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弘治十三年（1500），王阳明二十九岁。是年六月，他出任刑部云南清吏司主事。明朝刑部下设十三清吏司，负责各省诉讼事务，云南清吏司是其中最大的一个，所以王阳明异常繁忙。七月，提牢厅
重修。九月，重修完毕。提牢厅的主事是每月轮番制，由十三个清吏司的主事轮流担任。十月，恰值王阳明负责提牢厅事务。王阳明当时身患咳嗽之疾（支气管结核），他在《提牢厅壁题名记》（《王文成公全书》卷二十九）中描述了当时的情景：“夫予天下之至拙也，其平居无恙，一遇纷扰，且支离厌倦，不能酬酢，况兹多病之余，疲顿憔悴，又其平生至不可强之日。”
但王阳明当时丝毫没有受疾病所扰，他励精图治，制定了狱中规则，并为后世所沿用。（大西晴隆《王阳明》）
弘治十四年八月，王阳明三十岁，受命前往直隶和淮南地区审查犯人。在和当地的地方官员仔细沟通之后，王阳明平反了很多冤假错案。弘治十五年，审查完毕后，王阳明原本打算回京复命，但由于旧病复发，只好作罢。
弘治十五年八月，他上奏《乞养病疏》（《王文成公全书》卷九），希望能够回家乡治疗。他在疏中写道：
切缘臣自去岁三月，忽患虚弱咳嗽之疾，剂灸交攻，入秋稍愈。遽欲谢去药石，医师不可，以为病根既植，当复萌芽，勉强服饮，颇亦臻效。
及奉命南行，渐益平复。遂以为无复他虑，竟废医言，捐弃药饵。冲冒风寒，恬无顾忌，内耗外侵，旧患仍作。及事竣北上，行至扬州，转增烦热，迁延三月，尪羸日甚。心虽恋阙，势不能前。追诵医言，则既晚矣。
先民有云：“忠言逆耳利于行，良药苦口利于病。”臣之致此，则是不信医者逆耳之言，而畏难苦口之药之过也。今虽悔之，其可能乎！
臣自惟田野竖儒，粗通章句；遭遇圣明，窃禄部署。未效答于涓埃，惧遂填于沟壑。蝼蚁之私，期得暂离职任，投养幽闲，苟全余生，庶申初志。伏望圣恩垂悯，乞敕吏部容臣暂归原籍就医调治。
从这道疏中可以看出，王阳明审查完江北囚徒之后，一度北上，打算回京复命。但在弘治十五年五月行至扬州时，突然病情加重，继而卧床不起。迫不得已，他只好向朝廷请假，乞求回乡养病。
疏中还透露出，王阳明在弘治十四年三月已经患病，也就是在前往直隶和淮南地区的五个月之前。
《阳明先生行状》中记载了王阳明当时患病的原因。王阳明白天在衙署伏案起草公文，处理日常事务，晚上回家之后也不歇息，秉烛夜读“五经”和秦汉书籍，诗文日益精进。父亲龙山公担心他积劳成疾，就命令用人不要把灯带入阳明的书房。王阳明怕父亲担心，就等父亲就寝之后再点灯读书，通常都会读到深夜，最终因劳累过度染上呕血之疾。
通过以上所述可以看出，王阳明在诗文雕琢方面下了大功夫。此外，王阳明旧疾复发，以致不能回京复命，可能还跟他游览九华山有关。