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自到达吉安府的六月十八日起，王阳明立刻发出多篇公文，向所管军官司通报了宁王叛乱的情况，向他们表明自己准备率兵征讨朱宸濠的意愿，申明大义，倡举义兵，下令做好出征准备。
首先，王阳明在六月十八日的《牌行赣州府集兵策应》（《王文成公全书》卷十七）中下达指令，召集赣州府各县士卒，应对急变，指令如下：
一、牌仰本府官吏，照牌事理，并行附近卫所，各行所属，起集父子乡兵军余人等，昼夜加紧固守城池，以保不测；
二、仍仰知府邢珣查将贮库钱粮尽数开具印信手本，先行呈报，毋得隐匿；
三、行取安远等县原操不论上下班次官兵，各备锋利器械，通到教场，日逐操练，重加犒饷，选委谋勇官员管领，听候本院公文一至，即刻就便发行。敢有违误，定以军法处治，绝不轻贷。
接着，王阳明给两广总制都御史杨旦
写了一封邀请文《咨两广总制都御史杨共勤国难》（《王文成公全书》卷十七），敦促其为国难举兵。
在这篇邀请文中，王阳明报告了南昌府城的异变及其情况，讲述了自己避过宸濠之难到达吉安府的经过，坦言若朱宸濠率军北上情况就会不妙，并表达了自己披肝沥胆、为国尽忠的决心，描述了应对此番国难的作战计划。之后，王阳明表达了自己想组建义勇兵的愿望：
虽经起调吉安等府兵快，非惟武艺无素，尤恐兵力不敷，必须添调兵马，方克济事。
照得南、韶、惠、潮等府，各有惯战精兵，堪以调用，拟合移咨督发，为此合咨贵院，烦为选取骁勇精壮兵快夫款打手人等大约四五千名，各备锋利器械，选委谋勇胆略官员，或就委岭南道兵备佥事王大用监统，给予各兵行粮，不分雨夜，兼程前来，共勤国难。谅贵院素秉忠孝之节，久负刚大之气，闻此，必将奋袂而起，秉钺长驱，当在郭汾阳之先，肯居祖士远之后哉。纷扰之中，莫罄恳切，惟高明速图之！
王阳明抵达吉安府的当天，便匆匆写下以上指令文、邀请文。对此，东正堂认为这是因为阳明先生遵循事理，镇定大度，临危不乱（《阳明先生全书论考》卷十二《奏疏·公移二·江西书》），但这也正是王阳明平日事上磨炼使然。王阳明之所以首先调集南雄、韶州、惠州、潮州的兵马，是因为在这些兵马士卒中，有许多是曾在南赣地区跟随王阳明的精兵，易于指挥。
此外，王阳明认为福建、浙江两省与江西省相邻，如果朱宸濠不向北袭击京师的话，那么必定会率先攻打这两省。所以如不率先调集士卒，做好准备，将来就悔之晚矣。因此，王阳明写下了公文《行福建布政司调兵勤王》（《王文成公全书》卷三十一），向福建省布政司发出指令，命各官衙对调兵勤王进行回议，指示各地配置兵员。
其后，王阳明又向南京的各军卫发出公文《预行南京各衙门勤王咨》（《王文成公全书》卷三十一），邀请各军卫出兵勤王。同时，王阳明计划调集江西省吉安等府，湖广、福建、广东各省的军兵，合军一处征讨朱宸濠。
朱宸濠宣称自己的部队将沿长江东下，奔赴南京。这一计划叛军蓄谋已久。此外，朱宸濠还在京师布下了奸细，准备为叛乱做内应。
虽说长江乃是天险，而南京城也固若金汤，朝廷威德，人心顺应，朱宸濠的奸计是很难成功的。但如果不事先做好准备，就正中朱宸濠的下怀，形势也会难以控制。等到情况危急再来做准备的话，那么一切就为时已晚了。
王阳明在公文中写道：
为此合咨贵部，烦为通行在京及大小衙门，会谋集议，作急缮完城守；简练舟师，设伏沿江，以防不虞之袭；传檄傍郡，以张必讨之威；先发操江（官名，都察院设提督操江一名，掌管上下的沿江防御）之兵声义，而西约会湖湘，互为掎角。本职亦砥钝策驽，牵蹑其后，以义取暴，以直加曲，不过两月之间，断然一鼓可缚，惟高明速图之。
从此文可以看出，王阳明计划南北呼应，夹击叛军，一举歼灭对方。这个作战计划，或许是王阳明在宸濠之乱爆发前便已经策划好的。
六月二十六日，为了应对宸濠之乱，王阳明发出《案行南安等十二府及奉新等县募兵策应》（《王文成公全书》卷十七）一文，下令南安等十二府及奉新县调集士卒。在这篇指令的开头，王阳明写道：
切照叛逆天下之大恶，讨贼天下之大义。国家优礼藩封，恩德隆重。乃敢辄萌异图，以干宪辟，上逆天道，下犯众怒，灭亡之期，计日可待。本院职任虽非专责，危难安忍坐视，仗顺伐逆，鼓率忠义，豪杰四起，发谋协力。
王阳明阐明此番兴义兵讨伐朱宸濠的理由，希望省内各地的各军官能够协助自己。之后，王阳明又下达了命令：
所属县分并卫所衙门，各起调官军乡兵，固守城池，保障地方。仍一面分调兵快，散布关隘，严加把截；一面选募骁勇精兵，大县约四五千名，小县约二三千名以上，各备锋利器械，供给粮草，择委能干勇力官员管领操练，其各项钱粮费用，听将在官钱粮动支，随申本院查考。其滨江去处，多备船只，听候本院差官赍捧旗牌至日，即刻依期启行进攻。仍选差惯便人役，多方探听消息，不时飞报，以凭区画。
此系守土官员切责，而臣子效忠致身正在今日，各宜奋发义气，鼓动军民，共成灭贼之功，以输报国之念，毋得迟违观望，失误军机，自取罪戾。
六月二十七日，王阳明发出告示《奖瑞州府通判胡尧元擒斩叛党》（《王文成公全书》卷十七），褒奖瑞州府通判胡尧元等人擒拿、斩杀朱宸濠的姻亲李藩等九十四人之事。
在这篇告示中，王阳明指示说，要对战死者、负伤者予以优恤，下令等战乱结束后提交详细的功勋录，并调集精兵固守城池，等候差遣。
如前所述，王阳明为了前赴福建镇压叛军，在抵达丰城县时遭叛军追击，但侥幸逃过一难。丰城县是攻打南昌的一大据点，丰城县知县顾佖来信说，即便调集乡兵固守城池，兵力也不够充足，希望王阳明能够派出援军。
王阳明已经接连向龙泉、安福、永新各县（皆属吉安府）以及吉安府城派了援军，所以只好给吉安府通判杨昉发布指令《策应丰城牌》（《王文成公全书》卷十七），让杨昉在派兵增援的同时，一定要坚守住丰城县这个重要据点。“协同知县顾佖等，计议攻守方略，相度险夷要害，远斥堠以防奸，勤训练以齐众，探知敌人入境，即便设奇布伏，以逸待劳，击其不意，务在先发制人，毋令乘间抵隙。”
如此计谋，仿佛孙子之兵法。此外，在指令的末尾，王阳明严令，如有违反军令或者畏缩不前者，依照军法，严惩不贷。
同一天，王阳明考虑到因朱宸濠叛乱，南昌城中众多守备官员不幸牺牲，故发出《差官调发梅花等峒义兵牌》（《王文成公全书》卷三十一），指示从民间募集英才。
在这篇指令文中，王阳明谈到永新县（位于吉安府最西端山岳地带的县城）的梅花峒及龙田、上乡、樟枧、关北地区的百姓皆精悍而富有义勇心，故下令调发当地百姓。因此，王阳明指示千户高睿前往该县，与知县柯相一道，立刻募集梅花峒等乡约一千名精勇民兵，给他们分发武器，并选出乡中义官、良民分率乡民，由县中有勇有谋、胆略过人的官员统率。
七月一日，王阳明发出《调取吉水县八九等都民兵牌》（《王文成公全书》卷十七），特派致仕县丞龙光前往平素便以习武尚义著称的吉水县（隶属吉安府）的八都、九都（八都、九都皆为乡名），指示、组织民兵义勇军以待时机，等候王阳明的动员令一下，便与正规军一道举兵。在这篇邀请文中，王阳明敦促八都、九都的民众自觉组织征讨朱宸濠的义军：
照得江西一省人民，久被宁府毒害，侵肌削骨，破家荡产，冤困已极，控诉无门。今其恶贯满盈，天假义兵，为民除暴，尚闻愚昧之徒，阻避宁府威势，不敢举动。殊不知宁府未叛之前，尚为亲王，人不敢犯；今逆谋既著，即系反贼，人人得而诛之，复何所惮！尔等义民，正宜感激忠义，振扬威武，为百姓报仇泄愤，共立不世之勋，以收勤王之绩……
从上文的“尚闻愚昧之徒，阻避宁府威势，不敢举动”的字里行间，我们可以体会到王阳明扼腕切齿的憾恨之心。如此看来，尽管当时朱宸濠发动叛乱已有半月之久，但依旧有许多愚昧官民畏惧朱宸濠的威势，不敢反抗。王阳明告诉大家，即便朱宸濠身为亲王，只要他敢发动叛乱，那么就应当“人人得而诛之，复何所惮”。
另一方面，据探查，叛军很难攻占南京，如果他们无法占领南京，必然会退到九江（江西省九江府），采取坚守的战略。王阳明预计主战场将会转移到以由南昌到九江的鄱阳湖为中心的水域，以水战为主。
七月四日，王阳明对福建的布政使发送了《预备水战牌》（《王文成公全书》卷十七），指示动员义兵，编成水战部队。为此，王阳明调集了海沧（福建省漳州府海澄县的港口，今厦门市附近）的一万名水军士卒，下令从府库抽调钱粮，整备军械，支援这支军队。此外，在这篇指令文中，王阳明还写道：“呜呼！主忧臣辱，主辱臣死，凡有血气，孰无是心。况各官忠义自任，刚大素闻，必将奋臂疾驱，有不容已。”
此外，阳明表达了自己的大义之心，并严令倘有贻误军机者，必依军法重处。
东正堂感叹说，正是因为王阳明能够准确无误地洞察敌情，所以才能事先做好万全的准备，神速制胜。而对于王阳明下令动员相隔千里的福建省海沧的水军，东正堂则说，估计是当时江西省鄱阳湖周边的水夫已经大多被叛军征集调用了。（《阳明先生全书论考》卷十二《奏疏·公移二·江西书》）
如前所述，因为朝廷频繁收到举报朱宸濠有不稳动向的奏折，武宗终于在五月二十四日下达了敕命，命令太监赖义、驸马都尉崔元、都察院右副督御史颜颐寿三人前往江西省城，向朱宸濠宣谕。可是，三人刚到浙江省严州府，就听说了朱宸濠叛乱的消息。三人不得已，只好中途返回北京。因此，七月五日王阳明向颜颐寿写了一封禀明自己将集合军队、欲亲赴国难的书信《咨都察院都御史颜权宜进剿》（《王文成公全书》卷十七）。但在王阳明送出这封书信时，颜颐寿等人已经动身起程返回北京了。
顺带一提，王阳明是在七月十三日率军离开吉安府，进军江西省城南昌的。两天之后，颜颐寿三人才回到了北京。在这封书信的后半部分中，王阳明论述了倡举义兵的大义：
即今逆迹已露，别无可勘事情，合咨前去，烦为随处行令所属，选取骁勇精兵，及民间忠义约二三万名，选委谋勇官员分领，会约邻近省郡，合势刻期进讨，仍烦贵院（颜颐寿）亲督兼程前来，共勤国难。谅贵院平日忠义存心，刚直自许，况今奉命查勘宁藩，正可权宜行事，号召远迩，主忧臣辱，主辱臣死，他复何言……
王阳明甚至向给朱宸濠宣谕的使者也发出了邀请，希望对方能兴举义兵。就这样，王阳明对朱宸濠叛军的包围作战一步步地展开。
七月八日，王阳明又发布了《行吉安府知会纪功御史牌》（《王文成公全书》卷三十一），指示在讨伐朱宸濠之时，命巡按两广监察御史二人查察所立军功，以作为日后论功行赏的依据，并下令如有危害百姓或畏敌不前者，皆以军法论处。
其后，在率领义军离开吉安府，向北进军之际，虽然各县士卒皆由指定的长官统率前进，而城池的防御工事也已经十分完备，但王阳明依旧认为难以预测之事时有发生，所以在七月八日又发出了指令文《牌行吉安府敦请乡士夫共守城池》（《王文成公全书》卷十七），邀请居住于吉安府各县乡中的名士壮丁做防卫军的顾问，协助守军守城。
此时，王阳明举荐了一位留守吉安府城的重要顾问——于正德八年（1512）十二月十日致仕的前福建按察使刘逊。此人本就是一位身负才望、忠勇奋发之士，王阳明命人以宾师之礼邀请他，遵从他的一切裁断，并请他为军机事宜出谋划策。王阳明以正式公文相邀，希望刘逊能够以国家社稷为重，竭尽全力，共同伐贼，切勿借年老体衰而拒绝所请。
在如此紧张的情形下，王阳明依旧能够寻得此等老成之人，东正堂认为：从这一点来看，阳明先生必然在平日里就一直留心探求有才之士。宋朝的李纲就经常这样做，而日本近代的胜海舟
也曾将自己对平日所见之人的印象都写在本子上，留下记录。然而，世人在危急关头却往往只是心存侥幸，束手待毙。（《阳明先生全书论考》卷十二《奏疏·公移二·江西书》）