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王阳明来到南京，就任鸿胪寺卿后不久，就意识到自己目前的差事仍然是个闲差。和自己一同任职的那些人都在想方设法调离这个部门，王阳明自然不会如此行事，他对自己的仕途并非毫不在意，只是他内心追求的“成为圣贤”的目标一直激励着他在学问上更进一步。所以，他显得非常超脱，专注于讲学和谈经论道。
王阳明并不甘心在碌碌无为中荒废大好时光，因此他就专注于心学的历练，他的心学就是要超脱世俗的功名利禄，追求内心的高远境界。当然，身为朝廷官员也并非完全能够自由自在，也有一套机制进行激励和约束。
王阳明上书朝廷《自劾乞休疏》，要求还乡。
在当时，作为朝廷的官员都要接受考察，王阳明在南京任职半年后也要接受考察，他对自己过去半年的政事显然是非常不满的，但是，自己也感到非常无助，为此他也时常流露出放弃从政、归隐山林的念头，所以他索性上书朝廷《自劾乞休疏》，要求还乡。当然，当时的王阳明也并非真的是看破红尘，这个奏折也仅能理解为他对于长期身居闲职无所作为的状况的不满。对此，皇帝似乎也看得很明白，所以他也将王阳明的这份奏折置于一旁，并不理睬。王阳明却没有完全放弃，而是再次上书《乞养病疏》，不过这次又是石沉大海，对此王阳明除了遗憾，也只能寄情于做学问了。
他在南京的两年半时间里，在政事上难以有所作为，于是就潜心要在学问上有大的进步。他每天要做的事情几乎就是读书，思考，讲学，与朋友、弟子们一起探讨学问，每每与人探讨的时候，他经常会有豁然开朗的时刻，似乎自己一步步地接近于心学的精髓了。当他有这种思想感悟的时候，他除了与身边的弟子、友人们分享之外，还会挥笔写信，向远方的友人、弟子们分享这种感悟，所以他的很多真知灼见都能够在他与别人的信中得到体现。
王阳明在内心冥想的时候，常常习惯于静坐。他在贵州龙场的时候就已经形成了这种方式，多年来他一直认为静坐能够使人心境平和、静心冥想，而且还经常会在静坐中，体悟茅塞顿开之感、在学识上有所收获。所以，他也教学生学习静坐，用意念来克服内心的私心杂念。
王阳明在南京任职后，有很多学生也追随他前往。而他的得意弟子徐爱这时也在南京任工部员外郎，徐爱非常热心于帮助这些师兄弟们安排具体的事务。他自愿给大家当起了“学长”，主动安排老师的授课时间，以及其他的事务性工作。对此，王阳明是非常满意的，这些烦琐的事情的确需要有人做，而徐爱是再合适不过的人选。
而王阳明的这些学生，天赋差异很大、秉性也各不相同、勤勉程度也不一样，因此每个人的学问长进也不同。有些人一点即通，有很高的悟性，还能常常带给王阳明很大的启发；有些不仅难以有所长进，还将老师的教诲完全抛弃，做背叛师门之事，也让王阳明心痛不已。
王阳明常常教导他的学生，世事无常，每个人都会遭遇到难以预料的变故，可能会使个人遭受非常大的打击，这时客观事实已经无法改变。只有用心学的理念来战胜外在的苦难，用自己的心境来提供强大的支持，逐渐达到心境的至高境界。