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国际形势此时风云突变。在美国国内，麦卡锡主义依然猖獗。而亚洲，美国在朝鲜战场上节节败退。这样的国际形势使得美国当局更加害怕钱学森回到中国大陆。因为那就意味着中国大陆又有“几个师”的兵力增援朝鲜战场，甚至比这种情况更为严重。
美国司法当局和美国军方对此丝毫不敢掉以轻心。在钱学森回国的问题上，他们不仅没有一点松动，反而进一步加强了对钱学森的限制和监视。时常是正当钱学森在书房阅读书刊，联邦调查局的特务人员突然登门造访。他们用粗暴的敲门声干扰他的平静，甚至不等主人开门便闯了进来。对于这些不速之客，开始时钱学森还客气地问他们一声：“有事吗？”这些人无言以对，却大模大样地坐在沙发上，吸烟、喝饮料，旁若无人。后来，钱学森实在忍无可忍了，便对这些流氓特务严加斥责和嘲讽，直到把他们赶出房去。钱学森的信件和电话也受到严格的监视和检查。他的朋友和同事们就有人因为给他打了电话，便受到联邦调查局无休止的盘问。
为了减少朋友们不必要的麻烦，他一度中断和朋友们的联系和接触。
他变成了深居简出的“隐士”。
即使这样，美国当局也没有放松对他的迫害。他们用无休止地重复审讯和盘问，继续对他进行折磨。
日子再辛苦，他们仍时刻做好回国的准备：被软禁那几年，他家总是摆放着三只轻便的箱子，准备随时搭飞机回国。
回国后，蒋英撰文道：“那几年，精神非常紧张。为了不使钱先生和孩子们发生意外，也不敢雇保姆，一切家庭事务，包括照料孩子、买菜烧饭，都得自己亲自动手。那时候，完全没有条件钻研自己挚爱的音乐了。实在怕荒废了可惜，便会挤出时间，偶尔在家坚持声乐方面的锻炼……”
敌人是可怕的，但好在还有亲人——即便远在故里，但心是相通的。
钱学森被美国羁留的消息传到了上海，老父钱均夫忧虑到食不下咽。他想写信给儿子，又怕信被美国当局扣压，反而连累学森。不写信，心中又憋闷得很。考虑再三，他还是决定给儿子写信，说几句勉励的话。他希望能通过美国当局的检查，送到儿子手中。为此，老人的信写得很含蓄。信中表达了父亲对儿子处境的惦念和关切，更重要的是对儿子的嘱托。
这期间，美国的众多朋友冒着当局无理取闹的风险，一如既往地关怀着钱学森一家。加州理工学院的院长杜布里奇很快恢复了钱学森的教授工作。许多同事为钱学森作担保，并帮助他支付昂贵的法律费用。
从美国朋友的真诚友谊中，钱学森得到一丝慰藉。他默默吞下美国当局强加给他的羞辱，强压着心头怒火，回到工作岗位。当然，美国当局不允许他接触军事科学机密，害怕他为中国大陆偷情报。于是他告别了古根海姆喷射实验室，转为加州理工学院一位普通的数学教授，从事数学研究。
转了研究方向，钱学森又在数学领域有所突破。他与当时代表世界最新潮流的电子计算机结下了不解之缘。经过一段时间努力，1954年，钱学森出版了对后世影响深远的《工程控制论》。对于写作这本书，钱学森曾说过一句精彩的双关语：“那书是写给美国人看的。”意思是让美国当局看到他改变了研究方向，以消除他回国的阻碍。后来，回国前夕，钱学森把这本书作为临别礼物，赠给了自己的恩师冯•卡门。
钱学森在加州理工学院古根海姆喷射实验室工作时与同事们的合影
钱学森改了研究方向，中断了与别人的联系，深居简出……但美国当局对他的折磨并未停止。
在那段被软禁的日子里，恩师冯•卡门教授因为担任北大西洋组织的一些工作，需要长期住在巴黎。但是，他没有忘记在洛杉矶受苦的钱学森一家。只要有机会回美国，他一定要转道看望钱学森夫妇，给他们以精神安慰。冯•卡门一来，钱学森的情绪就显得特别好。夫妇或者在家中设宴，或者请老师到洛杉矶的唐人街中餐馆共进晚餐。与恩师相聚的日子里，蒋英总要为冯•卡门教授演奏一首钢琴曲，或演唱两支广泛流传的歌曲：《红松林》《友谊地久天长》，代丈夫表达对老师的敬爱之情。
经过无休止的审讯、检查、听证，钱学森不是共产党、不是毛泽东的间谍已经天下皆知。
美国当局只好承认了这一事实。
钱学森的回国路并未从此一帆风顺，还是困难重重。