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七月十三日，王阳明于吉安府兴举义兵，率领部队进攻南昌。当天，王阳明向南昌府奉新县、靖安县两位知县刘守绪、万士贤发出指令《行知县刘守绪等袭剿坟厂牌》（《王文成公全书》卷三十一），要他们赶在大军对南昌城发动攻击之前，各自率领精兵三千秘密赶到西山（南昌西边，与南康府交界）处会合，设下伏兵，合力围剿叛军。
王阳明特别交代，必须事先详细查看地势，把握时机，切不可为争功而分散力量，导致失败。王阳明交代刘、万二位探查清楚情势之后，应立刻急报他。阳明还提醒两位知县留下战功记录，以作为日后升赏依据。
王阳明之所以先行设下伏兵，是为了以后大部队攻城之际，防止敌军由小道偷袭，妨碍己方部队的行动自由。如果王阳明的作战计划在战场上一举奏效，那么进攻南昌城的难度就降低了不少。
此外，王阳明又下令江西省各府县的诸将务必在十五日率兵到达临江府清江县的樟树镇（丰城西南约三十公里）。王阳明自己则督率吉安府知府伍文定的兵士往樟树镇进发。
知府戴德孺由临江府前来，知府徐琏由袁州府前来，知府邢珣由赣州府前来，通判胡尧元、童琦由瑞州府前来，皆带了众多的兵马。
赣州卫署都指挥佥事余恩、吉安府通判谈储、吉安府推官王
和徐文英、临江府新淦县知县李美、吉安府泰和县知县李楫、吉安府万安县知县王冕、赣州府宁都县知县王天与、抚州通判邹琥、抚州府临川县知县傅南乔等，也率兵前来。
当所有部队都如期到达樟树镇时，王阳明本准备作为巡抚立于坛上发号施令，却积劳成疾病倒在床。为了振奋军心，王阳明写下一文，将知府伍文定、邢珣、徐琏、戴德孺四人召集到一起，传达自己的意思。《皇明大儒王阳明先生出身靖乱录》中有一句：“伍（军队）不用命者斩队将，队将不用命者斩副将，副将不用命者斩主将。”
王阳明接着又写道：“军中无戏言，此是实语，不相诓也。”
看完这篇文章，伍文定等人都咋舌惊叹。
十七日，病情稍有好转，王阳明便将全军分为十三支部队，其中七支部队（中军，第一至第五军及第七军）为进攻南昌城七道城门的正面进攻部队，剩下六支部队则作为夹击七门中四门的游击部队。王阳明还向各军的指挥官详细指示了进击路线和攻击目标等，发布了军令《牌行各哨统兵官进攻屯守》（《王文成公全书》卷十七）。
在军令的末尾，王阳明写道：
承委官员务要竭忠奋勇，擒剿叛逆，以靖国难。如或退缩观望，违犯节制，定以军法论处。军兵人等敢有临阵退缩者，就仰本官遵照本院钦奉敕谕事理，就于军前斩首示众。牌候事完日缴。
各部队的具体军令如下：
仰一哨统兵官吉安府知府伍文定，即统部下官军兵快四千四百二十一员名，进攻广润门；就留兵防守本门，直入布政司屯兵，分兵把守王府内门。
仰二哨统兵官赣州府知府邢珣，即统部下官军兵快三千一百三十余员名，进攻顺化门；就留兵防守本门，直入镇守府屯兵。
仰三哨统兵官袁州府知府徐琏，即统部下官军兵快三千五百三十员名，进攻惠民门；就留兵防守本门，直入按察司察院屯兵。
仰四哨统兵官临江府知府戴德孺，即统部下官军兵快，新、喻二县三千六百七十五员名，进攻永和门；就留兵防守本门，直入都察院提学分司屯兵。
仰五哨统兵官瑞州府通判胡尧元、童琦，即统部下官军兵快四千员名，进攻章江门；就留兵防守本门，直入南昌前卫屯兵。
仰六哨统兵官泰和县知县李楫，即统部下官军兵快一千四百九十二员名，夹攻广润门；直入王府西门屯兵把守。
仰七哨统兵官新淦县知县李美，即统部下官军兵快二千员名，进攻德胜门；就留兵防守本门，直入王府东门屯兵把守。
仰中军营统兵官赣州卫都指挥余恩，即统部下官军兵快四千六百七十员名，进攻进贤门；直入都司屯兵。
仰八哨统兵官宁都知县王天与，即统部下官军兵快一千余员名，夹攻进贤门；留兵防守本门，直入钟楼下屯兵。
仰九哨统兵官吉安府通判谈储，即统部下官军兵快一千五百七十六员名，夹攻德胜门；直入南昌左卫屯兵。
仰十哨统兵官万安县知县王冕，即统部下官军兵快一千二百五十七员名，夹攻进贤门；就把守本门，直入阳春书院（宁王朱宸濠的宫殿）屯兵。
仰十一哨统兵官吉安府推官王
即统部下官军兵快一千余员名，夹攻顺化门；直入南、新二县儒学屯兵。
仰十二哨统兵官抚州通判邹琥、知县傅南乔，即统部下官兵三千余员名，夹攻德胜门；就留兵防守本门，随于城外天宁寺屯兵。
中军和第一至第十二军，合计十三支部队，总兵员三万四千七百五十一人，与号称六七万之众的朱宸濠军相比，仅是朱宸濠军兵力的一半。
据东正堂说，明朝理学家陈几亭调查了此次战役的兵员数之后，不由得大吃一惊。在共约三万四千八百五十六人（与上面的兵员统计数据略有差异）的兵员中，除了屯守部队之外，于阵前杀敌的仅有一万四千人，而且这些人其后还攻陷了南昌城，生擒了朱宸濠。此役王阳明军阵亡者不过六十八人，王阳明的用兵实在是巧妙神速。
用东正堂的话来说，阳明先生总是能以寡兵立奇功。只要能有以寡兵取胜的对策，那么王阳明必定会选择以寡兵出战。但有时也会出现敌我双方的兵力、财力不相上下，必须出动大军的情况。韩信曾经对汉高祖说过“多多益善”，但这只是说韩信有合理运用大军的才能，并非凡事都要出动大军。楠木正成也很擅长用寡兵。我等后学，需学会用寡兵的功夫。（《阳明先生全书论考》卷十二《奏疏·公移二·江西书》）
此外，对南昌城发起总攻的前两天，也就是七月十八日，王阳明对城内的王族、军、官、民等发出《告示在城官兵》（《王文成公全书》卷十七），声明攻击的目标为发动叛乱的中心人物、叛乱主谋，而此举也是为了解救平日遭受朱宸濠虐政的百姓。告示中声明：总攻当天，王族相关者闭门留家，一般百姓则与平日一样生活，军兵应缴械归顺。告示还敦促相关负责人与具有身份地位之人投诚自首。
用东正堂的话来说，这篇告示不仅有安抚民心之效，同时还可防止城内军民自暴自弃、全民皆反。但人算不如天算，事情并未按王阳明的意愿发展。
平定叛乱后，王阳明才知道上述告示未能在总攻前发布到城内的相关者手里。原来南昌守城军的主谋们并没有接受王阳明的使者送去的告示。因此，正如随后将要讲述的，南昌城陷落时，宁王的眷族全都自焚而亡。入城之后，王阳明得知了此种情况，发出告示《牌行江西二司安葬宁府宫眷》（《王文成公全书》卷十七），下令依礼厚葬宁王眷属的尸骸。
在这篇告示中，对于王阳明写下的“虽宁王背逆，罪在不赦，而朝廷惇睦之仁，何所不至”一句，东正堂赞誉道：这是我见到过的最纯正仁义之师。
确定各军分掌之后，王阳明下令全军路经丰城，十九日于市汊（丰城北约二十五公里、南昌南约三十五公里处）集合。而在出发之际，又斩杀了数名不愿听从命令之人，以儆效尤。
但实际斩杀的，是之前跟随参政季敩前来说服王阳明投降朱宸濠的士兵。王阳明的权谋术数，总是这样超乎常人的意料。
如前所述，因为安庆城守备坚固，守军随机应变，朱宸濠虽然亲自指挥填埋壕沟，以期必克，但直到七月十八日，朱宸濠军都未能攻陷安庆城。
就在这时，南昌守军派出的信使赶到朱宸濠大本营，报告王阳明所率的大军已经抵达丰城，眼看就要攻到南昌城下，城中军民尽皆震骇，南昌守军请求朱宸濠火速分兵救援。
朱宸濠闻言大惊，打算立刻率全军返回南昌。李士实赶忙劝阻道：“若殿下一回，则军心离矣。”
朱宸濠却不肯答应，回答说：“南昌我之根本，如何不救？”
刘养正也说：“今安庆音问不通，破在旦夕。得了安庆，以为屯止之所，然后调集南康、九江之兵，齐救省城。官军见我兵势浩大，不战而退矣。”
朱宸濠睁大眼睛瞪着刘养正，斥责道：“汝家属受王守仁供养，欲以南昌奉之耶？”
二人乃不敢复言。朱宸濠与近侍产生隔阂，正是王阳明离间计的作用。
朱宸濠与近侍之间的上述对话，记录在《皇明大儒王阳明先生出身靖乱录》中。而从王阳明的胜利奏折《擒获宸濠捷音疏》（《王文成公全书》卷十二）来看，当时李士实等人虽劝阻朱宸濠说：“必须径往南京，既登大宝，则江西自服。”但朱宸濠并未理会，而是于次日解安庆之围，率兵停泊于阮子江上，先派遣两万水军回江西救援南昌，之后又亲率大军前往。
七月十八日，王阳明通过谍报得知，朱宸濠于南昌城外的新旧坟厂设下一千余名伏兵，当即派遣奉新县知县刘守绪率精兵四百余人走小路，对朱宸濠设下的伏兵展开夜袭，将其击败。朱宸濠的伏兵死伤众多，败残兵卒则全都逃回了南昌城。
十九日傍晚，王阳明率领全军一齐由市汊进发，二十日黎明，攻至南昌城下。王阳明严令：“一鼓附城，再鼓登城，三鼓不克，诛其伍，四鼓不进诛其将。”
因各军指挥官都知道王阳明军纪严明，听到鼓声，一齐率领部下高声呐喊，向前突进。
南昌城内虽然备有大量的各种武器，采取了严密的防御态势，但因坟厂伏兵的败残兵卒逃回了城里，声称王阳明的大军已经将城池团团围住，城内之人大为震骇，皆欲退避。
王阳明军趁着敌军出现动摇，大声呼喝，一齐进击。伍文定首先率领兵卒搭起梯子，攀登城墙。守城士兵见王阳明军士气旺盛，尽皆倒戈，狂奔败退。因此，城外王阳明军喊声震天，四方骚然。
王阳明军攻破城门，一齐突入，叛军士兵土崩瓦解，全军退散。就这样，固若金汤的南昌城陷落了。
南昌陷落，王阳明擒获了留守南昌的宜春王拱樤及其三子、四子和伪太监万锐等共千余人。宁王眷族百余人身处宫中，听闻事变，放火自焚而亡。宫中之火延至城内百姓家中。王阳明命各部分头灭火，抚慰居民，人心始定。火势稍息，伍文定等人前来参见王阳明，被抓获的叛军全都跪于堂下等候发落。王阳明将朱宸濠抢夺的大小卫所的印章和职印九十六枚押收府库，妥善封存。
此外，因受朱宸濠胁迫而听命的诸官，前布政使胡濂、前参政刘斐、前参议许效廉、前副使唐锦、前佥事顾凤，以及南昌府知府郑
同府知县何继周、通判张元澄、南昌知县陈大道、新建县知县郑公奇等都自首服罪。
《皇明大儒王阳明先生出身靖乱录》中记录了一首攻陷南昌时的诗文：“皖城方逞螳螂臂，谁料洪都巢已倾。赫赫大功成一鼓，令人千载羡文成。”