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明治时期的日本虽然在迅速实现近代化上获得了成功，但其过程绝不是波澜不惊、一帆风顺的。相反，那是一段不断出现困难问题并与之斗争的历史。
首先，明治维新的领导者们必须对封建制度进行坚决的清算。如前所述，其棘手程度甚至导致了内战的发生。由于明治的领导者们采取了毅然决然的态度，事态最终得以收拾。但比这更困难的是，接下来该如何建立近代国家体制的问题。关于日本应该采取怎样的国家体制这一问题，曾经有过各种不同的意见。一些激进分子要求设立议会，并主张赋予议会以巨大的权限。他们提出了约翰·穆勒
的《论自由》和卢梭的《社会契约论》
为其主张的依据。而另一些持有相反观点的人则站在旧道德观的立场上，主张赋予天皇以巨大权限，希望利用天皇的权威来实现国民精神上的统一。而政府相关人员的立场可以说是介于这两者之间的。他们中的有些人希望采取英国式的君主立宪制，也有些人比如伊藤博文，他们虽然反对英国式，但又认识到立宪政治的必要性。还有一些人如山县有朋
，则是反对立宪政治的。
这些意见的对立，反映出明治时期日本所面临的问题的多样性。首先，自由民权运动者之所以强烈要求设立议会，原因在于组成明治政府的基础范围非常狭隘。明治维新是以萨摩、长州、土佐和肥前四藩
为中心进行的，其中萨摩和长州又起到了主要的作用。因此，明治政府主要由这四个藩出身的人组成，而且在高级官员中，这四个藩出身的人更是占到了总人数的三分之二。虽然他们并没有为“藩”的狭隘立场所束缚，而是完全从国家全局的角度来考虑问题，但是那些未能加入明治政府的人们却对他们怀有极大的不满。自由民权运动就是在这种背景之下活跃起来的。
其次，那些主张利用天皇权威来谋求国民精神统一的人也并非单纯的复古主义者，那是他们为解决明治时期的日本在迅速实现近代化过程中出现的道德混乱问题而尝试的方法之一。
明治政府急速推行近代化，使人们在陶醉于文明开化的同时出现了道德上的混乱。这是在引进外国文明时不可避免地需要付出的代价。引进外国文明时，总会伴随一些或将破坏本国原有的社会、文化及精神上统一的危险。德川末期的思想家们曾经设想以“东方的道德、西方的艺术”或是“和魂洋才”来作为应对这种危险的公式。
但是，一旦真正推行近代化就会知道，这样的公式是难以执行的。因为文明原本是一个整体，无法只单独采用它的科学技术文明。例如，为了引进西方优良的军舰和武器，就必须建造生产它的造船厂和兵工厂，而为了让造船厂和兵工厂能够发挥功能、有效地进行生产，又必须要让构成产业基础的经济活动能够顺利展开。这就和将追求利润视为不道德的儒教伦理发生了矛盾，因此，拥有军舰的结果就是，将不可避免地对该国的核心文化造成冲击。
此外，即便引进外国的科学技术文明不成问题，但要引进构成其文明基础的政治体制、文化以及思想方法却不是那么轻而易举的。这种所谓的价值体系，如果不是经过漫长的历史过程、依靠国民自身力量形成的话，是无法被人们接纳为真正的道德基础的。因此，那些在不得已的情况下被迫引进外国文明的国家，便会面临一种进退维谷的困境，而明治时期的日本所面临的，正是这种困难的局面。
“孔孟之道既衰，西方理学未入，宛如日已没而月犹未升之状焉。”当时一个学者说过的这句话恰好表明了对他们而言什么才是最大的问题。
为此，政府相关人员从如何才能让国家迅速发展、尽快建立起一个富强的日本这个实际问题出发探讨了国家体制问题。对于他们来说，国家必须是一个强有力的整体，从这个意义来考虑，就不能把重点放在理论性的设立议会论上。但是，他们同时也认识到，政府不能由少数人来实行专制，而必须要调动国民的力量共同参与。他们还清楚地知道近代化会带来混乱，他们并非对此漠不关心，只是他们确信，近代化才是最重要的必须完成的任务。
在设立议会的同时，1889年（明治二十二年）日本颁布了宪法，赋予天皇以超出君主立宪国家惯例的巨大权限，接着又于翌年的1890年，以天皇亲颁诏书的形式公布了教育基本原则
。这些都是他们基于上述想法而采取的措施。这些措施奠定了明治时期日本的基本构造。而这种构造又让以天皇为中心的强大的寡头政治得以存续，在这一点上虽然与西方的近代国家有所不同，但它承认了国民参与政治的概念，同时，它还巩固了家族、共同体组织以及生活感情等构成国民大众精神支柱的传统社会体系。这种构造大体上都是与国民的想法相吻合的。国民们与其说期望在个人主义基础上建立国家，不如说他们更愿意保持以前的家族主义。“教育敕语”公布之后，特别表示欢欣的是在第一线担任实际教学工作的教员们。
尽管以天皇为中心的明治的领导者们出于巨大的责任感而保持了决定权，但他们对吸取国民的力量并加以活用这一点却是非常积极的。他们热心于人才的培养，而培养领导人才的大学不问出身和贫富，只要有能力，穷人家的子弟也能够入学。这种平等制度在当时欧洲的任何一个国家都是看不到的。所以，能够拥有明治天皇这样一位杰出的君主，对日本而言是一件非常幸福的事情。
政治上的重要决定，由天皇和元老进行决策，在军事方面，天皇也参与所有的议事，他对高级将领的性格和能力都了如指掌。明治天皇熟悉领导者的人品，总是根据他们的个性来发挥其才能。
此外，对一般国民来说，天皇也并非是高不可及的存在。天皇对于国民的状况经常表示深切的关怀，尤其是他的“和歌”强有力地感动了国民的心灵。比如在日俄战争期间所作的下述和歌，充分表达了明治天皇的心情。
儿郎悉皆从军去，独留老翁守山田？
因此，明治时期的日本一方面是一个近代化的法治国家，拥有能够调动国民积极性的巨大的国家组织，另一方面，其中枢部门又是由少数领导者构成，他们因有自明治初期以来一直共同工作的经历而紧密团结在一起。正因为如此，日本才能够在帝国主义时代严峻的国际环境中成功渡过难关。在不幸的不得不进行的日清战争和日俄战争中，由于明治天皇发挥了他的领导才能，并调动了响应其号召的国民的积极性，日本才能两次都一反世界的预料而在战争中取得胜利。
然而，明治的国家体制毕竟是用来度过非常时局的例外体制，无法一成不变地永远延续下去。这个体制是因为有圣明的天皇，以及由共同的思想基础牢固地团结起来的强势的元老们的存在，才能发挥它的机能而未产生弊病。因此，明治天皇的驾崩是一件改变时代的大事。著名的小说家夏目漱石曾经这样写道：“在一个盛夏炎热的季节，明治天皇驾崩了。这时我似乎感觉到明治精神乃随天皇而始，又随天皇而终了。”
随着明治天皇的驾崩，以富有冒险精神以及调动年轻国民的能量为特征的明治的创业时代即告终止，一个艰苦的转换期开始了。