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弘治十年（1497），王阳明二十六岁。是年，他再赴京城。这时，明朝的边境已有些动荡。
弘治元年，鞑靼向明朝派使，希望通好。弘治八年正月，鞑靼进犯凉州。弘治十年五月，鞑靼小王子又攻扰潮河川，明朝指挥官刘钦等人战死。是年十月，朝廷起用王越，封为三边（大同、延绥、甘宁）总制。
边境危险，急报频传，朝廷狼狈不堪，遍求良将而不得。王阳明慨叹说：“武举之设，仅得骑射击刺之士，而不可以收韬略统驭之才。平时不讲将略，欲备仓卒之用，难矣。”
于是，王阳明开始遍寻兵法秘书，精心研读。会见宾客或者参加宴会时，他常用果核排兵布阵，向他人展示兵法。这一时期的积累使他以后能在南方各地发生叛乱之际，灵活巧妙地使用兵法，在短短数月之内平定贼寇，最终建立了卓越的功勋。
从王阳明讨伐贼寇的计谋中，我们可以看出他是一个兵法奇才。前文已述，王阳明在少年时代就已显出奇才，十三岁时就使用计谋促使继母改过自新，这似乎暗示着他终将成为一位伟大的战略家。
王阳明二十六岁时攻读过哪些兵书呢？关于这一点，《阳明先生年谱》和《阳明先生行状》中都没有记载，对此我们也无从得知，但我猜测可能会是《武经七书》这一类的兵书。《武经七书》中最出名的就是《孙子兵法》。有人评价《孙子兵法》是前世所有兵法的集大成者，后世所有兵书无非是对《孙子兵法》的注解，故《孙子兵法》被称作“兵法圣书”。
史书中没有孙子使用自己的兵法建功立业的记载，但后世有通过使用他的兵法而取得巨大战果的事例。王阳明在讨伐贼寇时使用的兵法就非常神妙。
兵法和名剑都是冷酷无情之物，名剑会由于使用者的不同，而变为“活人剑”或者“杀人剑”。兵法也是如此，也会由于使用者的不同，而变为“活人兵法”或者“杀人兵法”。
王阳明的兵法确实有冷酷无情之处，但那是兵法的本来面目。王阳明的儒学家身份为他的兵法注入了一些“仁慈”元素，这也使得他的兵法成了“活人兵法”。如果不弄清这一点，就容易对王阳明形成误解。
后来，王阳明在论述“良知”说时，曾提到先秦的纵横家、外交家苏秦和张仪：“苏秦、张仪之智，也是圣人之资。后世事业文章，许多豪杰名家，只是学得仪、秦故智。仪、秦学术善揣摸人情，无一些不中人肯綮，故其说不能穷。仪、秦亦是窥见得良知妙用处，但用之于不善尔。”
无论是兵家、法家，还是纵横家，他们都是从现实主义的角度出发，希望将他人控制于股掌之间。为了达到这一目的，他们会使用一些计谋，使他人即使被控制也感觉不到。对儒生来说，他们不仅要修身，还要经世致用，这就要求他们必须去直面他人和社会。为了更好地应付周围的一切，他们不可避免地会使用一些权术。
王阳明运用兵法权诈之术讨伐叛贼，最终立下大功，他对苏秦和张仪做出以上评价也是理所当然的。后来，一部分儒学家批评王阳明善权术，其实如果他们能够仔细体会王阳明对苏秦和张仪的评价的话，就不会误解王阳明的本意，对他也会有一个更客观的认识。
王阳明不愧是龙山公的后代，虽然有时候心游儒学之外，但内心深处还是对儒学充满敬重，且会时不时地流露出来。弘治十一年（1498），二十七岁的王阳明心中又燃起了修习圣学的志向。当时，他遍寻天下适合自己的良师益友，却一无所得，于是心中充满惶惑。一日，他偶然间读到朱熹给宋光宗的奏折，其中写道：“居敬持志，为读书之本；循序致精，为读书之法。”王阳明幡然醒悟，痛悔自己之前的学习虽求广博，但未曾循序渐进，最终导致自己的学问不精，甚至可以说是一无是处。于是王阳明开始循序渐进去穷理，并努力将物之理与自己的身心融为一体。
但是，物之理和王阳明之心最终没能合二为一，仍然是判若两物。王阳明心中沉郁，旧疾复发。他心中充满了挫败感，深感若想成为圣贤还是需要天分的。在此期间，王阳明在余姚经常游山玩水，偶尔听到道士的养生之道，遂萌发了逃脱尘世、隐遁山林的想法。