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2004年国务院下发《关于进一步深化粮食流通体制改革的意见》（国发〔2004〕17号），标志中国农产品价格购销两头全面放开，同时形成了一套新的农产品市场调控体系。新的农产品市场调控体系有三个支柱：①取消了此前的保护价收购，放开市场，必要的时候，国家实行最低收购价和临时收储政策；②取消农业税以后，对农业生产者实行“四补贴”，截至2015年，“四补贴”的总量已经达到1600多亿元；③在加入WTO背景下，建立了以关税配额为主的进出口调控机制。这三个支柱形成了新时期农产品价格调控的基本框架。
总的来看，10多年来，这个框架体系的运行总体上是有效的，促进了中国粮食连续12年增产，带来了农民连续12年收入快速增长，同时为这个时期的国民经济平稳较快发展提供了坚实基础。
但是，需要特别注意的是，由于操作或经验不足，这个调控体系在实际操作过程中出现了一些偏差，使得矛盾逐步积累，以至于现在到了必须改革的时候了。
现有农产品市场调控体系主要存在以下四个问题。
（1）政策性收储价格刚性上升，导致国内外差价扩大和进口压力增加。最低保护价收购和临时收储统称为政策性收储。国家从2004年开始对稻谷和小麦实行最低收购价政策，从2007年开始对玉米、大豆、棉花、食糖、油菜籽实行临时收储政策。这两项政策没有太大差别，只是最低收购价在播种前公布，临时收储价格是到作物上市收购的时候公布。这两项政策施行初期比较平稳，最低收购价和临时收储价格基本上每年没有太大变化。但是从2008年开始，我国农业生产成本快速上升（平均每年上涨8%～10%，最主要的原因是土地成本和劳动力价格上涨太快），为了弥补农民种粮生产成本的快速上升，国家连续7年较大幅度地提高了最低收购价和临时收储价格。稻谷、小麦和大豆三种粮食的国内平均价格从2010年开始超过国际市场的离岸价格，到2013年已经全面超过配额内进口农产品的完税价格。目前小麦、大米和玉米的国内价格比配额内进口完税价格分别高34.2%、39%和43.8%。还要注意的是，配额外的关税为65%，也就是说，目前国内三种粮食的价格距离配额外完税成本只差20%～30%了。如果国内农产品价格继续上涨，一旦超过配额外进口完税成本，关税的“防火墙”作用将消失，大量进口将不可避免。
在原来的调控体系下，我们遇到一个两难问题：为了应对农民生产成本上升，不得不提高收购价格，否则，农民种粮没有收益，就没有种粮的积极性；但是国内农产品价格一旦超过进口的成本价，即“天花板”价格，又会直接带来国外农产品的进口冲击。
原来调控体系有效运作的空间是在农业生产成本（即“地板”价格）和进口成本（即“天花板”价格）两个价格之间，但是随着“地板”价格不断上涨、“天花板”价格不断下压，挤压了调控空间，这是农产品价格体系现在面临的最突出的一个问题。
（2）政策性收储价格居于支配地位，影响市场机制发挥作用。政策性收储价格往往高于市场价格，这导致只有中储粮、中储棉按照国家的要求收储，并且不得不收储，而其他市场主体没有入市积极性，于是形成了所谓的“政策市”，屏蔽了市场机制的作用，整个流通环节没有了多渠道，没有了竞争。
（3）库存积压严重。按照国家要求，政策性收储的粮食必须顺价销售，但是由于顺价销售价格高于市场价格，所以粮食出不了库。每一次提价之后粮食大增产，大增产以后粮食就进入国家粮库，进去了出不来，导致积压。
（4）补贴的压力越来越大。入库以后产生的保管费用、利息费用，再加上收购费用都有财政补贴。随着收购量的增加，入库以后又出不去，补贴也随之增加。再加上库存粮食如果陈化霉变产生亏损，就会进一步给财政造成巨大压力，尤其是在财政进入低速增长期的背景下。