人们早就发现，酒会变酸，鸡会因霍乱大片死亡，蚕会僵死，人会患上各种各样的传染病，但是，却不知道是什么原因造成了这样的现象，更没有科学的方法去防治。法国微生物学家巴斯德发现了细菌是致病的原因，找到了防治细菌的办法，创立了细菌学说。

1857年，一位酒厂老板前来求助：他的酒老是变酸。变酸的酒只能倒掉，损失很大。这个问题，也是法国酿酒业经常遇到的难题。巴斯德用显微镜观察正常酒和酸酒之间的差异，发现酸酒中有一种特殊的杆状细菌，又通过实验证明它是酒变酸的原因。他用类似的办法发现，鸡霍乱、僵蚕、炭疽都与某种细菌有关。

他还找到了对付细菌的办法。他发现，在50℃—60℃的温度下持续30分钟，酒中的有害微生物就会死亡，同时由于温度不高，酒的风味得以保持，这就是巴氏消毒法。到了今天，这种办法（当然经过一定改良）还用来消毒牛奶等希望营养不致流失、风味不致改变的饮料。

在巴斯德的年代，自然发生说非常流行，人们认为生命是自发产生的，也就是说，即使为酒等食物杀菌，细菌等微生物还是可以从中再度自发生长出来。可事实证明，巴斯德的消毒法非常有效。于是，巴斯德开始思考，并设计了一个巧妙的实验：他专门制作了一个曲颈瓶，将肉汤放在曲颈瓶中煮沸消毒。消毒后的肉汤如果不接触空气，就不会腐败；如果接触空气，就会腐败。他由此证明，肉汤是因空气中的微生物而腐败，生命不能自然产生。这个实验终于让人们相信，所谓的自然发生说是完全错误的，也让人们意识到，如果对食物加以消毒，杀死里面的有害微生物，再适当保存，就能使之不腐败变质。

巴斯德在研究鸡霍乱时发现，将病原体反复传代之后再注射到鸡体内，鸡竟然获得了对霍乱的免疫力。他大受启发，发明了“减毒疫苗”，即将处理后毒性降低、致病性减弱的病原体注射给生物，使生物获得对疾病的抵抗力。他还制成了狂犬病肉汤疫苗，并用它救活了被疯狗咬伤的少年迈斯特（被疯狗咬伤后会因感染狂犬病病毒而患上狂犬病，这在当时是不治之症），后来迈斯特当上了巴斯德研究所的看门人。

巴斯德一生的研究证明，发酵过程、腐败过程、致病过程的原因常常是细菌。一种病菌可能产生一种病。通过消毒、隔离、疫苗等途径可以防治疾病，从而建立起了细菌理论。

巴斯德头脑清晰，性格坚毅，集各种罕见特质于一身，这些都是他成功的关键。但他的缺点也非常明显，例如，他比较固执，比较偏激，极其自信又能言善辩；他对科学研究极端狂热，但缺乏学术修养，总喜欢跟他人争夺发明权。许多加在他头上的成就，其实都与助手们的创造性活动分不开，但他很不愿意与他们分享成果。在科学研究中，他往往是孤独的，隔绝于与他同时代的科学家。不过，这些丝毫掩盖不了他的光芒。他在生前备受尊崇，身后则被奉为一代宗师。

1895年9月28日，巴斯德在巴黎附近的圣克劳德去世。1940年，纳粹入侵法国时，命令身为看门人的迈斯特打开巴斯德的墓。但是，迈斯特宁死也不愿这么做，于是自杀了。强权永远也不可能扑灭科学和人性的光辉。