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蒙元时期，天下一统。蒙古人的铁蹄如飓风，横扫了亚欧大陆。成吉思汗及其子孙建立的政权是名符其实的征服王朝。蒙元帝国的疆域东起朝鲜半岛，西抵波兰、匈牙利，北至西伯利亚，南达爪哇中南半岛，总面积多达3400万平方公里。帝国的疆域相当辽阔，民族成分众多。元朝建立后，统治者将当时中国境内的居民分为四等：第一等是蒙古人，包括大漠南北诸部；第二等是色目人，包括最早被蒙古人征服并帮助蒙古人征服全国的我国西北地区及其以西的各族人，如畏兀儿、钦察等；第三等是汉人，包括淮河以北原金国境内的汉、契丹、女真等族以及较晚被蒙古征服的四川、云南（大理）人、东北的高丽人等；第四等是南人，包括最后被元朝征服的原南宋境内各族。元朝统治者将辖内居民类分的举措固然有他们的考虑，但这种带着民族歧视和民族压迫性质的分类客观上为元朝后期各种形式的起义埋下了祸根。
大多数学者倾向于认为，蒙古族起源于东胡。蒙古名称源自唐代室韦人的一支——蒙兀室韦。蒙兀室韦原居黑龙江上游、大兴安岭北端的也里古纳河（额尔古纳河）流域，大约在9到11世纪，其中的一部分逐渐西迁，到了斡难河（今鄂嫩河）、怯绿连河（今克鲁伦河）和土剌河（今土拉河）三河上源的不儿罕山（今肯特山）一带。西迁的蒙兀室韦有大大小小许多个氏族部落，这些氏族部落分为两个大支，即迭儿列斤蒙古和尼鲁温蒙古。迭儿列斤蒙古意为一般的蒙古人。尼鲁温蒙古意为出身纯洁的蒙古人，成吉思汗出生的孛儿只斤部就隶属于这一支。迭儿列斤蒙古和尼鲁温蒙古合称合木黑蒙古。在当时的蒙古高原，除合木黑蒙古外，还活跃着蔑蔑儿乞、塔塔儿、克烈、乃蛮等部。
11世纪末、12世纪初，蒙古草原上各部族间的兼并和联盟已经形成了规模。战争范围的扩大以及战争时间的延长使得独立的小氏族和部落越来越难以生存。经过剿灭、兼并、投靠、背叛等一次次的动荡和重组，至12世纪末，原来部落林立的蒙古草原上逐渐形成了分疆对峙的五大部落集团，即蒙古、塔塔儿、克烈、蔑儿乞、乃蛮。这五大集团拥有不同的依附势力，相互间征伐不断。此时与蒙古相邻的金朝国力已如日头临近西山，面对蒙古人的兼并与日盛，金朝统治者只能采取消极的戍边措施，无力拔兵进剿。这就给蒙古草原各部落集团间的进一步兼并提供了有利的外部环境。
1162年，孛儿只斤氏族的首领也速该喜得一子。恰巧他刚刚打败了塔塔儿部落的首领铁木真·兀格。也速该遂给他的儿子起名铁木真。铁木真就是那个日后建立起强大帝国的一代天骄成吉思汗。铁木真9岁时，父亲被塔塔儿人暗中用毒酒害死，原来与也速该结盟的泰赤乌奴隶主乘机夺走了也速该的部众，并遗弃了铁木真母子。为了避免泰赤乌贵族以及塔塔儿人的迫害，铁木真向父亲的义兄克烈部首领脱里罕寻求庇护，在脱里罕的帮衬下，铁木真渐渐显示了他的军事和政治才能。铁木真18岁时，三姓蔑儿乞人前来偷袭，俘虏了他的妻子和家人。铁木真大怒，在脱里罕和札只剌部贵族的支援下，他率军击败了蔑儿乞，夺回了妻子和被掠的家人。此一战，铁木真树立了声威。1189年，乞颜氏贵族推举铁木真为汗。铁木真力量的壮大以及聚众称汗引起了札只剌部野心勃勃的扎木合的仇视。扎木合联合塔塔儿、泰赤乌等13部攻打铁木真。这就是史书上记载的“十三翼之战”。“十三翼之战”是铁木真一生所经历的60余场战争中为数不多的一次失败。十三部的战争虽胜利了，但扎木合及泰赤乌首领的所作所为引起了部下的不满，不少小头领率族人归顺铁木真，铁木真的力量不减反增。接着，铁木真乘势发起了针对塔塔儿人的浯勒札河之战。蒙古部与塔塔儿部为世仇，铁木真的曾祖父俺巴孩汗、伯祖斡勤巴儿合黑都被塔塔儿人押送金朝处死，铁木真的父亲也是被塔塔儿人毒死的，1195年，塔塔儿部叛金扰边，金章宗派丞相完颜襄出兵还击。铁木真看到时机已到，1196年，他从脱里罕那里请到兵马，对塔塔儿给予致命一击。此战使铁木真成功为父祖复仇，金朝嘉奖了他，授予他官职。金朝还封脱里罕为王，从此脱里罕被称作王罕。战胜塔塔儿后，铁木真挥师剿灭了主儿乞部。1200年，铁木真与王罕联军大败赤乌部于鄂嫩河，同年于捕鱼儿海子（今贝尔湖）附近大败哈答斤等十一部联军。1201年，被击败的各路奴隶主们共推札只剌部的扎木合为“古儿罕”，但扎木合联军又被铁木真打得四处溃逃，铁木真统一了蒙古部。1202年，铁木真全歼塔塔儿残部。1203年，王罕与铁木真反目，先是王罕突袭铁木真，致使铁木真仓皇溃散，最后只剩19人跟随。后铁木真吃一堑长一智，利用王罕懈怠之际突袭王罕营地，以其人之道还治其人之身，克烈部终被灭。1204年，铁木真与乃蛮首领太阳汗激战于纳忽山（今鄂尔浑河以东土拉河西），乃蛮军溃败，太阳汗被擒，至此，铁木真完成了统一蒙古各部的大业。“蒙古”这一名称也成为原来蒙古草原各部的共同名称。
1206年，蒙古各部在斡难河源头集会，共推铁木真为全蒙古大汗，号“成吉思汗”（成吉思乃蒙古强大之意），建立“也可忙豁勒兀鲁思（大蒙古国）”。为了稳固并加强对新政权的统治，成吉思汗采取了一系列的措施。他首先在整个蒙古高原上进一步推行千户制。他把全蒙古部众以千户、百户、十户的形式组织起来，共划分出95个千户，然后封那些有功的臣僚为千户长、百户长、十户长，让他们世袭管理。千户制是一种将基本军事单位和地方行政单位融合为一体的组织。正如《元史》中所言：“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”。成吉思汗还将蒙古国的臣民当作家产以千户为单位分封给自己的母亲和兄弟子侄，分封给他的“黄金家族”。早在出征乃蛮前的1204年，成吉思汗就已经建立了被称为“怯薛”的护卫军。称汗后，他扩充了这支自己直接掌控的常备队伍。怯薛平时负责保卫大汗的金帐并分管些许汗廷事务，战时由大汗亲自统领作战。成吉思汗对护卫军人员的选拔要求非常严格，这一方面是为了他自己的安全；另一方面，从贵族子弟中选拔而来的这些人也充当着必要的“人质”的作用。通过护卫军，大汗可及时了解和控制分布在外地的各级臣僚，以使他们更加效忠于蒙古汗国。1202年，成吉思汗设“扎鲁忽赤”一职，“扎鲁忽赤”译为断事官，称汗后，他委任养弟失吉忽秃忽为大断事官。断事官根据蒙古社会的习惯法以及成吉思汗本人关于治理国家、训练军队、整顿社会秩序等的种种“训言”和“札撒”断事，并将处理过的事情记载于青册以备援引。所用文字是回鹘文字母拼写改造出的蒙古文，此文字乃成吉思汗打败乃蛮部后命其掌印官为蒙古部创立的。上文中的“札撒”意为蒙古贵族的命令，铁木真建立蒙古国后，他的诏令被称为大札撒。他命专人将他的一些诏令、训词记录下来，形成成文的大札撒，颁发给臣僚们遵守。通过以上种种措施，大蒙古国的统治制度得以建立和完善，大汗至高无上的权利也得到了巩固和保障。
图6-1 成吉思汗像
资料来源：中国国家博物馆编《中华文明：古代中国陈列文物精萃》，中国社会科学出版社，2010年，第648页。
蒙古统一后，为了获得更多的疆域和财富，为了满足内心膨胀不已的欲望，蒙古贵族们策马扬鞭，开始了对周邻民族的征服和掠夺。在其后的几十年里，成吉思汗及其继承者们率领他们不断壮大的队伍在广阔的亚欧大陆上尽情驰骋，一个又一个的城池被攻破，一场又一场的杀戮被上演，中国的历史、世界的历史似乎在错愕间就被改写了。纵观蒙古铁骑的对外扩张，从方向上来看，一是向南，一是向西。向南和向西的活动同时或交替着进行。南下的扩张，最终统一了中国，建立了空前规模的元朝；而西征的结果，逐渐形成了四大汗国。
成吉思汗的对外扩张首先指向南方。击败迫使蒙古各部称臣纳贡的金朝是他的目标。在此之前，他先消灭了阔阔出为首的萨满势力，又派大将哲别追击乃蛮部及蔑儿乞部的残余势力。再派长子术赤北征谦河（今叶尼塞河）上游诸部。为解除西面的牵制，1205至1207年间，成吉思汗两次攻打西夏。1209年，他第三次对西夏用兵，进逼西夏都城兴庆府（今宁夏银川市），迫使西夏主李安全纳女求和。此后蒙古侵金时多次调西夏兵从征。1218年，蒙古西征花剌子模，向西夏征兵，西夏拒绝，成吉思汗再派军击之。
1211年，成吉思汗亲率大军南下，展开与金朝的第一次大规模战争。1212年秋，成吉思汗率军围攻西京，全歼来援金军，但因围城时中流矢，故撤军罢兵。1213年，成吉思汗第三次伐金，迫使金宣宗献女求和，同年六月，金宣宗由中都（今北京）迁都汴京（今开封）。1215年，蒙古军进占中都。此后，成吉思汗将继续对金经略的任务交给木华黎，封其为太师国王。成吉思汗转而西征。乃蛮部太阳汗之子屈出律被蒙古军击败后，逃入西辽，取得了直鲁古汗的信任，娶汗女为妻。1211年，屈出律与花剌子模密谋推翻了直鲁古汗，篡夺了西辽政权。1218年，成吉思汗派大将哲别率军进击西辽，蒙古军很快便占领了西辽故地，杀掉屈出律。1219年，成吉思汗率20万大军攻打花剌子模。几年之间，蒙古大军击溃了花剌子模，损毁了中亚细亚多个城池，兵锋所及，南达印度河流域，西至里海西南岸一带。西征东还后，成吉思汗又投入到南下的战争中。1226年，他再次南下，准备消灭西夏后，直取金朝。春，蒙古军破黑水城；夏，取甘（今甘肃张掖）、肃（今甘肃酒泉）；秋，破西凉府诸县；冬，破灵州（今宁夏灵武）。蒙古军势如破竹，西夏都城中兴府（本为兴庆府，1209年改名）很快被围。1227年春，成吉思汗留一部分兵马攻击西夏都城，带另一部分兵马进攻金朝辖地。西夏军民死守中兴府，然而或许是命数尽矣，中兴府偏偏危急之时发生地震，府内渐粮尽兵乏、人心焦乱，半年后西夏灭亡，献城的西夏末代皇帝李睍被杀。被杀的李睍并不知晓，那个用兵如神的成吉思汗已先于他病逝。1227年春，西夏眼看就要灭亡，年老的成吉思汗挥兵向着他一贯的目标进发，金朝的灭亡似乎也指日可待了，但最终，他还是没能看到这一天。1227年七月，成吉思汗病逝在清水县（甘肃清水）他的军帐中。
成吉思汗的一生足以用波澜壮阔来形容。他的军事天赋无人比肩，他的戎马生涯鲜有败迹，他统领的蒙古军如上帝的鞭子抽在亚欧大陆上。亦怜真先生指出：“成吉思汗所建立的蒙古汗国不啻把蒙古社会送进了文明发展阶段，而且也把蒙古族送进广阔的文明世界中……这对蒙古族人民的历史命运有着无限深远的意义……成吉思汗建立蒙古汗国，这不只是蒙（古）族人民历史上影响深远的大事，也是我们祖国历史上的重要篇章。”（亦怜真：《成吉思汗与蒙古民族共同体的形成》，载《内蒙古大学学报（社会科学）》1962年第1期。）柏杨在《中国人史纲》中评价道：“铁木真是历史上最伟大的组织家及军事家之一，他在政治上和战场上的光辉成就，在20世纪之前，很少人可跟他媲美。铁木真胸襟开阔，气度恢弘，他用深得人心的公正态度统御他那每天都在膨胀的帝国，高度的智慧使他发挥出高度的才能。”
成吉思汗死后，暂由幼子托雷监国。1229年，遵照成吉思汗死前遗嘱，诸王在大斡耳朵集会，推举窝阔台为大汗。窝阔台在位13年，1241年，在西征途中病逝。窝阔台死后，成吉思汗家族内部发生争夺汗位的矛盾，经过五年的汗位空置以后，窝阔台之妻脱列哥那皇后利用其摄政的地位立其子贵由为汗，仅三年后，贵由去世。黄金家族内部再次陷入汗位纷争。后窝阔台系败于拖雷系，拖雷之子蒙哥于1251年即汗位。1259年，在围攻合州（重庆合川）的战役中，蒙哥汗被流矢击中，死于军中。蒙哥死后，两个弟弟忽必烈和阿里不哥争夺汗位。两人分别自立为汗。1261年，经昔木土脑儿（今蒙古苏赫巴托省南部）一战，阿里不哥兵败北逃，1264年，阿里不哥投降忽必烈，忽必烈最终依靠中原地区地主阶级的支持成功夺得了汗位。忽必烈即位后，仿汉制建立政权，1264年，为了便于对中原的统治，他将统治中心由开平迁至燕京（金中都，金亡后称燕京，今北京）。1269年，颁布了八思巴创制的蒙古新字，八思巴即为下文提到的萨迦班智达贡嘎坚赞的侄子。1271年，忽必烈遵照中原之传统，改大蒙古国国号为大元，元朝正式开始。
窝阔台时期，蒙古的对外军事活动继续发展。蒙哥时期和忽必烈时期虽然都经历了争夺汗位的内讧，但政局稳定后，他们对外的军事活动也开展起来。成吉思汗没有完成的目标，由他的继承者们一一实现。
灭金朝。成吉思汗时期就曾多次袭击金朝。从1230年开始，窝阔台汗再次率军征金。1232年，在钧州（今河南禹县）以南的三峰山一役中，蒙古军大败金军主力，金军主将完颜合达战死。1233年正月，金哀宗逃亡，蒙古军攻占金朝都城汴京。1234年正月，蒙古和南宋联合出兵哀宗困守的蔡州，城破，金哀宗自杀，金亡。
招抚吐蕃。窝阔台子阔端的封地在原西夏地区，1239年，他派部将朵尔达率兵入侵吐蕃地区，直至拉萨东北。1244年，阔端遣使入藏，召请藏传佛教萨迦派首领萨迦班智达商讨吐蕃地方归顺蒙古事宜。1246年，萨迦班智达偕两个侄子恰那多吉和八思巴到凉州。1247年，与阔端会面，议定吐蕃归顺条件。萨迦班智达代表各教派首领和地方首领正式归附蒙古，从而确定了蒙古对藏区的统治地位。
灭大理。1253年，蒙哥汗遣其弟忽必烈率军征大理。蒙古军绕道吐蕃，入云南，攻破大理城。大理王段兴智逃亡。1254年，又破善阐（今昆明），俘获大理王，大理政权灭亡。
灭南宋。蒙哥汗1256年开始攻宋。1258年，东线忽必烈突破了长江天险，直逼鄂州，西线攻入了四川，但蒙哥汗进攻合州时，合州守将王坚拒绝招降，并率军民据守，蒙古军连克数月不下，倒是蒙哥汗中流矢而死，蒙古军全线撤退。忽必烈即位后，于1267年开始攻宋。1273年，经过六年的围攻，蒙古军攻占了樊城，招降了襄阳，从而粉碎了南宋在长江中游的屏障。蒙古军进一步控制了四川。1274年，忽必烈以伯颜为统帅，命南宋降将刘整、吕文焕为先锋，水陆并进，大举南下。长江两岸州池纷纷投降。1276年初，蒙古军攻抵南宋都城临安（今浙江杭州），南宋皇室宋恭宗赵显投降。此后，宋将张世杰、文天祥、陆秀夫、李庭芝等继续率部抵抗。但终因寡不敌众，纷纷被击败。1279年，陆秀夫抱着新立的皇帝卫王赵昺投海自尽，南宋亡。元朝统一了全中国。
西征。1219年至1223年，成吉思汗曾第一次西征。1236年，窝阔台汗大会诸王，命诸王派各长子西征钦察、斡罗斯（今俄罗斯）等国，由成吉思汗长子术赤之次子拔都做统帅，史称这第二次西征为“拔都西征”或“长子西征”。1236年，蒙古军征服不里阿耳部落（今伏尔加河上游一带）。1237年，征服钦察人（伏尔加河下游）。1240年，征服斡罗斯（今俄罗斯）。随后继续西进，入侵波列儿（今波兰）、马扎儿（今匈牙利），直至进军至维也纳附近时，传来窝阔台汗逝世的消息，拔都才下令回师。1252年，蒙哥汗命其弟旭烈兀第三次西征。1257年，蒙古军灭木剌夷国。1258年，攻下阿拔斯王朝（黑衣大食）的都城报达（今伊拉克巴格达）。前文已提到，成吉思汗建国后将人口以家产的形式分封给他的兄弟子侄，不仅如此，分给人口的同时还封予土地。成吉思汗的三个儿子术赤、察合台、窝阔台的封地在阿尔泰山及其迤西地区，随着一次次西征，三人的封地不断扩大，形成三大汗国，而拖雷第三子旭烈兀西征后也建立了一个汗国，如此便形成了蒙古四大汗国。四大汗国最初都还是大汗统一政权管辖下的附属国，但后来慢慢脱离大汗发展成独立汗国。
钦察汗国：成吉思汗长子术赤及其后裔的封国。术赤次子拔都西征后建立。其领地东起额尔齐斯河，西至多瑙河，南起高加索山，北括斡罗斯。都城建于伏尔加河下游一带的萨莱（今俄罗斯阿斯特拉罕附近）。因拔都的大帐使用的是金顶，故钦察汗国也被称作“金帐汗国”。钦察汗国是当时东西文化交流的重要纽带和商业贸易中心。
察合台汗国：成吉思汗次子察合台的封地。初领有西辽故地，包括天山南北路及今阿姆河、锡尔河之间的地区，后有所扩展，最盛时东至哈密、西至阿姆河、北至塔尔巴哈台山、南越兴都库什山，包括了河中和楚河、伊犁河流域及今我国新疆大部分地区。察合台设帐于阿力麻里（今新疆霍城西）。
窝阔台汗国：成吉思汗第三子窝阔台的封地。领有额尔齐斯河上游及巴尔喀什湖以东地区，大约相当于乃蛮旧地。建都叶密立（今新疆额敏县）。蒙哥汗时期和忽必烈时期，窝阔台汗国遭分割、归并。
伊儿汗国：成吉思汗之孙拖雷之子旭烈兀的封地。其疆域东起今阿姆河，西至地中海，北自高加索，南抵印度洋，包括了今伊朗、伊拉克、阿富汗等地。伊儿汗国是沟通欧亚两洲经济文化的重要交通枢纽之一，也是欧亚文化荟萃之地。旭烈兀建都于篾剌哈（今伊朗阿塞拜疆马腊阁）。长子阿巴哈即位后定都桃里寺（今阿塞拜疆大不里士），以篾剌哈为陪都。
忽必烈建立元朝后，蒙古统治阶级内部的斗争和矛盾依然延续，东北部成吉思汗幼弟铁木哥斡赤斤的后裔乃蛮反叛，西北部窝阔台的孙子海都接连举兵。直到忽必烈去世成宗铁穆耳即位后，海都之乱才得以平定。忽必烈时，虽内战连连，但也对高丽、日本、安南、占城、缅甸、爪哇等地发动了对外战争。1294年忽必烈卒，忽必烈的两个孙子甘麻剌与铁穆耳争权，大将伯颜拥护铁穆耳，最终铁穆耳立，是为成宗。成宗无嗣，1307年卒后，安西王忙哥剌之子阿难答与怀宁王海山争权。海山的弟弟爱育黎拔力八达杀了拥立阿难答的皇后和左丞相，海山即帝位，为武宗。武宗立弟弟爱育黎拔力八达为皇太子，约定兄弟叔侄世代相承。1311年，武宗死，爱育黎拔力八达即位，是为仁宗。仁宗背弃约定，立自己的儿子硕德八剌为皇太子。1320年，仁宗卒，硕德八剌立，为英宗。1323年，英宗被朝臣谋杀，晋王也孙铁木儿立，为泰定帝。泰定帝死后，内讧再起，朝野出现了文宗图帖睦尔与天顺帝阿速吉八并立的局面。天顺帝政权仅一个月后便匆匆灭亡。1329年，武宗之子和世瓎在和林之北自立为明宗。文宗表示让位，但几个月后，明宗暴毙。文宗复位。1332年，文宗死后，明宗次子仅7岁的懿璘质班即位，为宁宗。一个月后，宁宗病逝。其兄明宗之长子妥欢贴睦尔立，是为顺帝。1368年，明军北伐，顺帝从大都北遁，元朝就此土崩瓦解。元顺帝北逃后，蒙古贵族仍保有其政权，历史上称为“北元”，直到1635年才为后金所灭。纵观元世祖忽必烈之后的元朝政局，皇位的争夺成为经常现象，且愈演愈烈。仅1308年到1333年的25年间，便先后有8位皇帝即位。元朝的皇位争夺恰好应和了朝野上主张实行汉法与反对实行汉法的两派势力之间的斗争，这些皇室和朝野之上的斗争此起彼伏，使得元朝的统治震荡不止。又加之，元朝实行带有民族压迫、民族剥削性质的四等人制度，致使汉族人民常常发动反压迫反剥削的群众起义，元朝的灭亡就这样很快到来了。元朝境内的蒙古人虽贵为一等人，但大部分蒙古人的日子也并不好过，毕竟享受特权的只是少数的蒙古贵族，对于大多数蒙古人来说，他们面临的是兵役和站役的沉重负担。上文提到，元代北方诸王叛乱频繁，元朝发动了对日本、东南亚等国的战争，中原地区又须遣重兵镇守，因此，蒙古部落兵役繁重。另外，元朝为加强对西北地区及蒙古地区的统治，设置了多处完善的驿路，蒙古族底层民众又必须不断地服站役。
图6-2 元·八思巴文虎符圆牌
资料来源：甘肃省博物馆编《甘肃省博物馆文物精品图集》，三秦出版社，2006年，第262页。
蒙古人从北方草原发迹，一路经历无数的战争，最终在中原地区建立了元朝，在西方建立了蒙古汗国，他们的政治影响可谓深远。随着战争的进行和统治范围的扩大，蒙古人接触了各地的文化，他们的文化也在借鉴和吸收异文化的过程中进一步繁荣起来。蒙古最初建国时使用畏兀儿体蒙古文，当时主要用这种文字书写公文、信件、玺书、碑刻、牌礼等。蒙古族的第一部历史、文学巨著——《蒙古秘史》（《元朝秘史》）也由畏兀儿体蒙古字写成。这部具有极大史料价值的著作以古代蒙古人世代相传的口述故事为蓝本，记叙了蒙古草原上12世纪以前发生的种种事迹，其中包括成吉思汗先世的传说、成书时蒙古社会的生活状况、成吉思汗的政治军事活动等。忽必烈时，令吐蕃喇嘛八思巴制蒙古新字。八思巴领命，历十年，字乃成。因此蒙古新字俗称“八思巴字”。新字由梵藏字母演化而来，共42个字母，《元史》记载：“其相关纽而成字者，则有韵关之法；其以二合、三合、四合而成字者，则有语韵之法；而大要则以谐声为宗。”新字主要用于官方文书或官方造发的印篆、牌符、钱钞等方面，而畏兀儿体蒙古字仍在民间通行。
13世纪，蒙古人在世界政治舞台上异军突起。从1219年成吉思汗西征，到1258年其孙旭烈兀攻破报达（今伊拉克巴格达），蒙古军队先后征服了中亚和西亚许多信仰伊斯兰教的民族。西征使得东西交往的通道大开，大批阿拉伯、波斯和伊斯兰化的突厥人以工匠、军士等身份随蒙古人进入中国。由于这时期的海上交通也很发达，因此也有不少穆斯林从海上来华，他们中除了阿拉伯和波斯商人、传教士，还包括一些来自南亚、东南亚及非洲的穆斯林。元朝时，人们把这些从世界各地来华的穆斯林都称为回回人。唐宋时期来华的“蕃客”“胡商”的后裔也融入到回回人的大家庭中。
从元代回回人的组成来看，大部分是阿拉伯人、波斯人和伊斯兰化的突厥人。来华的阿拉伯人和波斯人中，军士、商人、传教士较多。来华的伊斯兰化的突厥人则主要包括哈喇鲁人、阿儿浑人、康里人、钦察人以及西辽地面的其他突厥人。除了阿拉伯、波斯人和突厥诸族的穆斯林，元代回回人还融合了境内其他一些信仰伊斯兰教的人，如占城回回以及南亚回回等。另外，一些非穆斯林族群的人也有融入元代回回中的，例如阿速人、术忽回回、啰哩回回等。
元朝时大批的回回军士被编入战时出征、平时屯聚牧养的“探马赤军”。元世祖时将大部分探马赤军改为就地入社实行农垦的农民，另一小部分回回军士则为兵农合一的屯戍者。回回军士就地安置聚居以后，便形成了回营和回村。屯聚、屯戍的回回军士遍及全国各地，加之回回商人、教士等的频繁迁徙，使得回回聚居地也遍及全国各地。西北，回回人主要分布在河西走廊一带。西南，回回聚居的重点区域是昆明和大理。中原一带的回回则以山东、河南最多。江南也有不少回回，如杭州、泉州等地。
1235年，窝阔台汗推行了“乙未籍户”。户籍制度是中原王朝征收赋役的凭据，也是对辖内臣民行使统治权力的标志。南北朝以来，此制度逐渐推广，窝阔台汗时，北方统一后出现了相对的稳定，蒙古人便承袭前制，也开始订立户籍。“回回户”等名称首见于蒙哥二年的“壬子籍户”。回回入户在回族形成过程中是件历史性的大事。它标志着蕃客地位的结束。自唐初中亚、西亚的穆斯林最早入华，此后的五六百年间，穆斯林东来不断，在华的穆斯林也成倍翻长，有的甚至还中举为官，但在唐宋政府和华人的心中，他们依然是“胡商”“蕃客”，依然有着外国人的身份。而从蕃客到回回户的转变，则意味着回回已正式成为当时中国民族大家庭中的一员。回回户的确立有利于并客观上使得回回民族共同体逐渐形成、发展。中华各民族的民族成分历来都是多元的，回族的形成过程中也发生着一次又一次的民族组合。官方认定的某一名义下，这些组合变得顺其自然、顺理成章。
回回属于元朝四等人制度中仅次于蒙古人的第二等人，他们曾在蒙古统一和对外扩张的诸多战争中立下战功。1203年，铁木真在兼并蒙古各部落的过程中，遭到克烈部王罕的伏击，双方战于合兰真沙陀之地（今内蒙古东乌珠穆沁旗北），铁木真军溃散，最后从行者只剩下19人。行至班朱尼河（今克鲁伦河上游）附近，不得已煮野马来充饥。《元史》记载此时的铁木真举手仰天而誓：“使我克定大业，当与诸人同甘苦，苟渝此言，有如河水。”同饮班朱尼河水者可以算得上是开国功臣，而这19人中，有回回人三名。由此也可以看出，当时在漠北的回回人数量应不在少数，他们或者经商，或者以武士的身份效力于各部首领。回回多来自中亚和西亚的伊斯兰国家和民族，他们的迁徙和游历使他们具备了丰富的地理学知识。较之漠北的蒙古人，他们对世界的认识要深刻得多。因此，有不少回回人利用他们的见识为蒙古人充当着使臣。在蒙古统一后的南攻和西征中，回回人也有着不俗的表现。1211年，蒙古人伐金，攻入居庸关，金人被迫迁都汴京，此役中回回人札八儿火者奋勇当先，众人莫能与之争锋。《元史》记载，成吉思汗进入中都地区后，对左右的近臣说，“朕之所以至此者，札八儿之功为多”。蒙古人发起全面灭金的战争时，回回人曷思麦里跟随窝阔台征汴京，他战功卓著，击退了金军强元帅部，还曾招降军民上万人。蒙宋战争中，札八儿火者之子阿里罕跟随蒙哥攻打蜀地，官至兵马都元帅。蒙古人西征占领了大片土地、多处城池，这些地方的民事管理大多由回回人来负责。回回人牙剌瓦赤父子作为蒙古大汗委任的代表，在河中地区主持民政半个多世纪，他们在制定休养生息政策、发展社会经济等方面，做出了很多努力。牙剌瓦赤父子还在蒙哥汗争夺汗位的斗争中起到了重要的作用。蒙哥即位后，重用回回人，命牙剌瓦赤为燕京行尚书省，负责民政、财政等事务。又以牙剌瓦赤子马思忽惕为别失八里行尚书省事，另启用暗都剌兀尊、阿合马、也的沙等回回人辅佐之。元世祖忽必烈时，回回人的政治势力更加攀升。忽必烈登基之初就选用回回人祃祃为丞相。祃祃执政期间挑选了大批汉儒和其他民族知识分子入行中书省工作，他除旧弊、立新条，正式推行钞法，为恢复经济、安定社会做出了贡献。
元世祖时，回回人中还出现了一位杰出的政治家。他便是赛典赤·赡思丁。赛典赤·赡思丁出生于中亚布哈拉，1221年随父亲归附成吉思汗，成年后先后从军参政。《元史·赛典赤赡思丁传》（以下简称为《赛传》）云：“赛典赤·赡思丁一名乌马儿，回回人，别庵伯尔之裔。其国言赛典赤，犹华言贵族也。太祖西征，赡思丁率千骑以文豹白鹘迎降，命入宿卫，从征战，以赛典赤呼之而不名。"1264年，忽必烈置陕西五路西蜀四川行中书省，命赛典赤出任陕西四川行省平章政事。世祖设置该行省，主要为灭南宋做准备。赛典赤深知世祖用意，《赛传》记载：“（赛典赤）蒞官三年，增户九千五百六十五、军一万二千二百五十五、钞六千二百二十五锭、屯田粮九万七千二十一石，撙节和买钞三百三十一锭。中书以闻，诏赏银五千两，仍命陕西五路四川行院大小官属并听节制。”陕西得治，蒙古军进攻南宋所需的物质条件便得以保证。赛典赤还是位非常尊重和认真学习汉文化的回回上层官僚。陕西任上，他积极兴办学校，专门拨给木材、砖瓦等材料，对宣圣庙专门进行重修。1274年，赛典赤调任云南行省平章政事。《赛传》记载，（至元）十一年，帝谓赛典赤曰，“云南朕尝亲临，比因委任失宜，使远人不安，欲选谨厚者抚治之，无如卿者”。《赛传》又云：“（赛典赤受命后）即访求知云南地理者，画其山川城郭、驿舍军屯、夷险远近为图以进。”在滇五年，赛典赤为政举措主要有几点。他首先理顺了辖内各行政机构，将实权集于行省。后兴修水利开展屯田。又统一赋税，推广文治，兴办学校，改善各民族间的冲突关系以及与邻国的关系。他还改革了云南当地的民俗，《赛传》中记载：“云南俗无礼仪，男女往往自相配偶，亲死则火之，不为丧祭。无秔稻桑麻；子弟不知读书。赛典赤教之拜跪之节，婚姻行媒，死者谓之棺槨奠祭，教民播种，为陂池以备水旱，创建孔子庙，明伦堂，购经史，授学田，由是文风稍兴。”赛典赤的政绩得到了当时世祖的高度肯定，各种中外史料中也记载了不少对他的赞美之词。赛典赤的长子纳速刺丁继承父志，1284年升任云南行省平章政事后，对行省工作多有改进。他设立云南诸路提刑按察司来清理积察和纠察官吏，改进税制，建立军屯，禁放高利贷，作为不输其父。纳速刺丁任上，云南农业、商业、手工业等都有发展。1291年，他又调任陕西行省平章政事。除了赛典赤父子，赛典赤家族还有不少在元朝担任要职者，如任元中书省平章政事的还有伯颜、伯颜察儿；任行省长官的还有忽辛、马速忽、乌马儿、忽先等。
元世祖时除了重用赛典赤家族为其理政，也重用回回人阿合马为其理财。1264年赛典赤出任陕西五路西蜀四川行省平章，在他的帮助下，阿合马得以执掌全国财赋。阿合马是中亚费尔干那盆地忽阐河（今锡尔河）畔费那喀忒城（今乌兹别克斯坦塔什干西南）人，初，他效力于蒙古弘吉剌部，接着在忽必烈潜邸为顺圣皇后服务，后被忽必烈器重。阿合马为元朝理财近二十年，他以清理户口、推行专制制度、发行交钞等方式增加了国库收入，使得忽必烈赖以平定叛乱，灭亡南宋，实现全国的统一。但他的敛财手段非常残酷，加之他在位后期多以权谋私，任用私党，打击迫害异己，并乘机大发横财，致使朝廷内外多有怨言。《元史·阿合马传》记载：“阿合马为人多智巧言，以功力成效自负，众咸称其能。世祖急于富国，试以行事，颇有成绩。又见其与丞相线真、史天泽等争辩，屡有以诎之，由是奇其才，授以政柄，言无不从，而不知其专愎益甚矣。”又云：“时阿合马在位日久，益肆贪横，援引奸党郝祯、耿仁，骤升同列，阴谋交通，专事蒙蔽，逋赋不蠲，众庶流移，京兆等路岁办课至五万四千锭，犹以为未实。民有附郭美田，辄取为己有。内通货贿，外示威刑，廷中相视，无敢论列。"1282年，武官王著联络僧人高和尚，趁世祖北往上都，假传太子之命召唤留守大都的阿合马，然后设计将其刺杀。
世祖末年，财政状况不佳，忽必烈起用赛典赤·伯颜来管理财政。赛典赤·伯颜原名阿不一别克儿，他是赛典赤·赡思丁的孙子、纳速剌丁的长子。成宗即位后，伯颜更加受到重用。他在汉人梁暗都剌的辅助下，劝止成宗减少赏赐，采取积极措施防止财政恶化，史书称成宗为垂拱而治，善于守成，这其中应有伯颜一份政绩。成宗死后，阿难答与海山争帝位，伯颜支持的阿难答一派最终失败，伯颜被诛杀。武宗击败阿难答登基后，对回回官员多有排斥。回回人在朝廷中的政治地位从此下降。
元以前的回回先民多为商人、使臣、传教士，他们多集中于沿海城镇和中原大都市，从事农业生产者很少。元朝中期以后，由于探马赤军就地改编等，回回人中从事农业生产的人数已占相当的比例。回回人的宗教文化和世俗文化较为发达。回回人从他们的故地带来许多关于天文学、数学、医学、植物学等的宝贵知识，带来许多中国原来没有的植物品种，传入许多关于纺织、酿造、建筑等的技术。元朝设置了专门的回回天文机构——回回司天台，回回人扎马鲁丁撰写了著名的《万年历》，还制作了天仪等天文仪器。元朝的太医院下设有大都回回药物院、上都回回药物院以及使用回回药剂为将士治疗的广惠司。回回人的聪明和勤苦，使他们来到中土后很快掌握了汉语和华夏固有文化，他们中还涌现了不少使用汉文创作的诗人、曲家、史家、画家等。萨都剌是著名的诗人，“玉树歌残秋露冷，胭脂井坏寒螀泣”的词句流传至今。高克恭是大画家，擅长山水画，兼工墨竹，代表作为《云横秀岭图》《春山晴雨图》《墨竹君图》等。回回人马九皋为元曲八大家之一，名声可与关汉卿比肩。大学问家赡思，博极群籍，通经、史、天文、水利之学，且著述极丰。
蒙元时期称回鹘为畏兀儿。高昌回鹘王国原是西辽的重要属国之一。西辽末年，西辽统治者对高昌回鹘的政治压迫和经济剥削异常严重。1209年，高昌畏兀儿亦都护巴而术阿而忒的斤处死了欺凌畏兀儿人的西辽监国，有意倒向蒙古。1210年，成吉思汗派使者出使高昌，第二年，巴而术阿而忒的斤到克鲁伦河畔觐见成吉思汗。成吉思汗盛情招待了他，从此高昌回鹘成为蒙古的属民。巴而术阿而忒的斤多次率部参加蒙古军的征战，他死后，后裔世袭亦都护之职，并由蒙古大汗和后来的元朝皇帝册封。高昌回鹘曾在蒙古的统一大业扮演了重要的角色。1219成吉思汗率军西征，畏兀儿亦都护率军万人前往相助。1223年，成吉思汗用兵西夏，亦都护亦率兵援助。此后，成吉思汗又在天山南北、阿姆河和锡尔河流域、河西等地发起战争，高昌亦都护率领的畏兀儿军都表现抢眼，成吉思汗曾以“纪律严明，所向克捷”的话对其加以赞赏。成吉思汗晚年将领土分封给兄弟子侄，但他允许高昌回鹘亦都护沿袭旧号，保留原统治区域，蒙古人只派“达鲁花赤”对回鹘地区进行监督。萨伦的斤为亦都护时，由于亲近窝阔台系，曾遭到蒙哥汗诛杀。蒙哥汗另立萨伦的斤的弟弟玉古伦赤的斤为亦都护，并在别失八里设置“行尚书省”，以加强对畏兀儿地区的控制。蒙哥汗攻打四川时，玉古伦赤的斤的儿子马木剌的斤从征，他领探马赤军万余人，在攻打合州钓鱼山时立下战功。13世纪60年代后，天山南北的局势大变，察合台和窝阔台的子孙们将畏兀儿居住地当成对抗元世祖忽必烈的大后方，因此，天山南北战事迭起，兵祸连连。1266年，忽必烈任命畏兀儿亦都护马木剌的斤的儿子火赤哈儿的斤继任高昌亦都护，令其抵御反对派海都和笃哇（察合台孙），又在和阗设“忽丹八里局”，并派官吏入驻。1270年，海都突袭畏兀儿地区，忽必烈的军队与海都军激战别失八里，此战中，吐鲁番一地的畏兀儿为元军提供了军粮一万石大米。1275年，西域形势又起剧变，察合台汗国的笃哇和海都突然率大军围攻畏兀儿地区的重要城市火州。此时，忽必烈正忙于南下灭宋，无暇西顾。紧要关头，亦都护火赤哈儿的斤率领军民奋起抵抗，他死守火州城半年而不降。战后火赤哈儿的斤前往元廷觐见世祖，忽必烈妻以巴哈儿公主嫁之，又赐钞十万锭安济百姓。火赤哈儿的斤回到火州后，将统治中心迁往哈密。后海都军又来犯，火赤哈儿的斤因兵力不足，最终战败被杀，哈密陷落。火赤哈儿的斤的儿子纽林的斤当时尚小，率部退守甘肃永昌堡。纽林的斤在永昌建立起幕府，他曾前往元大都（北京）请兵为父报仇。元世祖将太宗窝阔台的孙女嫁给他，令其在河西等候。元朝灭南宋后，腾出了余力，随即派军队开赴西域。1280年，元朝在别失八里置北庭都护府。又置从太和岭到别失八里的三十处驿站，并派宣慰使常驻别失八里。1285年，元朝设大都护一职管理畏兀儿事务，又在别失八里置驿站。《永乐大典》中记载，“立别失八里站赤，置马六十匹，牛、驴各二十五只，岁支首思羊一百口；解渴酒一千五百升。各给价钱备买，仍与钞六百锭，规运自息钱，以供后来之费。”虽然元朝不断向天山南北增兵、派设机构，但畏兀儿地区并未获得安宁。海都、笃哇的力量依旧一次又一次入侵天山南北。1289年，元朝被迫撤销置于和阗的“斡端宣慰使元帅府”。1304年，元朝的西北军退屯哈密和河西一带，畏兀儿地区的中心要地别失八里以及哈喇和卓被察合台汗国吞并。1314年，元朝把纽林的斤从甘肃永昌堡召回至失而复得的哈喇和卓，嗣为亦都护，令其官署畏兀儿旧部。1316年，元仁宗封纽林的斤为高昌王。1320年后，元朝与察合台汗国达成协议，元军退回合迷里（今哈密）。察合台汗国很快分裂为东察合台汗国和西察合台汗国，畏兀儿地区又为东察合台汗国所辖。
蒙元时期，诸王在畏兀儿地区接连用兵，连年战乱对当地社会经济和文化的发展造成了不利的影响。但这一时期高昌回鹘王国的政体还算是稳定的，最高统治者均出自与蒙古统治者关系密切的同一家族，这有利于畏兀儿地区社会制度原有结构的保持。当时畏兀儿地区主要的大城市是火州、别失八里和哈密。整个吐鲁番地区的经济以农业为主。农业生产中，葡萄的生产规模最大，以葡萄为主要原料的葡萄酒的生产也很发达。《元典章》记载，1294年，“押纲葡萄酒驮色目人员，通起马一百一十一匹”，此乃葡萄酒大量东运的例子。手工业生产中，有一个名叫“纳失失”的织锦产品名声远扬，它在元朝最高统治阶层使用的衣料中不可或缺。蒙古人不仅喜欢畏兀儿人酿造的葡萄酒、纺织出的“纳失失”，他们还接受了畏兀儿人的文字。这在我国历史上是一件影响深远的事情。回鹘文为蒙古人所用，加速了元朝当时社会文化的发展，对将来以蒙古文为基础创制文字的满族、锡伯族也影响巨大。1204年，成吉思汗俘获了乃蛮的掌印官畏兀儿人塔塔统阿。此人聪慧异常，善言论，精通回鹘文，曾职掌乃蛮太阳汗的金印及乃蛮钱谷事务。被擒后，成吉思汗知其精通回鹘文，令其教授诸王及太子，从此，回鹘文成了蒙古人使用的文字。蒙古统治者下令将有关的札撒和律令都用畏兀儿体蒙古文记录在卷帙上，汗国的符牌印玺也用此文字篆刻。蒙古人第一部史学名著——《蒙古秘史》，也由畏兀儿体蒙古文写就。
蒙元时期，许多畏兀儿人进入元朝中央或各级地方政府中为官做事，他们中较有名的有高昌亦都护、孟速思、小哥云石脱忽怜、哈喇亦哈赤北鲁、偰氏、布鲁海牙、阿里海牙、塔塔统阿等族，其中担任过朝廷宰相者就有20多人。高昌王纽林的斤的长子帖木儿补花，曾娶阔端太子的孙女朵儿只思蛮为妻，他在元朝中央任中奉大夫职，遥领亦都护事。1321年，领甘、肃诸军，后官至元朝中央开府仪同三司、上柱国录军国重事、知枢密院检事、中书左丞相、太子詹事、御史大夫等。布鲁海牙先世为高昌贵族，后归附成吉思汗。他原为忽必烈之母唆鲁禾帖尼的家臣，专管燕京等地的军民匠户。不久升任真定路达鲁花赤，后又任燕南诸路廉访使、顺德等路宣慰使等职。元成宗大德年间赠仪同三司、大司徒，封魏国公，赐谥号“孝懿”。布鲁海牙为官清廉，且汉化很深，他以其官职“廉访使”为子孙取汉姓“廉”。布鲁海牙之子廉希宪19岁时入侍忽必烈，开始其为官生涯。他后来与畏兀儿人昔班、阿里海牙等人一起形成一个足以左右朝政的畏兀儿集团。廉希宪一直受忽必烈恩宠，宪宗死后，忽必烈与阿里不哥争位，《元史》记载，廉希宪向忽必烈秘密进言，“先发制人，后发人制。天命不敢辞，人情不敢违。事机一失，万巧莫追”。忽必烈听从他的建议，在与阿里不哥的争斗中占据主动地位，并最终夺得帝位。事成后，廉希宪一路官至一品中书平章政事。他提出的“以汉法治汉地”的政治主张后来成为元朝最重要的国策之一。布鲁海牙的孙子、廉希宪之子——廉惠山海牙是有名的翰林学士，他曾参与修辽、金、宋三史，并且是名列首位的《辽史》纂修官。名列首位的《金史》纂修官是畏兀儿人沙剌班，岳柱、全普俺、撒马笃等人参加了修《宋史》的工作。畏兀儿人阿里海牙初投蒙古大将不怜吉带，后为忽必烈王府宿卫士，在蒙古人攻克南宋的襄阳之役、樊城之役、江陵之役以及戍守鄂州的战事中，他累立军功。阿里海牙之孙贯云石原名“小云石海涯”，因其父名贯只哥，便以贯为姓。他是元代最著名的散曲作家之一，所创作的曲调经传人加工，演变为著名的“海盐腔”。元时畏兀儿偰氏一家是有名的书香门第，家中先后有九人考取了进士。安藏是元朝重要的翻译家，曾任翰林学士知制诰，他精通儒释典籍，译《申鉴》《贞观政要》等书，又将《尚书》《本草》《资治通鉴》等译为回鹘文，贡献很大。鲁明善是著名的畏兀儿农学家，著有在中国农学史上占重要地位的《农桑衣食撮要》一书。此书涉及农作物种植、栽培的方方面面，在总结当时农民生产经验的基础上，用“月令”体写就。
1218年，蒙古人占领今新疆迤西之地，成吉思汗的骑兵攻入喀什噶尔、叶尔羌、和阗，进而入西藏纳里速（阿里）地区，阿里地方首先降于蒙古。蒙古在当地设都元帅二员，实行军事管制。1234年蒙古灭金后，窝阔台次子阔端驻营前西夏重镇凉州，着手谋划进军乌思藏事宜。1239年，阔端派大将朵尔达率军进入乌思藏，蒙古军队一直推进到距拉萨不远的热振。这是次震慑性的进攻，蒙军很快北返。蒙古人虽未长驱直入，但藏区各部却早已听闻了蒙古军的无往不胜。他们不得不搁置了相互的矛盾，坐到一起来商量对策。商量的结果是，他们推举出萨迦教派的寺主班智达作为头面人物与蒙古上层接触，以决定西藏地方的去向。班智达原名贡嘎坚赞，出自款氏家族，早年师从印度高僧释迦师利学习经论五明，是萨迦派的大学者，在藏区声名卓著。1244年，阔端决定召请萨迦班智达来凉州商讨藏区诸部归附事宜。1246年，萨迦班智达应阔端之召，带着两个侄子八思巴和恰那多吉，自乌思藏启程前往凉州。1247年，双方正式会晤。此次会晤意义重大，它使得后来元代中央在藏区建立行政体制顺理成章，并为中央政府直辖西藏做好了铺垫。同年，萨迦班智达写信致卫藏阿里各地僧俗首领，他晓以利害：蒙古军队乃常胜之师，灭西夏和金如探囊取物，藏人只能无条件降附，做不二的臣属，才能保全。归附以后，藏区会像畏兀儿那样，地方官员照旧任职，人口牲畜不受侵扰。他在信中转述了阔端的决定：任用萨迦人员为达鲁花赤，赐以金符和银符，所有吐蕃地区头人须听命于萨迦的金符官，不得妄自行事。各地缮具官吏、户口、贡赋须清册各三份，自己保存一份，另两份分别呈交阔端和萨迦。在蒙古人的惯例，造册与收税便意味着对某一地区的有效统治。萨迦班智达这封史称《萨班致蕃人书》的信表明，蒙古认可了萨迦派在全藏的领袖地位，萨迦人员成为蒙古治理乌思藏、纳里速的全权代表。萨迦班智达留住凉州期间，曾治愈了阔端的疾病。他还开坛论辩，讲经说法，赢得了蒙古、西夏、畏兀儿等人的普遍尊重，招揽了一批藏传佛教的信徒。年逾60岁的他，在蒙藏间搭建着沟通的桥梁，积极推广着藏族宗教文化，正是由于他的努力，藏区避免了与蒙古军的正面交锋，这符合藏人的根本利益，也顺应了历史发展的潮流。
1251年，阔端病逝，萨迦班智达也在同年圆寂于凉州。朝野方面，蒙哥打败对手夺得帝位，汗位由窝阔台系转入拖雷系之手。但权力的转移并未影响西藏在汗国中的附属地位。1253年，应忽必烈之邀，八思巴和恰那多吉前往六盘山与南征途中的忽必烈会晤。萨迦班智达圆寂后，八思巴和恰那多吉成为萨迦僧俗两途的继承者，也成为西藏归附的象征。至此以后，八思巴一直跟随着忽必烈，并成为忽必烈一家崇信藏传佛教密宗的启蒙者。与此同时，藏传佛教其他派别的头面人物也争相依附蒙古王室，止贡派寻得蒙哥的保护，帕竹、雅桑托受庇于旭烈兀，达垅则托则听命于阿里不哥。值得一提的是，为了争取蒙古人的信任，噶举派僧人噶玛拔希曾与八思巴举行过激烈的论战，但最终，忽必烈还是选择了自幼就与蒙古人亲近深谙蒙古文化的八思巴。1260年，忽必烈即大汗位，他效仿西夏旧制，封八思巴为国师，并颁赐玉印。1264年，忽必烈迁都大都，在中央特地设置了总制院（后改为宣政院），又任命八思巴以国师身份兼总制院院务。总制院为蒙古统治者的独创，它先负责处理全国的佛教事务、帝师总制院院务，又负责处理藏区地方行政事务。1265年，离家20多年的八思巴回到故乡萨迦，在故地生活了几年后，1269年，返回元大都。这一期间，藏区的实际事务由其弟恰那多吉管理。恰那多吉曾娶阔端之女，在凉州居住多年，25岁时回到萨迦，29岁逝世。恰那多吉死后，元朝在藏务治理上另作安排：任命萨迦本钦（意为大长官）在藏区代行中央处理藏区事务的权力，萨迦本钦须由八思巴推荐。为了便于对西藏地区设官、征税、调拨，1268年，忽必烈派人入藏进行人口调查。此次调查获得第一任萨迦本钦释迦桑波的通力协助。调查主要涉及乌思藏地区握有统治实权的各级首领人数、其所辖人口及资源情况。调查的范围不仅包括乌思藏地区，也包括今青海及四川西部的藏区。此项调查后，“万户”作为中央委任的官职名称广泛通用于藏区。在1268年人口调查的基础上，1287年和1334年，元朝中央又两次派人入藏进行户口、赋役稽查，以便适当调整对藏政策。据《汉藏史集》载，1269年，忽必烈派答失蛮等人到藏区，按照人口多寡、资源贫富及道路险易等情况，仿汉地驿站制度，设立了27所驿站。驿站穿过藏族分布地区连通萨迦与青海，并与内地通往大都的干线相接，驿站的设置方便了中央与地方的军政人员、使臣及僧侣的交通往来，使得中央的政令可迅速下达藏地，亦能使中央及时了解藏区动态。驿站的管理自成体系，但中央规定，驿站运行所需的费用须由乌思藏各万户提供。
1269年，八思巴向忽必烈奉上据蒙古语创制的新的拼音文字，即“八思巴文”。这在上文中已经提及。忽必烈设置了“新字学士”之职及“蒙古翰林院”，大力推行蒙古新字。八思巴造字有功，忽必烈擢升他为“帝师”。帝师即帝王之师，忽必烈本人曾从八思巴受戒，故此一职位尊百僚。八思巴后，此职由其异母弟亦怜真领受，终元一代，计有13任帝师，均由萨迦款氏家族担任。史载，元朝皇帝即位前须从帝师受戒，后妃及王公大臣等从蕃僧受戒也蔚为风尚。1276年，本钦释迦桑波病故，八思巴再次请求回萨迦，忽必烈遣长子真金率军护送。1280年，八思巴卒于故土萨迦，时年46岁。他的一生致力于蒙、藏、畏兀儿、汉等民族间的沟通与团结，为巩固元朝统治、藏区地方稳定及各教派信仰自由而奔忙，他的巨大贡献不可磨灭。
1288年，元朝中央提高了总制院的级别，使其与中书省、枢密院、御史台地位持平，并将其正式改名为宣政院。宣政院由帝师兼领院使，帝师为名誉职，实权由院使掌握。宣政院能独立选用官员，呈皇帝批准即可，还可直接给皇帝上奏章。宣政院设院使、同知、副使等职，在用人方面有自己的特色，即第二名院使须由藏僧担任，当然此僧要经帝师推荐，同知、副使之职，则可参用汉人、畏兀儿人。宣政院下辖藏族地区各级行政长官也是僧俗并用，既为了适应藏区现实，也使其相互掣肘。宣政院还可以设立自己的派出机构——“行宣政院”。遇有藏区变乱，或由宣政院领军出征，或在变乱当地成立“行宣政院”别用官印，命其妥善处理。较大的军事计划，宣政院须会同枢密院商议。宣政院还负责给僧尼发放度牒、理问僧人诉讼、刻印佛经、举办佛事等。
元朝在藏区设置的行政机构是“宣慰使司”，兼摄军权者名为“宣慰使司都元帅府”。长官为宣慰使、同知、副使等，须由帝师或宣政院推举，其设立、裁并、任命、罢黜、奖惩之权归于中央。乌思藏、纳里速地区宣慰使多由萨迦本钦担任。宣慰使司下，又设有宣抚司、安抚司、招讨司、万户府、千户所等，其职位僧俗兼用，其职能军民统领，一如宣政院。这是元朝实行的土司制度的一种形式。《元史》记载，元朝于藏地共置“宣慰使司都元帅府”三个。在西北，管辖今甘肃南部、青海东部和南部以及四川西北一部分的，为“吐蕃等处宣慰司都元帅府”。在西南，今四川西部岷江、大渡河、雅砻江流域及迤西，包括大部分甘孜藏族自治州在内，由“吐蕃等路宣慰司都元帅府”管辖。最后一个名为“乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府”，辖境大致与今西藏自治区相同，另外乌思藏的若干万户也在此宣慰使司的管辖之下。
在藏区，萨迦派因受帝师之礼，遂执教坛牛耳。虽然八思巴曾对忽必烈陈述过应优待西藏各教派，不必定于一尊，但萨迦代表中央管理地方的事实和威望，是其他教派无法匹敌的。萨迦一派独大，萨迦寺座主遂成为全藏区的宗教领袖，座主一职由萨迦班智达的弟子辈、八思巴的弟侄辈相继接任。八思巴生时曾为自己建立了一个喇让（僧人私邸），设置了13种私人侍从官职。公哥罗古罗思监藏为帝师时，喇让分立为四个，各喇让座主由弟兄分任，父子相继，萨迦寺座主则从喇让座主中挑选。乌思藏的世俗事务，由本钦一职承担。萨迦款氏家族的人不担任本钦职，本钦可从宣慰使中选择。萨迦派在藏区维持了约百年的地方统治，《元史·释老传》记载，后期的萨迦派醉心利禄，纵情声色，在内地，蕃僧往往以修法祈福为名，破坏法纪，释放罪囚，并吞田产，干预选事；在上都则擅殴职官；在外省则骚扰驿户。萨迦派势衰后，帕木竹巴派兴起于前藏山南地区，逐渐代替了萨迦派的正统地位。
帕木竹巴是噶举派的一个重要支派，12世纪由僧人多吉杰波创立。他在前藏的帕木竹建了丹萨替寺，后来此寺成为该派的主寺。1208年后，丹萨替寺的座主一职为朗氏家豪族所承袭。1322年，丹萨替寺座主帕木竹巴绛曲坚赞废掉了万户长坚赞夹卜，他自领此职，从此成为帕木竹地区政教合一的领袖。绛曲坚赞出生于1302年，9岁出家，14岁离开故乡内邬栋孜到萨迦寺任执事，20岁返回家乡成为领袖。33岁时，与萨迦本钦起冲突，以寡迎众，大败本钦及各万户军队。后帕木竹巴逐一攻占萨迦属地，对萨迦大寺也派遣军队驻扎管制，1354年前后，乌思藏的大部分地区统一于绛曲坚赞。战争结束后，绛曲坚赞在新夺取的地区推广帕木竹巴地区原来的庄园制度，并成立13个名为“宗”的行政单位。“宗”的长官为“宗本”，由绛曲坚赞任免，性质等同于内地流官。1364年，绛曲坚赞在故乡内邬孜圆寂，享年63岁。这位藏族历史上杰出的政治家和军事家去世之际，正值元朝的统治风雨飘摇之时。仅四年后，朱元璋的军队便北上攻破了大都，元朝灭亡。
元朝大一统后，对西南及南方各民族的统治更加深入。在总结了汉、唐、宋各朝统治南方各民族的羁縻制度的基础上，元朝推行了土司制度。土司制度是元朝中央在民族聚居区和杂居地区实行的一种特殊的政治制度。中央王朝对内属的各民族或部落酋长（首领）赐以名号，封以官爵，使其世袭统治原有之各民族人民，中央王朝只通过这些民族首领对民族地区进行间接统治。但各民族首领须接受中央王朝委派的官吏，须承认其统治区域为中央王朝领土的一部分，并且要听从中央王朝的征调，按期缴纳一定的贡赋。具体说来，据陈楠在《中国民族史概要》第四编《西南诸民族》的总结，元朝实行的土司制度的主要内容包括：设立各种土司职务，有宣慰使（秩从二品）、宣抚使（秩正三品）、安抚使（秩正三品）、招讨使（秩正三品）、长官司（秩正五品），亦有蛮夷千户所、洞、处、寨等土司，又设路、府、州、县各级土司；土司土官任命少数民族的豪酋担任；各级土司须向中央王朝尽一定的义务，按期向中央王朝朝贡，按时缴纳一定的赋税；规定各级土司的信物及土司任命、承袭、升迁、惩罚的各种手续。以云南地区为例，元朝灭掉大理政权后的统治初期，一直遭到白、彝等族人民的激烈反抗。为了维持西南地区的稳定，元朝采取拉拢和利用白、彝等族贵族的策略，在原大理国统治区设立万户府、千户所、百户长等职，让这些少数民族豪强管理当地人民。1267年，为了进一步加强对云南地区的统治，忽必烈将原大理国地区划分为大理（哈喇章）、善阐（鸭赤）、茶罕章（今云南丽江）、金齿（今云南保山、德宏、临沧、思茅、西双版纳等地）、赤秃哥儿（今贵州西部）五大部。同时设立“大理等处行六部”管理行政，设“大理等处宣慰司都元帅府”管理军事。1275年，忽必烈在云南建立行省，任命赛典赤为云南行中书省平章政事。赛典赤入滇后，积极推行土司制度，将元初设立的万户府、千户所、百户所改设为路、府、州、县，路设总管、府设知府、州设知州、县设县令，他任命许多少数民族的首领为宣慰使、宣抚使、长官司等，又任命许多少数民族首领为土知府、土知州、土县丞等。赛典赤的一系列举措实施后，整个云南地区形成了各民族的土官与元朝中央从内地派来的官吏互相结合的联合统治方式。
蒙元时期，在土司制度的推行下，我国南方各族社会经济有了较快的发展。滇中彝族进入了封建领主制发展阶段。白族社会在元初出现了地主所有制，不少“官田”被地方政府变卖为私田，至元末，土地多被豪强隐占，大量土地为地主所有，租佃关系迅速发展，地主经济因素不断滋长。元朝时，丽江纳西族社会生产方式已由主营畜牧业转为以农业为主，由“土多牛羊”变成“农田万顷”，并能利用河溪进行水利灌溉。元初，汉人不断迁入傣族地区，汉族先进的生产技术和科学文化也相伴而来，傣族的社会经济文化得以加快发展，土司制度适应了这种发展，大约到元末，傣族地区也进入了封建领主制发展阶段。这一时期，苗族也已有相当大的封建领主，只黔东南古州、都江一带，封建领主还处于初期发展阶段。元朝时，瑶族农业经济虽发展不平衡，但整体也已相当发达，有的地区牛耕水田和林业生产都有了相当的规模。元代，由于土司制度的推行，中央王朝对南方各民族地区的统治力加强，民族地区的社会文化发展使一些民族共同体正式形成。例如，至13世纪，藏族融合成一个具有共同经济基础、共同语言、共同生活地域及共同心理素质的民族共同体。14世纪，我国人口最多的少数民族僮（壮）族及与其有着紧密关系的仲家（布依族）的名称开始出现，这意味着这两个民族共同体也已形成并稳固下来。
参考文献：
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[10]王钟翰主编：《中国民族史概要》，山西教育出版社，2010.
原典选读
【原典】
自泊之西北行四驿，有长城颓址，望之绵延不尽，亦前朝所筑之外堡也。自外堡行十五驿，抵一河，深广约什滹沱之三，北语云“翕陆连”，汉言驴驹河也。夹岸多丛柳，其水东注，甚湍猛。居人云，中有鱼，长可三四尺，春夏及秋捕之，皆不能行，至冬可凿冰而捕也。濒河之民，杂以番汉，稍有屋室，皆以土冒之，亦颇有种艺，麻麦而已。……自泊之南而西，分道入和林城，相去约百余里。泊之正西，有小故城，亦契丹所筑也。由城四望，地甚平旷，可百里外，皆有山。山之阴，多松林，濒水则青杨、丛柳而已。中即和林川也。居人多事耕稼，悉引水灌之，间亦有蔬圃。时孟秋下旬，糜麦皆稿。问之田者，云已三霜矣。
（选自元张德辉《参议纪行》，辑自《秋涧先生大全集》卷一百）
【释读】
自鱼儿泊西北走四驿的路程，有颓废长城的遗址，远望过去绵延不见尽头，也是前朝修筑的塞外堠堡。从外堡又走十五驿的路程，抵达一条大河边，此河的深度和广度都超过滹沱河三分，蒙古语称为“翕陆连”，汉语称之为驴驹河。河两岸多成丛的柳树，河水向东流淌，非常湍急猛烈。当地居民称，河中有鱼，长可达三四尺，春夏及秋季捕鱼都行不通，只有冬天凿冰才能捕捉到。濒河而居的民众，番民和汉人交错分布，固定房屋居室并不算多，且用土坯覆盖。当地农业耕种颇成规模，作物不外乎麻麦二种。……自吾悟竭淖儿南岸向西行，有两条道通向和林城，距离大约一百余里。吾悟竭淖儿正西方，有一座小城遗址，是由契丹建造的。站在城址上向四处观望，周围土地平缓辽阔，可见百里以外，视野尽头都是山峦。山的阴面多覆盖着松林，沿河水的地方则分布着青杨和丛柳。山峦环抱的中央即是和林盆地。和林居民多从事耕种稼穑，农田全通过引水渠来灌溉，中间夹杂着蔬菜苗圃。当时正值初秋下旬，糜子和麦子都茎杆挺壮。询问田中劳作者，回答说已经下过几次霜了。