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本论文将研究问题确定为：制度变迁中的我国研究生教育结构调整研究。
具体而言，论文将以新制度主义中组织分析的相关理论为基础，突出制度分析，在制度变迁、体制变革、组织发展与教育结构调整的互动框架下，梳理我国学位与研究生教育制度变迁的过程，从组织视角分析制度变迁对研究生教育结构调整的影响，阐释我国研究生教育结构的调整机制，并进一步探索优化我国研究生教育结构所需的制度环境及教育结构主动适应性机制。
组织分析的新制度主义作为理论基础，对本研究的整体研究设计有如下重要启发：一是使研究者在教育结构调整问题上确定组织分析的研究视角，将组织的发展、权力及其发挥的作用作为制度分析的重要内容；二是帮助研究者深入理解制度与组织的关系，即组织嵌植在制度之中，组织的运行与绩效受到其所处制度环境的重要影响；三，使研究者加深了对制度环境的结构化理解，即引入“组织场域”的概念，从而更有力地解释组织发展、组织间竞争以及制度构建与变迁。以此为基础，本论文提出了新的关于研究生教育结构调整的实证分析框架（如图2-1），在此通过与旧有分析框架（如图2-2）的对比，说明新研究框架的创新之处。
旧有框架是基于开放系统理论而建构的，将研究生教育结构放置在更大的社会存在及发展的环境与系统之中，以适应社会发展需求为基本诉求，考察研究生教育规模、结构与经济社会发展水平及需求对照检验是否匹配。并且将宏观政策置于研究生教育布局与社会发展之上，尤其是作为研究生教育结构的影响因素发挥导向作用。旧有研究框架的突出贡献是，指明了研究生教育结构适应性研究所包含的两大研究命题：其一是宏观政策对研究生教育结构的影响问题，其二是研究生教育结构与社会发展水平的适应性问题。
但受研究设计所限，这两大主要研究问题在研究过程中均存在较为突出的不足。就第一个研究问题而言，研究框架所隐含的假设是有何种政策就会形成何种研究生教育结构，二者之间存在直接对应和作用的关系。就研究生教育结构与社会发展水平的适应性问题来说，旧有框架指导下的众多研究皆采用定量研究方法，以统计的、定量数据分析的方式，说明二者的匹配程度，实质上持有的是一种相对被动的和静态的适应观。正是上述研究不足严重限制了旧式研究的深入程度和理论贡献。
图2-1 研究生教育结构调整及适应性研究的新框架
图2-2 研究生教育结构调整及适应性研究的旧有框架
针对上述两大研究问题及其在旧有研究框架下的研究不足，本论文尝试提出新的关于研究生教育结构调整及适应性的研究框架，力图在理论运用和分析方法上有所创新。
新研究框架的创新之处在于，第一，着力解决研究生教育制度与研究生教育结构的作用关系问题。首先，以制度研究取代政策分析。以“制度”代替“政策”，这是因为相较于“政策”，“制度”概念尤其是新制度主义组织分析学派提出的“制度”概念，其内涵和外延要宽广得多，更适合分析本论文所提出的研究问题，且已有共识性的分析维度。在新的研究框架中，以“制度”代替“政策”，可以更加全面地把握和分析制度变迁对研究生教育结构的影响机制；以“制度研究”取代“政策分析”，也能够更加系统而深刻地揭示研究生教育结构所“嵌植”的制度环境。其次，教育制度（政策）与教育结构之间并非是直接对应的关系，并非是出台了新的政策就自然而然地发生教育结构的改变，而是要通过具体的组织来完成教育结构调整的任务。具体而言，制度为组织赋能，使得组织形成新的网络关系以及具备建构自网络关系的能力，从而可以结合组织自身的需求、意愿、权能、资源等情况，进行教育结构的调整与优化。这样，在新的研究框架中，在“教育制度”与“教育结构”之间就出现了“管理组织及其组织场域”，并突出了制度变革—组织发展—结构调整的过程性分析。具体到我国学位与研究生教育中，组织即为三级管理体制中的国务院学位委员会（办公室）、省级学位委员会（办公室）和研究生培养单位。
新研究框架的第二个创新在于，提出了研究生教育结构与社会需求的动态适应机制，而这种动态适应就是研究生教育结构自主调节系统对于社会需求的整体性动态适应。这个自主调节系统是由研究生教育制度改革与赋能下的研究生教育各级管理组织及组织网络、不断调整的研究生教育结构以及对制度建构的反馈机制共同组成的。其作用机制的核心是通过推动研究生教育制度变革和体制改革，增强研究生教育各级管理组织本身的灵活性，构建自身完整的组织场域，获取并整合信息和资源，自主调整研究生教育结构，并建立对研究生教育制度再改革的反馈。正是基于组织的灵活性、自主构建组织网络、主动调整教育结构的能力，研究生教育结构对社会需求系统形成了能动的、动态的、自主的和制度性的适应。换言之，研究生教育结构本身应该具有的能动性、动态性、自主性，通过研究嵌植在“制度”环境中的“组织”，得以揭示。
与旧有研究框架相比，新研究框架的优势还体现在提升了研究的深度和广度，因为它在承袭了前者开放系统、外部适应的研究思路的基础上，加入了研究生教育内部的制度研究，并以我国研究生教育结构调整中存在的深层次矛盾和困境作为重点研究内容（如权利的集中程度、分布层次，场域中的控制方式等），这将有助于进一步探索我国研究生教育的发展规律，从而有可能在实证研究的基础上丰富研究生教育的理论。
新研究框架，总体上可以分为上下两层来看，适应是两大系统之间的适应，是研究生教育结构自主适应系统对于社会需求系统的适应，其特点是一种动态的适应而非静态的适应，是一种自主性适应而非被动性适应，是一种制度性适应而非数据性适应。
结合上述研究框架，可以把本文的研究问题进行逻辑展开，细化为以下三个子研究：
第一，我国学位与研究生教育制度变迁研究。基于制度文本，以历史的、演变的和综合的视角研究我国学位与研究生教育制度变迁过程，具体内容包括我国学位与研究生教育制度是如何变迁的，变迁是如何发生的，制度变迁使得研究生教育管理的相关组织发生了哪些变化。制度主义理论为观察我国研究生教育制度的变迁提供了独特视角：研究生教育制度变迁是在社会政治、经济、文化等大背景下发生的各领域联动的过程，其本质是权力与利益的调整与重新分配。
第二，研究生教育制度变迁对研究生教育结构产生了何种影响？在制度变迁的影响下，我国研究生教育结构发生了哪些重大变化？制度变迁对于研究生教育结构调整的影响机制是什么？研究生教育制度变迁的实质是研究生教育管理体制中的三级组织的发展，是权力与利益在三级组织之间的重新分配与调整。那么各级组织在研究生教育结构调整中发挥了什么作用？
第三，如何通过制度建设和体制改革构建我国研究生教育结构的适应性机制？重点考察如果要进一步调整和优化我国研究生教育结构、构建研究生教育结构的适应性机制，中央主管部门、地方主管部门、研究生培养单位的作用及关系的应然状态为何？还需要进行哪些制度建设和改进？
学科结构、布局结构、层次结构和类型结构，是研究者通常所说的研究生教育的四大基本结构（秦惠民，1994）。本论文也将从学科、布局、层次和类型四个方面对研究生教育结构进行实证性分析。
以往的实证研究通常从研究生教育规模（如在校生数、招生数、毕业生数等）在学科、布局、层次和类型上的比例关系着眼，但因本研究要从组织发展、权力分配、资源配置的角度进行研究，故选择学位授予点的数据对上述四种结构进行分析。具体而言，学科结构是授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业构成的关系；层次结构是博士和硕士作为研究生教育的两个层次之间的构成关系；布局结构是学位授予点在各地区的分布与构成；类型结构是学术学位授予点与专业学位授予点的构成关系，在本研究中侧重专业学位授予点的发展情况。对于类型结构的研究，因专业学位授予点数据特别分散而难以全口径收集，故将专业学位研究生教育规模作为补充数据用于分析。
本文综合新制度主义组织分析学派各位学者提出的“制度”的概念，将制度理解为由符号性要素、社会活动和物质资源共同构成的相对持久的社会结构。斯科特的研究为本文提供了“制度”的概念框架：“制度包括为社会生活提供稳定性和意义的规制性、规范性和文化—认知性要素，以及相关的活动与资源”（Scott, 2011）。制度是三大基础要素构成的连续体，三大要素形成不同组合来发挥作用。
学位与研究生教育制度具有相当的复杂性，以致学术界对于其内涵和外延难以作出公认的界定。《学位与研究生教育大辞典》对学位制度的定义是：国家或高等学校为授予学位和保证授予学位的质量及对学位工作实施有效的管理所制定的有关法令、规程或办法的总称（秦惠民，1994）。更多的研究者则是从外延的角度，对学位与研究生教育制度进行界定。“学位制度所涉及的内容无外乎关于学位授予权、授予过程以及学位的质量保障等方面的一系列制度。具有我国特色的学位与研究生教育制度包括三级学位制度、学位授权审核制度、学位授予制度和学位与研究生教育质量保障制度”（中国研究生院院长联席会，2008）。在一些研究者看来，我国研究生教育的基本制度包括三级学位制度、学位授权审核制度、学位授予制度、研究生招生与考试制度、研究生培养制度、毕业研究生就业制度、研究生教育管理与评估制度、研究生导师遴选和审定等（谢桂华，2003；廖湘阳，2006）。
本论文对于学位与研究生教育制度的内涵和外延界定，是根据本文的研究问题确定的。首先要说明的是，本论文中将学位与研究生教育制度理解为一个大的制度体系，是由不同的制度安排合成发挥作用的体系，每一项制度安排都必然地、内在地联结着其他的制度安排，多项具体的制度安排组合在一起共同发挥制度功能。其次，本论文将研究生教育制度视为研究生教育结构调整的影响因素，因此并不以全面涵盖为研究生教育制度选取的标准，而是选取那些与本文所界定的研究生教育结构及调整密切相关、有重要影响的制度。故本文中的“研究生教育制度”主要是指由学位与研究生教育管理体制、学位授权审核制度、学科专业目录制度、专业学位制度所组成的制度体系，其他制度即使有所关涉也不在本论文的深度研究之列。
我国的学位与研究生教育已走过漫长的发展历程，周洪宇（2004）和吴镇柔等（2001）将我国的学位与研究生教育的历史追溯到1862年，并认为近代研究生教育制度的产生始于20世纪初。虽然如此，但1949年后尤其是以《中华人民共和国学位条例》颁行为标志的新中国学位与研究生教育的发展，才是学术界共识的和研究语境下通常的研究起点。本论文亦是如此。