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在5—10世纪，欧洲医学掌握在僧侣手中，医学教育在僧院进行。11—12世纪，有些医学校脱离了僧院的控制，其中最著名的是意大利拿波里南方的萨拉诺医学校。
自9世纪起，萨拉诺医学校开始教授医学，起初由4位医生筹建，他们的初衷是要建立一所独立于教会的学校。萨拉诺医学校被建成一个由学校、医院和学者组成的医学中心，聚集了世界各地的学者，营造了良好的学习和研究环境，后成为文艺复兴的摇篮之一。
描绘萨拉诺
11—12世纪，萨拉诺医学校已成为欧洲最著名的医学教育中心。医学生的学制是9年，专习外科者为10年，其中包括3年预科、5年医学理论。在那里，兼收并蓄希腊、罗马、犹太、阿拉伯的医学知识。医学教育开始摆脱宗教的束缚，着重教授实用的内容。萨拉诺医学校还承担了阿拉伯医学西传的任务。萨拉诺医学校的核心人物是康斯坦丁，他热爱学术，到过印度、叙利亚、埃及、埃塞俄比亚，精通东方语言，把许多医书由阿拉伯文译成拉丁文。此外，还有来自阿拉伯、希腊等地的医学家到该校任教。萨拉诺医学校还接纳女性来校学习医学，甚至任教。
名医康斯坦
当时医学校的学习内容主要是以动物解剖为基础的解剖学和盖仑的生理学、体液病理学、诊断学等。医学校的教师还编写了很多医学书籍作为教材，并在社会上广为流传，对后世影响深远，如《萨拉诺养生学》、《保健术》、《疾病》、《实践》等。
蒙彼利埃医
萨拉诺医学校虽在推动医学的进步上鲜有直接的贡献，但它继承古代医学使其免于泯灭，使医学科学摆脱宗教的束缚，促进医学的自由研究，为以后大学的兴办打下了学术基础。
随着城市的发展、僧侣和教会教育的延伸，欧洲很多城市出现了大学。大学分别由社会（民间）、国王（国家）、教会创办。大多数中世纪大学开始只设神学系、法律系，后来课程逐渐增加。大学学习文法、修辞、伦理、算术、几何、天文、音乐，哲学和法律则单独讲授，医学通常作为哲学的一部分来讲授。
1145年，在法国的蒙彼利埃创建了圣灵医院，除了治疗疾病外，还负责培养医生。
1181年，蒙彼利埃医学院成立，医学教育作为一门课程独立进行。蒙彼利埃医学院有良好的学风，在中世纪医学史上大放光彩，人才辈出，形成了蒙彼利埃学派。其中最突出的人物为阿诺德，他敢于打破教会的陈规陋习，代之以临床经验的积累和合理的医学思考，促进了医学的进步和发展。到13世纪时，蒙彼利埃医学院的发展达到了顶峰。
博洛尼亚大学解剖室 中间是解剖台Ⓖ
帕多瓦大学
意大利博洛尼亚大学创建于1088年。1158年，国王费德里克一世颁布法令，规定博洛尼亚大学作为独立的研究场所不受任何权力的影响。1210年，博洛尼亚大学增设医学学科，并建立医学学位制度，可授予学士、硕士、博士学位。
1860年
意大利帕多瓦大学成立于1222年，不受罗马教皇管辖，是由学生自由团体建立的大学。帕多瓦大学的校训是“Universa Universis Patavina Libertas”，意思是“为帕多瓦人民以及全世界人民的自由而奋斗”。帕多瓦大学自由的学术氛围吸引了当时众多的欧洲学者。著名物理学家伽利略于1592—1610年在帕多瓦大学从事科学研究。人体解剖学的创始人维萨里也曾在帕多瓦大学任教，并且开创了人体解剖学这个医学领域的新学科，使得帕多瓦大学成为文艺复兴时期解剖学的发源地，奠定了近代西方医学发展的解剖学基础。