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系统研究法就是在研究基于供应链视角的食品质量安全保障方面要以系统的角度去探讨问题，因为食品安全问题涵盖了食品供应链的全部过程，涵盖了社会诸多领域，系统的思想贯穿始终。食品安全的保障和控制实际上就是一个分析食品供应链、食品安全利益相关者、食品安全管理等要素之间及这些要素与整个食品安全大系统之间相互关系的过程。因此，本研究更要强调系统性。
在分析我国食品质量安全问题发生的原因时，主要运用因素分析法来筛査食品供应链中各环节的影响因素，进而找出质量问题可能产生的主要环节和原因。
运用比较研究的方法。例如，在食品安全监控和追溯体系建立中，对比分析了我国和国际发达国家在食品安全管理观念、管理方法、管理技术上存在的差距和不足。
在食品供应链中的质量安全管控体系中，结合食品生产、加工、储藏、运输等实践确立了影响食品质量安全的各种风险因素。理论指导实践，实践反作用于理论，实现理论与实践的相互依存、相互影响和共同发展。
本研究旨在建立应用于食品供应链中确保食品安全的管理和监控体系，遵循高效性、通用性、科学性和预防性的基本原则，因此可以结合我国食品安全管理的研究背景和基础，依据危害分析和关键控制点（HACCP）管理体系的主要内容，先进行事前预警、事中控制、事后追溯三个方面阶段性研究，在此基础上对食品质量安全信用管理系统进行了深入研究。食品安全信用管理既是不容忽视的食品供应链安全管理问题的重要组成部分，又是做好“事前预警-事中控制-事后追溯”的食品供应链安全管理的重要基础与保障。最后选取食品生产企业的食品供应链和食品流通企业的食品供应链质量安全两个案例进行分析。按照先分后整、循序渐进的步骤来确定本研究的技术路线，如图1-1所示。