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清代借鉴明代的经验，设置内务府，设纲定纪，各司其职，以总管大臣统领，以监察御史监督。内务府大臣无定额，一般为4人至6人，最多时9人，最少时3人。如光绪元年（1875），内务府大臣有崇纶、魁龄、荣禄、明善、贵宝、文锡等6人。
内务府在官员设置上，采取“无定额”，主要考虑：一为互相牵制，二是因为内务府具体事务。内务府下辖单位颇多，如雍和宫、咸安宫官学、圆明园、御茶膳房、上驷院、武备院、奉宸院等，这些机构常派王、贝子加以管理。王、贝子先取得内务府大臣的身份，再分派以上各处事务，然后或一人管理一处，或一人管理数处，或数人管理一处。因为各处兼管事务没有明确划分，故而内务府大臣也无法采取定额。
内务府官员的选择，有特简缺、公缺、题缺、调缺等。凡是“特简”者，乃由皇帝亲自挑选、任命的重要官员。总管内务府大臣自然是皇帝所“特简”者。“公缺”者，是从内务府所有机构中选择官员，每月选举一次。如郎中由各司处员外郎升补，员外郎由各司、各处主事、六品司库升用。“题缺”是有官位空缺时，从内务府中挑选人员。因为内务府各个机构具有较强的专业性，从本机构中选择人员，能较好地处理各种事务。“调缺”，是在较大范围内，从同品级的官员中挑选官员任职。总管内务府大臣的来源，既有满蒙八旗旗人，也有被提拔上来的内务府包衣。如总管内务府大臣丁皂保，即是包衣出身，活到97岁高龄。丁皂保一生，以“薄滋味，少愠怒”为格言，又云：“人在世，居心行事不可一日无喜神护持。”
不论出身高低，但凡是总管内务府大臣，彼此之间地位平等，无论是皇子诸王，还是内务府包衣，“一体办事，并无区别”。在实际操作中，官职最高的大臣，一般称为内务府大臣中的“领班”。如和珅在内务府时，诸事专擅，谁敢争锋，再如咸丰帝死后，恭亲王奕忻担任议政王、军机大臣、宗人府宗令三大要职，之后又补授内务府总管大臣之职。奕忻集大权于一身，权倾天下，自然是内务府大臣之首。内务府大臣之间，由于缺乏明确班次划分，常导致人事与事务的混乱。为厘清关系，嘉庆帝就曾亲自给内务府大臣排序。
内务府初期曾有规定，如果有亲戚同在内务府工作者，官小者应回避。乾隆三十八年（1773），乾隆帝下旨，此后总管内务府大臣的子弟，有在内务府担任官员者，不必回避。道光帝刚刚登基时，内务府大臣广兴提出，内务府大臣遇到应行回避之员，应该对调，但被道光帝驳回，并批评广兴“妄议更张，殊属无谓”。嗣后内务府大臣，遇到下属官员中有亲戚之类者，仍照旧例，毋庸回避。
在内务府的历史上，产生了一批世家，这些家族中连续几代人担任总管内务府大臣。如乾隆初年，高斌担任过内务府大臣，其子高恒也在乾隆中期担任总管内务府大臣。只是高恒牵涉进两淮盐引案被处死。高斌的孙子高杞，在嘉庆初年担任总管内务府大臣。高斌的侄儿高晋，有两子，其中一子广兴，两次担任总管内务府大臣，最后也因为贪腐案被杀。
其他世家，著名者如法式善世家、完颜世家等。内务府大臣中，除了汉军旗人外，也有朝鲜籍旗人。如内务府大臣崇光，隶属正黄旗朝鲜，其子世续也担任内务府大臣。再如总管内务府大臣金简，也是朝鲜籍。
因为内务府负责的是皇帝的家事，所以有“天下大事，不问内务府”之说。在内务府大臣的挑选上，常选择与皇室有亲戚关系者出任。如康熙帝则选择乳母之父凌普，担任总管内务府大臣。内务府世家中的高斌家族，有多人出任内务府大臣，即因为高斌的女儿是乾隆帝的宠妃。
对于内务府大臣人选，道光帝曾提出了自己的标准。首先，必须是翰林科甲出身者。在他看来，这些人读过诗书，“无猥鄙贪浊之习”。此外，引进没有利害关系的新人，也可以整顿内务府。其次，内务府总管大臣不用内务府司员。内务府司员的升迁，至武备、上驷、奉宸等院卿而止，不得升至总管大臣，“盖虑其行走有年，惯习作弊。即稍知自好。而交涉事多，不得不意存回护也”。
道光帝的要求，在后世子孙手里并未得到遵守。同治年间，内务府大臣诚明、贵宝、文锡等，均由内务府司员升任。光绪年间，更有诸多内务府司员升任内务府大臣。
内务府大臣之下，设有内务府堂郎中，又称“坐办堂郎中”，此乃内务府中最重要官员，“堂郎中为上下之枢纽，职任繁重”。堂郎中是内务府的主要执行官员，必要时可以代替总管内务府大臣，处理一切事务。堂郎中可以指挥群僚，查核七司等处题本、堂稿、黄蓝册、督催、文职铨选等。堂郎官的人数，自雍正十三年（1735）设立后，每名内务府大臣下属一人，始终未有增减。内务府官员之中，侈靡成风，尤以堂郎中为甚，“其承平时，内务府堂郎中岁入可二百万金”。
乾隆年间，因为内务府中“人员习气不好”，乾隆帝特意指令，从六部中各挑选一名精干人员，至内务府中管理六库，与内务府堂郎中互相牵制。乾隆三十五年（1770）十月，总管内务府大臣上奏，兼管茶库的兵部员外郎五十三，现升礼部郎中，请仍留在内务府兼管茶库事务。乾隆帝批复：“所奏不可行。”
乾隆帝认为，从六部调来的人员，不能在内务府久任，不然会沾染积习，彼此联为一气。乾隆帝定下规制，嗣后六部人员兼管六库者，定限三年更换一次。如果有升任调走的情况，总管内务府大臣不准奏留。
堂郎中之下，设主事二人，负责执行具体事务，后因主事二人不足以处理日常事务，又从笔帖式中选择优秀者，作为委署主事，协助处理事务。主事之下，又设笔帖式；笔帖式之下，又设书吏、匠役等。
据齐如山说，内务府中人员的文化水平极低，可以算是没有文人，在前清二百多年中，连一个通文字的人都很难找到。齐如山此话却是过于武断。内务府中，笔帖式是初级官员。笔帖式的选拔，首先要考核武功，分为马上及徒步各三箭，其次要求满汉文兼通，优先录取咸安宫官学及景山官学学生。在补用人员时，以候补人之名，写在竹签上，置于筒内，遇缺则抽签补用，或以考中人员的名次先后选用。笔帖式满汉文兼通，如何能说内务府中人员不通文墨呢？
为了满文，在内务府官员中生出了不少是非。道光十五年（1835）下旨，满洲侍郎以下，至五品京堂，虽人数众多，通晓满文者却少，故而分批加以考试，以测试满文水准。考试结果让人惊愕，能通过满文考试且错误较少者，不过十之三四。到了咸丰四年（1854），新授国子监满洲司业（系正六品）苏勒布，被查出根本不会书写满文。咸丰帝得悉后大为不满，下令严查满洲大臣的满文情况。内务府大臣们心中惶恐不安，主动上奏称，内务府笔帖式公务繁忙，无暇学习满文，今后将在空余时间努力学习满文。
总管内务府大臣是皇室的大管家，负责管理内廷一切事务。总管内务府大臣享有很多特权，如有事可以随时入奏，不拘早晚，是故总管内务府大臣能有很多机会与皇帝亲近。光绪朝初期，权臣荣禄担任内务府大臣时，利用出入宫内的机会，予慈禧各种建议。
每逢喜庆节日，内务府大臣可以进宫道贺，内务府大臣的女性家眷可以入宫进献贡品，亲近皇室成员。光绪年间，内务府大臣福锟之妻、荣禄之妻及大公主三人，俱得慈禧太后欢心，常以福儿、禄儿、寿儿称呼之，赏赉无算。太监每见三人一起入宫，则云“三星照来矣”。
内务府服务于皇室，其所涉及的事务带有封闭性，具有一定的神秘色彩。内务府的管理项目并不是特别明晰，涉及财务的内容，多无从查核。混乱的财务状况，为内务府官员贪腐提供了巨大空间。一旦内务府贪腐案件被揭露，又无明确法律惩戒，是故内务府大臣侈靡成风，贪腐相袭。
咸丰朝时，内务府大臣文锡屡屡被御史弹劾，罢而复起者多次。文锡义子崇光，也担任了内务府大臣。“文锡父子，专擅内务府十余年，今富可敌国。”
光绪朝时，内务府大臣及司员（内务府中郎中、员外郎、主事的通称，以其分司摄事，故而得名），坐拥厚资，翛然自得，服饰用度，无不侈靡。内务府的其他官员也不甘落后，大肆敛财：“用项之浮冒，风气之奢华，以内务府为最。凡宫廷修造传办及一切用项，无论巨细，每用一款，皆浮开十数倍之多。”
内务府事务由总管内务府大臣加以监督，同时还有御史协同稽查，并可弹劾、题奏。不过两名专设御史只存在了很短时间就被裁撤，至于对内务府大臣的监督则形同虚设。到了乾隆三年七月，乾隆帝看内务府舞弊严重，又派出御史至内务府稽查，“现在无查察之员。着派御史恩特和穆、沈崳稽察”。
道光帝接班后，面临着千疮百孔的局面，民间普遍贫困，“富户变贫户，贫户变饿者”，财政岌岌可危。大清王朝从18世纪的长期繁荣，转入19世纪中期以后的长期衰退，被称为“道光萧条”。如道光帝这样抠门的皇帝，在中国历史上只有其一。如此抠门的皇帝，对于铺张浪费的内务府，道光帝也得加以限制。道光帝要求内务府大臣，就一切宫内花销，必须事事核实，严惩虚报冒销。道光帝严格要求之下，内务府每年开销竟然节省下了百万两之巨。
总管内务府大臣大肆捞钱，对于手下的贪腐，多予以纵容，每有贪腐案被揭露时，总管内务府大臣往往予以包庇，使属下能蒙混过关。如光绪二年（1876），银库司员因把持库款、克扣经费被御史弹劾。内务府大臣为之申辩，称银库放款，均由大臣酌量发放，并无司员故意延误、克扣经费之事。此案最后不了了之。
在清廷看来，内务府所负担的是皇室开销，一切用度“本非外人所得周知”，就是有贪腐这样的家丑，也不是外人可以干预的。光绪四年，御史余上华建议，内务府用款应有监督，可从王公中选派一人负责。慈禧太后却认为：“总管内务府大臣，俱系亲信大臣，一切用款，全在该大臣等随时随事实心考核，务使属员不得稍有弊混。若另派王公一人总司查察，亦属耳目难周，无益于事。”慈禧太后本人就大力维护内务府，多次驳回了御史对内务府的弹劾。
庚子年之后，裁减内务府浮员的呼声不断。光绪三十年（1904），《东浙杂志》上就发表了一篇题为《论内务府裁官事》的社论。
此次舆论风波，缘起于内务府拒绝裁撤冗官。此年五月初八日，在舆论压力下，慈禧要求内务府裁汰冗员。内务府大臣则以“内务府差务较繁，额设司员亦因之较多”为由，象征性地裁汰了少量人员。
到了光绪三十四年（1908），在内外压力之下，清廷开始整顿内务府。内务府所辖48处，酌量裁撤，如意馆、玻璃作、凿铜作、武备院、染毡等处所需物品，此后均自外间采买。各种浮冒开销，一律酌量裁汰。遇到有急需用的物品，则由内务府自行采办，算下来一年可节省数万金。
摄政王载沣主张节俭，并从自身做起。军机处将摄政王的经费定为每月二万两，载沣自减一半，改为每月一万两。所有皇室的园林工程都被暂行停止，款项一律留存，不作别用。内务府进呈各项物品，向来浮报款项甚多。载沣命令内务府大臣，嗣后所办物件必须实报实销，不准浮报。此时皇帝年幼，在服丧期间又不去颐和园，仅颐和园经费每年可节省20万两。
内务府裁减下来的各种款项数目甚巨，主要是少了慈禧这样会花钱的主儿。载沣雄心勃勃，准备将这些款项拨为海军经费，重建海军。至辛亥革命之后，逊清小朝廷居于故宫之中，其影响力已是有限。清室覆灭了，可内务府却被保留了下来，并由中华民国供给经费，继续为其小皇帝溥仪服务。