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入关之后，清室还面临诸多战事，宫中一切经费开销，力求从简。顺治七年（1650）规定，内库钱粮皆归并户部管理，内廷所用物品如皮类、丝绸、茶叶、纸张等，也由户部提供。康熙帝重设内务府之后，内务府的开销主要依赖户部拨款。康熙帝收复台湾、平定三藩后，社会局势稳定，经济蒸蒸日上，内务府也开始获得各种收入。除了户部拨款外，通过皇庄、貂皮、人参等业务，内务府也可获得收入。此外，内务府还从事房屋租赁、开设当铺等商业活动，获得收入。
总体而言，乾隆朝之前，内务府经费经常不敷使用，“时檄取户部库银以为接济”。乾隆中期，乾隆帝亲为裁定，汰去冗费若干，岁支用60余万两，其后每岁盈余累积，反充外府（户部）之用。
如乾隆三十三年（1768）五月，内务府奏请将广储司银150万两，交给户部收存备用。乾隆一朝，内务府的财政状况的改善，一方面是原有的皇庄、当铺收入激增；另一方面则是两淮盐课、粤海关收入的保障。
自西汉盐业被国家垄断后，盐税从此成为历代王朝的主要收入来源。两淮盐业最盛之时，销往六省，盐课甲于全国。产盐场23处，供给江苏、江西、河南、安徽、湖南、湖北等省，这些是中国人口最密集，经济最发达的地区。两淮盐区的产盐数量、行盐区域都是全国之首，所征的盐税更占全国盐税三分之一以上。
两淮盐区乃是大清帝国的第一财源，皇家也少不得要来插上一腿，由内务府出面加以分润。
内务府通过两淮提盐引、帑银、人参变价银等方式，获得收入。
“盐引”（纲引）是盐商经营盐业的许可证，由户部统一印制。盐商缴纳包括税款在内的盐价之后领取盐引，然后凭盐引运盐销盐。盐引每年定量配给各地销售的，称为“正引”，卖不完的盐引称为“余引”，交户部查销。提引，是因盐引畅销，额引不足民用，故以预提次纲之盐运销，以补本年不足。户部议准，每年额引不足时，令盐政先计算数目，奏请之后，于下一年的配额内提出行销。至次年正纲，仍照岁额请领，引内注明预提字样，以免正纲重复。提引除了缴纳“正供”盐税外，还要另外缴纳二两至三两的“息银”，因为预提的是下一年的盐引，当年赚了下一年的钱，这笔钱可以入银庄生息，所以要额外多缴银两。
两淮预提盐引始于乾隆十一年（1746）。因为两淮盐区是内地十一个盐区中最大的一个，行销江苏、安徽、江西、湖南、湖北、河南六省，而这六省又是人口最为密集的地区。乾隆年间的太平时光，导致人口激增，用盐量增加，遂在此年奏请增加“提引”。
预提盐引的“息银”如何使用，如何管理，清廷并未有明确规定，其中有可以操作的空间，这也给了两淮盐商留下了可乘之机。乾隆十四年（1749），乾隆南巡，盐商沿途接待，耗费颇巨，就下令将“息银”补贴给盐商。此后盐商只要搞定两淮盐政官员，就能将这笔钱吞掉。此种局面，一直延续到了乾隆三十三年（1768）才发生改变，这一年尤拔世出任两淮盐政。
尤拔世此人是乾隆帝的亲信，曾多次以皇帝代言人的身份，至九江海关、粤海关等处，整顿关务，厘清财务。此次被乾隆帝调至两淮，也肩负了整顿盐政的使命。到了两淮之后，尤拔世看到两淮盐商，生活奢华无度。有的盐商家中的蛋鸡，每天也吃人参。生出来的鸡蛋，自然更有营养。在收藏古董，追捧梨园戏子时，盐商更是一掷万金，在所不惜。尤拔世上奏称，盐商家中有钱，生活上奢靡成风，请乾隆帝教导盐商节俭度日。不想乾隆帝看了奏折后，对军机大臣道：“盐商有钱，花再多自己的钱有什么关系？奢侈点有什么不好，还可以养活一批人。尤拔世才到两淮，不晓事体，实在是谬见。”乾隆帝还是有点超前眼光，知道鼓励富人消费，拉动经济，带动就业。
不久之后，尤拔世捕捉到了两淮盐政的最大弊端，揭发前任普福挪用提引款项：“上年普福奏请预提戊子纲引目，仍令各商每引交银三两，以备公用，共交贮运库银二十七万八千有零。”
尤拔世何其狡猾，他特意提出，这笔钱普福共动用了8.5万余两，还有19万余两，请交给内务府查收。
对此乾隆帝非常重视，他认为盐政动用此项银两，却未奏明，“显有蒙混不清，私行侵蚀情弊”。乾隆帝要求彻查清楚，毋得丝毫隐饰。清查之后发现，从乾隆十一年至乾隆三十二年（1746—1767），二十余年间，两淮提引差额惊人，预提盐引有496万余道，总值在白银1000万两以上。而统计下来，盐商花在乾隆帝历次出巡及每岁购买贡品上的开销，不过460万两左右，尚有600余万两的余款。此笔巨款，如果不是尤拔世提起，早被清廷遗忘。
此案牵连官员甚多，前后三任两淮盐政高恒、普福、卢见曾侵吞盐引余息，接受贿赂，被判死刑。纪晓岚因为在此案中泄密，被发配乌鲁木齐。通过预提盐引案，乾隆帝严厉整饬了两淮官场，将两淮预提盐引纳入皇室控制，充实了内务府，进一步加强了对盐商的控制。此案过后，两淮预提盐引照样颁发，只是所得的银两却被交给了内务府，而不是户部，充作了皇帝的私房钱。此项银两为数甚巨，如乾隆三十五年（1770），两淮应解内务府预提盐引银就达50万两。
除了两淮盐业正项、余引收入外，以帑银借给两淮盐政放贷收息，也是内务府收入的重要来源。康熙帝时期，开始将部分内帑银两，借给长芦、两淮盐商营运生息。就此时期而言，将帑银借给盐政，既可获取收益，也可解决盐商资金流动问题，扶持盐业的发展。内务府所借帑银，利息较低，受到盐商欢迎，盐商得意地将此项银两称为“万岁爷发的本银”。
乾隆十三年（1748），乾隆帝令两淮每年解银10万两，交付内务府，作为行幸赏赐之用。此笔银两，后改为留在两淮，交给盐商生息，月息一分五厘。且以每年所得利息，归入来年本银一体生息。至嘉庆五年（1800），此笔款项，累计得银200余万两。
此后内务府又多次将帑银，借给两淮生息。帑银利息的一部分，被清廷用作步军统领衙门经费。自道光三十年（1850）起，两淮长期拖欠帑银。至光绪四年（1878）计拖欠银60余万两。经两江督臣多方努力，分四次拨出银12万两，解送京师。至光绪五年（1879）时，两淮仍然拖欠了帑银达54.8万余两之多。
东北出产的人参，被视为天赐之物，有起死回生之功，在市场上能卖出高价。但人参被清室垄断，往往有价无市。清室通过内务府，将人参交给粤海关、两淮盐政等处变价出售，牟取暴利，其中四等、五等人参被交给了两淮，成为内务府收入的一个重要来源。
道光十一年（1831），两淮盐政被交给两江总督管理。此后，人参变价事宜也由两江总督负责。内务府将变价人参交给两淮，两淮则将人参售给盐商。人参变价银两于盐引内征解，“参斤向系上纲奉发之参，派于下纲引内征解”
。此时两淮地区私盐泛滥，官盐滞销，人参变价银“无引征解”。两淮没钱，就找两江总督借，两江总督手中也没钱，就一直拖欠。
道光十一年，陶澍接手两淮盐政之后，内务府又奏请将人参发给两淮出售，并请两江总督立刻派人到京师领取人参。只是此前变卖人参的银两，已拖欠了五年。五年之中，两淮只交付了银7万两，所拖欠的银两共计96.4万余两。旧债未还，内务府又想再发人参来变卖。
两江总督陶澍堪为清代屈指可数的改革家，他个性强硬，又得到了道光帝的支持，立即上奏，请暂缓领人参：“俟两淮盐务稍有起色，再行奏请发领变价之处。”
不想内务府大为不满，认为人参变价银并不会影响到两淮多少。两淮地区盐引有169.2万余引，一年人参变价银，算下来，每引不过征银一钱数分而已。在内务府看来，此笔钱微乎其微，伤不到两淮盐政的根本。
内务府还奏请，将两淮所拖欠的银两，按照一分生息。若是依照内务府的方法，则两淮每年的利息就要达到11.5万两。在内务府的强硬要求下，陶澍只好让步，承诺分批归还所拖欠银两。作为妥协，内务府则不再要求将拖欠银两生息。
只是两淮财力已疲惫不堪，对于内务府新发来的人参，照例拖欠银两，内务府继续与两江总督打着口水官司。道光十六年时，两淮拖欠的人参变价银达71万两，陶澍请求改变人参变价方法。最终道光帝同意，将两淮商人“应交参价减去三分之一”，以求按年清款。降低人参变价银在一定程度上减轻了两淮的负担，也使内务府能按期收到人参变价银。
内务府将贡玉发给两淮变卖，也是内务府收入之一。乾隆朝时，两淮盐政负责给宫中办理玉贡，每年花费甚巨。嘉庆六年（1801），嘉庆帝下令，两淮盐政在每年万寿、端阳等时节，不必再进贡玉器，依照办理玉器的价值，折银交给内务府。至于玉贡折价银的数量，一般定为50万两。
嘉庆二十五年（1820）七月，老皇帝嘉庆去世后，新皇帝道光登基。为了庆贺新皇帝登基，各地的贡品络绎不绝地向京师送来。八月八日，道光帝下旨，令各省督抚、盐政、织造等暂停进贡。十一月，道光帝下令停止各地的玉器进贡。就在十一月，两淮盐政延丰上奏称，已拖欠的玉贡折价银70余万两，节省玉贡（银）90余万两，请分年解送。道光帝大方地批示，现在已停止贡玉，此笔160余万两的款项“均着加恩豁免”
。玉贡银虽停，但通过出售貂皮、宫中瓷器、丝绸、茶叶等，内务府也可以获得巨大收入。故此当户部手头吃紧时，内务府也予以支持。
清初发行盐引时，好比发行原始股，招商购买，买到盐引的盐商，将名字及盐引数目登记入册，然后按册派给盐引。盐商手中的盐引，可以世代相传。当年没有买原始股的人，眼红于盐业的暴利，就从盐商手中再买盐引。如同股票一样，买的人多了，价格自然被推高，盐价也跟着走高。官府卖的盐价格居高不下，民间贩卖私盐的人自然也就更多，导致官盐卖不掉，政府税收减少。
针对两淮盐政中的弊端，道光十年（1830），两江总督陶澍决定打破原先盐商对盐引的垄断，开放盐引，让资金涌入。陶澍的改革触动了很多人的利益，遭到了极大阻力。军机大臣曹振镛家族的很多人在扬州从事盐业交易，陶澍本人则是曹振镛的门生，一时间投鼠忌器，难以下手，就写信给曹振镛讨教。曹振镛看了信后，回复他道：“只要有利于国家，你就放心去做，不要担心我家，世上有饿死的宰相吗？”曹振镛这样表态了，陶澍才能一展身手，整顿盐政。
陶澍推行的改革，废除引商，改行票法。此次改革，原因是私盐泛滥，官盐滞销，收入锐减，不得不推行改革。道光十一年（1831），淮北改行票法，只要交足盐税，就可以领票运盐。改革之后，二十年中，盐引畅销。道光三十年（1850），淮南也改引为票，成绩显著。
陶澍在两淮的改革，在一定程度上缓解了清政府的财政危机。不过好景不长，咸丰三年（1853）太平军冲击南方，两淮也被影响。太平天国战争中，内务府财政遭到了沉重打击，其所依赖的两淮盐务、粤海关，已是颗粒无收。而来自两淮盐务、粤海关的收入，占了内务府总收入的七成左右。
国库存银无几，经费紧张，连中枢军机处也受到极大影响。每年四月，照例由内务府拨出4500两给军机处，作为军机章京及仆役们一年的伙食费及纸张器具木炭各项开销。但咸丰三年（1853）国库告罄，军机处只领到了一半的钱，内务府承诺，等手头一宽就将钱给补上。
不想到了咸丰四年（1854）四月，内务府一直也没把钱给补上，军机章京们的积极性受到了打击。眼看着又到了发办公经费的时间，满汉军机章京们唯恐又要扣下一半的钱，就一起鼓噪，抱怨每天没日没夜干活，还要自己出钱吃饭，虽然说做臣子的要忠君爱国，可忠君爱国，也得让人过好日子啊。肚皮问题都不能解决，谁理睬你那套虚空的忠君说辞。
在咸丰帝召见时，奕忻祁隽藻等军机大臣赶紧奏请，说今年事情太多，军机处进来的新人也多，不能再扣钱了。去年拖欠的办公费用，内务府给不给回头再说，但这次一定要给全经费。咸丰帝一听也是，不能只让马儿跑，不给马吃草，赶紧让内务府把钱拨全，提高军机处的工作积极性。
受财政吃紧所困，咸丰帝已开始采取节流措施，如克扣官员薪俸，削减旗人俸禄等，搞起了捐输。对于开源，他却没有什么良策。清人包世臣总结以往历代对付财政困难的经验，不外“一开矿，一铸大钱，一行钞”三策。为了筹集经费，咸丰朝矿也开了，大钱也铸了，钞票也印了，结果是通货膨胀严重，财政危机日深。没钱的咸丰帝发出哀叹“朕不得已之苦衷”。