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中国是世界上人口最多的国家，确保主要农产品的基本供给，始终是农业政策的首要任务。改革开放之后一个时期内，为解决长期以来农产品供给不足问题，农业政策的首要目标是增加农业尤其是粮食产出。2015年中央经济工作会议和中央农村工作会议针对当前中国主要农产品从过去的供需紧张状态转向紧平衡状态，部分品种结构性过剩的局面提出要着力加强农业供给侧结构性改革，提高农业供给体系质量和效率，使农产品供给数量充足、品种和质量契合消费者需要，真正形成结构合理、保障有力的农产品有效供给。
从确保农产品基本供给到有效供给，反映中国粮食安全水平的提升，且从重视粮食数量安全到巩固和提升产能，从强调粮食自给率到更为开放的合理配置资源、充分利用两种资源两个市场，这一目标的转变不仅影响农业政策的制定，也将影响各项资源的配置。
1）对食物安全的广义概念认识不足
1996年世界粮食首脑会议提出食物安全是指“任何人、任何时候、在物质条件和经济上，都能够获得足够、安全、营养的食物来满足其积极和健康生活所需的膳食要求与偏好”。食物安全包括食物供给能力、可获得性、食物利用条件、食物消费与营养及食物安全稳定性五大方面，但中国对食物安全的认识在概念上存在偏差，很长一段时间内将食物狭义地理解为粮食，关注的重点也局限在食物供给，尤其是粮食供给。食物供给是保障食物安全的基础，但在制定国家宏观食物安全战略时，应站在食物安全的角度，2015年全国农业工作会议提出要树立“大粮食”理念，是对食物安全广义认识的一大进步。
2）缺乏科学、可信的食物安全综合数据
对食物安全概念认识的差距也导致中国缺乏食物安全科学、可靠的综合数据系统。首先，中国目前仍没有一套全国水平的涵盖食物安全五大方面的综合数据系统，对食物安全各方面的统计分散于各领域，没有统一标准，因此很难进行协调、系统规划，也很难进行国际比较。第二，随着食物安全关注的重点逐渐由食物供给转向其他方面，国际上对食物安全关注的角度也逐渐从国家层面向家庭层面转变，但中国对家庭层面的食物安全关注严重不足，仍没有一套系统、优质的家庭食物安全数据。
3）对食物损失和浪费认识不足
目前中国的食物安全战略并没有将节约食物、减少损失和浪费提高到与保障供给一样的战略高度，民众普遍缺乏对节粮重要性的认识。必须意识到，节约粮食不仅意味着节约了食物本身，还意味着节约了水、土地、能源等一切生产、运输、销售、处理剩余食物所需要的能源和资源，减少碳排放，有助于减少环境污染。同时节粮教育缺乏，节粮教育不能仅停留在口头宣传上，还需要落实于行动。另外，中国缺乏对食物浪费的系统研究。提高对相关研究的支持力度，提高食物浪费数据的透明度，有助于了解中国食物浪费问题的现状，更好地减少食物浪费。
4）对食物安全脆弱群体的关注和认识不足
中国对食物安全的关注主要集中在国家层面，对家庭层面和个人层面尤其是脆弱群体，如食物不安全群体、贫困群体的关注不足，缺乏对这类群体系统的统计和调查研究。随着生产的发展、生活水平的普遍提高，这部分脆弱群体逐渐成为国家食物安全的最薄弱环节，因此应加强对脆弱群体的针对性、系统性研究，从而制定相应政策进行定向扶持。
1）营养与健康、农业可持续发展、生态环境保护政策的分离
由于缺乏对食物安全、农业可持续发展、环境生态保护系统发展的科学认识和战略规划，在具体政策制定上也存在各项政策相互孤立的情况，不可避免地会出现诸如短期粮食增产刺激政策与长期生态可持续发展相矛盾、农产品供给政策与营养和健康需求目标不一致等问题。
2）政策方向需要调整，政策效率有待提高
中国农业补贴范围越来越广是不争的事实，而且高补贴的农业政策越来越难以为继。中国农业补贴政策一直重视补贴水平，但相比较而言对投入效率重视不足。在补贴的具体方式上也存在激励不当之处，比如粮食直补等政策按照承包土地规模发放而不是按照实际种植面积或者产量发放，在农村大量土地流转的情况下，真正种粮农户拿不到种粮补贴，对提高种粮积极性影响有限。同样，对产粮大县虽然有种粮大县奖励政策，但奖励力度有限，存在“种粮大县、财政穷县”的困境，不利于保障粮食安全。此外，应强化政策及其实施效果的跟踪监测和评价。拟推动实施的价补分离政策有望提高补贴效率，完善农产品价格形成机制。
3）缺乏支撑全球化农业战略的政策体系
从财政政策来看，与国内项目不同，境外农业投资与合作前期的市场成本较高，需要政府给予必要的扶持，许多国家对境外农业投资项目设立专项补贴，鼓励农业企业开拓国际市场。目前中国境外直接投资的财政政策支持力度不足，缺乏系统的政策支持和稳定的资金来源，因此需要支持补贴行业组织和企业在境外参展、促销，参与国际认证；支持企业在境外对境外农业资源进行探测、开发；对境外农业投资项目的前期开发、资源回运、境外突发事件处理等加大支持力度。从金融支持政策来看，当前中国金融机构提供的融资手段较为单一，企业境外农业投资主要依靠信贷融资，股权融资和债权融资尚处于初始阶段，融资规模受限，因此缺乏金融支持政策成为企业开发境外农业资源的“瓶颈”。从保险支持政策来看，美国、欧盟等国家和地区对农业涉外项目建有一套优惠保险体系，政府承担部分保费补贴。尽管中国已经出台了相关扶持政策，但险种少、范围窄，帮助企业规避风险能力弱，尤其是目前还没有针对高风险的境外农业投资保险险种。
4）政策的制定应有科学的基于事实的依据
要实现食物安全与粮食自给率的平衡，首先需要确定在国家安全考虑下需要进口的数量，该数量的计算应该是明确且有科学依据的，并且应以营养为目标，而非单纯的数量目标。其中应考虑国际价格及国际产量的波动、气候变化、自然环境、未来国内需求、进口与自给的成本收益比较等。在确定进口目标后，公共部门与私人部门应共同投资，且投资应面向多个国家与地区，以减少地区性系统风险。
5）加强并优化对新型经营主体政策支持
中国农业补贴政策体系以家庭承包经营为基础，针对新型主体的专项扶持政策不多。这就导致经营主体在扩大规模的同时会遇到多方面的难题，相关的政策和措施并不能适应经营主体的发展需求。具体来讲，在土地流转方面，新型经营主体希望有规范、稳定和集中连片的流转土地，但是部分农民基于自身的考虑，不愿流转土地或不愿长期流转土地，因此当前不稳定的土地流转关系降低了农民的投资动力，保障农民的财产权利进一步放开、寻求新的土地流转方式，如土地入股以及优化土地租赁市场，可以降低土地配置的随意性，鼓励有意愿的经营主体更有效地利用土地；同时机械租赁市场的发展、融资支持、新型农业保险的开发、基础设施建设提升以及个性化、全程化和综合性的农业技术服务、合作社的发展以及健全农村社会保障体系等也是提高市场化小农生产的重要举措。
6）农业技术创新与推广投入不足
农业技术创新与推广是发展现代农业的重要组成部分。目前，中国农业技术创新能力仍非常有限，农业技术成果转化率、农业技术利用率较低，农业科研管理分散，多部门、多层级管理造成研发投入及管理混乱。同时在农业研发上政府与市场的分工仍存在问题，农业新技术应该保证低成本且满足小农的需求，现代农业科技应当适用于各种条件并能与传统农业科技并存，但政府部门的公共投资仍未达到需要的水平，且投资效果需要评估。同时，发展现代农业需要一个现代的创新型农业科技体系，该体系应致力于将研究机构、大学、推广机构、工业部门、农民等联系起来，建设公私合作关系，同时为鼓励私人部门参与科技创新，需要知识产权方面的制度、政策及激励支持。
1）农业多头领导导致目标分散
相比发达国家，中国现行的农业行政管理体制、部门分割，管理分散，任务不明确，任务和手段不一致，政策制定成本高、决策效率低，政策效果不显著。在具体工作上，存在“重视农业政策、轻视农业部门；重视支农资金、轻视投资效率”的问题。农业是一个行业属性极强的产业，其职能不适合分散于其他各个非农业部门。因此，农业的大部制改革是解决包括粮食安全、食品安全、农业增效、农民增收等问题在内的所有问题的根本。从“全食物链”的角度进行农业大部制改革，是当前中国农业与农村改革面临的重要课题，同时也是最紧迫任务之一。
2）缺乏社会广泛参与
农业农村发展、食物安全、扶贫等事业作为社会公益部门，在政府引导基础上，应当充分发挥市场作用，调动社会力量广泛参与，构建政府、私人部门、市场、社会协同推进的工作格局。比如建立社会扶贫服务平台，鼓励和引导各类企业、社会组织和个人等社会力量积极参与扶贫与减少食物不安全和营养不良人群工作等，但中国在调动社会力量上行动严重不足，而且在社会力量参与公益活动上宣传力度不够大、覆盖区域不够广、项目可持续性弱，普遍缺乏对项目后期的监管与反馈机制。
3）缺乏供应链全过程减少食物损失的系统性措施
在减少供应链食物消耗方面，科技的进步与管理的改善都很重要。针对在加工和分销环节中的巨大损耗，粮农组织建议发展中国家增大在食品运输、冷藏链、储存等领域的投资，并鼓励私营部门投资食品行业；提高收割技术、食品包装技术和市场营销能力，减少食品在湿热气候下变质的比例；建立农业合作社等农户间交流机制，防止因农民信息闭塞造成的供求失衡；展开消费者调查，减少零售商和消费者对食品外观的非理性重视；加强食物供应链中操作工人的培训，减少因操作不当或不卫生作业而造成的浪费等。
2011年以来，“十二五”规划纲要和历年中央一号文件都有对营养健康方面的规定，这些规定丰富了营养健康政策体系，并对制定具体政策起到指导作用。“十二五”规划纲要指出要做好新生儿缺陷预防、健康教育、优生咨询、高危人群指导、孕前筛查、营养素补充等服务工作，降低出生缺陷发生率和农村5岁以下儿童生长迟缓率。历年中央一号文件对农村公共卫生、公众健康、基本医疗保障等都有侧重。2014年，国务院印发了《中国食物与营养发展纲要（2014—2020年）》，明确提出到2020年的食物生产目标、食品工业发展目标、食物消费量目标、营养素摄入量目标和营养性疾病控制目标，确定了中国食物与营养发展的重点产品——优质食用农产品、方便营养加工食品、奶类与大豆食品，重点区域——贫困地区、农村地区、流动人群集中及新型城镇化地区，以及重点人群——孕产妇与婴幼儿、儿童青少年、老年人。该纲要是中国食物与营养发展的纲领性文件。此外，卫生部通过制定营养工作规范、促进健康服务业发展、深化医药卫生体制改革等政策措施保障中国营养健康状况的改善。
在具体措施方面，通过开展全国营养调查、实行中国营养改善行动计划、中国健康知识传播激励计划、举办中国公众营养大会等，不断了解中国居民膳食结构和营养状况、评估居民营养健康水平、传播疾病防治知识、全面指导改善居民营养状况。
1）对营养问题认识和重视不足
国际上对食物安全的关注和研究重点已经逐渐转向营养安全，并且旨在以营养安全为导向和目标指导农业发展，但中国对营养问题重视程度不高，没有上升到国家战略的高度，尚未形成食物安全、营养安全与农业发展互相协调的发展模式。同时普遍缺乏对民众营养知识的普及、教育及培训，导致在中国食物供给不断增长的情况下，出现大量营养不足与营养过剩并存的现象。对关键群体如孕产妇、儿童等有针对性的营养教育和培训投入也远不能满足需求。
2）缺乏营养调查和公开数据获取
在营养调查和数据获取方面，中国目前的营养调查间隔年限长，不能适应和及时跟踪人口结构、膳食变化等带来的营养状况改善，且在数据公开获取上存在诸多限制。另外，中国在对居民营养现状进行分析时不能采用统一的判定标准、定义或检测方法等，部分数据（如流动人口数据、城镇贫困人口数据）尚未纳入调查。
3）对健康保健工作重视不足
健康保健包括人体在疾患之前的预防、疾患之中的紧急处理以及饮食搭配方面的处理等。健康保健对于减少疾病的发生具有重要作用，但中国尤其是农村地区受经济、地理等因素影响对健康保健工作重视严重不足。对孕产妇、婴幼儿的健康保健投入对人一生的健康具有重要作用，但目前由于对孕产妇、婴幼儿健康保健的认识不足加之健康保健条件的约束，中国的健康保健工作亟须加强。
虽然中国针对营养方面出台了一系列法律法规和政策规范，但有关营养的政策体系仍待完善。例如缺乏营养立法、营养教育立法、儿童营养保障法、针对贫困地区或贫困人口的政策、针对儿童青少年的食品饮料广告管理规范等。部分政策、法规、措施在制定时也存在一定问题：①干预人群定位不准确，政策、法规、措施的形成和实施的技术支撑较薄弱；②缺乏多部门协同制定机制，单学科或者单一部门实施干预，不能充分发动多学科或多部门的力量；③缺乏专业人员参与政策制定，导致产出的政策法规缺乏专业性和说服力；④政策法规等制定程序烦琐、周期长，制定时缺乏前瞻性，制定后修订频繁；⑤重政策，轻干预，且干预设计不严密，缺乏科学性；⑥缺乏对政策的宣传、普及和推广。
（1）中国目前用于营养健康的人力、财力、物力投入不足。中国营养健康领域基层人员技术薄弱，加之用人机制、工资待遇等问题，导致人员技术提高缓慢、人员队伍不稳定，用于营养健康的财政投入及地方投入远远不足。
（2）由于干预项目通常缺少连续性，群众合作意愿不强烈。
（3）政府倾向于重视营养相关慢性病、重大传染病的防控，不能统筹考虑城乡、不同特殊人群的特殊需求。
（4）由于缺乏考核或者评估方法欠合理，有些政策没有落实，由于政府对官员实行绩效考核制度，导致没有纳入绩效考核的项目很难得以落实。
（5）有些政策制定及实施没有充分考虑地区之间及不同项目需求的差异，因此可能由于不适应地区发展而导致实施搁浅。
（6）缺乏对行动的有效监督及公众参与。
（1）随着经济发展和生活水平的提高，公众的食品安全意识也在增强，但整体来看，公众食品安全方面的知识薄弱，对食品安全的关注基于已发生的食品安全事件，食品安全知识的教育、通俗普及工作欠缺。
（2）相对于城市日益提高的食品安全意识，农村居民的食品安全意识仍然薄弱。由于食品安全知识的缺乏以及求便宜心态，农村居民的食品安全意识远远落后于城市，对农村食品安全问题的研究及食品安全事件的报道也少于城市。
（3）风险分析识别和应对能力弱。中国应加强科学的风险分析及相关能力建设，集中资源识别、宣传并解决食品安全面临的主要风险。
1）食品安全法律法规系统性不强、协调性较差
中国的食品安全管理缺乏一个合理有效率的食品安全法律体系，法律条款相对分散，单个法律法规调整的范围较窄，部分法律规定宽泛，缺乏可操作性和可持续性。《中华人民共和国食品安全法》是食品安全方面的基本和核心法律，但是缺乏配套的相关法律支撑，存在体系不够完整、内容不够全面、职责不够清晰、法律责任规定不严等问题，不能做到对食品安全问题防患于未然。尤其是城市和农村的双重食品安全规范，导致80%以上的食品安全事件和90%以上因食品安全导致的疾病发生在农村。
2）标准制定水平低、修订慢，与国际标准不接轨
中国农产品标准体系建设滞后，国家标准少，地方标准更少。国家标准、行业标准间及其同级标准间存在不协调性，因此不利于实际操作和实施。部分标准多年未修订或早已过时，许多领域仍未设定标准。中国实行进出口和国内产品双重食品安全标准，同时部分食品安全标准与国际标准不接轨。有调查显示，中国食品安全标准采用国际标准和国外先进标准的比例仅为23%，部分标准过低，如农药残留标准，以至于严重影响农产品出口贸易。
1）食品安全监管体系、管理工作不协调
中国有10多个部门与食品质量安全管理有关，多部门在管理方面相互矛盾或者管理职能交叉，导致权力分散、政出多门、管理缺位的现象比较严重。
2）政策操作性弱影响有效执行
食品安全政策在具体执行过程中面临取证难、检测难、责任认定难等问题，由于政策制定中缺乏明确的职责确定及操作规范，部分政策在实际中很难执行和落实。同时，违规成本低诱发食品安全事件。现有食品安全法律法规对商家的处罚较轻，达不到处罚的效果，导致违规成本低，容易诱发食品安全事件。
3）社会参与不足
（1）政府部门和食品企业利益相关者内部以及相互之间的透明度和信任度低，低透明度和信任度导致难以及时发现一些较为隐蔽的食品安全问题。
（2）公众被排除在政策制定和落实过程之外，缺乏对政策的了解影响了政策的执行效果。
（3）尚未形成政策制定者、生产者、消费者共同参与的政策制定和实施体制。
（4）缺乏第三方的独立监管和媒体的广泛宣传，消费者协会作为主要的第三方机构应发挥更为积极的作用。社会的参与需要市场激励，而市场激励需要有效的消费者需求、质量识别与报酬以及供给链的综合协调。