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我国植物新品种保护的管理机构分别为农业部（现名农业农村部）与国家林业局（现名国家林业草原局），分别下设新品种保护办公室，其中农业部主要负责农作物、水果、草本花卉等植物；国家林业局主要负责林木、干果和木本花卉等植物。我国目前实施的是《国际植物新品种保护公约》1978年文本框架下的植物新品种保护制度，即我国不是对所有植物物种进行新品种保护，而是主管部门通过发布植物新品种保护名录的形式来宣布保护的物种范围。只有在植物保护名录范围内的物种，才可以在我国申报植物新品种保护。
截至2018年初，农业部已经发布10批植物新品种保护名录共138个属/种，国家林业局已经发布6批植物新品种保护名录，涉及206个属/种。品种权的保护期限，自授权之日起，藤本植物、林木、果树和观赏树木为20年，其他植物为15年。
申请授予植物新品种权的品种要具备以下基本条件：申请的植物新品种应当在国家公布的植物新品种保护名录范围内，且具有新颖性、特异性、一致性、稳定性和适当的名称。
植物新品种的新颖性是指申请品种权的植物新品种在申请日之前，该品种的繁殖材料从来未被销售过；或者经育种者许可，在我国境内销售该品种繁殖材料未超过一年，在我国境外销售藤本植物、林木、果树和观赏树木品种繁殖材料未超过6年，销售其他植物品种繁殖材料未超过4年。
新修订的《中华人民共和国种子法》已于2016年1月1日正式实施。该法将植物品种特异性、一致性、稳定性（以下简称DUS）测试作为品种保护、审定和登记的技术基础，明确了DUS测试在品种管理中的地位。
目前，农业部在全国已经建成了一个测试总中心和27个测试分中心。国家林业局在全国设立了一个测试中心和5个分中心、2个分子测定实验室，还有6个专业测试站，包括上海（以一品红、绣球为主）、昆明（以月季、杜鹃为主）、山东（以牡丹为主）、浙江（以山茶、油茶为主）。审批机关依据申请文件和其他有关书面材料进行实质审查。审查方式为书面审查、集中的大田或保护地测试和现场考察三种形式。因实质审查需要，申请人应当根据审批机关的要求提供必要的资料和该植物新品种的繁殖材料。目前农业部的所有申请全部进行DUS即特异性、一致性和稳定性的田间或温室种植测试，仅木本的果树和茶树由审查员进行现场考察；而国家林业局绝大部分都是委派专家实行现场考察，月季、一品红、绣球属、茶花、杜鹃需要提供繁殖材料至昆明、上海、杭州的测试站进行DUS种植测试，不能进行测试的国外申请可以购买境外机构的测试报告予以授权。