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内部债权债务抵销，是资产负债表合并的另一项重要内容。与长期股权投资不同的是，内部债权债务抵销没有那么复杂，只要前期准备充分，并且把一些简单的工作进行适当的分工，并采用汇总抵销法，这项工作就可以轻松完成，而不受母子公司的个数与关联往来是否频繁的制约。内部债权债务抵销共有两种常用的做法：自然抵销法和合并抵销法。
这是最简单的一种操作方法，只需要制定科目规则并执行就可以了。规则就是把母子公司之间、子公司与子公司之间往来的所有业务，在核算时用统一的一个科目，通常的做法是选用“其他应收款”或者“其他应付款”科目，二选一，合并范围的所有公司都是如此操作，这样在把母子公司数据过入工作底稿并计算合计数时，就自然相互抵销了。
这样做的好处是不需要做单独的抵销处理，就能达到抵销的效果。不足之处在于，把内部购销、资产调拨等业务混在一起，不利于编制现金流量表，而且很容易隐藏业务的实质，甚至会导致单体资产负债表非常难看，比如制定的统一科目余额要么小得离谱，要么大得离谱。
为了减少自然抵销法的不足，可以采用变通的做法：月底在核对完合并主体之间的关联科目余额后，把所有内部关联债权债务的数据合计，计入单体资产负债表，只是调整原始的单体表，而不调账，对外的报表也不需要调整。由于报表版本过多，在提供数据的过程中增加了出错率。
如果想保持财务报表的一致性，而不是针对不同目的提供不同版本的财务报表，只有通过合并抵销法来实现。
合并抵销，如果不遵从规则，会把简单的问题复杂化，反而增加很多无用的工作量。内部债权债务合并抵销需要遵从的规则是：
关联方之间的科目使用要规范。既然要反映内部债权债务最真实的业务本质，那就在日常核算时，按照外部单位（供应商、客户、其他往来单位或者个人）的科目使用规则进行。
（1）内部关联购销，销售方计入“应收账款”科目，购买方必须要计入“应付账款”科目。
（2）内部资产调拨，调出方计入“其他应收款”科目，调入方必须要计入“其他应付款”科目。
（3）涉及长期资产的，调出方计入“长期应收款”科目，调入方必须要计入“长期应付款”科目。由于这项业务不多，可以并入“其他应收款”科目与“其他应付款”科目核算。
（4）每月必须核对内部往来账，发现差异必须调整，若属于未达账项，一定要标注原因。
有人喜欢不按套路出牌：你让我入“其他应收款”科目，我偏要入“应付账款”科目。这样的结果是：要么对账工作量大，要么合并抵销不彻底。有兴趣的读者可以用数据测试一下。