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回到京城之后，他的内心深处还是充满了彷徨和矛盾。一面是“做圣贤”的人生理想，一面是多年来追求的科举及第，他的心一直在理想与现实之间徘徊。弘治九年（1496），王阳明又一次会试失败。再次的打击让王阳明冷静了很多，他开始用心钻研兵法，继续孩童时代的乐趣，不过此时，他更多的是将其作为事业来研究。
每遇宾宴，经常“聚果核列阵为戏”，这时的王阳明已然不想在仕途之上太过浪费时间，而想成就一番统御之才了。可惜的是，他虽有报效国家之心，国家却不给他这个机会。
弘治时期，明朝的军事防御能力已经接近于崩溃边缘，然而文恬武嬉局面，并未让王阳明放弃演习军法的热情，他对于兵法的钻研，日后还被他运用到了心学上。权谋策略的思想，与心学上的制敌之道有着异曲同工之妙。
透视兵学可以说是一种科举失败后反弹的情绪，在这种热情当中，王阳明成圣成雄的儒生念头燃得更加旺盛。他用属于自己的一种独特的方式探索着成为圣人的道路。一直到二十八岁那年，王阳明又一次参加会试。功夫不负有心人，这次他总算榜上有名，中了进士。
王阳明中进士之后，并没有被朝廷直接授予官职，而是被派往工部观政，按照现在的话说就是实习，先让他去熟悉一下工部的事务。当时，工部正在建造威宁伯王越的坟墓。这是一位明朝的将军，在官兵中享有很高的声望，监督工程的任务被委派给了王阳明。
监督工程本来并不是一件烦琐的事情，但是王阳明非常希望能够在这件事上做出点成绩来，于是就颇费了一番心思，想到了用兵法之道来组织、管理民工。他把参与修建坟墓之事的民工视为士兵，采用军事化的管理，明确了士兵个人的分工和职责，并统一制定了劳动和休息的时间，他将这种方法称为“什伍之法”。
同僚们对王阳明的做法感到新奇的同时又感到好笑，觉得他是多此一举。但王阳明却不理会这些，而是一步步地按照自己预期的计划来实施。待到工程完成之时，王阳明的这种方法起到了非常好的效果，不仅坟墓建造得非常宏伟、壮观，且大大缩短了工期，那些怀疑他的人不由得对他另眼相看。
王阳明用兵法之道来组织、管理民工。
王阳明观政之时，非常繁忙。尽管如此，他想要成为“圣人”的愿望却越来越强烈。
平日里他都会挤出时间来钻研宋代理学，但是在这个过程中，他还是十分困惑，他想起娄谅先生所说圣人必可学而至。这是多么透彻的道理！可是真正落实到对宋代理学的学习中来时，他又始终参悟不透。
他想起年少时“格竹子”，心想，或许是自己没有完全按照朱熹先生的要求来做，才没有找到方法和结果。于是，他再次尝试，沉思竹子之理，这一次又是没有收获，反而促发了他的老毛病。他又一次病倒了。
这年是王阳明思想冲突最为激烈的一年，他不得不怀疑朱熹的学说，他不再按照朱熹的套数来格物致知了。他深深地感到，或许圣人不是人人都能够做的。