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2001年，我国正式加入WTO，这不仅给我国对外开放提供了难得的历史机遇，而且对海南扩大开放也是一个重大利好。在这个背景下，我当时又重提琼台经济合作的相关建议。
我国加入WTO，台湾地区也将以单独关税区的身份加入WTO。在此背景下，琼台农业合作再一次被提上日程。当时，我在多个场合呼吁应紧紧抓住台湾农业转移的机遇，深化琼台农业合作。2001年2月，我在海南省理论研讨会上提出：琼台农业合作若在两点上实现实质性重大突破，海南农业将出现新的结构优化与升级，并进入国际市场。第一，适应台湾扩大进口的需求，充分运用台湾的资金、技术和销售渠道，合资共建农业及其加工业出口基地，培育部分具有国际竞争力的农产品，进入台湾农产品市场。第二，争取签订“琼台渔业合作技术协议”，合资共建海洋远洋船队，引进资金以及深海渔业和远洋渔业的捕捞技术与设备，向中深海进军，借助台湾渔业国际销售网络，使海南渔业产品进入国际市场。所以，我建议推进琼台农业项下贸易投资自由化，一要抓住机遇，二要抓住重点项目，坚持不懈地努力，以求实质性突破。
2003年4月，在海南建省办经济特区15周年时，我提出台湾可以借助海南热带高效农业已有的良好基础及其丰富的资源和发展潜力，海南可以借助台湾先进的农业技术和经营管理经验以及资金，以合作求发展，将海南发展成为中国热带高效农业的生产基地，成为中国热带高质农产品及其加工品的出口基地。对台湾而言，台商在海南生产的高质农产品及其加工品，可以返销台湾，成为台湾农产品进口替代基地；也可以直接进入大陆市场和国际市场，成为台湾农产品出口替代基地。这是两地农业发展战略的转变，这对琼台农业发展有着重要的影响。基于这个判断。2008年4月，我和我的同事形成了《关于建立琼台自由贸易区的建议》，并提交给相关部门。在这份报告中，我们提出三点判断：
（1）建立琼台自由贸易区，是促进两岸和平统一和实施自由贸易区战略的现实选择。建立琼台自由贸易区，是一项具有全局性和现实性的重大举措。在新的形势下，对于促进两岸关系良性互动、合作共赢，对于实施自由贸易区战略，均具有重大的现实意义。
——是新形势下充分发挥海南在两岸和平统一中特殊作用的重要选择。充分发挥海南经济特区在两岸和平统一中的特殊作用，是邓小平同志创办海南经济特区的战略意图之一。20世纪80年代末90年代初，台湾当局曾提出过对海南岛实施农业技术援助计划，以有利于台商投资海南。适应新形势，把建立琼台自由贸易区作为积极回应，实行对台更加开放的政策，促进琼台两岛的经济合作，促进两岸和平统一大业。
——是形成琼台更紧密经贸关系，奠定两岸经济一体化基础的重大举措。建立琼台自由贸易区，既包含实行自由贸易的相关政策，又包含在实行自由贸易政策条件下所要求的体制创新以及相关联的许多重要领域的改革，必将对海南经济特区的改革开放提出新的要求，促进海南在体制创新、产业升级、扩大开放三个方面的联动发展。建成琼台自由贸易区，有利于实现琼台之间原料、资金、人员等生产要素的自由流动，扩大台湾在大陆的市场，从而形成两岸更紧密的经贸关系，实现两岸经济发展的合作共赢。
——是实施自由贸易区战略的重要组成部分。建立琼台自由贸易区，是落实党的十七大报告关于“实施自由贸易区战略”的重要组成部分，不仅能继续发挥海南经济特区对外开放“窗口”和体制机制创新“试验田”的作用，也能为实施自由贸易区战略提供有益的经验和借鉴。琼台两岛是中国距离东南亚国家最近的两个岛屿，与东南亚国家有着紧密的经济联系，建立琼台自由贸易区，能够更加密切中国与东盟各国之间的经贸关系，加快推进“中国——东盟自由贸易区”建设进程。
（2）建立琼台自由贸易区的时机、条件已经成熟。
——建立琼台自由贸易区，有利于台湾经济发展。通过建立自由贸易区，把两岛的优势结合起来，对两岛来说是实现优势互补、互惠互利的大好事，台资可以在海南的开发中获得较高的回报。连战、吴伯雄，以及台湾农业界的许多人士在海南访问考察时，都表达了琼台之间建立更紧密的农业合作关系的愿望。马英九、萧万长阵营也提出了建立两岸共同市场的主张。建立琼台自由贸易区面临难得的机遇。
——琼台已有20年经济合作的良好基础。建省办特区以来，台湾一直是海南重要的对外经济贸易伙伴。20年间，台湾在海南投资注册企业累计达1580多家，实际投资23亿多美元。同时，海南特区经过20年的建设发展，基础设施状况有了明显的改善。在投资软环境建设方面，初步建立了现代企业制度、较为规范的市场体系、多层次的社会保险体系和市场经济法规体系，为琼台自由贸易区的建立奠定了基础。海南还拥有全国人大授予的特别地方立法权，为以法律手段保障、以制度规范琼台自由贸易的实施创造了条件。
——海南独特的地理条件，十分便于对琼台自由贸易实行有效的监管。
（3）积极推进琼台自由贸易区建设进程。建立琼台自由贸易区，从长远看，是全方位、多层次、宽领域的，要有全局性的应对策略和措施，统筹协调，积极推进。
——选择特定的行业率先取得突破，逐步建立共同市场。产业合作是建立琼台更紧密经贸关系的重要环节。两岛农业具有很强的互补性，结合双方的农业优势，扩大两岛农业技术交流与合作，积极吸引台湾一些大型农业公司参与到琼台农业合作之中。
——由国务院授权海南与台湾方面进行商谈。台湾是中国的一部分，琼台自由贸易，可视为一种特殊的贸易形式。这种特殊形式的贸易，这种次级双边的自由贸易关系，并不违背WTO有关规定。因此，可由国务院授权海南与台湾方面进行商谈，相互实行有关自由贸易政策，然后由国务院作出决定并对外宣布。
2009年12月，国际旅游岛建设上升为国家战略。我认为，海南国际旅游岛重在国际化的海南岛。与旅游相关的现代服务业发展水平是国际化程度的重要标志，是决定海南国际旅游岛建设成败的关键。但从现实情况看，海南服务业发展现状，与国际旅游岛建设要求不相适应，远不能满足中外游客对海南旅游产品的需求。在此背景下，加大与港澳（台）的合作，既是破解海南服务业发展“底子薄与要求高”突出矛盾的现实途径，也是落实新时期国家开放战略的有益探索。
2011年，全国两会期间，我向全国政协提交了《关于促进港澳（台）参与海南国际旅游岛建设的建议》提案。
2015年，中改院因筹建海南健康管理职业技术学院的需要，由我带队到台湾考察健康服务业发展情况。这次考察我了解到琼台健康服务业合作的潜力很大。为此，2016年，我在以“世界长寿之乡健康幸福澄迈”为主题的2016健康中国建设与健康社区发展论坛上，提出加强琼台健康服务领域合作的倡议，主要包括：探索以独资、合资、合作等形式与台湾开展健康服务产业、健康管理、健康职业教育、健康技术研发等领域的合作；试点建设“琼台健康服务业合作示范基地”，开展多领域的合作；将符合条件的台资医院纳入医保报销范围。如果这些政策能够得到很好的落实，将极大促进海南健康服务业发展水平。