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与先秦诸家相比，墨家的一个显着特征就是拥有一个非常严密的、以“巨子”为首领，在其内部奉行严格的纪律的组织。而其组织在许多方面还体现出了类似宗教组织的特征。具体体现在以下几个方面。
墨家的首领称为“巨子”，下代巨子由上代巨子选拔贤者担任，代代相传，墨家众徒必须绝对服从巨子的命令，为实施墨家的主张，舍身行道。因墨家主张尚贤，巨子被认为是天下最具贤德、圣智、辩才之人。《庄子·天下》篇言：墨家“以巨子为圣人，皆愿为之尸。冀得为其后世，至今不绝”，即是说，墨家巨子在其组织内拥有绝对的权威。《墨子·备梯》篇说禽滑厘子事侍奉墨子三年，“手足胼胝，面目黧黑，役身给使，不敢问欲”，即体现了这一点。并且后世的巨子为前世的巨子所指定，孟胜死难阳城时，即是指定宋国贤人田襄子为下一代巨子，而墨家子弟则无条件服从了这一指派。梁启超便将这一制度与各大宗教教主的产生方式相类比，他说巨子的选任制度“与基督教之罗马法王相类”，“又颇似禅宗之传衣钵也。”
墨家组织内有严格的“墨者之法”，且执法如山，不徇私情，即使巨子本人也不例外。《吕氏春秋·去私》篇记载，墨家“巨子”腹朜的独生儿子杀了人，秦惠王因腹朜年老无后，特加赦免。但腹朜以“不可不行墨者之法”为由，大义灭亲。这足见墨者之法的严厉性。
墨家组织内部的一切事务皆由巨子操控。对于墨家内部各弟子的行动，皆由巨子统一规划和指挥。即使是组织内部的成员到诸侯国去做官，也由巨子统一推荐、指派，如《墨子·鲁问》篇记载，公尚过去越国做官，即是墨子所委派，《耕柱》篇又有墨子派耕柱到楚国做官，另外还有高石子去卫国做官，曹公子去宋国做官，皆是由墨子亲自指派的。而且，巨子在墨家弟子做官前，往往还会派相关人员前去游说铺垫，如胜绰去齐国做官与罢官，都是由其弟子如高孙子等人前去游说的。而墨家弟子已经做官后，也时时受到墨家巨子的掌控。而在外派弟子辞官离开诸侯国时，也要回墨家总部陈述离开的理由。如《贵义》篇载“子墨子仕人于卫”，“所仕者至而反”，要向墨子汇报辞官的原因。而如果派出的墨家弟子工作不力，则会迅速地将之召回，并严厉批评其工作不力的错误。如墨子怒斥胜绰并派人将其从齐国召回，即是因为他不仅工作不力，而且助纣为虐的缘故。而与之相应的是，墨家弟子对于首领“巨子”则是无条件的服从，即使“赴火蹈刃”，也在所不辞。
墨家内部组织严明，其集团内部成员已经有了较为明确的分工。分工的原则是各尽所能、扬长避短：
譬若筑墙然，能筑者筑，能实壤者实壤，能欣者欣。（《墨子·耕柱》）
即就像从事筑城工程一样，能筑墙的人去筑墙，能填土的人去填土，能挖土的人去挖土，必须明确分工。而对其弟子，墨子将他们分为三类，“谈辩”类，负责游说诸侯、出仕为官，以推行墨家的政治理想；“说书”类，负责记录、整理墨子的言行思想，并以此教授后学，以发展、传播墨家思想；“从事”类，负责研究守御器械，帮助弱国守城卫地，以实现“兼爱非攻”的墨家理想。
墨家内部还实行一体化的经济制度。墨家成员本着“有力相营，有道相教，有财相分”（《墨子·天志》）的原则，要求出仕的墨家成员有义务缴纳部分薪俸给自己的集体。例如，耕柱子仕楚，一次捐献“十金”，并对墨子说：
后生不敢死，有十金于此，愿夫子之用也。（《耕柱》）
由此可见，墨家弟子出仕后需要上缴薪金给巨子，以供墨家组织统一支配。这种经济一体化的措施，更进一步体现了其组织的严密性。