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写完《中国古代北方农作物考》之后，钱穆先生又在1956年发表了《中国古代山居考》，强化“山耕”的主张。这篇长论文主要考证的是古文献中的“穴”，以及和“穴”相关的字。古文字里大部分与居住有关系的字都源自“穴”字，是相关而且同样的来源。钱先生明确主张，从古文字学回溯，中国古代人的居住形式是穴居和山居。在不太高且离水源近的地方，挖洞穴而居，是留在文字记忆中的古代居住环境。因而早期农作，也就是以这种环境能够生产的作物为主，这类作物也就不可能需要大量的灌溉。
钱穆先生是完全从古文字学的考证得到这样的结论。他当时无法用到考古学上的发掘证据。几十年来新石器时代的考古发现，基本上和钱穆先生的推论一致，但也在一些重要的地方有所补充与修正。
从目前发掘的考古证据来看，在约九千年前，几个地方已经有人居住的痕迹。到了约七千年前，陆续形成了几个重要的中心。从遗址出土的文物与建筑形式上看，这几个中心的文化差异很明显。比较明确的几个文化圈，一个是仰韶文化圈，另一个是大汶口文化圈，它开始的时间和仰韶文化圈差不多。大汶口文化就是后来龙山文化的基础。在南边，有大溪文化圈和马家浜文化圈。此外，不那么明确的，在东北边有红山文化圈，在东南边有大坌坑文化圈。
依照目前的考古资料，考古学家相信，这几个不同的文化中心，在差不多同一时期发展出各自的特色文化。到五六千年前，彼此之间开始有了交流。它们的交流以极其缓慢的速度进行，我们今天开高速公路一小时能到的距离，当时的人基于不同的偶然动机，通过不同的移动方式，可能要花二十年乃至五十年才能走完。
仰韶文化圈后来发展为最早的一个文明中心，这里应该也是文字首先出现的地方。刚开始的时候有这么多个不同的文化圈，不过后来拥有文字的文明就取得了优势，尤其是在历史记忆与传承上的优势，所以用文字来述说古代历史时，中国文明的起源很自然就偏向以黄土区域为核心的了，其他没有发明或习用文字的区域，相对被遗忘了，一直到几千年后的考古发掘，我们才重新意识到它们的存在。
钱穆先生的《中国古代北方农作物考》考证出了四种重要作物，依次是：稷、黍、稻、粱。通过考古资料，我们现在可以进一步理解，四种作物的排序其实反映了一种“北方中心”的立场。从考古上，我们看到，马家浜文化、河姆渡文化这些南方的新石器遗址出土了旱稻种植的明确证据，旱稻在南方发展很早也很普遍，但对北方仰韶文化圈的人来说，旱稻是外来的，所以比较珍贵难得。如此我们就明白了，中国“北麦南稻”的倾向，大概早在五六千年前就已经形成。
对于钱穆先生所说的“古代山居”，考古资料对此也有重要的补充。在关中仰韶文化区，居址多半离河很近，而且比河高一些，一方面为了取水方便，一方面应该是出于安全上的考虑。西安半坡等新石器遗址，都是在临河较高的地方发现的，而且这河不是大河，也不是黄河。仰韶文化在黄河流域出现，但不见得与黄河本身有关。过去会认为中国文化起源于黄河，一部分还是认定早期农业需要灌溉，理所当然地认定在黄河边，能借黄河水灌溉，是中国农业起源的必要条件。
不过，除了仰韶文化区的居住选择之外，还有长江流域湖熟地区的台形遗址。
这个区域雨量比较丰沛，取水方便，这里的人就稍稍远离水边，在高起来的台地上居住。这里与北方最大的差异在于，这里不会有山居，也比较早就有地上建筑物，并不依赖穴居。