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朱德所率领的起义部队主要来自于他所动员的教育团和公安局，五百人都不到，充其量只能算是一个营，同时这些官兵或者是未经战斗的学兵，或者警察和保卫队员，实战经验和能力不足。在起义中，他们并未直接参战，其任务仅仅是负责监视敌军和担任预备队，所以朱德虽然在南昌起义中发挥了很大作用，但并非起义军的核心领导成员。
起义军的领导机构为前敌委员会（前委），周恩来是前委书记兼参谋团主任，也是起义军实际的总司令。周恩来以下，贺龙为起义军代总指挥，叶挺为前敌总指挥，两人所率的部队均为起义军主力，日常决策也以周、贺、叶三人为主。
朱德真正成为主心骨，是在起义面临失败结局的时候。那时起义军剩下的两千多人已与前委失去了联系，一切只能由朱德临时负责，所有希望也都寄托在他一人身上了。
从外部来说，这支部队的处境极端险恶，集结于周围的敌人有五个多师，约四万人，仅数量就是他们的二十倍。就内部而言，两千多人刚从各方面会合起来，在突然遭到失败打击的情况下，无论组织还是思想都比较混乱。在商量下一步行动方案时，少数人觉得主力既然都散掉了，剩下的这点力量也难以保存，不如散伙算了。
尽管明知困难重重，但朱德仍坚决反对解散，他下决心一定要为这支陷入困境的部队找到出路。
要保存队伍，就要找到一块既隐蔽又有群众基础的立足点。经过讨论和分析，朱德发现湘粤赣边界地区的敌军兵力较为薄弱，是个三不管的地带，而且那里农民运动搞得早，支援北伐最为得力，于是便决定直奔湘南。
根据情报，敌人已从南、西、北三面向起义军靠拢，起义军孤立无援，所存弹药也不多，当然不能硬碰硬。部队行军时，便选择了从东北方向穿插并尽可能避敌行进的方式，尽管如此，他们的行动还是被敌人发觉了，敌人立刻派一个师紧随其后。
红军时期的朱德
经过激战，起义军受到很大伤亡和散失，只得又向西北方向撤退。当到达闽赣边境的一个隘口时，部队突然被当地民团堵住了去路。千钧一发之际，朱德手拿驳壳枪，亲自带着几个警卫员，从长满灌木的悬崖峭壁攀登而上，出其不意地在敌人侧后发动进攻，终于抢占隘口，保证部队顺利进入了赣南山区。
在赣南山区，起义军虽摆脱了敌人重兵的尾追，但仍经常受到民团和土匪的袭击，为了减少被袭击的危险，他们不得不白天在山谷的小道上穿行，晚上在山林中宿营，处境艰苦异常。
部队进入了“最黑暗的日子”，官兵们的情绪“低到零度”，几乎每个人都在考虑着同样的问题：作为一支孤军，一无供给，二无援兵，而且到处都是敌人，应当怎么办？
许多人看不到前途和希望，都相继离队走了，里面既有士兵，也有连长营长，甚至还包括师长团长。一时间，部队的军官层几乎成了空架子，只剩下陈毅、王尔琢等几个人。
留下来的士兵绝大多数都是原贺叶所部，没几个是朱德从南昌带出来的，朱德很难过，对他们说：“这个队伍没有长官了，我又不是你们的长官，怎么办呢？”
这时陈毅、王尔琢带头表示拥护朱德来带领队伍，士兵们也都回答说愿意服从他的指挥。朱德慨然接过重担，他饱含激情地对官兵们说：“大家知道，大革命是失败了，我们的起义军也失败了，但是我们还要革命的。同志们，要革命的跟我走，不革命的可以回家，不勉强！”
陈毅后来回忆，因为朱德在南昌起义时的地位并不重要，所以他刚刚率队北上时，其实没有人听他的话，大家只不过尊重他是个老同志罢了，直到这个时候，他才真正成为这支部队的领袖。陈毅同时也断定，当时如果不是朱德出来勇挑重担，“这个部队肯定地说，是会垮定的”。
部队继续行军。一路上，朱德始终与部属们同甘共苦，大家常常看到他肩上背着中途离队者扔下的步枪，有时还搀扶着病号。
见朱德平易近人，十分和气，且脚穿草鞋，斗篷不离身，沿途的一些百姓还以为他是普通战士，直到发现有两个背着冲锋枪的警卫员跟在后面，才知道他是个干部。
当起义军到达赣粤边境的大庾地区时，已是冬天，要吃没吃，要穿没穿，部队走得只剩下了一个团的样子。眼看着又要支撑不住了，朱德说：“队伍散是不能散，我现在提出一个办法，我有个朋友，叫范石生，我们去找他，找个落脚点。”
范石生是朱德在云南讲武堂的老同学、好朋友，两人过去还是拜把兄弟。朱德让人给范石生带话，说我们这个队伍走投无路了，编到你这里来行不行，由你发饷。范石生很够朋友，就接受了，这使起义军得以度过了那年最难熬的一个冬天。
第二年，蒋介石查到朱德在范石生那里，便要范石生缴朱德的枪。范石生接到这个命令后，马上把消息告诉朱德，并且对朱德说：“我们是好兄弟，好来好去，现在你们被发现了，各人自由行动，你们走吧。”
告别范石生，朱德本打算去海陆丰与广州起义的余部会合，但行至半途就发现了国民党军的大部队，他当即率部折回湘南，而后发动了酝酿已久的湘南起义。