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明朝时期，中国境内诸多具有自己独特语言和文化习俗的民族共同体，都不同程度地得到了发展、壮大。明朝政府采取“以夷制夷”的政策，在北方民族地区设置羁縻卫所，在南方民族地区推行土司制度，在西藏则实行“多封众建”的策略，有效地实现了对各少数民族的管辖。
1368年，明军攻占大都，元顺帝妥欢帖木儿率部退居蒙古高原，元朝灭亡。虽然蒙古在中原的统治已结束，但仍占据东自呼伦贝尔草原，西至天山，北抵额尔齐斯河以及叶尼塞河上游，南临长城的广大地域，是与明朝并存的一个地方政权，史称“北元”。
1372年，明朝对蒙古发动了岭北之战，企图一举攻灭北元政权，但出师不利。明朝经过数年的休整后，再次展开了对北元的征讨。1387年，明朝派冯胜、傅友德等率兵出征辽东，迫使元辽阳行省左丞相纳哈出投降。次年，明朝大将蓝玉率军远征，在捕鱼儿海（今贝尔湖）附近大败蒙古军，蒙古大汗在西逃途中被部下所杀。1399年，额勒伯克汗被坤帖木儿杀害，蒙古正式分裂为东、西两部。东部蒙古，即“鞑靼”，游牧在今鄂嫩河、克鲁伦河流域及贝加尔湖以南；西部蒙古，史称“瓦剌”，活动在今科布多河、额尔齐斯河流域及准噶尔盆地一带。除东、西蒙古外，还有兀良哈部，分布在今西辽河、老哈河一带，该部虽在明初臣服于明朝，但时服时叛，是游离于明朝和鞑靼、瓦剌之间的一支重要蒙古力量。
额勒伯克汗遇害后，鞑靼部政局动荡不安，汗位更迭频繁。1401年，窝阔台系鬼力赤自立为汗，废除大元国号，改名鞑靼。1408年，太师阿鲁台杀鬼力赤汗，立忽必烈系本雅失里为可汗，但本雅失里不久被瓦剌部马哈木所杀，汗位转于阿里不哥系德勒伯克。1425年，合撒尔系阿岱被拥立为汗，但实权操控在太师阿鲁台之手。1438年，瓦剌部脱欢和脱脱不花联军袭杀了阿岱汗，完成东、西蒙古的统一，但大权被脱欢掌握。
为了彻底歼灭蒙古残余力量，明朝政府连年用兵蒙古。明成祖继续洪武时期的武力征讨政策。1410年，明成祖亲自率领50万大军征讨鞑靼，大败蒙古军。在此之后的十余年间，明成祖又连续发动了四次军事行动，史称其“五出朔漠，三里路听”，但都未能彻底消除蒙古族的主力，而明成祖也于1424年病逝在出征途中。此后，明蒙双方陷入了南北对峙局面。为防止蒙古侵袭，明朝修筑了西起嘉峪关、东到鸭绿江的“万里长城”，并在长城沿线设置了历史上著名的“九边”重镇。
15世纪后期，蒙古重新实现了统一。1477年，满都鲁大汗去世。两年后，在其遗孀满都海夫人的支持下，年仅7岁的达延汗上台执政，掀起了开创蒙古族中兴局面的序幕。满都海夫人率军首先征服了瓦剌部。随后再接再厉，相继攻灭权臣癿加思兰和亦思马因太师，收服兀良哈，最终实现了蒙古社会的重新统一。
同时，鉴于蒙古政局长期动荡不安以及太师专权的历史教训，达延汗进行了重大政治改革。首先，废除了太师，恢复蒙古传统的济农制，济农相当于副汗，一般由大汗的嫡长子担任。其次，重新划分领地，恢复传统的万户制，设置了鄂尔多斯、永谢布、土默特、察哈尔、喀尔喀、兀良哈这六万户。其中，除兀良哈万户外，其余五个万户都由达延汗的儿子领有。达延汗自居察哈尔万户，统辖左翼三万户；济农驻牧鄂尔多斯万户，统辖右翼三万户。达延汗对蒙古诸部的统一和政治改革，使蒙古地区出现了“皆有分地，不相乱”的局面，这对蒙古族的发展起到积极的促进作用。但是，由于其所设的六万户只是以血缘关系为纽带的部落联盟，因此大汗与诸万户之间仅保持着松散的附属关系。1516年，达延汗去世后，蒙古汗权日益衰落，其虽有蒙古共主之名，但实际上却只能管辖其领地内的相关事务，蒙古社会重新陷入分裂割据状态。
在俺答汗时期，右翼土默特部逐渐崛起。俺答汗利用土默特地区优越的自然条件，积极发展经济，同时兼并诸兄部众，势力大增。领地东起辽蓟，西到甘青一带。俺答汗为维护自己的统治，曾多次谋求与明朝进行通贡互市，但均遭到拒绝。于是，俺答汗决定以武力迫使明朝就范。1550年，俺答汗率部围攻京师，此为历史上著名的“庚戌之变”。明朝野震惊，被迫答应其通市要求。但此后的二十余年间，双方仍然战争不断，通市时断时续。1571年，明朝与俺答汗最终达成协议，恢复了通市关系，并封俺答为“顺义王”，史称“俺答封贡”。此后，明蒙边界出现了“九边生齿日繁，守备日固，田野日辟，商贾日通”（《明史》卷92）的和平局面。
17世纪初，建州女真兴起。1616年，努尔哈赤建后金政权，形成明朝、后金和蒙古三足鼎立的格局。后金统治者采取军事征服、联姻结盟等方式，相继收服了扎鲁特、科尔沁、敖汉等蒙古诸部。1632年，蒙古林丹汗率兵东进，攻打归附后金的蒙古诸部，但大败西逃，后病逝于大草滩。1635年，后金军队征服了察哈尔余部，迫使林丹汗之子额哲投降。至此，后金统一了漠南蒙古诸部。1636年，漠南蒙古各部领主齐聚盛京（今沈阳），共推皇太极为共主，标志着漠南蒙古诸部正式臣服于清朝。
瓦剌，元代文献中称为“斡亦剌”、清代称之为“卫拉特”“厄鲁特”等，因游牧于大漠以西，因此也称之为“漠西蒙古”。瓦剌原游牧于叶尼塞河上游的“八河”地区，明朝初年，移牧于科布多河、额尔齐斯河流域及准噶尔盆地一带，故元大臣猛克帖木儿为其首领。
猛克帖木儿去世后，其部众分为三支，分别由马哈木、太平、把秃孛罗统领。瓦剌为了抗击鞑靼势力，采取结好明朝的策略。1409年，瓦剌蒙古首领获得明朝的封爵，马哈木为顺宁王，太平为贤义王，把秃孛罗为安乐王。1412年，马哈木攻杀鞑靼大汗本雅失里，占领和林，拥立额勒伯克为汗，势力大增。明朝政府惧其势强，转而支持鞑靼。1414年，明成祖率兵北征瓦剌，大败马哈木于乌拉巴托。1418年，马哈木之子脱欢继位，先后攻灭了瓦剌的贤义王和安乐王，兼并其部众，统一了瓦剌蒙古。1438年，脱欢袭杀鞑靼阿岱汗，征服了鞑靼诸部，拥立脱脱不花为汗，自任太师，驻牧漠北，掌控蒙古军政大权。
1439年，脱欢去世，其子也先继位，自称太师淮王。也先是一位颇有政治抱负和深谋远虑的蒙古首领，他不仅谋求蒙古的统一，也试图重“求大元皇帝一统天下”（杨铭：《正统临戎录》，《纪录汇编》卷19）。他利用脱脱不花的社会影响，控制了鞑靼蒙古，同时通过军事征讨和联姻结盟等措施，相继收服了哈密、吐鲁番以及兀良哈、女真诸部。在其统治时期，瓦剌的势力达到全盛。
随着也先势力的增强，瓦剌与明朝的关系也发生了变化。1449年，也先以明朝“减其岁赐”和“悔婚”为由，分兵四路进攻明朝。明英宗在宦官王振的怂恿下，率兵亲征，结果在土木堡（今河北省怀来县）全军溃败，明英宗被俘，史称“土木之变”。
1453年，也先自立为汗，称“大元天圣可汗”，建年“添元”，任命次子为太师。但不久也先被阿剌知院杀害。自此之后，瓦剌势力逐渐衰落，其部众在鞑靼蒙古的逼迫下，屡次西迁。到明朝末年，移牧于额尔齐斯河、鄂毕河流域一带，逐渐形成准噶尔、和硕特、土尔扈特和杜尔伯特等部。
兀良哈，又称朵颜三卫，游牧于今西辽河、老哈河一带。1388年，蒙古大汗脱古思帖木儿在捕鱼儿海被明军击败后，东部的辽王阿扎失里率部投降明朝。次年，明朝在该地设置了朵颜、泰宁、福余三卫，对蒙古各部进行羁縻统治。
朵颜、泰宁、福余三卫的蒙古部众，分别以兀良哈部、翁牛特部、乌齐叶特部为主。因为朵颜卫在三卫中实力最为强大，所以明朝一般用“朵颜”或“兀良哈”统称三卫。“靖难之变”期间，兀良哈三卫曾出兵援助朱棣。因“从战有功”，明成祖登上皇位后，遂将大宁卫赐给兀良哈，并授予其首领大小官爵，准许开市贸易。但兀良哈时服时叛。后随着蒙古左、右翼势力的扩展，兀良哈三卫相继臣服于鞑靼诸部。达延汗去世后，兀良哈掀起叛乱。1538年，鞑靼博迪汗取得了对兀良哈决定性的一次军事胜利后，对其进行了彻底改造，撤销了兀良哈万户的建制，并将其部众分配给蒙古诸部，最终，朵颜卫融入察哈尔部，泰宁卫和福余卫成为内喀尔喀蒙古的一部分。
明代是回族的形成时期。大约到16世纪，回族在人口、地域分布、社会经济和文化等方面都得到较大发展。
元代前后从中亚、阿拉伯等地来到中国的“回回”，经过多年汉文化的影响，并吸纳了汉、蒙、维等其他民族成分，以伊斯兰教及其风俗习惯为基础，到明朝逐渐形成具有共同语言、共同宗教信仰和自我民族意识的一个民族共同体——回族。
明代回族的来源主要包括唐宋以来，特别是蒙元时期东迁的中亚人、波斯人和阿拉伯人等。他们主要是军人、工匠、商人和学者，均信仰伊斯兰教，通称为“回回”。随着蒙古族统一中原，这些回回人逐渐散居全国各地，即有“元时回回遍天下”之说。明朝前期，仍有部分中亚和新疆等地的伊斯兰教徒进入中原，其中一部分留居下来，被称为“归化回回”或“附籍回回”。他们一般围寺而居，自成村落或街区，形成所谓的回回村、回回营或回回街，形成“大分散、小聚居”的分布格局。他们最初使用阿拉伯语或波斯语，保留着原有的传统文化，但由于长期和汉族杂居相处，处于汉文化的汪洋大海之中，经过数十年或几代人后，逐渐接受了不同程度的汉文化，汉语已成为其主要交际语言。
除东来的穆斯林外，在回族的形成过程中，还吸收汉、蒙、维等其他民族的成分。蒙元时期，大批回回人随签发东迁而来，在中国各地定居后，便与当地各族民众，特别是与汉族通婚，从而使部分汉族改信了伊斯兰教，成为回族来源的一部分。明代著名思想家李贽的祖父，就是因“娶色目女”而成为回回的。另外，部分蒙古族由于改信伊斯兰教也逐渐融入回族。蒙古贵族阿难答崇信伊斯兰教，并使自己的15万部众也成了穆斯林，这些蒙古族穆斯林后来也被吸收进回族中。明代还有迁入内地的维吾尔族，因信仰相同，也逐渐融合了回族。
随着中亚、阿拉伯等地的回回人留居中国，以及部分汉、蒙等族民众与回族通婚或皈依伊斯兰教，到16世纪后期，中国境内的回族人口数量剧增。在西北等地的回族主要聚居区，不仅原来的回庄人口更加密集，还出现了诸多新的回族村庄。据文献记载，新疆东部等地的回族与蒙古、畏兀儿等杂居，人口约占当地的三分之一。
明代时期，回族的分布范围更加广泛，“已无处不在”，尤以西北、云南等地更为集中。由于陕西行省境内回族人口众多，明朝政府曾多次将大批回族迁徙到全国各地。而云南，随着明朝政府的行军、屯田等，大量回族散居云南各地，致使当地的回族分布很广，到处都有“回回营”等回族聚居地。
回族的经济在明代有了进一步的发展。随着大量回族定居全国各地，农业生产逐渐成为其主要生计方式，农耕技术、农作物种类等已与汉族相差无几。回族以善于经商闻名，元时回族商人已遍布天下，到明朝时，他们不仅在明朝直接统治的地区从事商业活动，而且来往于吐鲁番、蒙古诸部，主要从事珠宝、皮毛、饮食、日用品等。另外，明代回族在手工业方面也不断发展壮大，他们仍从事具有民族特色的制药、制瓷、屠宰、制香和清真食品等行业。比如北京的“王回回膏药”“马思远药锭”“香儿李家”的香业等，都闻名遐迩、享誉中外。
在明代，回族在保持传统伊斯兰教文化的基础上，吸收了其他民族特别是汉文化的成果，为中国文化的发展做出了重要贡献。有明一代，涌现了不少回族思想家、学者等。明代回族杰出的思想家、文学家李贽，崇尚儒学，后“离经叛道”，大胆抨击封建伦理和纲常。他一生著作颇丰，如《焚书》《续焚书》《藏书》《续藏书》《史纲评要》等。
明朝晚期，经堂教育在西北地区兴起。陕西渭南回族学者胡登洲广收门徒，开创了在清真寺办学之风，以培养宗教人才。在他的影响下，经堂教育逐渐由甘青一带推广至全国。与此同时，在东南地区出现了翻译伊斯兰教经典以及用儒家思想诠释经典的风潮，形成具有中国特色的穆斯林文化，涌现出诸如王岱舆、刘智、马注等大批中西兼通的穆斯林学者。
明末，在甘青河湟一带出现了伊斯兰教、宗教组织与世俗权力相互结合的社会组织，即门宦。其特点是神化和崇拜教主；信仰拱北；教主实行世袭；门宦管辖清真寺，各寺的教长由教主委任。到清初，最终形成了虎夫耶、库布忍耶、哲赫忍耶、噶德忍耶等诸多派别。门宦制度的形成，不仅强化了广大回族对门宦教主的依赖，也加剧了各教派之间的冲突。
畏兀儿在明代史籍中也写作“畏吾儿”，隶属于察合台汗国后裔的统治之下。明朝时期，察合台蒙古后裔在畏兀儿地区建立了诸多政权。到叶尔羌汗国时，察合台蒙古后裔及其部众已经普遍信仰伊斯兰教，并最终融合于畏兀儿民族之中。
1321年察合台汗国分裂为东、西两部分。西察合台汗国统治阿姆河与锡尔河之间的河中地区，史称“马维兰纳尔”，该地的察合台后裔及其部众基本完成了突厥化，改信伊斯兰教，1370年被帖木儿攻灭。东察合台汗国即“蒙兀儿斯坦”，领地西起塔拉斯河流域，东至吐鲁番，北抵巴尔喀什湖，南达塔里木盆地和锡尔河。最初，明朝因蒙兀儿斯坦以别失八里（今新疆维吾尔自治区吉木萨尔县北破城子）为统治中心，所以称之为“别失八里”。1418年，蒙兀儿斯坦又将统治中心迁至亦力把里（今新疆维吾尔自治区伊宁市境内），故又改称它为“亦力把里”。
蒙兀儿斯坦的第一位君主也先不花执政期间，曾谋求重新统一察合台汗国，但未能如愿。其子秃黑鲁·帖木儿即位后，完成了其父统一察合台汗国的夙愿。但其去世后，察哈台汗国又陷入分裂状态。1389年，黑的儿火者即位后，蒙兀儿斯坦始终与明朝保持着友好关系，双方往来不断。黑的儿火者死后，其子沙迷查干即位。1404年，沙迷查干遣使向明朝贡奉名马和玉璞。
1418年，歪思汗继承汗位，为躲避当时蒙古瓦剌的威胁，遂将统治中心迁至亦力把里。歪思汗是一位虔诚的穆斯林，在其统治时期，曾率领部众与瓦剌蒙古进行过多达60余次的“圣战”，但大都以失败告终。1429年也先不花继承汗位后，乘钦察汗国、帖木儿帝国内讧之际，举兵征服了安吉延、喀什噶尔等地，东察哈台汗国出现了繁荣景象。1457年，在帖木儿帝国的支持下，也先不花的兄长羽奴思占领了东察合台汗国的西部地区，后经数年征伐，羽奴思成为蒙兀儿斯坦的最高统治者。羽奴思是一位信仰坚定的穆斯林，为了伊斯兰教传播和发展的需要，主张将蒙兀儿人迁居农业区，因此，遭到了大部分蒙兀儿人的反对。于是他避居达失干。1487年，羽奴思去世，其长子速檀·吗哈木在安集延即位。
察合台汗国分裂后，察合台蒙古后裔还在吐鲁番建立了政权。1478年，羽奴思次子速檀·阿黑麻在吐鲁番称汗，势力逐渐发展强大。此后一段时间内，吐鲁番政权与明朝政府关系友好，双方互市贸易频繁。1488年，速檀·阿黑麻派兵攻克哈密，杀死了由明朝政府册封的忠顺王罕慎，导致吐鲁番政权与明朝关系一度恶化。1504年，速檀·阿黑麻逝世，其长子满速儿即位。随后吐鲁番政权对哈密进行了数次进攻，最终占领了哈密，控制了中西陆路交通的咽喉之地。
元时，哈密属于甘肃行省管辖，统治者是察合台长子木秃坚的后裔。明初，封察合台后裔为忠顺王，并建立哈密卫，作为明朝的“西陲屏蔽”。1460年，哈密忠顺王卜列革去世后，因无子嗣，致使王位空缺多年。直至1468年，明朝政府才册封畏兀儿人帖木儿为右都督，总领哈密政务。1473年，吐鲁番的速檀·阿力率部进驻哈密，并控制了哈密军政大权。哈密右都督罕慎在明朝政府的支持下，曾用兵吐鲁番，但大败而还，迫使明朝将哈密卫迁到苦峪城。时隔九年后，罕慎再次联合附近蒙古军队夜袭哈密，吐鲁番守将败走，遂一举收复了哈密诸城。1488年，明朝政府正式册封罕慎为忠顺王，这是首位畏兀儿人的忠顺王，但不久即被吐鲁番军队攻杀。1492年，明朝政府封陕巴为哈密王，赐金印。1493年，吐鲁番军队再次攻陷哈密，并将陕巴带走。1503年，陕巴去世，其子拜牙“自称速檀”。虽有明朝政府的大力扶持，但哈密历经战乱，已衰弱不堪，于是在1513年，哈密王拜牙率部投靠了吐鲁番，正式成为后者的属地。在此之后，因哈密问题，吐鲁番政权与明朝之间战事不断，但最后明朝被迫“置哈密勿问”。
1515年，速檀·阿黑麻的第三个儿子赛德汗，在叶尔羌称汗，管辖新疆天山南路的西部地区，标志着叶尔羌汗国的正式建立。次年，赛德汗与一向不和的兄长满速儿汗在阿尔巴特举行和谈，兄弟俩尽释前嫌，握手言欢。随后，他积极扩充实力，派兵四处征讨。1521年，进兵蒙兀儿斯坦，臣服了部分乞儿吉思人。1532年，赛德汗以圣战名义出兵图伯特，大获全胜，占领拉达克地区。次年，赛德汗病逝于归途中。阿不都克里木汗执政时，又将吐鲁番和哈密纳入了叶尔羌王国的管辖之内，结束了东察合台汗国长期分裂的局面，最终统一了天山以南的畏兀儿。至此，叶尔羌汗国达到鼎盛。其统治范围除南疆的吐鲁番、哈密、阿克苏、库车、和阗、喀喇沙尔、乌什、喀什噶尔八城外，还扩展到伊犁河谷、巴尔喀什湖以南、费尔干纳以及藏北、克什米尔一带。
叶尔羌汗国境内有畏兀儿、哈萨克、乞儿吉思、乌兹别克等诸多民族。16世纪以后，哈萨克族和乞儿吉思人占据了天山以北部分地区，漠西蒙古占领了天山以北的东部地区，大量蒙兀儿人被迫迁徙到天山以南。这些蒙古后裔长期与畏兀儿人一起杂居生活，在生活、文化、语言、风俗、宗教信仰等方面都发生了很大的变化，慢慢被畏兀儿化，最终融入了畏兀儿民族之中。17世纪初叶，叶尔羌汗国陷入激烈的教派斗争，内讧不断，致使其走向了衰落。1679年，噶尔丹率兵攻占了叶尔羌汗国东部的两个重镇——吐鲁番和哈密。第二年，噶尔丹指挥大军，翻过天山，攻入南疆地区，相继攻克了库车、喀什噶尔、叶尔羌等城池，叶尔羌汗国覆灭。
有明一代，西藏地区相继兴起了帕竹政权、仁蚌巴势力和藏巴汗政权。明朝政府对藏区采取“多封众建，尚用僧徒”的策略，有效地实现了对藏族的管辖。明中后期，藏传佛教获得了较大发展，特别是格鲁派的兴起，对藏族佛教和藏族社会的发展产生了深远影响。
帕竹政权是以帕竹万户和帕竹噶举为基础的西藏地方政权，以朗氏家族为核心，以内邬栋（今西藏乃东县）为统治中心，最高行政首领称为帕竹第悉。1322年，绛曲坚赞出任帕竹万户，采取轻徭薄赋、发展生产等措施，使帕竹万户的势力逐渐增强；随后运用灵活的外交策略，组织联盟相继战胜了以萨迦万户为首的敌对势力。1360年，元朝政府册封绛曲坚赞为大司徒，令其世袭。至此，帕竹政权取代了萨迦政权，成为西藏的实际统治者。1364年，绛曲坚赞去世，此后的历任帕竹第悉由其侄子侄孙世袭。其中第五任第悉扎巴坚赞时期，采取发展经济、厘定规范、宗本世袭等举措，使西藏社会出现经济繁荣、文化发展的局面，帕竹政权也达到鼎盛。但从15世纪40年代开始，帕竹政权统治集团出现分裂，致使大权旁落，日渐衰微，后藏的仁蚌巴家族逐渐掌控了帕竹政权。17世纪20年代，最终被藏巴汗政权取代。
仁蚌巴家族是帕竹政权诸多贵族世家中崛起较晚的一家。1385年，南喀坚赞投奔第悉扎巴坚赞后，被委任为仁蚌宗的宗本，负责管理后藏事务，从此以后，该家族世袭仁蚌宗宗本，故被称之为仁蚌巴家族。15世纪40年代，乘帕竹政权统治集团内讧之际，仁蚌巴家族掌管了后藏大部分地区，势力迅速增强，逐渐掌控了帕竹政权，操纵着帕竹政权第悉的废立。1484年，仁蚌巴顿月多吉占领前藏部分地区，支持噶举派在拉萨西北兴建羊八井寺，以对抗崛起中的格鲁派。15世纪末，仁蚌巴措结多吉担任帕竹政权的“替东”（即摄政官），仁蚌巴家族的势力达到顶峰。但其始终未能取代帕竹政权。16世纪初，仁蚌巴家族曾多次用兵前藏，参与格鲁派等僧俗势力之间的斗争，但实力已大不如前。16世纪60年代，被后藏的藏巴汗势力取代。
图7-1 明·铜金刚铃、金刚杵
资料来源：中国国家博物馆编《中华文明：古代中国陈列文物精萃》，中国社会科学出版社，2010年，第750页。
藏巴汗政权的创建者是辛厦巴家族的才旦多吉。1563年，仁蚌巴家族出兵攻打拉维绛时，身为桑珠孜宗本的才旦多吉突然反叛，袭击仁蚌巴家族的大后方。两年后，才旦多吉取得了对仁蚌宗的管辖权，标志仁蚌巴家族统治的结束。1611年，才旦多吉的孙子噶玛彭措南杰就任第悉藏巴，从此，其家族被称之为第悉藏巴，清代汉文典籍中称为藏巴汗。随后，藏巴汗连续用兵前藏，试图统一西藏各地。特别是1618年的用兵，大败护持格鲁派的蒙古军队，控制了前藏大部分地区，迫使格鲁派各大寺院缴纳罚金，标志着藏巴汗政权的正式建立。1621年，藏巴汗军队在拉萨受到进藏青海蒙古诸部的重创，格鲁派乘机收获了诸多权益，特别是寻访达赖喇嘛转世灵童的权利。随后的十余年间，藏巴汗政权与格鲁派进入了和平对峙局面。1635年，噶玛巴怂恿驻牧青海的喀尔喀蒙古首领却图汗，联合藏巴汗，一起攻灭格鲁派。却图汗派遣其子阿尔斯兰率军进藏，但在格鲁派上层的大力争取下，阿尔斯兰倒戈反攻藏巴汗，却图汗一怒之下，密令部下处死阿尔斯兰，这支进藏蒙古军顿时溃散。但藏巴汗与格鲁派之间的矛盾仍在持续发酵。1637年，在格鲁派上层的邀请下，卫拉特蒙古联军南下青海，歼灭了盘踞青海的却图汗。1642年，留牧青海的和硕特蒙古首领固始汗率兵进藏，攻灭了藏巴汗政权，建立了蒙、藏联合统治的甘丹颇章政权，也结束了自明中期以来西藏各个势力集团互相攻伐、战乱不断的局面。
元末以来，藏传佛教萨迦、噶举诸派，由于受到元朝政府的优厚待遇而享有诸多政治特权，部分喇嘛飞扬跋扈，为所欲为，他们追求物质享受，不守戒律。到14世纪后半期，藏传佛教已呈现颓废萎靡之势，自身的发展面临着严峻的困境。而长期生活在这种宗教气氛中的民众也厌倦了横行霸道、腐化堕落的僧侣，迫切希望能有一个“纯净”的新教派产生。格鲁派就是在这样的历史背景中创立的。
15世纪初，藏传佛教高僧宗喀巴创立了格鲁派。宗喀巴，本名洛桑扎巴，出生于今青海省湟中塔尔寺地方。他7岁出家，师从顿珠仁钦学经。16岁进藏深造，拜访诸多高僧，遍学各派经典，佛学造诣渐深。随后他在各地传教授徒，并宣传自己的宗教改革思想。他要求僧人须严守戒律，僧人学经须依照次序，循序渐进。宗喀巴的宗教改革得到了西藏封建统治者的大力支持，也赢得了广大普通民众的信赖。
1409年，宗喀巴在阐化王扎巴坚赞等人的支持下，在拉萨大昭寺举行了规模宏大的祈愿大法会，俗称“传召法会”。自此开始，该法会每年举行并延续至今。同年，他在拉萨东北修建了甘丹寺。拉萨祈愿大法会的举办和甘丹寺的建立标志着一个新的教派——格鲁派的创立。因该派僧人戴黄色僧帽，所以又俗称“黄教”。由于宗喀巴的宗教改革主张符合当时藏传佛教乃至西藏社会发展的需要，特别是得到了控制西藏政局的阐化王扎巴坚赞的大力支持，因此格鲁派形成之后，发展相当迅速。在不长的一段时间内已寺院林立、僧徒遍布，先后兴建了包括甘丹寺、色拉寺、哲蚌寺和扎什伦布寺等在内的诸多寺院，相继形成了达赖喇嘛、班禅额尔德尼等活佛转世系统，逐渐成为藏区势力雄厚、影响巨大的一个藏传佛教派别。
1546年，格鲁派开始采用活佛转世系统，认定堆隆地方的索南嘉措为前任哲蚌寺堪布根敦嘉措的转世灵童，即为三世达赖喇嘛。1578年，在青海湖畔的仰华寺，索南嘉措与土默特蒙古俺答汗举行了历史性的会晤，揭开了藏传佛教在蒙古社会第二次传播的序幕。双方互赠尊号，索南嘉措赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”的称号，俺答汗赐给索南嘉措“圣世一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，是为达赖喇嘛名号之始。
随后，三世达赖喇嘛云游青海、内蒙古等地，为藏传佛教的传播和发展做出了重大贡献。1588年，索南嘉措圆寂。1592年，俺答汗的曾孙被认定为三世达赖喇嘛的转世灵童，即四世达赖喇嘛云丹嘉措，这是唯一一位转世于蒙古族中的达赖喇嘛。这不仅密切了蒙藏双方之间的联盟，也为格鲁派在蒙古社会的传播提供了政治保证。正如《黄金史纲》所说：“达赖喇嘛的化身既降生于达延汗的黄金氏族，而今才将宗喀巴的宗教在蒙古之国显扬得如太阳一般”。
明朝建立不久，即遣使招抚各地藏族僧俗首领，设立卫所。1370年，明军在甘肃定西大破元军，相继攻取洮、岷、河等州，震惊藏区。同年，故元吐蕃宣慰使何锁南普首先率部投降，明朝在其地设河州卫，封何锁南普为河州卫指挥同治。在此影响和带动下，甘青一带的诸多藏族僧俗首领纷纷归附明朝。与此同时，明朝又派遣员外郎许允德赶往西藏进行招抚。1372年，喃加巴藏卜赴南京朝觐，明太祖封其为“炽盛佛宝国师”。次年，明朝设置了乌斯藏、朵甘卫指挥使司等。就这样，明朝政府仅用了短短数年，完成了对整个藏区的收服。但因“彼方地广民稠，不立重镇治之，何以宣布恩威”，于是明朝对藏区的管理机构又进行了调整。在青海、四川等地设立了西宁、茂州、松潘等卫所，设西安行都指挥使司于河州，并将朵甘、乌斯藏卫升为行都指挥使司。任命各地藏族首领担任都指挥使司和卫所的各级官职，准许世袭。
明初，藏族地区仍处于地方势力各自为政、教派支系林立的局面，于是，明朝政府采取了“多封众建，尚用僧徒”的政策，大力封授各僧俗首领，并推行僧纲制度，以加强对藏区的治理。明太祖时期，曾册封一批势力雄厚、地位显赫的教派高僧为灌顶国师、大国师等。但对藏族僧俗首领进行大量封赏则始于明成祖时期。明朝根据藏传佛教各派别的影响及其势力，先后封授了“三大法王”。1406年，明成祖召请噶玛派黑帽系第五世活佛德银协巴到南京，封他为“大宝法王”，令其统领天下释教。从此以后，大宝法王之号遂为噶玛噶举的历辈黑帽系活佛承袭。1413年，明成祖又召请萨迦派高僧昆泽思巴到南京，封其为“大乘法王”。1415年，明成祖封宗喀巴的弟子释迦也失为“西天佛子大国师”。1434年，释迦也失再次进京，在京生活十余年，被封为“大慈法王”。“法王”封号由各教派自行世袭，无需听候朝命。
除了上述三大法王，明朝政府还对藏区实力雄厚的五位政教首领，封赐了王号。他们分别是帕竹噶举派扎巴坚赞“阐化王”、昌都馆觉国师“护教王”、康区灵藏国师“赞善王”、止贡噶举派真巴尔吉坚藏“阐教王”、萨迦派南克列思巴“辅教王”。此五王分别统辖各自的领地，但承袭需得到中央政府的认可，并听从明朝政府的差遣，履行修筑驿站、开辟道路、朝贡觐见等义务。
另外，明朝通过贡赐关系和茶马贸易在经济上对藏区进行控制和笼络。按照规定，凡是受封的藏族僧俗首领都须定期遣使朝贡。明朝实行“厚往薄来”的方针，对其朝贡者回赐数倍于贡品价值的物品。贡品一般为牲畜、佛教法器、药材、藏香等土特产和手工艺品，而明朝回赐的物品多为藏区生活所必需的茶叶、绸缎、棉帛、金、银、布匹和瓷器等。有明一代，藏族贡使络绎不绝，有力地促进了中原与藏区在经济上、文化上的相互交流。
“茶马互市”是明朝与藏区之间经济联系的另一种主要方式。“茶马互市”起源于唐，发展于宋，在明代达到了鼎盛。由于汉地的茶叶是藏区人民日常生活中不可或缺的必需品，而当时明朝与北方蒙古常年征战，急需战马，因此以茶易马成为明代汉藏经济联系中相当重要的一部分。早在洪武年间，明朝就在靠近藏区的河州、雅州、西宁、秦州等地设置茶马司，专门负责茶马贸易。“茶马互市”有利于加强明朝对藏区的统治，为西南边疆的稳定作出了重要贡献。正如近代学者所言：“终明之世，汉藏情感融协，西南无边藏之患者，实有得于此。”（谭英华：《明代西南边疆之茶马贸易》，载《边政公论》第2卷，第11、12合刊。）
有明一代，随着土司制度的推广和完善，特别是汉族的大量迁入，南方各少数民族都得到了较大发展。但各个少数民族内部仍呈现明显的发展不平衡。
明代，彝族被称为“罗罗”。彝族支系众多，各地的彝族还有罗婺、鲁屋、聂素、撒摩都、朴剌、母鸡、阿倮、孟乌等20余种称谓，其主要分布在云、贵、川三省。
洪武初年，明朝招抚了今贵州黔西、大方一代的水西土司，在其地设置宣威司进行管辖，任命安氏家族世袭土官。1381年，明军相继攻克乌撒（今贵州威宁）、乌蒙（今云南昭通）、东川（今云南会泽）、芒部（今云南镇雄北）等彝族聚居区，基本完成了对彝区的征服。随后将原云南行省的彝族聚居区分成三个部分，推行土司制度。改元朝所设罗罗斯宣慰司为建昌府，划入四川管辖；改乌撒乌蒙宣慰司为乌撒、乌蒙、东川、芒部四府，也并入四川；改亦奚不薛宣慰司为贵州宣慰司和普安、普定两府，划入贵州。另外，为了“变其土俗，同于中国”，明朝政府还在彝族地区设学建校，大力提倡儒学教育。
明代各地彝族的社会发展存在较大差异。其中，水西彝族随着大量汉族移民的进入，以及中原内地生产技术和文化的传入，已迈入封建领主制社会阶段，到明末清初，封建地主制经济已初见萌芽。而黔西和滇东北的彝族仍处于封建领主制阶段，以畜牧业为主，兼之“刀耕火种”式的农业，社会发展相对滞后。凉山地区的彝族，高山峻岭，土地贫瘠，交通不便，社会生产落后，仍处于奴隶制阶段。
明代，傣族被称为百夷、白夷、摆夷等，主要聚居在今云南德宏、西双版纳等地。1381年，势力强大的麓川土司归附明朝，明在其地设平缅宣慰使司，委任麓川土司思伦为宣慰使。但该土司随后多次掀起叛乱，特别是正统年间最为频繁，1441至1448年，明朝对其进行了三次大规模的军事征讨，史称“三征麓川”。随后，明朝政府增设立干崖、南甸、陇川等宣抚司，在南部傣族地区设置车里军民宣慰使司，任命大、小首领为世袭土官，进行羁縻统治。
元末明初，各地傣族已进入封建领主制的发展阶段。大小领主各有分地，其属民“聚则为军，散则为民”（钱古训：《百夷传》）。明朝时期，大量汉人迁居傣族地区，带来了内地先进的生产技术和科学文化，促进了傣族社会经济的快速发展。农业方面，普遍使用铁质农具和犁耕技术，农作物种类增多，除水稻外，还大量种植茶叶、棉花等经济作物。明代傣族的商业贸易日趋繁荣，出现了专业商人，商业集市也大量形成，如车里（今云南省景洪市）就是当时一个十分繁华的商业城镇，史载“鱼盐之利，贸易之便，莫如车里”（朱孟震：《西南夷风土记》）。
元末明初，佛教开始传入傣族地区。到万历年间，佛教已得到普遍传播，正如《西南夷风土记》所载：“俗尚佛教，寺塔遍村落”。随着佛教的传入，傣族也有了自己的文字。
明代，白族被称为白人、僰人、民家等，主要聚居于大理地区，其余散居在临安、曲靖、丽江、楚雄等地。明统一云南后，在大理地区进行改土归流，大量土官被废黜，改派流官进行管辖。而对于未改流的土司，明朝采取了“土流同域”“流官掌印”的办法，使地方实权仍掌控在流官手中。明朝中期，地主经济逐渐在白族地区形成，土地买卖普遍，盛行实物地租，白族平民以“佣田为生”。到明末清初，地主经济已占据了主导地位。
明朝时期，白族的社会经济发展较快。明初，在白族地区大量推行垦荒、兴修水利，同时，汉族先进的生产技术和工具也被推广应用，农耕技术有了较大改进，一人或二人犁田的耕作法十分盛行。白族的手工业也相当发达，有纺织、铁器、铜器、银器、石工、雕刻、造纸、制革等多种行业。如鹤庆刀、“洱海红布”、赵州的丝、弥渡的草席、大理的草帽等都是当时闻名遐迩的手工艺品。白族的商业也有进一步的发展，出现一批成功的白族大商人，如明清之际喜洲的首富董必升，为大理地区的首富。另外，白族地区还形成了大理、鹤庆、祥云等诸多新兴的集市和商业城镇。
明代的苗族，主要聚居在黔东南、黔东北及湘西等地，其余散居在滇东北、滇东南、川南、桂北、海南岛一带。
明沿元制，采取招抚策略，授予大小首领各种土司官职。土官们皆有份地，自为部落。明朝政府在湖广苗族聚居区，相继设置了永顺军民宣慰使司、保靖州军民宣慰使司以及施南、散毛、忠建、容美等宣抚司。在贵州苗族地区，先后建立了思南、思州、播州等宣慰使司。
明代苗族以农业生产为主，除粮食作物外，苗族还种植茶叶、棉花、纻麻等经济作物。各地苗族的农业发展水平存在着差异。在黔南一带，已普遍使用牛耕和铁制农具，耕地面积增加，农作物产量大幅度提高。而黔西还采用“刀耕火种”的耕作方式。苗族的牲畜饲养业比较发达，尤其是马匹，不仅数量多，而且品质优良。苗族的手工业主要有纺织、建筑、造舟、采矿、冶炼等部门，其中以纺织业最为著名。苗族的商品经济十分兴盛，部分地区已出现“街场”等集市，贸易繁荣，史称“市如云集，朝至暮归”。
明代的徭族主要分布在广西、湖南、云南、广东、贵州及江西等地，其中尤以广西地区数量最多。根据瑶族对朝廷的归附程度，明朝政府将徭族划分成三类：出兵服役、纳粮当差的“听招徭”；时服时叛的“背招徭”，以及不可教化的“险恶徭”。明朝在瑶族地区推行土司制度，册封当地大小首领为徭首、统领、瑶镇、总家等官职，命其管辖瑶民。
明代徭族的基本社会组织是“徭老制”。徭老也被称为徭首，是村寨中民主选举或自然形成的首领，一般由经验丰富、办事公道、在群众中颇有威望的人担任。凡是村寨内部有关生产、维护秩序、调解纠纷、主持祭祀以及抵御外敌等事宜，徭老负责召集村寨群众大会，并执行大会的决议。除此之外，在广西金秀大徭山等地，还盛行石牌制组织。其头人被称为“老”，即“徭老”。明朝政府给予他们正式的官方任命，使其成为朝廷在徭区的地方官，负责缴纳贡赋、管理民事。
明代，生活在河谷与丘陵地带的徭族，以经营农业为主，使用铁质农具，提水灌溉，种植水稻。居住在山区的瑶族，广种薄收，以采集、狩猎为重要生计方式。瑶族家庭纺织品和铁器制品相当著名，品种众多。如韶州徭区的竹子布、道州和郴州徭区的白纻布、连州徭区出产的椑布等，都是远近闻名的手工艺品。明代，瑶族的商业发展比较落后，未形成本民族统一的商业城镇，多将采集的药材、香菇、木耳、竹笋、茶叶、蜂蜜等土特产，与汉等其他民族进行物物交换。
明代黎族主要生活在海南岛。明设置琼州府，隶属于广东布政司，下辖儋州、万州、崖州，实行流官统治。同时，在黎族地区推行土官制度，对黎族实行羁縻统治。1408年，明朝委任宜伦县熟黎峒首王贤祐为儋州土司同知，命其管辖当地黎族。随后，明朝又相继授予“生黎峒首”各种土官之职，加以笼络。
明代海南各地黎族的社会发展不平衡。沿海一带的“熟黎”已逐渐进入封建社会阶段，广泛使用铁制器具，生产水平较高，耕作之法与内地无异；商贸活动也十分发达；部分“熟黎”子弟“亦习书句，能正语”（《海忠介公集》卷1）。而五指山、黎母山腹地的“生黎”，仍处于原始的“农村公社”阶段，实行由若干血缘集团“合亩”制经济形式；耕作方式以“刀耕火种”为主，兼营采集和狩猎。当地黎人大多不识汉字，仍以结绳、刻木或刻箭记事。
明代的高山族主要分布在今台湾岛各地。明朝以“东番夷”泛称包括高山族在内的台湾所有原住民。高山族以“社”为单位，社内建“公廨”，以供议事。
有明一代，特别是16世纪以来，台湾高山族多次遭受外国入侵。1563年，倭寇侵入基隆一带，烧杀抢掠，无恶不作。为了防御倭寇的侵略，1592年，明朝派兵驻守澎湖、台湾。但不久又有西班牙、荷兰殖民者相继入侵。17世纪前期荷兰殖民者侵占台湾后，对当地高山族实行残酷统治，以致“役使劳瘁，番不聊生”。包括高山族在内的台湾各族民众，进行了英勇顽强、不屈不挠的斗争。1661年，在台湾各族民众的支持下，郑成功一举收复了台湾，将荷兰殖民者逐出台湾，结束了其在台湾长达38年的残暴统治。
17世纪以前，台湾高山族尚处在原始社会发展阶段。由于自然环境的差异，各地高山族的生产方式也不一致。其中，居住在山地的高山族以狩猎为生，而生活在平原的高山族，则耕种水田，兼事渔猎和采集。17世纪以后，由于大量汉族迁居台湾，特别是郑成功推广牛耕和铁质农具、鼓励乡塾教育等一系列有利于发展经济文化的措施，促进了高山族社会的发展，居住在西南部平原的部分高山族，逐渐进入封建社会阶段。
明朝政府对南方各族采取“以德怀之，以威服之”的经营策略。1368年，明太祖派兵将广东、广西纳入明朝的版图之内。1371年，汤和、傅友德率领明军，收服了四川的明昇割据势力。1381年，明朝派遣傅友德、蓝玉等率军征讨云南。由于准备充分，此次军事行动十分顺利，明军很快占领了普安、曲靖等地。次年，攻占昆明，盘踞云南的故元梁王自杀。明军“所向克捷”，随后连下大理、鹤庆、丽江、石门等地。至此，明朝收服了云南全境。
明朝政府对南方各族采取“以夷制夷”的统治方针。明在南方最早设立的土司，主要是录用归附的故元土官，授予宣抚司、招讨司、安抚司、长官司等职。而对于归降的各少数民族，则封其酋长为宣慰、安抚等。收服云南后，明朝遂将土司制度推广到西南地区，广设土司辖区，委任土官管辖。同时，明朝详细规定了土司的朝贡、承袭、职责和赏罚等，使土司制度进一步系统化和规范化。如朝贡方面，明初土司缴纳的贡赋“听任输纳”，但后来有定额规定。但征收的贡赋都比较轻，“多不过二千五百两，少者四十或五十两”（《蛮司合志》卷8）。如遇天灾或土官有功，还可免除。相对于各民族的贡物而言，明朝政府对他们的回赐则要丰厚许多。
随着西南各族社会的不断发展，土司制度的弊端日益凸显，不少土官假借朝廷之名为所欲为，欺侮百姓，各土司之间的矛盾也日益尖锐，时常发生冲突，相互厮杀。更有甚者，利用自己的势力兼并近邻，公开与政府为敌，掀起叛乱，严重危及到边疆地区的社会稳定和中央政府的有效统治。因此，明朝政府开始在一些南方少数民族中实施“改土归流”政策，即废黜各少数民族的土司头目，改派流官进行管辖。最先实施这一政策的是湖广地区。早在永乐年间，将思州、思南两宣慰司改设流官。而大规模开展改土归流是在正统年间以后，仅云南一地，改县以上的土司就达26家之多。但是，明代的改土归流仅在条件成熟的地方进行，大规模进行则是在清雍正年间。
原典选读
【原典】
徐问，字用中，武进人。弘治十五年进士。……嘉靖十一年以治行卓异，拜右副都御史，巡抚贵州。独山州贼蒙钺弑父为乱。问闻南丹、泗城欲助逆，檄广西抚按伐其谋。又檄钺弟钊复父仇，事平得承袭。钺援绝。问督大兵分道入，诛之。捷闻，赐金绮，召为兵部右侍郎。疏陈武备八事。又言：“两广、云、贵半土司，深山密菁，瑶、僮、罗、僰所窟穴。边将喜功召衅，好为扫穴之举。王师每入，巨憝潜踪，所诛戮率无辜赤子。兴大兵，费厚饷，以易无辜命，非陛下好生意。宜敕边臣布威信，严厄塞，谨哨探，使各安边境，以绝祸萌。”帝深纳其言。
（选自《明史》卷二百十一《徐问传》）
【释读】
徐问，字用中，江苏武进人。弘治十五年（1502年）中进士。……明世宗嘉靖十一年（1532年），徐问因治理政绩突出，官拜右副都御史，巡抚贵州。独山州叛贼蒙钺将任职土司的父亲杀死，发动了叛乱。徐问得到消息，南丹、泗城等地土司也想参加反叛，助纣为虐。于是他发公函给广西地方行政首脑，声讨南丹、泗城等阴谋，同时，他又给蒙钺的弟弟蒙钊发去公文，要求他深明大义，不徇私情，为父报仇，将来叛乱平定以后承袭父职。这样以来，蒙钺的内外援助全部断绝了。徐问派遣大军分道攻入独山州叛匪老巢，诛杀了蒙钺，平息了叛乱。平叛捷报传到朝廷以后，明世宗赏赐徐问金织文绮，任命他为兵部右侍郎。徐问趁机上奏修整军事武备方面的八条建议。并进一步强调：“两广、云南、贵州约有一半地区在土司管辖之下，山深林密，瑶、僮、罗、僰等民族世代居住。有些边将为了邀取朝廷功赏，挑起民族纠纷，然后多兴大军镇压剿灭。朝廷师旅每入民族地区，首要恶人大多潜藏逃逸，军兵屠杀的多是无辜平民。朝廷调动大军，必耗费巨额军饷，却换来无辜百姓被杀，这绝不是陛下好生的本意啊。建议陛下敕命边疆臣僚，传播朝廷威信，严守要塞，谨慎探听消息，务使各地保全边境稳定，以杜绝祸乱萌生。”嘉靖皇帝对徐问的建言深表赞赏，采纳了他的建议。