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申请人根据要求向国家林业局植物新品种保护办公室递交符合规定格式的请求书、说明书、说明书摘要、照片、照片简要说明等（具体格式http://www.cnpvp.net网站下载）；中国的单位或个人申请品种权，既可以自己申请，也可以请代理机构和代理人代理；在中国境内（除港、澳、台地区）没有经常居所的外国人、外国企业申请中国的植物新品种权，须委托中国境内并由品种权审批机关备案过的代理机构代理申请；有经常居所的也可以自己申请，但应注意所有的申请文件、资料必须译成中文，并以中文为准，其他语言文字只是参考。
委托代理机构申请的应有代理委托书；境内申请人为单位的应提交法人资格证明的复印件。申请人要求优先权的，应在申请时提出书面说明；并应在3个月内提交经原受理机关确认的第一次提出的品种权申请文件的副本。所有上述材料应提交一式两份，同时提交电子文档一份。文件当面递交或邮寄、快递都可以。
国家林业局新品办应当自收到申请之日起1个月内完成形式审查。对于形式审查合格的品种权申请，确定申请日、申请号，并向申请人发放品种权申请受理通知书。
对不符合受理条件的，通知申请人在1个月内予以修改；修改后仍不合格的，不予受理并通知申请人。
品种权申请受理后，国家林业局新品办在6个月内完成初步审查。初步审查合格的，予以公告。初步审查不合格的，通知申请人在3个月内陈述意见或者予以修正；逾期未答复或者仍然不合格的，驳回申请并通知申请人，申请人有权提出复审请求。
对申请品种的特异性、一致性和稳定性（DUS）进行实质审查。审查方式： ①申请品种在国（境）外经过测试的，可以向国（境）外审批机构购买测试报告。②申请品种具备测试条件的，组织测试。
现场审查依据： 对申请品种有测试指南的，应使用测试指南作为审查依据。对申请品种无测试指南的，参考UPOV或其他国家相关测试指南。必要时辅以实验室分子测试。
实质审查不能满足DUS条件要求的，驳回申请并通知申请人，申请人有权提出复审请求。
国家林业局新品办按照《财政部、国家发展改革委关于清理规范一批行政事业性收费有关政策的通知》（财税〔2017〕20号）要求，自2017年4月1日起，对新受理的林业植物新品种权申请停征申请费、审查费、年费。2017年3月31日前已受理正在审查的林业植物新品种权申请，且应当缴纳申请费或审查费的，品种权申请人、品种权代理机构应按规定时限足额缴纳； 2017年3月31日前已经授予植物新品种权的，且应当缴纳年费的，品种权人、品种权代理机构应按规定时限足额缴纳。