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美国此时刮起一股可怕的风潮，滋生着紧张和不安。1949年9月，苏联爆炸了第一枚原子弹，终止了美国核垄断的局面。第二年2月，英国人宣布，他们的一位科学家把西方的许多原子弹秘密交给了苏联。在同一个月，美国参议员约瑟夫•麦卡锡宣称说，他从一个俱乐部里，掌握了一份在国家部门里工作的205名共产党员的名单。
霎时间，以麦卡锡为首的狂热反共分子对许多无辜的美国人和在美的外国人展开了追查和迫害。很不幸，这股风潮很快波及加州理工学院，钱学森受到了追查和迫害。
这帮狂热分子说，凡是1936—1939年在加州理工学院生活过的人，都有被视为40年代中不可靠分子的可能。为了证明自己无罪，许多人不得不在申诉过程中为那些令人窘迫和厌烦的审查程序付出代价。
有一天，无理由的怀疑就这样落到钱学森的头上。其实一开始，调查局并不是针对钱学森本人，而是要他揭发一位名叫西德尼•怀恩的化学研究员——他曾在一个与共产主义有关的案件中提供过伪证而正在帕萨迪纳受审。钱学森与怀恩曾经有过一段交往——钱学森为他介绍过一个工作，也曾去他家欣赏过古典音乐。
依钱学森的为人，自然他断然拒绝揭发自己的朋友。当时有人劝钱学森遂了调查局的意思：“这样能保住你自己。”
这不是钱学森做人的原则。但是，这样的态度惹恼了美国调查局，他们把怀疑直接扣到钱学森的头上。他们开始一次又一次跑到加州理工学院，审问钱学森到底是不是共产党员。每一次的审查，联邦调查局的人的问题都充满敌意，刁钻刻薄。更过分的是，联邦调查局向美国报纸爆料，说那位被逮捕的已经确信是共产党员的怀恩博士是钱学森最亲密的朋友，他们二人曾一起探讨马克思主义……
事情并未终止，噩梦仍在继续。到了7月，美国政府毫无缘由地吊销了钱学森参加机密研究的资格证书，理由就是联邦调查局向报纸爆料的那些事情。到此，他们还没有善罢甘休，而是向外界宣布钱学森就是美国共产党员，他1947年再返美国，属于非法入境。
这极大地伤害了钱学森的自尊心。
他先找到加州理工学院院长，声明失去了接触机密的证书，无法开展他的研究工作。他激动地说，自己宁肯回老家，也不愿受人怀疑。一心想留下钱学森的院长劝他申诉，但钱学森明白，在当时那种情况下，一个中国教授不会有打赢这场官司的机会和希望。
何况，钱学森那么骄傲，他有他的自尊。他明明不是共产党员，为什么得向当局证明自己不是共产党员？岂不滑稽可笑？！
在钱学森预定离开美国的日子里，不死心的院长说服钱学森飞到华盛顿，看能不能恢复他的接触机密的证书。
实际上，钱学森已为全家购买了太平洋航空公司的机票。机票日期标明：1950年8月15日起飞。钱学森随即向各界光明正大地宣布返回祖国的日程，并会依照正正当当的手续飞离美国。
机票订好之后，钱学森飞往华盛顿办离美手续。
他首先拜访海军次长丹尼尔•金波尔。
钱学森径直走进五角大楼金波尔的办公室。
“次长先生，我是来向你辞行的。我已经购买了飞机票，准备动身回到我的祖国去了。”钱学森彬彬有礼地说道。
金波尔原是美国通用航空喷射公司的主席，他一向欣赏钱学森的才华。两年前，他曾出席在纽约举行的美国火箭学会年会。在那次会议上，他在宴会的即席讲话中，给予钱学森很高的评价。自从他接到钱学森关于辞去美国空军科学咨询团顾问和美国海军炮火研究所顾问职务的报告后，他就已经感觉到情况有些不妙，也预料到钱学森有可能回中国。但是，金波尔是按照自己的思维推断钱学森的，以为他可能只是一时的冲动，不会是认真的。因为在金波尔看来，像钱学森这样才华横溢的科学家，只有留在美国才有用武之地，而且也只有美国才能为钱学森提供得心应手的科研设备和丰厚的物质待遇。
“难道可以指望一个连老百姓的肚子都填不饱的国家给钱提供材料设备研制尖端技术吗？”他武断地认为，钱学森回去就等于葬送了自己。
这些，钱学森不会不考虑到。
他坦然地在钱学森的辞职报告上签了字——他认定钱学森只是吓唬吓唬他。
金波尔想错了。钱学森义无反顾，他不仅要走，而且要马上离开美国。这使金波尔大惑不解。
“钱先生，这究竟是为什么？”金波尔把双手摊开，眼睛瞪得大大的。
“次长先生，我受到麦卡锡主义的无理迫害，他们说我是共产党员，并收回了我的国家安全许可证，事实上我已经无法在学院里做我想做的事情了。”
“钱先生，我并不认为你是共产党。”
“不，次长先生，问题还不单单是怀疑我是共产党。我是中国人，有自己的祖国，我不能留在这里，制造武器杀我们的同胞，就是这么回事。”
后来，美国一位专栏作家对钱学森这次谈话作了如下评论：
钱学森太坦率了，他对任何人都没有隐瞒自己想回国的决心。他太单纯了，不知道当了杜鲁门海军次长的金波尔在政治上是如何敏感。
金波尔不但完全了解钱学森的科学成就，更了解他在军事科学上的价值。金波尔最担心的是，一旦钱学森回到共产党领导下的新中国，后果不堪设想啊……
“你不能离开美国！你太有价值了。”金波尔脱口说出了内心的话。
自觉失口，他慌忙接着问道：
“难道加州理工学院同意你离开美国吗？”
钱学森告诉金波尔，学校当局不同意他离开美国。
“我同意他们的意见，他们不应让你回去。”金波尔的语气相当肯定。稍停，他又缓和地对钱学森进行劝解，劝他继续留在加州理工学院，在未澄清关于国家安全许可证之前，先担任数学系教授。
他还答应给钱学森介绍一位律师为他辩护。
钱学森毫不退让，表示自己本来就要等待审判的结果，等待美国当局撤销对他的怀疑，然后一家光明正大地离开美国。
他对金波尔说：
“次长先生，我要回到中国去。我的主意已定，这没什么可商量的了。”
说完，钱学森转身离开了金波尔的办公室。
金波尔望着匆匆离去的钱学森的背影，目瞪口呆，爱恨交加，久久不知所措。
当金波尔清醒过来时，下意识的动作就是抓起电话打给美国司法部，气急败坏地喊道：
“你们应当立即通知洛杉矶的下属机构，绝不能放走钱学森……对，就是那位中国人。你应该知道，那些对我们来说至关重要的情况，他知道得太多了。我宁可把这个家伙枪毙了，也不让他离开美国！”
对方似乎还没有弄清钱学森是何许人，为何这等重要。只听金波尔对着话筒大声叫喊着，说出了为世人所知的那句话：
“钱学森，无论到哪里，都抵得上5个师的兵力！”