何争取有利于保护我国生计型农业、应对进口农产品冲击的WTO新规则，还有许多艰苦工作要做。