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1837年马克思从波恩大学转学到柏林大学读法学不久，经历了一场“头脑风暴”。他在11月10日写给父亲的信中汇报了一年的学习心得。马克思一开始就知道攻读法学首先要专攻哲学，“这两门学科紧密地交织在一起”（全集47:7），“没有哲学就无法深入”（全集47:11）。他不知疲倦地日夜工作，按照费希特和康德的概念形式，写了300多张纸的法哲学体系，以及24张纸的“新的形而上学基本体系”（全集47:13）。但是，“熬过了许多不眠之夜，经历了许多斗争，体验了许多内心的和外在的冲动”，他写道：“在该体系的结尾处我由不得不认识到它和我以前的全部努力都是错误的。”（全集47:11）马克思病了。经历了痛苦的精神洗礼，马克思获得心灵启示。“在患病期间，我从头到尾读了黑格尔的著作，也读了他大部分弟子的著作”；“病愈后，我便把所有的诗和小说手稿等等都烧了”（全集47:14）。马克思最初一年走过的从康德、费希特、谢林到黑格尔的学习过程与德国古典哲学演进过程是一致的。马克思最后认可黑格尔哲学，不仅是柏林大学这一黑格尔哲学的中心使然，而且是经过符合哲学自身发展的心路历程。从那时起马克思再也没有离开黑格尔哲学。
在1837年的信中，马克思还说：“这时我养成了对我读过的一切书作摘录的习惯”（全集47:11）。在不到一年的时间里，除了读哲学书之外，马克思把查士丁尼时编撰的《法律汇编》前两卷翻译为德文（全集47:7），摘录大量艺术史、历史名著，读法律著作和期刊和“所有的文学新作”，学习舞蹈音乐，写诗和小说（全集47:11-12）。令人遗憾的是，马克思这一年写的哲学作品和读书摘录没有遗留，但他始终保持着那一年摘录做笔记的生活习惯。马克思一生阅书无数，浏览无涯，他的读书笔记见证如饥似渴地从大量著作中汲取思想资源的毕生经历，栩栩如生地还原了一个有超人的旺盛精力、非凡高强工作效率的罕见哲学天才的生活方式。
马克思哲学的起点无疑是他的博士论文《德谟克利特的自然哲学和伊壁鸠鲁的自然哲学的一般差别》。马克思为博士论文准备了7本笔记，摘录古代作家拉尔修、恩披里克、普卢塔克、卢克莱修、塞涅卡、西塞罗作品中整理、引用和评注伊壁鸠鲁材料，可谓是最早的伊壁鸠鲁资料集，比尤斯内尔汇编的同类作品早半个世纪。不仅如此，马克思还评述了近代哲学家伽桑迪和哲学史家李特尔对原子论的评说，为黑格尔的《哲学全书·自然哲学》编制提纲。这些笔记中的材料，有的写入博士论文，有的留待他计划写“一篇综述伊壁鸠鲁、斯多亚主义和怀疑主义的著作”（全集1:103）时使用。如果时光能够倒流，19世纪的德意志各邦政府也像21世纪中国教育部那样评比“全国优秀博士论文”，马克思得到这个荣誉可谓实至名归。如果马克思按原计划写完了博士论文的续篇，他也会被国际哲学界公认为第一流的哲学史家。但我们看不到马克思开始动笔写这篇综述希腊晚期哲学的任何痕迹，因为他一开始就没有单纯的哲学史旨趣，他不愿意成为大学哲学系里“只是一个缮写员”的“写哲学史的人”（全集中文1版40:170）。
马克思本人17年后回顾他的论文时说，古希腊“[较晚的]哲学家——伊壁鸠鲁（尤其是他）、斯多葛派和怀疑论者，[我]曾专门研究过，但与其说出于哲学的兴趣，不如说出于[政治的]兴趣。”（全集中文1版29:527）从博士论文的内容判断，马克思“政治的兴趣”是启蒙时代的思想解放。马克思翻遍熟读陈年杂沓的史料，看到的是一个活生生的“启蒙之子”，“因此，”他得出结论：“伊壁鸠鲁是最伟大的希腊启蒙思想家”（文集1:63）。岂止是“希腊启蒙”，简直就是马克思自己正在经历的思想启蒙运动。马克思笔下的伊壁鸠鲁是他自己所处的启蒙时代精神的化身，马克思把自己的启蒙观念投射到伊壁鸠鲁身上，伊壁鸠鲁既是从苏格拉底到黑格尔的哲人影像，同时又是青年马克思的“自我镜像”。
马克思博士论文选题“德谟克利特和伊壁鸠鲁的差别”，为要纠正从古到今的一个哲学史偏见，即认为伊壁鸠鲁的自然哲学只是对德谟克利特的剽窃，而其伦理学“从整个希腊哲学里吸收的是错误的东西”（全集1:19）。马克思则要证明伊壁鸠鲁哲学具有德谟克利特不可比拟的贡献。他在1858年点明了他的研究主题：
虽然他[伊壁鸠鲁]是以德谟克利特的自然哲学为出发点，但是他到处都把问题要点颠倒过来。未必应该责难西塞罗和普罗塔克没有理解这一点，因为像培尔，甚至像黑格尔本人这样的聪明人都没有想到。（全集中文1版29:529）
马克思的博士论文用丰富的史料、严密的逻辑证明了伊壁鸠鲁在自我意识、自然哲学和伦理学这三方面的独创性。
虽然马克思的博士论文献词赞扬他的未来岳父“充满青春活力”、深信“唯有唯心主义才知道那能唤起世界上一切英才的真理”（1:9，但论文没有谈论唯心论与唯物论的对立。马克思只是说，德谟克利特是“把感性自然看作主观假象的怀疑主义者和经验主义者”，而伊壁鸠鲁是“把现象看作实在东西的哲学家和独断主义者”（全集1:29）。不过我们不要夸大这个概括的意义，因为在马克思看来，归属于什么“主义”阵营不重要，重要的是，每一个值得研究的哲学家把“自我意识”转变为创造的个性和独特的生活。马克思显然按照“一个人是什么样的人，就会选择什么样的哲学”的费希特原则来论证德谟克利特与伊壁鸠鲁虽然名义上同为“原子论”实质上是两种不同的哲学体系，虽然他没有引用费希特。
德谟克利特和伊壁鸠鲁的差别首先“体现在这两个人的不同的科学活动和实践中”（文集1:23）。德谟克利特“不满足于哲学，便投入实证知识的怀抱”，“走遍半个世界，以便积累经验、知识和感观”（同上），努力向埃及祭司、波斯的迦勒底人和印度智者学习，但最后发现自己的学说陷入理性思辨的客体世界与感性现象的真实性的“二律背反”（文集1:22）而不能自拔，“据说德谟克利特自己弄瞎了自己的眼睛，以使感性的目光不致蒙蔽他的理智的敏锐”（文集1:24）。
相反，“伊壁鸠鲁在哲学中感到满足和幸福”（文集1:25），他知道“哲学研究的首要基础是勇敢的自由精神”（文集中文1版40:112）；他轻视“丝毫无助于达到真正的完善”的那些实证学问和语文学，认为“那些以为直到老年还应去背诵那些连小孩不知道都觉得可耻的东西的人，才是无知的人”；他称赞“努力寻求真理而无需任何人的帮助”的自学者。耐人寻味的是，做哲学的这两种不同方式造成两人不同的归宿：
最后，德谟克利特由于对知识感到绝望而弄瞎了自己的眼睛，伊壁鸠鲁却在感到死亡临近之时洗了一个热水澡，要求喝醉酒，并且嘱咐他的朋友们忠于哲学。（文集1:25）
在自然哲学方面，德谟克利特把原子和虚空当作两个始原，原子必然在虚空中运动，漩涡中原子的不同组合产生万物。但他面临一个不能解决的理论矛盾：原子的组合是任意的、偶然的，而产生万物的漩涡运动却是必然的，于是，“德谟克利特的必然性同偶然便没有差别了”（文集1:27）。如何解决这个矛盾呢？马克思分析说：“无论原子还是虚空，都不是始原，而它们的基础，它们中任何一个作为独立的本质表现出来的东西，才是这样的始原。”（文集中文1版40:116）伊壁鸠鲁的原子的特殊运动就是这样独立本质和始原。
伊壁鸠鲁设想，原子在虚空中的运动方式不是漩涡，而是直线；每个原子由于自己的特殊性而偏离直线运动垂直向下的方向，它们相互碰撞而产生万物。马克思说：“原子脱离直线的偏斜不是特殊的、偶然出现在伊壁鸠鲁物理学中的规定。相反，偏斜所表现的规律贯穿于整个伊壁鸠鲁哲学，因此，不言而喻，这一规律出现的规定性，取决于它被应用的范围。”（文集1:35）
马克思在笔记中表示了原子偏斜运动规律两方面的应用范围：“‘偏离直线’就是‘自由选择（arbitrium'，是特殊的实体，原子真正的质。”（文集中文1版40:121）“特殊的实体”和“原子真正的质”是自然哲学的解释，解决了困扰德谟克利特原子论的“感性现象”与“理性本质”、“偶然组合”与“必然原因”的“二律背反”；而“自由选择”是伦理学的解释：“偏斜打破了‘命运的束缚’（……）偏斜正是它胸中能进行斗争和对抗的某种东西。”（文集1:33-34）
连接自然哲学与伦理学的桥梁是“原子”与“个人”共有的特殊存在。马克思说：“原子是一种例如个人、哲人、神的抽象的自在的存在。”（全集中文1版40:168）这句话不是任意的类比或遐想，熟悉黑格尔的人在《精神现象学》“法权状态”一节可以读到对斯多亚派和怀疑主义的评论：“无限众多的原子式个人一方面是分散的”，同时“与他对立的一切个人构成着这个个人的有实效的普遍性”。按黑格尔哲学术语，“个人原子”表示罗马个人生活，因而马克思论文开始就说，伊壁鸠鲁主义、斯多亚主义和怀疑主义是“罗马精神的原型”（文集1:16）。但是，马克思没有像黑格尔那样把伊壁鸠鲁的“个人原子”也说成“缺乏精神的点”。相反，他酣畅淋漓地抒发了“原子偏离”的规律的伦理精神。
首先，原子的个别性“到处都脱离了限制性的定在”，“所以，善就是逃避恶，而快乐就是脱离痛苦”；其次，“抽象的个别性以其最高的自由和独立性（……）就合乎逻辑地是全部的定在，由此众神也避开世界”（文集1:35）。再次，既然自然和人都服从同一的理性规律，“自然对我们的意识来说，不再是恐惧的来源，而正是伊壁鸠鲁使直接的意识形态、自为存在成为一种自然的形态。”（文集中文1版40:173）
另外，也许更重要的是，个别性的原子概念表示具体的同类存在，“这一存在本身是具体的并且是一个类概念”（全集中文1版40:168）。“原子”类概念的社会意义是：“一个人，只有当他与之发生关系的他物不是一个不同于他的存在，相反，这个他物本身即使还不是精神，也是一个个别的人时，这个人才不再是自然产物。”（全集1:37）就是说，“个人原子”的存在是社会状态，“在政治领域里，那就是契约，在社会领域里，那就是友谊，友谊被称赞为最崇高的东西。”（全集1:38）马克思在博士论文中没有过多解读的伊壁鸠鲁的社会政治哲学，在《德意志意识形态》中得到更加明确的说明：“国家起源于人们相互间的契约，起源于contratsocial（σμνθηχη）[社会契约]，这个观点就是伊壁鸠鲁最先提出来的。”（全集中文1版3:147）
马克思的博士论文关注的古今启蒙的社会政治影响主要表现为哲学对宗教的批判，他因而特别重视批判“普卢塔克把哲学带上宗教法庭的立场是如何地错误”（文集1:11）。普卢塔克是一个新柏拉图主义者，他依据灵魂与肉体的二元论和灵魂不朽、来世幸福等教条，指控伊壁鸠鲁的快乐主义无视人不能免除病痛等肉体痛苦；不懂高贵的精神幸福，把人的感性快乐等同为动物欲望；把只有上帝才可能有的心灵宁静当作人的最高的善，等等。
在未发表的笔记中，马克思突出了伊壁鸠鲁与希腊宗教的对立。他依据“伊壁鸠鲁的快乐辩证法”（全集1版40:74）一一反驳。他说，哲人“假定肉体——个人精神最直接的前提——是健康的”，因此“伊壁鸠鲁所说的精神根本不关心那样的可能性”，即不考虑精神快乐的现实性首先要排除肉体痛苦的偶然性，而“普卢塔克的反对意见只是说在健康的肉体里不存在精神的自由”（全集1版40:74）。
马克思还说，普卢塔克以为人的感性快乐像动物那样不分善恶，他不知道，伊壁鸠鲁的快乐的确是感性的快乐，不过哲人的快乐不是“真实的个别状态的东西”，而是“成为包罗万象的生活意识”（全集中文1版40:83）。普卢塔克认为对死亡的恐惧和对永生的希望是“一切欲望中最古老和最强烈的欲望”，只有惩恶扬善的神才能满足人的欲望，人的高贵的幸福是天意的恩赐。马克思说：“谁如果把神性的东西当作自在的纯粹的幸福”，不仅“显得很虚伪”，而且也会让不道德的人“得到更大的快乐”（全集中文1版40:84）。至于诉诸“内心的、无法抑制的恐惧”，那是把人降低为动物。马克思揶揄道：“如果一个哲学家不认为把人看作动物是最可耻的，那么他就根本什么都理解不了。”（全集中文1版40:85-86）
通过对柏拉图、普卢塔克和黑格尔的宗教神学批判，马克思在博士论文中发表了启蒙哲学的“独立宣言”：
只要哲学还有一滴血在自己那颗要征服世界的、绝对自由的心脏里跳动着，它就永远用伊壁鸠鲁的话向它的反对者宣称：
“渎神的并不是那抛弃众人所崇拜的众神的人，而是把众人的意见强加于众神的人。”
哲学并不隐瞒这一点。普罗米修斯的自白“总而言之，我痛恨所有法神”（原编者注：埃斯库罗斯《被锁链锁住的普罗米修斯》）就是哲学自己的自白，是哲学自己的格言。（全集1:12）
马克思一生都没有改变对伊壁鸠鲁的赞扬。《德意志意识形态》说：“他是古代真正激进的启蒙者（……）因此卢克莱修歌颂伊壁鸠鲁是最先打倒众神和脚踹宗教的英雄”（全集中文1版3:147）。
马克思注意到图平根学派领袖鲍尔把基督类比为苏格拉底的柏拉图主义神学解释。马克思明确指出了两者的对立：“苏格拉底是哲学的化身，而基督是宗教的化身”（全集中文1版40:140）。马克思批判“没有一种古代世界的哲学体系像柏拉图哲学体系那样具有深刻的宗教性质”（全集中文1版40:141）。同时称赞“亚里士多德、斯宾诺莎和黑格尔这样一些更激烈的哲学家（……）对启蒙教育的社会精神更为有益”（全集中文1版40:141-142）。
通过突出古今哲学启蒙与宗教蒙昧的对立，马克思重构了古希腊哲学史。他反驳“一种老生常谈的真理（……）说希腊哲学在亚里士多德那里达到极盛之后，接着就衰落了”，他肯定，希腊晚期的伊壁鸠鲁主义、斯多亚主义和怀疑主义“具有性格十分刚毅的、强有力的、永恒的本质，以致连现代世界也不得不承认它们享有充分的精神上的公民权”（全集1:16）。“现代世界的精神公民权”表明伊壁鸠鲁代表的希腊哲人与现代启蒙思想之间有一脉相承的哲学精神。
在博士论文、附录和笔记中，古希腊哲学史与近现代哲学的开始、中心、体系化的整体和特殊化的分裂被概括为类似的精神历程，如下列图示。
马克思论文中使用“实体”、“主观形式”、“自我意识”、“单一性”、“特殊性”等当时流行的黑格尔主义术语，把晚期希腊哲学家和黑格尔之后哲学家说成“自我意识的哲学家”（全集1:103）。这表明他基本上接受了黑格尔哲学和鲍威尔的影响。虽然他多处对黑格尔进行批评，但不能说马克思博士论文是对黑格尔哲学的第一次批判。阿尔都塞的评价较为中允，他认为马克思博士论文的哲学观来自“新黑格尔主义”或青年黑格尔派，这篇论文对马克思哲学的贡献还只是“以‘未来完成式’撰写的历史”。