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清代宫廷事务，与历代王朝的不同在于，它不用太监管理后宫，而以内务府执掌一切，所有太监处于内务府大臣管控之下。
中国古代帝王面临的一个难题就是，他需要牢固地控制权力，就要集权。而皇帝要维持统治，将江山传承下去，却又须分权给大臣。于是乎，集权与分权，成为皇帝与官僚集团之间不可调和的矛盾。
就皇帝而言，将权力托付给官僚集团，他又不放心，他需要有最贴心的、最亲近的人，去监督这些官僚。环顾四周，皇帝发现，他所能亲近、所能利用的人，只有宦官。这些宦官伴当们，在皇宫大内之中，陪伴着皇帝成长，皇帝熟悉他们，信任他们。
在宫廷之中，宦官日日陪伴在君侧，知道皇帝的心思。他们能讨皇帝的欢心，想皇帝之所想，博得皇帝的信任。所以皇帝们发出感慨：“中人无外党，精专可信任。”
更让皇帝们放心的是，宦官净身入宫，没有子嗣，就等于与外面的世界割裂。宦官出身贫寒家庭，没有外界的亲友势力可以依仗，无法对皇权形成威胁。
宦官们只想过上富贵生活，此外再无其他奢望。他们不同于权臣，大权在握后，更觊觎着皇权，好传给子孙后世，受用无穷。汉武帝时，开始用宦官典领尚书，参与政事，以达到削弱外朝的目的。南汉后主刘鋹则认为：“群臣皆自有家室，顾子孙，不能尽忠，惟宦者亲近可任。”
宦官历史悠久，“自书契已来，不无阍寺”
。夏商两代，太监称为“宰”。到了战国时期，出现“宦者令”，为皇室服务，遂有宦官之称。“宦”是星座之名，在帝星之侧，故而被用来称呼皇帝周围的人。宦官又有诸多别称，如黄门、内官、内衬等。
唐代设中御府，设“中御大监”“少监”等。到了明代，设十二监、四司、八局，共二十四衙门。各设掌印太监，太监遂成为宦官之专称。
朱元璋在奠定了大明江山的基业后，为了防止太监专权，特意在宫内树铁牌，上书“内臣不得干预政事，预者斩”
。同时规定，太监不能识字，只能从事“扫除之役”。朱元璋虽然严厉限制太监，却利用太监监督百官，他将太监视为恶狗，认为“有此数人，譬如恶犬则人怕”
。到了朱棣手中，设置特务机构东厂，交给太监掌控，专门负责“缉访谋逆妖言大奸恶”，成为皇权的忠实走狗。宪宗时期设置西厂，武宗时期又设立内行厂，将文武百官全部置于监控之下。
明代历史上，太监弄权，达到极致。英宗时有太监王振，宪宗时有太监王直，武宗时有太监刘瑾，熹宗时更有张扬跋扈的魏忠贤。历朝皇帝对太监持纵容庇护态度。正德年间，朝臣弹劾太监。武宗怒道：“天下事岂皆内官所坏？朝臣坏事者十常六七，先生辈自知之。”
当有人弹劾太监刘瑾图谋不轨时，武宗大力袒护，甚至扬言，这天下，任由他刘瑾取走也罢。
明代中后期，皇帝懒得与官僚们过多接触，将朝政托付给太监。太监也故意让皇帝沉迷于酒色，好掌握权柄。如刘瑾时常乘武宗沉溺酒色时，过来请示国家大政，武宗厌烦道：“尔何为，乃一一烦朕。”于是一切皆由刘瑾掌握。得意之时，刘瑾称：“满朝公卿，皆出我门。”
明代的二十四衙门，受十二监的第一监“司礼监”领导，“其宦官在别署者，见之必叩头称为上司”。司礼监直接听命于皇帝，不受外廷影响。后世的大明皇帝们懒于处理政务，创办了培养太监读书的“内书堂”，培养了一批有文化的太监，帮助“批红”。司礼监的秉笔太监有“批红”之权，每日里各种军国大事，皇帝稍微看上几个奏折，全交给太监处理。秉笔太监与内阁串联好，就可以操控国务。到了明代后期，司礼监太监甚至可以出席内阁会议，代替皇帝发号施令。所以黄宗羲哀叹，首辅权虽重，而司礼监之权又在首辅之上。
在很多时候，皇帝重用太监，充当自己的耳目，监视文武百官。太监控制的东厂等特务机构，成为悬于朝臣头上的一把利刃。皇帝又派遣太监至各地，为自己办理各类重要事务。万历帝为了增加税收，派太监为矿监税使，至各地征税。矿监使至各地，打着皇帝的旗号，巧取豪夺，盘剥天下，荼毒万民。
大明王朝的腐朽败亡，太监们特别“与有力焉”。到了顺治元年（1644），清军进入京师，多尔衮进朝阳门时，“内监以故明卤簿、御辇陈皇城外。跪迎路左，奏请摄政王乘辇”
。对于太监们来说，王朝更迭，不过是换个主子而已。果然，清室进入紫禁城后，将大明王朝留下的太监略加裁汰之后，留用了大部分。相比前代，清代的太监权力已受到了很大限制，主要从事“供给洒扫之役”而已。
崇德八年（1643）八月，皇太极在盛京（沈阳）去世。皇太极去世前，未曾指定接班人，此时有资格竞争帝位的，有皇太极的长子肃亲王豪格、皇太极的十一弟睿亲王多尔衮，双方各不相让。为了避免发生武力冲突，双方最后达成妥协，立六岁的福临为皇帝。
顺治帝登基的头七年里，朝政由多尔衮把持。顺治帝年幼，只能听其操控，所能履行的皇帝职责，不过是“拱手以承祭祀”
。清军入关之后的最初七年，由多尔衮摄政，此一时期，清室尚在进行统一全国的战争，因此要集中权力，以获取最后的胜利。在这一时期，多尔衮实际上执掌一切大权，“关内关外，咸知有睿王一人”。多尔衮专权跋扈，妄自尊大，自称“皇父摄政王”。在华的传教士汤若望则认为，多尔衮“大有自为皇帝的心思了”。
顺治七年（1650）十二月，多尔衮去世，皇权与满洲贵族的矛盾开始爆发。多尔衮死后第二年，顺治帝亲政，立刻宣布了多尔衮的十余条罪状，下令将多尔衮开出宗室，平毁陵墓，鞭尸割头，可见其对多尔衮的痛恨。
顺治帝少时没有受过系统的教育，至亲政之后，阅读大臣奏章，竟茫然不解，愤懑之下，发愤读书。顺治帝苦读九年，博览全书，无所不读，甚至阅读了刚出版的金圣叹批注《西厢记》《水浒传》。顺治帝亲政后，对满洲亲贵持有戒心，更情愿去亲近汉人大臣。在皇宫之中，陪伴顺治帝成长的人，则是太监，这其中有大明王朝遗留下来的太监，他们尝过权力的滋味，渴望着再次呼风唤雨。
在诸宦官之中，吴良辅对顺治帝的影响最大，也最得宠幸，不时怂恿顺治帝效法明王朝，恢复宦官旧制。此外，顺治帝本人仰慕汉文化，“专厌胡俗，慕效华制”。在他的主持下，推行满汉复职制，将内三院改为内阁，大学士加殿阁衔，增加汉人大学士名额等等。
顺治十年六月，顺治帝发出上谕，历数了历史上宦官弄权的危害，同时又指出，“内府事务殷繁，须各司分理”，不得不使用内监，为设置“十三衙门”做了铺垫。
在入关之前，皇家事务已由内务府负责，“凡内廷之会计、服饰、宫御、武备等，皆统属于内务府大臣”。入关后，仍由内务府负责皇家事务，此时涉及的事务更为复杂，更为专业，这也是顺治帝想要创设十三衙门的主要考虑之一。
顺治十一年（1655），清廷正式裁撤内务府，设置十三衙门。在设立十三衙门的过程中，宫中太监出力颇巨，“吴良辅煽立十三衙门，其名率沿明旧”
。十三衙门为：司礼监、御用监、御马监、内官监、尚衣监、尚膳监、尚宝监、司设监、尚方司、惜薪司、钟鼓司、兵仗局、织染局。
入关前的内务府，以包衣为主，负责宫廷事务。入关之后，至十三衙门创设前，内务府一直为皇室服务。顺治朝，在内务府被短暂取消的时段内，包衣继续为皇权服务。
创设十三衙门，虽然遭到了很大的阻力，但顺治帝丝毫不为所动，他相信自己能控制住太监，不使其过于跋扈。就顺治帝而言，创设十三衙门也有着深层考虑。在顺治朝前期，一直由摄政王多尔衮主政。至多尔衮病逝，顺治帝亲政后，他全面执掌权力的努力，遭到了满洲亲贵势力的阻挠。年轻的顺治帝，在重用汉人官吏的同时，也将自己身边的亲信太监加以任用。在内廷事务之中，顺治帝坚持使用自己的亲信太监，以避免外官控制内廷事务。
在心腹太监吴良辅的怂恿下，顺治帝最终创设十三衙门。在创设十三衙门后，他曾解释，虽然现在的内廷总管大臣忠诚为国，让朕无虑，可万一有如冷僧机这样的人，“专权作弊，何以防察”？冷僧机者，多尔衮亲信，曾担任过内大臣，于顺治九年被铲除。
适应时代变化，十三衙门的名称、职能也有所变更。顺治十二年（1655），改尚方司为尚方院。顺治十三年（1656），改钟鼓司为礼仪监，尚宝监为尚宝司，织染局为经局。顺治十七年（1660），改内官监为宣徽院，礼仪监为礼仪院。
顺治帝很是自信，他认为自己能牢固地掌握十三衙门。为了避免太监擅权，十三衙门“满洲近臣与寺人兼用”，实权在满臣手中，“事权不在寺人，且所定职掌，一切政事，毫无干预，与历代迥不相同”
。
十三衙门创设后，限定了宦官有六个不许，即：“宦官不许擅离皇城，不许干涉职司之外一事，不许交结外官，不许使弟侄亲戚暗相交结，不许假弟侄等人各色置买田产等。”有鉴于历史上太监弄权的危害，顺治帝铸铁牌立于内务府和交泰殿，禁止宦官干政，凡有违背者，“即行凌迟处死，定不姑贷”
。
就在十三衙门创办后不久，顺治十一年（1654）冬至次日，顺治帝大宴群臣。当日十三衙门的太监，依据明代朝堂陋习，入班行礼。众太监越过亲王班次，争相入殿行礼，乾清宫执事官太监孟进禄以“老臣”自称。有大臣目睹此景，上奏抗议，顺治帝随即颁布手谕，惩戒孟进禄等太监，同时规定，太监不得入班行礼。顺治十五年（1658），发生了内监吴良辅与官员结交、作弊纳贿的案件。此案爆发后，因为顺治帝宠幸吴良辅，使其未受到处罚，而牵涉进去的大学士陈之遴则被革职。
顺治帝6岁继位，14岁亲政，24岁去世，虽然执政时间较短，但平定了南明王朝及各地的反清起义，厘清了财政，缓和了满汉官僚集团的关系，可谓是有为之主。顺治帝在婚姻上，却有着难言的苦楚。从努尔哈赤时期，始与蒙古部落联姻。皇太极的一后五妃（其中之一便是著名的孝庄太后），都来自蒙古部落。与蒙古的联姻，使皇太极获得强有力的盟友，稳定住草原，得以全力经营中原。
顺治帝的第一位皇后，来自蒙古科尔沁部，是孝庄太后的亲侄女。这段婚姻是政治联姻，自然不包含感情的因素。一般来说，就是皇帝不喜欢这个女子，为了政治考虑，也会加以容忍。可顺治帝性格刚烈，不是个善于隐忍的人，他不喜欢这个表妹皇后，在顺治十年（1653）提出要废后，理由是皇后奢侈且善妒。在顺治帝的再三坚持下，孝庄太后不得不让步，同意废后，降为静妃。顺治帝的第二位皇后，也来自科尔沁草原，是孝庄太后的侄孙女。可顺治帝对这个蒙古皇后，同样没有兴趣，他找到了自己的真爱，此即董鄂妃。
董鄂妃本来已被选定，要嫁给顺治帝的弟弟，可在出入宫廷时，她与顺治帝产生了感情。顺治帝的弟弟襄亲王不服，找哥哥吵闹，被打了记耳光，悲愤之下，自杀身亡。襄亲王一死，顺治帝虽然有悔意，可还是难过美人关。顺治十三年（1656）八月，他将董鄂妃纳入宫中。顺治帝对董鄂妃投入了真挚的感情，想将她立为皇后，又提出了废后的请求。这次孝庄太后不再让步，联合大臣，压下了顺治帝的要求。
顺治帝脾气敏感而暴烈，易受情绪影响。朝鲜使者曾描绘他：“清主状貌，年甫十九，气象豪俊，既非庸流，眸子暴狞，令人可怕。”顺治十六年，郑成功围攻南京，清军作战失利，顺治帝暴怒之下，想要御驾亲征。孝庄太后劝告却不能奏效，便让与顺治帝感情极深的乳母去劝说。乳母劝说时，更激起了顺治帝的怒火，扬言要用刀砍乳母。乳母深知顺治帝的脾气，落荒而逃。到了次日，当顺治帝的怒火稍降后，经过传教士汤若望劝说，才放弃了御驾亲征。
顺治十七年（1660）八月，董鄂妃患病去世。顺治帝为她操办了盛大的葬礼，破例封她为皇后，以宫女太监三十多人殉葬，又命四品以上官员去哭吊。顺治帝悲痛欲绝，终日郁郁寡欢，几欲自杀，身体状况也更加不佳。顺治帝身体羸弱，又沉溺于酒色，平时经常失眠，“倦极而眠，始得安枕”。顺治帝也自叹：“骨已瘦如柴，似此病躯，如何挨得长久。”
顺治十八年（1661）正月初二日，顺治帝突然染上了天花。天花在蒙古人、藏人、满人中感染的比例最高。如果童年时不曾出痘，则成年后随时会感染天花，侥幸者留下一脸麻子，重者丧生。天花病毒喜热厌寒，在天气炎热时节特别容易出痘。
顺治帝自知不久于人世，临终之前，他下了“罪己诏”。诏书中罗列了顺治帝的十四条罪过，其中之一，便是设立十三衙门。“设立内十三衙门，委用任使，与明无异，以致营私作弊，更逾往时，是朕之罪一也。”
客观而论，顺治帝创办十三衙门，并未造成太监弄权，影响朝政的局面。他清晰地意识到了太监的危害，制定了“六不许”等措施。他命工部立铁牌，警告太监不得干预朝政，影响到后世的内廷。他下“罪己诏”，只是临去世前，给自己的一个安慰，给满洲贵族一个妥协，给天下人一个交代而已。他一死，十三衙门即废除，而内务府再次恢复，并发展得更加完备。
24岁的顺治帝一死，在权臣鳌拜等人主持下，存在了不过七年的十三衙门被废除。康熙帝此时，不过是八岁儿童，大权掌握在索尼、鳌拜、苏克萨哈、遏必隆手中。此四人乃是满洲亲贵代表，不愿内廷事务被太监所掌控，遂撤去十三衙门，恢复内务府。“圣祖既革十三衙门，以三旗包衣另立内务府，置总管大臣兼以公卿，而无专员。”内务府恢复之后，又仿效古代礼制，“次第立堂郎中及七司郎中，各率其属，以充其事”
。
内务府再度恢复，“收阉官之权，归之旗下”
。原先被顺治帝宠幸、包庇的太监吴良辅，此时无人庇护，立即被处死。鳌拜等人打击十三衙门，主要目的是忧虑太监弄权，影响到自己的权势。此后内务府一直存在，直至民国年间，仍在为逊清小朝廷服务。
至康熙八年（1669），康熙帝铲除了鳌拜势力，对于内务府则仍然保留。康熙十六年（1677）一月，康熙帝增设敬事房，统一管理宦官，敬事房则处于内务府的管辖之下。敬事房对外无行文之权，一切行文须经内务府转达。敬事房的主要职责，不过是负责宫中皇帝、后妃及其子女的生活，负责宫中陈设、洒扫等杂务，再无昔日的辉煌。