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如前所述，由于王阳明剿灭了江西、福建、广东、湖广四省边界猖獗的贼匪，并向朝廷上奏了捷报，正德十三年（1518）六月六日，王阳明被擢升为右副都御史，并被授予荫子一人为锦衣卫的荣誉，世袭百户。
六月十八日，王阳明以《辞免升荫乞以原职致仕疏》（《王文成公全书》卷十一）上疏朝廷，请求辞退恩赏。
在这篇奏折中，王阳明首先感谢朝廷的恩宠：特命自己为军务提督，授予象征指挥权的旗牌和自由指挥部队的特权。
于是，该部议假臣以赏罚，朝廷从而假之以赏罚；议给臣以旗牌，朝廷从而给之以旗牌；议改臣以提督之任，朝廷从而改之以提督之任；授之方略而不拘以制，责其成功而不限以时。由是，臣以赏罚之柄，而激励三军之气；以旗牌之重，而号召远近之兵；以提督之权，而纪纲八府一州之官吏；伸缩如志，举动自由。
有了这些权力，王阳明消除了大部分的掣肘和障碍，得以迅速整编军队，率队出征：“一鼓而破横水，再鼓而灭桶冈……又一鼓而破三浰，再鼓而下九连。”
虽然在军事上取得了这么大的胜利，但阳明在奏疏中禀明，此番军功更多地归功于朝廷。朝廷就如同善于驾驶马车的马夫，而自己则如同一匹驽马，毫无半点功劳，所以只求朝廷能让自己致仕，回归田园，安享晚年。
他在奏折中写道：
譬之驽骀之马而得良御，齐辑乎辔衔之际，而缓急乎唇吻之和，内得于人心，外合于马志；故虽驽下，亦能尽日之力而至百里。人见其驽而百里，因谓之能，不知其能至此，皆御马者驱策之力。不然，将数里而踣，或十数里而止矣。马之疲劳，或诚有之，而遂以归功于马，其可乎？况臣驱逐之余，疾病交作，手足麻痹，渐成废人。
前在贼巢，已尝具本请罪，告病乞休。日夜伏候允报，庶几生还畎亩。乃今求退而获进，请咎而蒙赏，虽臣贪冒垂涎，忍耻苟得，其如朝廷赏功之典何！伏望皇上推原功之所始，无使赏有滥及，收回成命。
臣苟有微劳，不加罪戮，容令仍以原职致仕，延余喘于田野。如此，则上无滥恩，下无奸赏；宣力受任者，得免于覆
之诛；量能度分者，获遂其知止之愿。臣无任感恩惧罪，恳切祈望之至！
然而，朝廷最终还是没有满足王阳明的致仕愿望。
正德十四年正月初二，四十八岁的王阳明上奏折《升荫谢恩疏》（《王文成公全书》卷十一），诉说自己无德无能，不足以胜任右副都御史和接受荫子锦衣卫的恩赏，请求辞退恩赏；正月十四日，王阳明再上奏折《乞放归田里疏》（《王文成公全书》卷十一），向朝廷奏明之前立下的战功皆源于圣上的恩德，然后又提起自己体弱多病，祖母卧床不起，恳切请辞，希望能够回故乡安度晚年。奏折中写道：
且臣比年以来，百病交攻。近因驱驰贼垒，瘴毒侵凌，呕吐潮热，肌骨羸削。或时昏眩，偃几仆地，竟日不惺，手足麻痹，已成废人。又以百岁祖母卧病床褥，切思一念为诀。悲苦积郁，神志耗眊，视听恍惚，隔宿之事，不复记忆。以是求延旦夕之生，亦已难矣，而况使之当职承务，从征讨之后，其将能乎！夫豢畜牛羊，细事耳，亦且求良牧而付之，况于军务重任，生灵休戚之所关……
伏愿陛下念四省关系之大，不可委于匪人；察病废枯朽之才，不宜付以重任。怜桑榆之短景，而使得少遂其乌鸟之私；录犬马之微劳，而使得苟延其蝼蚁之息。别选贤能，委以兹任。放臣暂归田里，就医调治。倘存余喘，尚有报国之日。臣不胜感恩待罪恳切哀望之至！
王阳明再三上疏朝廷，请求辞退荫子封赏，让自己致仕还乡，朝廷皆不准许。无奈之下，王阳明只好写了一封私信，寄给自己最信任、启用自己巡抚南赣的兵部尚书王琼。他在信中尽情抒发自己的思乡之情，并向其恳切请愿。
如前所述，王琼深知阳明之才，他提拔任命阳明为军务提督，赐予阳明象征指挥权的旗牌以“便宜行事”。王琼又上疏朝廷，力排众议，让王阳明获得了一些特权。王阳明之所以甘愿剿匪，并大获成功，首先是心中怀有忠君爱国的至诚思想以及尽展才华的考虑，但其中多少也有回报王琼知遇之恩的因素。
正德十三年，在写给王琼的书信《上晋溪司马》（《王文成公全书》卷二十一）中，阳明毫不隐讳地讲述了福建驻军的不稳定状况和处理困难等问题。在这封书信的末尾，阳明向王琼表达了辞官之意，并恳求其在朝廷中为自己美言。其信中写道：
盖福建之军，纵恣骄骜已非一日，既无漕运之劳，又无征戍之役，饱食安坐，徭赋不及，居则朘民之膏血以供其粮，有事返借民之子弟而为之斗。有司豢养若骄子，百姓疾畏如虎狼。稍不如意，呼呶群聚而起，焚掠居民，绑笞官吏；气焰所加，帖然惟其所欲而后已。今其势既盈，如将溃之堤，岌乎汹汹，匪朝伊夕。虽有智者，难善其后，固非迂劣如守仁者所能办此也。又况积弱之躯，百病侵剥。近日复闻祖母病危，日夜痛苦，方寸已乱，岂复堪任！临期败事，罪戮益重，辄敢先以情诉。
伏望曲加矜悯，改授能者，使生得全首领，归延残息于田野，非生一人之幸，实一省数百万生灵之幸也！情蹙辞隘，忘其突冒，死罪死罪！
王琼看完王阳明呈给朝廷的奏折和写给自己的私信后，必定会被阳明言辞之间吐露的切切之情所打动。正如王阳明在信中所说，因为没有得到朝廷的允许，所以自幼丧母、由祖母抚养长大的王阳明最终也没能见到祖母最后一面。朝廷不允许阳明致仕，是因为贼匪未平。后来，平定贼匪之后，王阳明再次向王琼申请致仕返乡，希望能探望卧病在床的父亲龙山公，但王琼并没有做任何答复。
因此，王阳明于正德十四年再次写信给王琼（《王文成公全书》卷二十一），请求王琼帮忙。
生始恳疏乞归，诚以祖母鞠育之恩，思一面为诀。后竟牵滞兵戈，不及一见，卒抱终天之痛。今老父衰疾，又复日亟。而地方已幸无事，且蒙朝廷曾有“贼平来说”之旨，若再拘缚，使不获一申其情，后虽万死，无以赎其痛恨矣！
老先生亦何惜一举手投足之劳而不以曲全之乎？今生已移疾舟次，若复候命不至，断亦逃归，死无所憾，老先生亦何惜一举手投足之劳而必欲置之有罪之地乎？情隘辞迫，渎冒威严；临纸涕泣，不知所云，死罪死罪！
王琼之所以将王阳明的致仕请求压了下来，可能是他早已预见到即将发生的宸濠之乱。其实，王琼也能理解王阳明的心情，但为了江山社稷，只能把王阳明的私情放在一边。因为事实证明，能够很快地平定叛乱者，除阳明之外再没有更合适的人选。这也正是王琼信任王阳明并给予他极大的权限的原因。尽管两人从未谋面，但他们在国家大事上心有灵犀一点通。