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清代的榷关，由户部关与工部关两部分组成。至乾嘉年间，各地榷关数目稳定下来，其中户部榷关24处，工部榷关14处。在管理上，榷关很是复杂，有工部、户部派员管理，有地方督抚管理，也有内务府司员管理。各地榷关税课岁入，清初不过100余万两，雍正末年增至300余万两，乾隆中期又增至四五百万两，至乾隆朝末期已经达七八百万两，占大清一年财政收入的百分之十二三左右。
在户部二十四榷关中，粤海关地位最为特殊。在收复台湾之后，康熙二十四年（1685），清廷开海禁，设闽、粤、江、浙四关，管理对外贸易，征收关税。至乾隆二十二年（1757），清政府限定广州一口为外国商船来往口岸，其他三处海关仍然保留，但只准本国商船出入。此后粤海关垄断了对外贸易。粤海关各口岸按功能可分为正税口、挂号口和稽查口三类。正税口负责征税，挂号口负责商船货物的报关登记、填写税单，稽查口负责货物稽查。道光年间，正税口有31，稽查口有22，挂号口有22，合计75口。
粤海关征税主要有三大部分，分别是船舶税、货物税和附加税。船舶税通过丈量船只长宽，按照船只大小征税。货物税是依照货物数量，“分别贵贱征收”的进出口税。附加税是正税之外，另行征收的杂费。杂费名目繁多，如原先西方船只到广州贸易时，需要先卸下大炮，再进行贸易。贸易结束后，再装回大炮。来回装卸大炮，颇为麻烦。乾隆元年（1736）之后，外国船只只要缴纳所载货物百分之十的杂税，不必装卸大炮，即可进行贸易。
粤海关正税征收没有统一标准，杂税更是名目繁多，管关人员可随意增减，从中牟利。据马儒翰（J.R.Morrison）在1834年出版的《中国贸易指南》中载，粤海关茶叶的合法税率，每担为1两2钱7分9厘，实际征收额却增加了5倍，至6两之多。来华贸易的各国船舶均知粤海关征税上的弊端，所以在签订《五口通商章程》时规定，来华从事贸易的外国商船之征税，应不同于中国商船。
咸丰十年（1860）间，粤海关分为两个系统：一是由原海关监督管理，对本国船舶征税，称常关，征常税；另一则是由外籍税务司主管，管理外国船舶贸易事宜，称洋关，征洋税。在洋税、常税分开之后，常税收入受到很大打击，历任海关监督四处搜刮，勉强完成每年的定额。光绪八年（1882）正月，粤海关监督崇光就曾抱怨：“今日常税未能旺征之故，不在吏胥仆役之侵渔，而在洋税之侵占日多也。”其实，这是崇光的自我开脱，常税未能旺征，主要还是粤海关内部舞弊。外国人参与海关事务，只是在一定程度上限制了海关监督营私舞弊，税款的管理与支配权及征收常税的大权，仍掌握在粤海关监督之手。
粤海关收入，一部分交给内务府，充作皇室大内开销，一部分则解送户部。在内务府的经费中，粤海关承担了很大份额。
内务府经费，初期并无特定数额，至乾隆中期之后，一般稳定在每年经费60万两，由户部拨出。户部拨款外，内务府也有自己的经济来源，如通过税关、盐政、皇庄等获得收入。到了咸丰年间，由于遍地战火，户部常不能拨出这笔款项。同治年间，内务府的经费主要来自盐课和税务，不足时则向户部借拨。光绪二十年（1894），户部从各地筹银，作为内廷常年经费，以杜绝内务府再向户部筹借，其中由粤海关常税每年承担2万两。
内务府办公银两，本由两淮盐课拨给内务府。道光十年（1830），两淮拖欠内务府办公银，改从粤海关盈余银内拨出30万两，交给内务府广储司，作为办公经费，此后成为定制。咸丰十年（1860）粤海关常、洋两税分开之后，此笔款项改由粤海关洋税下拨出，每年分四季起解。
大工程项目中，粤海关出钱更是惊人。光绪十一年（1885），清廷开始了“三海工程”，粤海关受命筹款100万两，解交内务府奉宸苑应用。此外，粤海关还承担了日常的贡品采购、黄金采购等项。粤海关每年进贡四次，即新年、元宵、端午、皇帝万寿节等，此外还有其他各种临时性进贡。如光绪十四年（1888），粤海关采购木器，呈送内务府。此次采购的木器，共计银97144.56两。粤海关还有个亏到吐血的差事，就是每年为内务府造办处、广储司采办黄金2000两。光绪十三年（1887）时，每两黄金的市场价是银22两，而内务府给出的价格是每两黄金给银10两，粤海关抱怨不已。户部最后同意多给些，每两黄金给银18.5两。光绪十四年（1888）
十月间，粤海关监督查明时价每两黄金实需银24.8两。粤海关亏本买卖做得吃不消，于光绪十五年（1889）上奏，请提高价格。户部最后同意，每两黄金可以支银20两。光绪十九年（1893）夏季，每两黄金涨至银28.8两，秋冬季涨至银30两有零。粤海关高价采购，内务府低价吃下，亏损颇重，却不得不操作下去。
清代内务府经费、办公银及各种大工程开销，多来自粤海关。粤海关关系到皇帝的钱袋子，如何能不派自己亲信的奴才去打点？
粤海关监督，全称是“钦命督理广东沿海等处贸易税务户部分司”，由皇帝亲自钦点派充，每届任期一年，任满之后，若得皇帝青睐，也可连任。乾隆十五年（1750）前，粤海关以广州地方官兼任，“粤海关收税事宜，从前曾隶将军督抚等官经理，自乾隆十五年后专设监督，着为成例”。乾隆十五年之后，粤海关监督几乎全部为内务府中人。凡征收税课及应行事宜，粤海关监督不受地方督抚节制，直接向皇帝和户部奏报每年征税情况，所得税银分别解送户部、内务府。
在户部二十四关中，粤海关税额位居第一，可谓天下第一肥差。清廷多使用内务府官员至粤海关担任监督。使用内务府官员，一则他们是皇帝的家奴，最得皇帝信任；二则内务府官员长期把持各地税关，而内务府职务世代相袭，内务府官员对榷关业务比较精通，如粤海关监督普福，就先后担任过长芦、两淮盐政、苏州织造、淮安关监督等职。
光绪四年（1878），左宗棠奏请将粤海、闽海两关改归地方督抚管理。不过广东方面对此反应一般，两广总督瑞麟回复称，此举办理起来实在困难，不必改由督抚办理，一切因循旧制即可。
粤海关监督权限极大，对外贸易由其一手操控，对内税收报销由其一人包办。每年完成政府额定的征税数目后，可以自由处分盈余税银。清廷实际上默许粤海关监督在缴纳政府额定数目之后，从中分肥。朝廷也知道粤海关监督捞钱多，手中紧张时，就命其捐银报效朝廷。能到粤海关任职的内务府官员，都是皇帝的亲信，主子有需要，自然心领神会，放点血也无所谓。以光绪十年（1884）为例，此年慈禧太后传懿旨，现在时事艰难，饷需支绌，着绅富摊捐银100万两交户部。捐银最多者，“前侍郎崇厚捐银30万两，侍郎崇礼捐银20万两，前内务府郎中文锡捐银15万两。前粤海关监督文铦捐银10万两，前粤海关监督崇光捐银15万两”。崇厚、崇礼、文铦、崇光四人，曾担任过粤海关总督，捐银合计75万两。文锡虽未曾担任粤海关总督，但其父明善曾担任过粤海关监督。
粤海关驻扎在省城之中，所管辖口岸众多，且事务繁忙，不得不委派书吏。乾隆五十一年（1786），粤海关监督穆腾额上奏称，分散在广东各地的大关总口及小口，距省城较远，一切验货缉私，具体事务，委托给书吏，再由粤海关监督挑选“亲信老成”的家丁前去监督。此奏得到了清廷的认可，此后以书吏管理各小关，以亲信家人加以监督的模式形成。
光绪元年（1875）四月，有御史弹劾粤海关，依赖家丁办理税务，渔利营私。清廷令粤海关监督文铦协助调查，并预备进行改革。文铦上奏解释称，至同治年间，潮州、汕头、廉州、北海添设新关，均委派官员征收，并未专用家丁。粤海关分洋税、常税两项，洋税事宜，悉归税务司，按照通商各款征收。常税各处，虽然一直派用家丁，不过家丁只负责稽查书吏，并不干预具体事务。文铦自称到任以来，正税能超额完成任务，新增盈余10万两，洋药正税多征收30余万两。今若进行改革，则任用新人，必须预备薪水，建盖办公场所，所费繁多。进而文铦以为，“任事首在得人，立法必期经久”，在经费紧张的情况下改革，不如仍循旧制，此事遂不了了之。
广东沿海地方，各有总口，总口又各有分口。一府之中，多者分口达20余处，少则三四处。书吏经理税务，水手查验船货，家丁充当监督，大家一起发财。水手本来由广州将军选拔旗丁担任，自康熙年间开始，200余年间，水手将此职业世代相传，实如世袭。每年粤海关监督将各税口掣签，分派书吏，包征包解，不论大小关口，总是能捞到一笔。据广东巡抚张人骏所言：“书吏包办之弊，在于中饱滥支；水手查验之弊，在于留难索扰。”
在广州粤海关监督衙署设有总库房，负责保管各海关接来的税款，处理财务，在各分口也设有库房。各分口收入的常洋关税，在规定时间内送到广州的总库房。总库房汇齐银两之后，按期解送京师户部或是内务府。粤海关总库房管理混乱，弊端百出，两广总督岑春煊曾云：“粤海各关口，岁收税银数百万，历任监督不自经理，内而所收税银，委诸库书掌握，任其肆意侵盗；外而各属税口派令家丁书役征收，水手复从而苛索。”
粤海关诸多弊端中，核心的问题就是奏销。两广总督岑春煊曾道：“其有甚者，则为历届奏销，任凭库书援造。”奏销是海关监督在规定时间内完成税银征收后，向户部汇报收支情况。每至奏销时，“库书捏造收支银两，少报收数，浮报支数，以收抵支率不敷数百万之多。”面对于此，户部也发出哀叹：粤海关“积弊之深，为各关之最”。
光绪十年（1884），户部令各海关统一报销制度，粤海关并未遵从。光绪二十三年（1897），户部清查时发现，在光绪十年至光绪十八年的八年之中，粤海关监督报告的粤海关洋税数字，与总税务司报告的数字，相差160万两，粤海关平均每年少报20余万两，而常税少报数目尚不在此内。
到了光绪三十年（1904），粤海关经历一次大的改革，试图清除其200余年的积弊。此年，粤海关库书周荣曜（周兆熊）与周启慈等人，侵盗库银达230余万两事发。清廷不得不下定决心，加以整顿。光绪三十年时，两广总督岑春煊正在广西督师剿匪，先由巡抚张人骏进行整顿。
光绪三十年十一月初四日，张人骏从粤海关监督常恩手中，接管所有事务。张人骏接手后，将所有书吏、水手革退，然后撤去包办名目，一律改派委员前去稽征，另招募巡丁查验货物。在征收关税时，除了正额之外，其他各种杂税，“有病于商者悉予禁革”。凡是沿袭已久，商民相安者，一律化私为公。
不过张人骏还是未敢提到废除粤海关监督，只是将粤海关监督关防封存，一切文书及税单照等，暂用巡抚关防。为了不得罪旗人，张人骏为粤海关监督常恩上奏，请皇帝不要追究其责任，又从新增归公款下拨出部分银两，用作广东旗人开销。张人骏的改革，收效显著，不到一年时间，粤海关收入增加40余万两。
岑春煊在庚子年的变乱之中，护送慈禧，一路从京师逃往西安，使慈禧对他信任有加，视为心腹。此后岑春煊连续被提拔，历任山西巡抚、四川总督，再调任两广总督。从光绪二十九年到三十一年，岑春煊担任两广总督，其间大力整顿官场，大批官员被革职。他在两广总督任内，总计参罢大小文武官员1400余人，得了个外号“官屠”。
光绪三十一年（1905），岑春煊回到广东，对粤海关进行深入改革。岑春煊派人至各地，查封周荣曜等人家产。周荣曜家产极丰，在南海、广州、澳门等处，广置房产，又穷奢极欲，家中有姬妾40余人。周荣曜在京师的住宅价值万余金，也被查封。周荣曜等人的财产被查抄后，被岑春煊拿来拍卖。在周荣曜家中查出信函多封，其中一部分被当时报纸获得，从中也可一窥其人脉。其中一封信中云，其正妻马氏想为儿子谋取进士功名，已搞定阅卷总裁二人。又有京师中送来的小哈巴狗两只，系大内赠送给某王爷，某王爷再转赠周家云云。
周荣曜长年与其妻在香港逗留，在香港所置产业值银百十万两。广东官方联系驻粤英国总领事，请香港总督封存，以备拍卖之后填补亏空。不过到香港办事，却不是内地这么简单，广东官方聘请了律师在港办理交涉事宜。周荣曜看着情势不好，急派人到广州联络岑春煊，表示愿意报效朝廷30万两白银，条件是不再追究责任，并将其在广州城内的房子解封。周荣曜长子周正锵系候选员外郎，次子周正本钦赐举人候选员外郎，三子周正贤系候选同知。其他涉案人员，均通过捐纳获得功名。此次案发之后，涉案众人功名均被革去，永远不准开复。周荣曜与子侄挟万贯家财，在港逍遥度日，又遣人至广东省内四处运动，以图复其功名。
岑春煊号为“官屠”，对于周家根本不放在心上，一手打压这群书吏，一手大力推动粤海关的改革。此次粤海关改革涉及内容颇多。首先，取消了粤海关监督，另设关务处，为粤海大小各关总汇处，一切关务改由两广总督兼管。另外设置总办，由广东藩司充当，以协助总督，同时负有监督使命。藩司兼管关务，办公费每月定为1000两，由关税下支出。其次，削减口卡20余处，以惠及商民，另在要道设置稽查，以增加海关税收。再次，整顿奏销制度。粤海关的奏销历来混乱。各关所收洋药厘金，九龙、拱北两关所征洋药税、百货税，只造册报户部，却不奏销。此次改革，将税务司所收洋税、九拱二关所有税收合并为一，其收数必须与总税务司所报之数相同，其支数必须符合实际开销支数。此外，对海关工作人员，给予丰厚薪资，以高薪养廉。以往海关人员，薪金微薄，只能通过舞弊来赚钱。此次大幅提高待遇，如粤海关提调每月银200两，坐办每月银160两，司事每月银24两，一般护勇每月也能有银4.2两。
取消变相的包税制后，粤海关收入激增，归公银增加40万两，摊还外债银增加50万两。据岑春煊自称，整顿之后当年即得银660万两，以580万两解部，80万两留作本省经费。粤海关的改革，在晚清系列改革措施中，可以说是极为难得的，能突破利益羁绊，取得实际成效的改革。粤海关的改革，在一定程度上缓解了大清帝国的财政压力，但却无法挽回大清帝国的颓势。作为改革的推行者岑春煊，虽因改革成果而被清廷褒奖，但因得罪利益集团太多，最终黯然退出官场。
光绪三十三年（1907），岑春煊入京为官，弹劾庆亲王奕劻收受粤海关书吏周荣曜贿赂甚多。慈禧太后云此事不过是传闻，岑春煊则云：“臣向不敢以风影之谈，臣固有凭据在手。”慈禧太后顾左右而言他，以袒护庆亲王。岑春煊在广州时所“屠”的官，多是花钱买来的，卖官的人正是首席军机大臣庆亲王奕劻。奕劻见岑春煊到处整人，断自己财路，心中记恨，而岑春煊与袁世凯又是政治上的竞争对手，号为“南岑北袁”，遂与袁联合起来对付岑春煊，最终将其斗败，迫使其退出政坛。