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清代学术，惟有小学昌明，余多不振，绪言中已发其端。这种学术上的畸形发达，就因为在异族统制之下，顾忌太多的缘故。鲁迅说：“说起清代的学术来，有几位学者总是眉飞色舞，说那发达是为前代所未有的。证据也真够十足：解经的大作层出不穷，小学也非常的进步；史论家虽然绝迹了，考史家却不少；尤其是考据之学，给我们明白了宋、明人绝没有看懂的古书。……我每遇到学者谈起清代的学术时，总不免同时想：“扬州十日”、“嘉定三屠”，这些小事情，不提也好罢；但失去全国的土地，大家十足做了二百五十年的奴隶，却换得这几页光荣的学术史……”（《花边文学·算账》）。言之极为沉痛。有人以为满清一代，国学渊微，发明已备，后生只要追踪前修，无须更事高深。此乃浅见之言，其实缺陷正多着呢！考史者虽则留心于地理、官制，而其他如姓氏、刑法、食货、乐律之学，却无一不见衰微。章先生有云：
姓氏之学，自《元和姓纂》以降，郑樵亦粗明其统绪；至邓氏《辩证》，渐确凿矣。元、明以降，转变增损，又益繁多，未见近代有治此者也（原注：《元史·民族志》别是一种）。刑法之学，旧籍惟《唐律》为完，汉、晋、南北朝之事，散在史传，如补兵以减死，督责以代仗，又皆律外方便之门，皆当校其异同，评其利病，又未见近代有治此者也。食货之学，非独关于租赋，而权度之大小，钱币之多少，垦田之盈诎，金银粟米之贵贱，皆与民生日用相系，此不可不论列者，又未见近代有治此者也。乐律之学，略有端倪，陈氏《通义》，发明荀勖之学，可谓精且博矣。然清康熙朝所审定者，丝声倍半相应，竹声倍半不相应，相应者乃八与一，九与四。其言人气折旋，必有度数，皆由证验所明，更谓丝器不可以名律吕，亦可谓得理者。而陈君犹取倍半相应之说，两者孰是？必听音而后知之，非衍算所能尽理，又未有商略是非者也。斯四术者，所包闳远，三百年中，何其衰微也！此皆实事求是之学，不能以空言乱者，既尚考证，而置此弗道乎？
（章先生《自述学术次第》）
先生更进言清代的小学与玄理，并且自述其独到之处，与下文第十三节所引可以互参。其言云：
近世小学，似若甚精，然推其本则未究语言之原，明其用又未综方言之要。其余若此类者，盖亦多矣。若夫周、秦九流，则眇尽事理之言，而中国所以守四千年之胙者。玄理深微，或似佛法，先正以邹鲁为衡，其弃置不道，抑无足怪。乃如庄周天运，终举巫咸，此即明宗教惑人所自始。惠施去尊之义，与名家所守相反。子华子迫生不若死之说，又可谓管乎人情矣。此皆人事之纪，政教所关，亦未有一时垂意者。汪容甫略推墨学，晚有陈兰甫始略次诸子异言，而粗末亦已甚。此皆学术缺陷之大端，顽鄙所以发愤。古文经说，得孙仲容出，多所推明。余所撰者，若《文始》、《新方言》、《齐物论释》，及《国故论衡》中《明见》、《原名》、《辨性》诸篇，皆积年讨论，以补前人所未举……
（《自述学术次第》）
综观以上所述，满清政府的罪恶，帝国主义的猖狂既如彼，民族主义的沦没，固有学术的消沉又如此，在这暗无天日的中间，忽然现出了光明的救星，这便是章先生所负的使命。换句话说，便是救中国——光复中华，振兴学术——的事业。其所完成的，不但和曾国藩这一派的洋务，康有为这一派的变法截然不同，就是和梁启超的运动，有志革命而仍徘徊于君主立宪的，也根本有别。这是先生伟大的所在。
清代的内政既极腐败，以至外患纷呈，国权日蹙。中间以鸦片战争《南京条约》的订立，为划定外交新局面的界线，前乎此者是自尊自大，看不起外国人；后乎此者是一味屈辱，造成无数国耻。每当割土地、丧权利的时候，满洲政府所持惟一的政策是“宁与仇人不与家奴”。其侮辱我们全体汉族为“家奴”，丧心病狂，一至于此！现在先把鸦片战争以后外患的年代，列一简表如下：
1842年（清道光二十二年）鸦片战争结局，与英议和，订《南京条约》，割香港，许五口通商，是为中国对外第一次之失败。
1857年（咸丰七年）英法同盟军陷广州。翌年至天津，陷大沽炮台。1860年再至天津，陷通州，入北京，毁圆明园。奕詝帝避难热河，为外兵侵入国都之第一次。
1879年（光绪五年）日本灭琉球。
1880年曾纪泽出使俄国，议改收还《伊犁条约》。1882年与俄定《喀什噶尔东北界约》。
1884年中法战起，翌年议和，失安南。
1886年与英订缅甸条约，失缅甸。
1893年英法共谋暹罗，废止入贡。
1894年中日战起，翌年马关议和，割台湾、澎湖列岛，失朝鲜。
1897年德占胶州湾。
1898年俄借旅顺、大连。英租威海卫。
1899年法占广州湾。
1900年八国（英、俄、日、法、德、奥、美、意）联军入北京，载湉帝避难西安。翌年订《辛丑和约》。
1903年日俄战起，以我东三省为战场。1905年与日订《满洲协约》。
1910年（宣统二年）外蒙库伦携贰。日本并灭朝鲜。
1911年英兵侵据片马。
综观由鸦片战争到辛亥革命，中国的国际关系可以分成三个时期：（一）自鸦片战争到中日战争，而《天津条约》又是其中的一个关键。（二）自中日战争到八国联军，而《马关条约》实为改变中日过去平等关系为不平等关系的枢纽。（三）《辛丑和约》以后在（一）时期，帝国主义者在中国作平行的竞争；（二）时期，他们由平行转入对峙，英日同盟与俄法同盟就是国际对峙的产物；（三）时期，八国联军之后，国际对峙的形势，更盘旋于门户开放与共同瓜分的两种政策之间。门户开放政策，首倡者为美国，而英国和之。然而日本不甘心辽东半岛的退让，而帝俄在东北亦继续其独占的企图。于是有1903年日俄在中国领土之内的东三省鏖战，以划分其势力范围的国耻。而日本亦从此遂树立了它的大陆政策的初基，以为今日为祸于亚洲和世界的起点。
国权日蹙的要目，如割地，如租界，如势力范围、租借地，如使馆界，如领事裁判权，如外国军队驻扎权、军舰行驶停泊权，如海关税务管理权、关税协定权，如沿海贸易权、内河航行权，如铁路建筑权，如矿山开采权，如设厂制造权，等等，其影响所及，使我国家民族在政治、经济各方面，无不颓风外暴，危机内伏，国将不国，民亦非民，几将毁灭我再生的基础，杜绝我复兴的根源，实为历史先例之所无。
章先生尝谓列强帝国主义的凶暴，甚于满清政府。二者均应攘除，然不能不先其所急，而以推翻满清为首要。有云：“哀我汉民，宜台宜隶，鞭箠之不免而欲参与政权，小丑之不制而期捍御哲族，不其忸乎？”（《文录》卷二《中夏亡国二百四十二年纪念会书》）