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庄子对本原之道的讨论以《庄子·大宗师》（本章以下凡引该著，只注篇名）中的一段为代表：
夫道，有情有信，无为无形；可传而不可受，可得而不可见；自本自根，未有天地，自古以固存；神鬼神帝，生天生地；在太极之先而不为高，在六极之下而不为深，先天地生而不为久，长于上古而不为老。
这一段中有对老子道论的因袭，如道是天地万物的来源，是无为无形的真实存在，不能通过人的感官来认识，但也有对老子道论的发展。庄子强调道“自本自根，未有天地，自古以固存”，而老子则认为道“先天地生”（《老子》二十五章）。既然道有生，就有未生之时，就会产生在道之先是否有更根本的存在产生道、作为道的本根的疑问。为了解决这一问题，庄子明确提出道自己是自己的本根，在道之先没有更根本的存在作为道的根据；道“自古以固存”，没有由不存在到存在的产生过程。此外，如果道有从不存在到存在的产生过程，就会有一个开端。但庄子在《齐物论》中讲：“有始也者，有未始有始也者，有未始有夫未始有始也者。”如果说有一个开端存在，那么就存在还没有这个开端的时候，还存在连没有这个开端也没有的时候，这就会导致无限的后退。因此，道是没有开端的。
庄子和老子对道持有不同看法的根本原因在于对道与物的关系有不同的理解。《老子》二十五章有“有物混成，先天地生”的说法，《老子》二十一章还讲到“道之为物，惟恍惟惚”。可见，老子的道虽然产生天地万物，具有区别于物的特殊性，但他又以物表述道，没有完全厘清道与物的界限。而庄子并不同意将道表述为物。他在《齐物论》中讲道：
古之人，其知有所至矣。恶乎至？有以为未始有物者，至矣，尽矣，不可以加矣！其次以为有物矣，而未始有封也。其次以为有封焉，而未始有是非也。是非之彰也，道之所以亏也。
在庄子看来，老子将本原之道表述为物，这已经不是最高的认识。最高的认识是以“未始有物”为本原。也就是说，作为万物本原的、自本自根的道是“未始有物者”，道非物，二者有严格的区分。
《知北游》篇则明确提出了“物物者非物”的命题：“有先天地生者物邪？物物者非物。物出不得先物也，犹其有物也。犹其有物也，无已。”这段表述可直接与老子的“有物混成，先天地生”相对照。“有先天地生者物邪”的设问正是来自对老子思想的质疑。先于天地产生的“物物者”指道，如果按照老子的说法，在天地之先产生的道是“混成之物”，那么，它本身就是一物，不可能在物之先。因此，使物成为物的只能是非物，道作为“物物者”不能是物。
道是天地万物的来源，是非物的特殊存在。这样的道对万物的存在和变化又起到怎样的作用呢？《大宗师》认为道是“万物之所系，而一化之所待”，就是说，道是天地万物存在和变化所依赖的根据。《齐物论》中也讲道：
非彼无我，非我无所取。是亦近矣，而不知其所为使。若有真宰，而特不得其眹。可行己信，而不见其形，有情而无形。
在物的世界中，有“彼”和“我”的分别和对待，这些对待背后是否有一个主使者存在？如果存在一个“真宰”主宰这一切，却又不能得到“真宰”的任何迹象。但是，从“真宰”所发挥的作用来看，我们可以确信它的存在。可见，庄子仍然承认在万物的背后有“真宰”存在，但“真宰”无形而不能为人所感知。此处的“真宰”也就是道。
但是，《齐物论》开篇在解释何谓“天籁”时却说：“夫吹万不同，而使其自己也，咸其自取，怒者其谁邪！”“吹万不同”指风吹万窍所发出的不同的声音，庄子以此来喻指各不相同的事物。这段文字强调“使其自己”“咸其自取”，借不同声音是自己形成的来表达千差万别的事物是自己如此的观点。“自己”“自取”也是“自然”的不同表达方式。“怒者其谁邪”则以反问的口气否定了“怒者”的存在。也就是说，庄子认为各不相同的事物之存在及各自之变化皆是自己如此，并不存在一个万物之外的鼓动者来主使这一切。
于是，我们看到了庄子思想中关于道物关系的矛盾解释。庄子认为道是天地万物的来源和存在、变化的根据，是万物背后的“真宰”；与此同时，他又认为万物的存在和变化完全是自己发生的，并不存在一个鼓动者。对于这一点，郭象在解释庄子的“天籁”时讲：“然则生生者谁哉？块然而自生耳……谁主役物乎？故物各自生而无所出焉，此天道也。”
在解释“真宰”时讲：“万物万情，趣舍不同，若有真宰使之然也。起索真宰之眹迹，而亦终不得，则明物皆自然，无使物然也。”
郭象强调万物自生、自然而直接地否定了道的实存，用“天籁”的思想否定了“真宰”的存在，但这并不符合庄子的本意。
实际上，这一矛盾的发生正根源于老子思想中已经存在的，道的本原地位与万物自然之间的紧张关系。如果强调道对万物的存在和变化具有主宰作用，就会否定万物自然的可能性；而如果强调万物自然的方面，承认万物存在和变化的原因和动力来自自身，是自己如此，那么必然要否定道对万物的主使作用，也就会撼动道作为天地万物来源和根据的地位。《则阳》篇在讨论这一问题时引入了季真的“莫为”说和接子的“或使”说。“或使”说认为世界在根本上有一个主宰者，这个主宰者主使着万物的生成和变化。“莫为”说主张万物自生、自长、自化、自为，认为一切都是自然的，并没有一个主宰者。这两种相反的观点就代表了解决这一问题的两种方式。而庄子的“天籁”主张万物自然，否定背后有鼓动者，比较接近“莫为”的主张，但“真宰”的说法又更接近接子的“或使”说。庄子同时持有两个方面的主张，也说明他并不是采取以上两种方式解决道的主宰作用和万物自然之间的紧张关系，而是首先承认道作为万物本原的真实存在，继而通过进一步厘清道和物的界限，取消道对万物变化过程的直接参与，最终将万物存在和变化的原因和动力落实于万物自身。也就是说，道是真实存在的，是万物的来源，是万物存在和变化的根据，但万物的变化过程并不需要道的参与，它们发展变化的直接原因和动力都来自自身。所以说，道作为“真宰”而存在，但它并不是万物存在和变化的鼓动者即“怒者”，如此，否定“怒者”也并非否定作为真宰的道的存在。
与季真的“莫为”说和接子的“或使”说相比，庄子的处理方式和老子更为接近。但庄子更加强调万物自然的方面，强调“使其自己”“咸其自取”，以至于提出了“怒者其谁邪”的说法而威胁到了道的地位。更为重要的是，庄子对“自己”“自取”的强调逆转了老子关于道的无为和万物自然之间的关系的思考方式。在老子思想中，万物是可以自然也是应该自然的，但万物的自然有原因和条件，即道的无为，万物的自然是道无为的结果。也就是说，因为道采取了对万物无为的态度，万物的自然才成为可能。《老子》书中的“自然”和作为“自然”的不同表现的“自化”“自正”“自富”“自朴”“自均”等，没有一处在独立讲述万物或者百姓是自然的，具有自己发展的能力，而都是在讲万物或百姓在道无为或者君主无为的条件下的存在和发展状态。老子的主张是道无为而顺万物自然，在这样的关系中，道具有独立主体的地位，虽然我们说万物是自然的主体，但实际上，万物仍是道的宾词。而在庄子思想中则不同。如果说“使其自己”还有“道”不干涉万物而顺万物自然的意味，“咸其自取，怒者其谁邪”则突出了万物自然的独立性。也就是说，万物不仅可以自然，应该自然，而且万物本身就是自然的。
庄子的这一思想倾向得到了部分后学的继承和进一步发展。庄子的这部分后学仍然承认道是万物的本原，是万物自然的根据，但他们更深入地思考了人类的认识能力和语言表达的界限问题。人的认识能力和语言表达的界限就是物的世界，而道不能被认知，也不能被语言表达。所以，他们继承了庄子在《齐物论》中所讲的“六合之外，圣人存而不论”的观点，认为道是我们的言论和认识应该停止之处。《则阳》讲：“言之所尽，知之所至，极物而已。睹道之人，不随其所废，不原其所起，此议之所止。”人的认识和议论的对象只能是物的世界，所以我们不应该追随物的消逝，也不应该探究物的来源，也就是说不应该探讨“道”这一我们的认识和语言所不能达到的对象。《则阳》篇又通过承认道与事物自身所表现出来的规律相一致（“与物同理”），而将对万物存在和变化原因的探讨从“道”转移到物自身之“理”中。如果说老子将人的视野从有形的物的世界提升至无形的道的世界，庄子后学则在承认道的本原地位的同时，将人的视野重新拉回到了物的世界。如果说老子强调道的无形、不可见、不可闻、不可名是为了突出道超越于物的特殊性，庄子后学强调道的不可知、不可言则是为了将对道的追问转向物的世界。
类似的观点在《庄子》外杂篇中反复出现。如《田子方》篇讲：
至阴肃肃，至阳赫赫。肃肃出乎天，赫赫发乎地。两者交通成和而物生焉，或为之纪而莫见其形。消息满虚，一晦一明，日改月化，日有所为而莫见其功。生有所乎萌，死有所乎归，始终相反乎无端，而莫知乎其所穷。非是也，且孰为之宗！
在这里，“纲纪万物”“日有所为”却“莫见其形”“莫见其功”的存在就是作为“物之初”的道。道作为万物的本原，是天地万物生灭变化的根据，但道本身不能被了解。而且道并不作为，天地万物是自然地存在和变化的，所以该篇又有“天之自高，地之自厚，日月之自明”的说法。《在宥》篇更是直接提出了“物固自生”的观点。
《庄子》外杂篇强调人的认识和语言的极限是物的世界，道不可知，不可言，从而将万物存在、变化的原因和动力转移到物自身之中。对万物自生、自然、自化的强调必然造成对“道”的地位的冲击，如《秋水》中北海若讲“物之生也，若骤若驰，无动而不变，无时而不移。何为乎，何不为乎？夫固将自化”，就引来了河伯“然则何贵于道”的疑问，北海若回答“知道者必达于理”，也是将道的作用归于万物之“理”。