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亚里士多德最为出众的一点是他在几乎没有前人的基础上，完全凭借自己的敏锐思考开创了一门全新的学科——逻辑学。勒南
说，“任何头脑没有直接或间接地接受过希腊式教育便是缺乏素养”
；事实上，在亚里士多德提供有效方法测试和修正思维之前，希腊学界自身也是一片混乱和欠缺教养。甚至柏拉图（如果一个爱他的人也敢这样认为的话）也是个不受拘束、不守常规之人：他过度地陷于神话的谜团之中，让美过多地遮盖了事实的真相。亚里士多德也正如我们所见，多次违反自己定下的规矩，然而，他是他自己那个过去时代的产物，而非他所要缔造的将来时代的产物。希腊政治和经济的衰退使得希腊式思想和人格在亚里士多德之后逐渐式微，然而当一千年的野蛮黑暗时期过去，一个新的种族重拾猜想的愉悦和能力时，正是波伊提乌（470－525）翻译的亚里士多德有关逻辑的《工具论》成为塑造中世纪思想的模具，成为经院哲学严格意义上的鼻祖。尽管经院哲学被束缚其身的各种教条折腾的无所作为，但还是训练和教会了成熟的欧洲人如何进行理性的思考和谨慎的表达。《工具论》建构了现代科学的术语体系，并为思想的成熟打下了基础，正是这种日渐成熟的思想日后超越并摒弃了那套生它养它的体系和方法。
简单地说，逻辑学指的是正确思考的方法和艺术。它是各门科学、各门学科和各项艺术的内涵或方法，就连音乐中也蕴含着逻辑。它是一门科学，因为在很大程度上逻辑可以简化为物理学或几何学定律，教授给任何人；它又是一门艺术，通过训练，它指引思想最终形成下意识的、即刻的精确度，仿佛指挥钢琴家的手指在键盘上毫不费力地弹奏出优美的乐章一般。没有比逻辑学更枯燥乏味的了，可也没有比它更重要的了。
这门新科学的诞生其实在苏格拉底发疯似的坚持定义、柏拉图不间断地推敲概念时已经初露端倪。亚里士多德的短篇论述《定义》就说明了他是如何从这些源泉中得到启发的。伏尔泰曾说过：“如果你想要与我交谈，那么请先给你的用语下个定义。”如果争论者都能做到先对自己的用语下定义，那么会有多少场冗长的辩论能被压缩成短小的篇章啊！这就是逻辑学的本质、它的灵魂：严肃讨论中的每一个词汇都应当经过最严谨的斟酌和定义。要做到这一点很困难，也是对思维的极大挑战；但是一旦成功，无论做什么事都将事半功倍。
那么我们应该如何定义一件事物或一个词语呢？亚里士多德的回答是，每个合格的定义都包含两个部分，即两条腿走路：首先它将被定义之物划归至某一群类，这个群类具备的一般特征也正为该物所具有——譬如，人首先是一种动物；其次它指出该物不同于该群类中其他物体的特点——譬如，在亚里士多德的体系里，人是一种有理性的动物，他的“特别之处”就在于，与其他动物不同，他是理性的（这是一个美妙传说的起源）。亚里士多德将一件事物投入其同类的海洋，然后又将其一把拉出，浸透着属类的意义、闪耀着明显的种群特征；同时，由于和与它如此相似却又如此不同的物体摆放在一起，它所独具的特征和差异性得到了格外的彰显。
踏过这道逻辑的最后防线，我们来到了一片广阔的战场，在这里，亚里士多德与柏拉图展开了一场关于“共相”的激烈争论：这是一场延续至今的哲学论战的第一回合，它使得整个中世纪的欧洲响彻了“唯实论者”与“唯名论者”的论辩之声。
对亚里士多德而言，共相是任何一个共有名词、任何一个能够普遍运用于所有同类成员的称呼：所以，动物、人、书、树都是共相。但是这些共相都是主观的概念，而非看得见、摸得着的客观实在，它们是名，不是实；外在于我们自身存在的一切是由个别的、具体的对象组成的世界，并不表示属类特征和普遍共性；人们存在，树和动物同样存在，而整体意义上的人，或者说共相的人，除却在思想中，并不实际存在；它是一种信手拈来的心理抽象，不是外界的存在或实在。
现在亚里士多德明白了，柏拉图曾经认为共相是具备客观存在的，而且柏拉图确实说过，比起个体，共相具有更长久、更重要和更实质的意义——个体只是苍茫大海中的渺小一粟，“人们”来了又去，生生死死，而作为整体意义上的“人”却永远存在。亚里士多德秉承一种实事求是的精神，如威廉·詹姆斯
所说，这是一种严酷而不够温柔的思想，他看透了隐藏在柏拉图学派“实在论”论调之下无休无止的神秘主义和经院式胡搅蛮缠的根源，并全力以赴予以抨击，开启了这场论战。正如布鲁图
并非不爱恺撒，他只是更爱罗马；亚里士多德说，吾爱吾师，吾更爱真理。
一个持反对意见的评论者可以说亚里士多德（跟尼采一样）如此猛烈地抨击柏拉图是因为他深知自己从后者那里继承了太多的东西，没有人能够平心静气地面对自己的债主。然而亚里士多德在这方面的态度却很端正，他几乎是个现代意义上实在论者，他只在乎客观实际，而柏拉图早已陷入了主观的未来。在苏格拉底——柏拉图式对定义的追求中，一种远离事物和现实、趋向理论和观点，远离个体、趋向共相，远离科学、趋向经院哲学的趋势业已形成，柏拉图后来更是对共相和观点如此着迷，甚至开始着手挑选其中所包含的个体或事实；亚里士多德则主张回归事物、回归自然和现实“未加粉饰的脸”，他对探索有血有肉的具体的个体有着最为浓厚的兴趣。而出于对共相和普遍共性的热爱，柏拉图不惜在《理想国》中将个体彻底毁灭，以构建自己心中的完美国家。
但是，如同历史上的惯常笑谈，年轻的战士总是不可避免地继承了他所攻击的旧主的许多品质和能力。我们身上总是保留着许多为我们自己所谴责的东西：就像只有相似之处才能拿来做比较，相似之人才会争吵，最剧烈的争战也往往爆发于意图或信仰上最细微的差异。十字军骑士发现萨拉丁
是个绅士，因此与他展开温和中肯的争论；而当欧洲基督徒内部发生分化和对立时，即使是对最彬彬有礼的敌人，他们也不再争吵。亚里士多德如此冷酷地对待柏拉图，正是因为他继承了后者太多太多；他也热爱抽象和共相，时不时为了追求那些外表华丽的理论而背叛自己对简单实在原则的坚守；他无时无刻不在克制自己渴望探索无边宇宙的哲学激情。
这在他留给哲学最具特色和创意的作品——三段论学说——中留下了深刻的印痕。三段论指的是一种由三个命题组成的推理系统，其中第三个命题（结论）的成立源于前两个命题（大前提和小前提）的成立。举个例子，人是理性的动物，而苏格拉底是人，那么，苏格拉底是理性的动物。具有数学头脑的读者可能会马上发现，这与“跟同一事物相等的两个事物彼此相等”同属一类，即如果A=B且C=A，那么C=B。如上述公式所示，结论是将两个前提中的相同部分A去掉而得到的；我们的三段论结论则是把前两个命题中的相同部分“人”去掉，然后将剩余的两部分加在一起而获得的。正如从皮罗
时代到斯图尔特·穆勒
时代的逻辑学家所指出的，这一学说的疑点恰恰是被假设为理所当然事实的大前提正是最需要证明的：因为如果苏格拉底并不理性（没有人怀疑他是人），那么“人是理性的动物”这一前提就不再是普遍真理了。亚里士多德会说，当一个个体具有一个群体所属的大多数品质时（“苏格拉底是人”），认定这个个体也具有这个群体所特有的其他品质（“理性”）的假定就很可能为真。然而，比起成为一种发掘真理的工具，三段论明显只是一种用于清晰阐明思想和观点的手段。
这一切与《工具论》中许多其他内容一样具有它自身的价值：“亚里士多德发现并制定了保证一致性的理论体系以及进行辩证式论辩的各项技巧，他的勤勉和锐利是无论怎样强调都不会显得过分的；他在这一方向上的努力对后世学术进步所做出的贡献更是无人能及的。”
在他之前从没有一个人能将逻辑如此摆在桌面上大谈特谈：一本教人如何进行理性思维的指南与一本礼仪手册一样发人深省；然而，我们能很好地运用它，它却不能将我们引入贵族世界。即使是最有勇气的哲学家也不敢在大树枝下大声朗读逻辑学。人们对待逻辑的态度就仿佛维吉尔嘱咐但丁如何对待那些因持暧昧中立态度而遭谴责的人一样：“别再想他们了，看一眼就继续前行吧。”