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中央财政支农投入是国家农业支持保护的主要资金渠道，2000—2014年国家用于农业的支出由1231亿元增至14173亿元
，增长10.5倍，其中，2008年后增速加快，年均增速为20.16%。但从图1曲线可看出，涉农基建投资增长缓慢。
图1 1998年以来中央财政用于农业支出
资料来源：历年《中国统计年鉴》
表1 国家财政用于农林水事务各项支出 单位：亿元
注：2007年中央财政支农支出统计分类有所变化
资料来源：《中国农村统计年鉴》
从国家财政农林水支出结构看（见表1），2014年，农业支出达到5816亿元，比2008年增加了3538亿元，是增量最多的行业；水利资金达到3478亿元，增加了2356亿元；林业资金1348亿元，增加了925亿元。从资金增长速度看，林业年均增速为21.3%，水利为20.7%，农业为16.9%。
从资金用途看，农业支出虽体量大，但用向最广，包括基础设施、技术推广、各项补贴等，其中“四项补贴”资金达到1680亿元，占农业支出的28.9%，而农资综合补贴又占了“四项补贴”的三分之二（见表2），保费补贴也达120多亿元。水利支出主要是建设资金，其中中央预算内水利投资约占中央预算内农业投资的三分之二。
表2 2004年以来“四项补贴”情况 单位：亿元
数据来源：根据财政部提交人代会材料整理
此外，2014年中央财政用于政策性收储资金达到1500多亿元，比2010年增加700多亿元。
WTO农业协定中的国内支持水平是指中央财政及地方财政对农业投入的总和
。WTO农业协定中的国内支持分为“绿箱”“黄箱”和“蓝箱”
。
我国向WTO通报的2008年国内支持水平为6821亿元（见图2）。根据有关资料估算，2010年我国国内支持水平约为8000亿元，比1998年增长2.8倍。
图2 WTO口径的国内支持水平
数据来源：根据我国正式向WTO通报的公报整理，仅到2008年
“绿箱”政策即对农产品全球自由贸易影响很小的政府支持农业措施，包括11项内容。我国2008年“绿箱”支持为5930亿元，2010年约为6700亿元，比1998年增长了3.2倍。
从我国“绿箱”政策的结构看（见图3），政府的一般服务支出居首位，约4000亿元，为1998年的4倍；环境支出为940亿元，比1998年增长15倍；救灾支出600多亿元，比1998年增长了10倍；粮食公共储备600多亿元；不挂钩的收入支持（对农民直接补贴，2004年开始）为160亿元。其余收入保险和收入安全网计划，以及对生产者退休计划、资源停用计划、投资援助提供的结构调整援助等项措施现尚未使用。
由于“绿箱”政策中政府一般服务支出增长较快，其内部结构也发生了一些变化，基础设施服务由2002年的900多亿元增至2010年的2100多亿元，但在政府的一般服务支出中的比重由75%降至53%，降了22个百分点；农业推广和咨询服务由70亿元增至460多亿元，占比由5%增至11%，上升了6个百分点；农业科研支出由45亿元增至170亿元，增长2.7倍，但所占比重由3.3%上升至4.3%，仅上升了1个百分点（图4、图5）。
“黄箱”政策即政府对农产品的直接价格干预和农民收入补贴，种子、肥料、灌溉等农业投入品补贴等。2002年，“黄箱”政策为-300亿元；2008年为891亿元。
自2008年以来，农业生产资料补贴和农机购置补贴支出增长很快，农机补贴支出由12亿元增至2010年的155亿元，到2015年已达237亿元，农业生产资料综合补贴由2006年的276亿元增至2010年的800多亿元，2012年已突破1000亿元。
图3 2002年、2010年“绿箱”政策支持水平及结构比较
数据来源：根据统计、财政相关数据整理
图4 2002年、2010年政府一般服务支出
数据来源：根据统计、财政相关数据整理
农产品贸易保护政策也是农业支持保护体系的重要组成部分。我国加入WTO后，逐步取消了农产品出口退税和出口许可证制度，逐步降低了农产品关税税率，仅稻谷（大米）、小麦、玉米、食糖、棉花、羊毛及毛条实行关税配额管理。技术壁垒等非关税贸易壁垒也是贸易保护政策的一部分，目前我国基本没有非关税贸易壁垒。
图5 2002年、2010年政府一般服务支出结构变化
数据来源：根据统计、财政相关数据整理
中国加入WTO后就履行了关税减让承诺。目前，中国农产品平均关税水平降至15.2%，不足世界平均关税水平（62%）的1/4。按照我国入世承诺进口关税配额，小麦963.6万吨、大米532万吨、玉米725万吨、棉花89.4万吨、豆油326.1万吨，配额以内进口关税税率很低，除豆油外，小麦、大米、玉米关税，均为1%。大豆关税为3%。近年来我国对东盟、澳大利亚、新西兰等自贸区国家给予国别配额关税的优惠。从东盟进口的部分大米品种配额外关税已由65%降至20%，对新西兰、澳大利亚的羊毛给予国别配额，国别配额内享受零关税。
入世后，中国开始履行WTO动植物检疫标准（SPS），并据WTO协议开始执行《技术性贸易壁垒协议》。2001年7月，国家出入境检验检疫局与国家质量技术监督局合并成立国家质量监督检验检疫总局，定期通报使用技术性贸易壁垒措施
。此后，国家有关部门根据世贸组织的《实施动植物卫生检疫措施的协议》，修订或出台了《出入境粮食和饲料检验检疫管理办法》《进境动植物检疫审批管理办法》《进境水生动物检验检疫管理办法》《进境动物遗传物质检疫管理办法》等法规文件
。对农作物种子及商品实施检疫审批制，对进口动植物及其相关制品的质量环境、包装、运输均有明确规定，并必须接受我国质检部门的检测监控，依法依规保障农产品进口安全和国内生产者和消费者权益。
依据WTO《反倾销协议》，2002年中国开始实施《中华人民共和国反倾销条例》
，并在《货物进口许可证管理办法》
《中华人民共和国进出口货物原产地条例》
《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》
等一系列法规规章中做出相应的规定，完成了与WTO《反倾销协定》的正式接轨。
农业支持保护政策体系的建立，进一步夯实了我国农业的基础地位，形成了全社会支持农业的良好氛围，调动了广大农民的生产积极性，提升了农业综合生产能力，保障了农产品有效供给，改善了生态环境，促进了农业的可持续发展和农民增收，有力地支撑了国民经济的持续健康发展。
在各项政策的激励作用下，粮食生产实现“十二连增”，产量连续3年稳定在1.2万亿斤以上，棉油糖生产总体呈稳定发展态势，肉蛋菜果等菜篮子产品丰富多样，满足了城乡居民的日益提高的消费需求。
农产品价格保护政策和补贴政策有力地支撑了农民家庭经营收入和转移性收入的增长，加上农民外出打工收入增加，近年农民收入增长较快。2004—2014年，农民纯收入由2936元增长至9892元，收入年均增速12.92%，连续6年实现农民收入增幅高于GDP和城镇居民收入增幅，城乡居民收入差距已从2009年的1:3.33缩小到1:2.97。
国家不断加大农业基础设施投入力度，大规模改造中低产田，建成了一批农田水利重大工程和现代种养业基地，农业综合生产能力得到全面提升。2014年年底，全国农田有效灌溉面积已达到9.86亿亩，灌溉面积比重超过52%，这表明全国一半以上的农田可以旱涝保收，农业靠天吃饭的局面正在逐步改变。此外，农村的饮水、道路、用电、沼气、住房等生产生活条件明显改善，乡村环境也得到了整治。
国家持续的生态建设投入和生态补偿政策，加快了重点区域生态环境治理，生态脆弱区林草植被得到恢复，生态环境总体恶化的势头得到遏制。仅“十二五”期间，全国累计造林2372万公顷，累计治理“三化”草原4720.5万公顷，1.08亿公顷的天然林得到有效管护，1.24亿公顷的国家级公益林被纳入中央财政森林生态效益补偿范围，2.55亿公顷的草原纳入草原生态保护补助奖励机制范围。“十二五”末，森林覆盖率提高到21.63%，森林蓄积增至151亿立方米；草原平均植被盖度由51.6%增加到53.6%。