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◎大批特务及正规军遣散为匪
◎“肃清土匪和其他一切反革命匪徒”
◎重点进剿大股土匪
◎分区驻剿歼灭小股土匪
◎肃清潜藏散匪
◎华东地区的剿匪历时四年
◎西南地区的剿匪历经三年
◎华北地区剿匪两年多
国民党军队主力被歼后，不甘心失败，把大批特务及正规军遣散为匪。这些土匪特务武装，网罗旧官僚、恶霸地主、散兵游勇、地痞流氓、反动会道门成员及惯匪，聚众结伙，打着“救国军”“自卫军”“保民军”等旗号进行破坏活动，企图以此推进“游击计划”，建立“大陆游击根据地”，伺机配合台湾国民党军队反攻大陆。据统计，1950年1月至10月，全国共发生妄图颠覆新生政权的武装暴动816起，西南地区被匪特攻打、攻陷的县城有100个以上，仅福建、云南、贵州就有37个县城被土匪占领，土匪还在大别山及广西14个县建立了伪政权。1950年，全国有近4万名干部和群众积极分子惨遭杀害。这些土匪武装的破坏活动，严重扰乱新解放区各项工作的开展，威胁着人民政权的巩固和人民生命财产的安全，一度成为危害很大的反动势力。新区人民群众强烈要求人民政府和人民解放军坚决消灭土匪，根绝匪患。1949年下半年（部分地区从1949年5月）起陆续开展了剿匪斗争，取得初步成效。但到1950年初，全国仍有相当数量的土匪武装。他们大多聚集在华东、中南、西南、西北等地区的边沿地带和偏僻山区。朝鲜战争爆发后，这些土匪武装活动更加猖獗，他们组织暴动，袭击基层人民政权，杀害地方党政干部和老百姓，破坏城乡交通，抢掠物资，绑架勒索，奸淫妇女，散布谣言，蛊惑人心，扰乱社会秩序。因此，剿灭匪患是巩固新生政权、稳定社会秩序、保护人民生命财产安全的重要任务。
中共中央和人民政府对各地的匪情极为重视。早在1949年3月，中共七届二中全会就明确提出，南方解放后，人民解放军的首要任务之一就是消灭国民党的反动武装力量，在乡村中则是首先有步骤地展开清剿土匪的斗争。10月1日，朱德在开国大典上向全军发布命令，要求中国人民解放军全体指战员、工作员“迅速肃清国民党反动派军队的残余，解放一切尚未解放的国土，同时肃清土匪和其他一切反革命匪徒”。毛泽东在3月14日的一封信中，用坚决的口吻说道：“匪祸必剿，首恶必办，是为定则。”
1950年3月，中央军委发出指示，强调剿灭土匪是当前全国革命斗争的一个重要方面，是建立和巩固各级地方人民政权，以及开展其他一切工作的必要前提，是迅速恢复革命秩序的保证。为了保证剿匪作战顺利进行，中共中央、毛泽东提出了军事进剿、政治瓦解、发动群众武装自卫三者相结合的方针，规定了“镇压与宽大相结合”“首恶者必办，胁从者不问，立功者授奖”的政策。
大规模剿匪作战，实际上是人民解放战争的继续。中央军委作出强有力部署，从人民解放军中先后抽调150万兵力，按照中央的统一部署，开展由军队、地方和人民群众紧密配合的剿匪作战。剿匪作战一般分为三个阶段，即：集中优势兵力，重点进剿大股土匪；实行分区驻剿，歼灭小股土匪；结合农村土地改革和镇压反革命运动，肃清潜藏散匪。
华东地区的剿匪历时四年，以闽浙边区、浙闽赣边区为重点全面清剿，共歼各类土匪24.6万余人，摧毁了国民党企图“反攻大陆”的社会基础。中南地区剿匪历时三年零一个月，共歼各类土匪115万余人，使国民党企图在中南大陆建立游击根据地的梦想彻底破灭。广西是中南地区解放最晚，匪情最为严重的地区之一。广西剿匪部队调集20万人，从1950年12月至1951年5月，先后在大瑶山、六万大山、十万大山、灵山、永淳和钦州等地重点进剿，歼灭“粤桂边反共救国军”“广西游击联军”等股土匪33万余人，受到毛泽东的嘉奖。
西南地区的剿匪历经三年，共歼匪特116万余人，肃清西南地区长年的匪患。西北地区的剿匪前后经历五年，歼匪特12.9万人。西北地区的新疆和平解放后，乌斯满等匪首在美英帝国主义分子支持下，策划新疆“独立”，纠集土匪6000余人，裹胁哈萨克族群众4.5万余人，在新疆地区发动大规模暴乱。根据中央军委的指示，西北军区坚决消灭了乌斯满匪徒。新疆清剿土匪，不仅歼灭大股匪特，而且解救了各族群众11万余人。华北地区在两年多的剿匪作战中共歼匪特5.3万余人。
大规模剿匪作战，至1953年基本完成，共毙、伤、俘土匪和争取土匪投降自新270万余人，结束了中国匪患久远、为害甚深的历史，粉碎了退守台湾的国民党在大陆建立“游击根据地”，以策应“反攻大陆”的企图，有力地保护了人民安居乐业，稳定了社会秩序。