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改革开放以来，尤其是近20年来，随着经济的高速发展和政府财力的增加，中国政府大量投入科研（包括各类大学和研究所）。这种科研投入自然是为了未来的发展。尽管可持续发展包含有很多方面的意义，但科研投入无疑是其中最重要的一个因素。从历史上看，技术和新知识的突破对社会经济的发展的影响不是其他因素所能比拟的。
政府的投入已经产生了一系列积极的效应。中国研究者在国内学术刊物上发表的论文数量暴增，他们在国际学术刊物上发表的研究论文的数量也有很快的增加。
中国在一些领域的研究也走在了世界的前列。在任何国家，国家的投入要取得一些方面的突破是有可能的，但如果要取得知识领域的全面进步并不容易。
但总体上来说，中国在世界知识链上仍然处于底端。就是说，中国知识产品的数量极其庞大，但是附加值非常低。前不久，一些专家从中国各高校和科研机构考察后感叹道，中国科研人员的数量如此之多、他们所写的研究文章如此之多，都是世界上所罕见的，但可惜的是，大多数研究人员都在重复地做低层次的简单的研究工作。
这个现象非常重要。就像中国的工业产品一样，中国所生产的知识大多是对人家现有知识的重复和复述，附加值非常之低。如果工业品需要升级，就是说要提升附加值，那么知识界也是一样。
如果不能有效提升中国在世界知识链上的附加值，那么中国的科研就很难得到具有实质性意义的进步。这种情形不仅会成为中国各方面发展的阻碍，而且国家本身也很难成为一个名副其实的大国。
那么中国的知识附加值为什么那么低？或者说，过去很低，但现在仍然得不到提升呢？到底有哪些因素阻碍着中国在世界知识链上追求高附加值呢？又如何革除这些阻碍因素呢？很显然，并非存在着单一因素，有很多因素通过不同途径影响着中国的科研领域。这同时也说明改革是一件综合的艰苦事情。
有很多因素，但归纳一下，不外是研究体制和政策两大类。体制类的原因，很多人总会把之归于政治体制，尤其对社会科学来说。政治因素很重要，但并不是最主要的，也不是不可克服的。很多阻碍来自一些具体的制度和政策，而非总体政治制度。
首先看中国的研究体制。在西方，各国的大学都会分为研究型大学和教学型大学。中国20世纪90年代在讨论如何进行教育改革的时候，也有把大学分为研究型和教学型的设想。但是，后来实行的教改则是和这个设想背道而驰的。
在大学的合并风中，很多教学型的大学被合并和强行提升为研究型大学。大学合并风的原则是让优秀的大学合并一般型的大学，因为这给被合并者提供动力。但合并以后，对各校的科研体制却带来了很大的冲击。很多原来在一般型大学的人本来就不具备科研素质，但现在被迫写文章，因为他们必须符合研究型大学的标准。在这种压力下，尽管论文数量上去了，但毫无质量可言。中国的大多数研究人员和学者是在“写”文章，而非在作任何有意义的研究和思考。
而“写”的过程，则往往容易演变成了“抄袭”的过程。抄外国学者的，也有本国学者互相抄的，有学生抄老师的，还有老师抄学生的，无奇不有。很显然，写文章、抄文章是没有任何附加值的。
学术组织的泛行政化是另外一个重要的阻碍因素。中国是用行政来组织学校和科研机构的，这在世界上很少见。
学校和科研组织本来应当是最扁平的，但在中国，它们和政治组织一样具有等级性，包括校长和研究所所长的所有职位都是有行政级别的。泛行政化带来了一系列的负面效应。
首先是人们所说的“武大郎开店”的情况。这里指的是这样一种情况：因为是行政级别，任用校长和所长的最大的考虑就不会是他们的学术或者专业水平，而是他们的政治和行政经验。而非常低或者较低的学术和专业水平，又进一步阻碍他们录用高水平的教员。
这样就出现了社会上人们所说的一流的学生、二流的教授和三流的校长的情况。
所以，尽管领导高层一而再、再而三地强调人才的引进和使用，但到了具体的单位，对人才则表现出巨大的排斥性。在这种情况下，人才的录用对各大学来说还是阻碍重重。这是中国的大学和科研机构很难吸收到高层次人才的一个主要原因。
泛行政化也影响人才的专业精神。要追求高的知识附加值，专业精神是一切。道理很简单，所有的知识附加值来自于专业。
在中国的体制中，一个人所能掌握或者所能分配到的资源与其行政级别紧密相关。为了引进人才，有关部门一定会给引进的人才一个行政职务，这就导致了两方面的后果。第一，因为有了行政级别，得到这个行政职务的人才就必须要大量卷入行政事务，消耗掉其大部分研究时间，很多甚至根本就没有时间做学术研究。
第二，因为这个行政级别，这个人才必须具有很高的政治意识，也就是说，其科研必须受政治的影响，这在社会科学领域尤其如此。
专业职称的“寻租”也阻碍着知识附加值的提升。院士制度就是一个很好的案例。院士制度的本意就是要为知识精英（那些处于知识附加值高端的研究者）提供一个良好的研究环境。但在中国的院士选举制度的实际运作过程中，在很大程度上说，正式规则已经不发生任何作用，真正主导院士选举的是潜规则。
在潜规则主宰下，院士的选举重点不再是知识和可能的学术贡献，而是金钱和物质利益。每次院士选举，各高校和研究所都会做各种各样的资源动员来争取自己的人被选为院士。
很多年里，这种动员甚至已经延伸到各省市地方领导，他们也会全力动员各方面的资源为本省争取院士名额。当然，这样做并不是为了院士，而是和院士关联着的经济利益。
科研经费分配过程中各级政治权力的介入，也使得中国的科研领域成为腐败的重灾区。在任何国家，国家科研经费是国家提升知识附加值和知识创新的一个重要手段。在科研经费的分配方面，再也没有比专业精神更重要的了，因为只有专业人员才懂得一个知识领域的过去、现在和未来，他们知道应该把经费用在何处。但在中国，科研经费的分配则成了各种既得利益的较量场合。
以政治力来分配科研经费是中国的又一个潜规则。结果，大量的经费被投到毫无知识附加值的研究领域，而真正能够从事知识生产和创新的人才得不到所需要的资助。
科研经费分配出了问题，对科研结果评审和验收更是经常变成不言自明的腐败游戏。实际上，科研经费分配的过程已经决定了不可能对科研结果进行评审和验收了。
从申请经费到使用经费，这里的中心自始至终都是经济利益，而非知识。在这个角度上说，国家科研经费制度在知识附加值的提升方面是失败的。
尽管中国似乎在知识领域发生着一场“全民运动”，即每一位研究者都在做研究，但是中国和世界在知识领域的差异正在拉大，并且拉大得很快。传统计划经济体制下的科研体制曾经创造了一些了不起的科研成就（如两弹一星），但现在这种传统体制既不适宜，实际上也被彻底冲垮。新的科研体系，也还没有建立起来。
尽管有关方面在做各种努力，建立这样那样的制度或者规定，但并未完全发挥出积极的作用。在各种潜规则主宰下，科研体制腐败盛行。科研体制不作彻底的改革，科教兴国就会一直只能作为梦想而存在了。